Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001306171.2
Sequence Length
2150 nt
GC Content
0.4051
ACGGAACUCCCUGGGUAGGAGUUUGAAGCUUUCUUAACUCAGAAAGAAACUUCCAACACAGUUUCCCAAAGAAAAAUGGGCACCAAGGGCAAAGUAAGCAAAUUUUGAUUUAGUGGAUUUGAGGCAGGGCUUUCAUCUCUAACAAAUUCCCAAGUGAUGUGAAUAAAUGCUUGUCCGAGGACCACACUUCGAGUUGCAGAGAUGUAAAACACAUCUAUUCUCCAGCAAUUAUCUGACUCAGGUUAUUAAAUGCAAAGCAGCCAUCGCCUGGGAAGCAGGCAAGCCCCUUUGCAUUGAAGAGGUUGAAGUAGCUCCCCCCAAGGCUCAUGAAGUUCGCAUUCAGAUCAUUGCUACCUCUCUGUGCCAUACUGAUGCCACUGUUAUCGAUUCUAAAUUUGAGGGCCUAGCUUUCCCAGUGAUCGUUGGCCAUGAGGCUGCAGGUAUUGUGGAAAGUAUUGGGCCAGGAGUGACCAACGUCAAACCAGGUGACAAAGUAAUUCCACUUUAUGCACCUCUAUGUAGAAAAUGCAAGUUUUGUCUGAGUCCACUCACAAAUUUGUGUGGGAAAAUCAGUAAUCUCAAAAGUCCUGCUAGUGAUCAACAACUAAUGGAAGACAAAACCAGCAGGUUUACCUGCAAAGGAAAACCAGUUUACCAUUUCUUUGGAACCAGUACAUUCUCUCAGUACACUGUGGUGUCAGAUAUCAAUCUUGCCAAAAUAGAUGAUGAUGCAAAUUUAGAGAGAGUUUGUCUGCUUGGAUGUGGGUUUUCAACUGGCUAUGGGGCUGCAAUCAACAAUGCCAAGGUCACCCCUGGUUCGACUUGUGCUGUCUUUGGCCUAGGAGGUGUGGGUCUUUCUGCUGUAAUGGGUUGUAAAGCAGCAGGAGCUUCCAGAAUCAUAGGUAUUGACAUCAACAGUGAGAAGUUUGUGAAGGCUAAAGCCCUGGGAGCCACUGACUGCCUCAAUCCUAGAGACUUACAUAAACCGAUCCAGGAAGUUAUCAUUGAAUUGACCAAGGGAGGUGUGGAUUUUGCCCUUGACUGUGCAGGUGGAUCUGAAACCAUGAAAGCAGCCCUGGACUGUACAACCGCAGGCUGGGGAUCAUGUACUUUCAUUGGAGUAGCUGCUGGUAGCAAAGGAUUGACUAUUUUUCCAGAGGAGCUAAUAAUCGGCCGUACUAUAAAUGGAACAUUCUUUGGUGGUUGGAAAAGUGUAGAUUCUAUCCCAAAGCUGGUCACUGACUAUAAGAAUAAGAAAUUCAAUCUGGAUGCACUGGUGACCCAUACCCUGCCUUUUGACAAAAUCAGUGAGGCAUUUGACCUAAUGAACCAAGGAAAAAGCGUCCGAACAAUCCUCAUCUUUUGAAGAUGCCAGGAGCAAUUCAGAAUACUAUCUGAUUGAAUGUGAACCUGCCUGGUUAAUUUAUUACCUGAUUUGAUGAACCAAGGAAAGCCAUGAGUUUAAACAAAUAUUUACAUUUAAUAUGGGAACAUAAAAGAGCUUUAAAUAUUAUAGACUUUGUACCUGUUAUAUAUAUGAAUAUUCCCUAUGUUAAAUAAUAAUAAUAACUAGUGUUUAUGAAUAGAAUCAUAUCAUCUUUAGAAAUUGUUUAAAAUUAGUUCUGGGAAGUUGAAAGUGGGGAAUGAAGAGAUAAUAAAUAAAACUAGAUUGGCCAUAUGUUUAUAAUUUUUUUAGAUUGGGUAAUGAAUACAUGGAGUUUCAUUAUACUUUUCUCUCCACUUUUGUCUAUGUUGAAAAUUUUCUGGGAGCUAAAUGAUGAGAACACAUGGACACAUGAUGGGGAACAACACACACUGGGGCCUGUUGAGGGCAGGGAGUCGGCAGAGAGAGAGCAUCAGGAAGAAUAGCUAAUGGAUGCUGGGCUUCAUACCUGGGUGAUGAGAUGAUCUGUGCAGCAAAGCACCAUGGUACAUGUUUACCUAUGUAACAAACCUGCACAUCCUGCACAUGUACCCUGGAACUUAAUAAAAGUUGGAAAUUUUUAAAAAGAAUGAAUAAGACCUGGUAUUUGAUAGCACAACAGGGAGACUAUAGUCAACAGCAAUUUAAUUGUAUAUUUUAAUAUGACUAAAAGAGUAUAAUGGAUUGUUUGUAACACAAAUAAAUGCUUGAGGAGAUGGACACCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-583.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -627.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 688.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((.(((....(((.((((.((((((........)))))))))).))).......((((........)))).))).))))...)))...(((((((.........))))))).....(((..(((((((((..(((..((((...((.(((...((((((((.((((((((......))))).((((((.((((........(((((..(((((((..........((((((.((....(((((((((..((....(((((.....)))))..))..)))))))))....)).))).)))((((........)))).((((((((((((((((......((((..((((((.((((.....(((.((.(((((.(((((..........(((.(((((.(((((((((((((.(((((..(((.(((((((((((((.((((.(((((((.(((((..((((....))))..))(((((.((((((......))))..)))))))............(((..(((((((((((((((.(.((((....)))).))))...........))).....(((...((((........))))..))))))))))))..)))(((((.(((....))).)))))...............)))..))))))).))))..)))))).))))))).)))..(((((.(((.........))))))))..((((((((.....))))))))..((((....((.((((...)))).))....)))).............))))))))))).(((((.(((..(((((..((((((((.....(((((((.(((..(((((((((..((.....))..)))))))))((((((((..(((((((..((..(((.....)))..)).))))))).(((....))))))))))).))).)).)))))....))))))))...)))))..))).)))))...((((((((((((((((((.((.((((.((((((((..(((((.((((....((((........))))....))))((((((.((((......)))).))))))..........((((((((.((((((..(((......((((((.((.((((((((((....(((((.......((((.......))))........)))))..)))))))))))).))))))...))).))))(((((((.............((..(((((...)))))...))))))))).......((((((((((.....)))).))))))....)))))))))).)))))..)))..))))).....((((((((((...))))))..)))).((((.((((......)))))))).......)))).))))))))))))).......(((((.(((((((.((....)).)).)))))..)))))......((((((((((((((((....((((((.(((...))).)).)))).....))))................))))))))))))...((((((..((((((..(((((......))))).)))...)))..)))))).....((((((((.(((((..(((((((((((..(((((((((((...........((....((((.(((((((.((((.........)))).))))))).))))....))))))).)))))))))))))))))..)).............))).))))))))))))))).....((((....)))).))))))).........))))).)))))))).))))))).))))))).)))))))))).................))))))).)))))))))..))))).))..))))))))).)))))).(((..(((.(((((((((.......((((.......))))........))))))))).)))..)))..((((((((...))))))))..............)))..))))))))...)))))...))))(((....))).(((((((((((.((((((.(((((.......)))))..))))))))))))).))))...............))).)))))))))..)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{.,{(((((,(((.{{{(((,{,{{{(((((,.....}}})))}}})))).,}}...,...((((........)))).}}|.||}}{,,|||..{{{,,|||||{..,.{{{{.{{{{.(({{(({.,((((({{(,..,....,,.,..,{|}{||,},,,,,,|}}}}||||||{.}}}}.,,)))}|||||,,((((((.....)))))}..{||{|{||{.{{(({({.{,|||||,,{,.(((((((((..((....(((((.....)))))..))..))))))))).....,{({{{.(((((({((((((.((({.,(((((,((((((((((..{,..((,,,((((((((((,...((((((((((.({..((((........}})}.(((((((((((((((((,(((,.,((((....))))},.}}))))).)))))))..)))))).((..((((....))))..))(((((.,(((((......)))),.},)))))....,,|.....|((..(((((((((,,.(((,(.((((....})))})))}.....,,....},......{{{.,.((((........)))).,))))))))))))..))}(((((.(((....))).))))).{,,..(((......))).,,..((((.........))))}).)))))))))).{((({{(((.........)))))))},}))}....)))))))})).,}}.},.}})))))))),.}))))..,)))).))))|,{((.{{({,..{{((({,(({(...(((((.(((..{((((..{(({{{|{,,...(({((((,(((,.(((((((((..,(,...,,,..}))))))}}((((((((..(((((({,.((.,({{.....})}.,,,.))))))).(((....))))))))))).,)),})}))))),,,,))))))))...)))}}..))).)))))..,,,,{{{,{..,,|}|{({{{{{{{({,{,,|,,},,}||}}}.{((({{{{(({{,{{{...,||||{,,{{|||((((((.((((......)))).))))))....,,{,||||}},.})}}|||||}}||||{{{,.,{,(((,,((((((((((,{.,,.(((,....({.{(((,{{{....|||,..,,,,{{||||,{{||||||,,,,....,))))})))))})).,((((((({.,,,..,({,,.....|}}}..,}},,||,,..})))))))....(((((((((({((((...((((((,{((.{({..{{{.........}))..}},}},}}}......{((((((({({(((({{{(.(({(,,(({,(((((......)))))}}}..,.,..,}}},}||||||,.,|||,,.....(((((.(((((((.((....)).)).)))))..)))))......(((((((((((((({{,...{{({{{.{{....,,|,|}.}}}}.....})),,,|,.,,,,.,,.}}})),)))))))))..,}}},.,}}|}}|,||,(((({......})}}}.}}}}}})}}},..,.|||..,.((((((((.(((((.{(((((((((((..(((((((((((,,,,.,,,{{.......((((.(((((((.((({....,,,..}}}}.))))))).)))),)))).))))).))))))))))))))))).,{......,,..,.})))).)))))))).,}})},},.,,||||,,,.)}})})))))}........))))))....))))))))))))))})))))),)).....))),)).)))}}}}}}},,,,),},)))}}})))})}},})}})}}}},.})))}))}}||||}}....|,,(((.(((((((((.{{,..,{|||.......}}}),,,..,},))))))))).))),,{{{..,{{|||||...,}||||}}..,}},,,......)))))))))))))}).))),....))))).})}}.,))}||{(((((((,{((((((.(((((.......)))))..))))))))))))))||||...,}},,,,,.})))}},)))))}}},..,}),.
Back