Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001306172.2
Sequence Length
2142 nt
GC Content
0.4052
ACGGAACUCCCUGGGUAGGAGUUUGAAGCUUUCUUAACUCAGAAAGAAACUUCCAACACAGUUUCCCAAAGAAAAAUGGGCACCAAGGGCAAAAUUUUGAUUUAGUGGAUUUGAGGCAGGGCUUUCAUCUCUAACAAAUUCCCAAGUGAUGUGAAUAAAUGCUUGUCCGAGGACCACACUUCGAGUUGCAGAGAUGUAAAACACAUCUAUUCUCCAGCAAUUAUCUGACUCAGGUUAUUAAAUGCAAAGCAGCCAUCGCCUGGGAAGCAGGCAAGCCCCUUUGCAUUGAAGAGGUUGAAGUAGCUCCCCCCAAGGCUCAUGAAGUUCGCAUUCAGAUCAUUGCUACCUCUCUGUGCCAUACUGAUGCCACUGUUAUCGAUUCUAAAUUUGAGGGCCUAGCUUUCCCAGUGAUCGUUGGCCAUGAGGCUGCAGGUAUUGUGGAAAGUAUUGGGCCAGGAGUGACCAACGUCAAACCAGGUGACAAAGUAAUUCCACUUUAUGCACCUCUAUGUAGAAAAUGCAAGUUUUGUCUGAGUCCACUCACAAAUUUGUGUGGGAAAAUCAGUAAUCUCAAAAGUCCUGCUAGUGAUCAACAACUAAUGGAAGACAAAACCAGCAGGUUUACCUGCAAAGGAAAACCAGUUUACCAUUUCUUUGGAACCAGUACAUUCUCUCAGUACACUGUGGUGUCAGAUAUCAAUCUUGCCAAAAUAGAUGAUGAUGCAAAUUUAGAGAGAGUUUGUCUGCUUGGAUGUGGGUUUUCAACUGGCUAUGGGGCUGCAAUCAACAAUGCCAAGGUCACCCCUGGUUCGACUUGUGCUGUCUUUGGCCUAGGAGGUGUGGGUCUUUCUGCUGUAAUGGGUUGUAAAGCAGCAGGAGCUUCCAGAAUCAUAGGUAUUGACAUCAACAGUGAGAAGUUUGUGAAGGCUAAAGCCCUGGGAGCCACUGACUGCCUCAAUCCUAGAGACUUACAUAAACCGAUCCAGGAAGUUAUCAUUGAAUUGACCAAGGGAGGUGUGGAUUUUGCCCUUGACUGUGCAGGUGGAUCUGAAACCAUGAAAGCAGCCCUGGACUGUACAACCGCAGGCUGGGGAUCAUGUACUUUCAUUGGAGUAGCUGCUGGUAGCAAAGGAUUGACUAUUUUUCCAGAGGAGCUAAUAAUCGGCCGUACUAUAAAUGGAACAUUCUUUGGUGGUUGGAAAAGUGUAGAUUCUAUCCCAAAGCUGGUCACUGACUAUAAGAAUAAGAAAUUCAAUCUGGAUGCACUGGUGACCCAUACCCUGCCUUUUGACAAAAUCAGUGAGGCAUUUGACCUAAUGAACCAAGGAAAAAGCGUCCGAACAAUCCUCAUCUUUUGAAGAUGCCAGGAGCAAUUCAGAAUACUAUCUGAUUGAAUGUGAACCUGCCUGGUUAAUUUAUUACCUGAUUUGAUGAACCAAGGAAAGCCAUGAGUUUAAACAAAUAUUUACAUUUAAUAUGGGAACAUAAAAGAGCUUUAAAUAUUAUAGACUUUGUACCUGUUAUAUAUAUGAAUAUUCCCUAUGUUAAAUAAUAAUAAUAACUAGUGUUUAUGAAUAGAAUCAUAUCAUCUUUAGAAAUUGUUUAAAAUUAGUUCUGGGAAGUUGAAAGUGGGGAAUGAAGAGAUAAUAAAUAAAACUAGAUUGGCCAUAUGUUUAUAAUUUUUUUAGAUUGGGUAAUGAAUACAUGGAGUUUCAUUAUACUUUUCUCUCCACUUUUGUCUAUGUUGAAAAUUUUCUGGGAGCUAAAUGAUGAGAACACAUGGACACAUGAUGGGGAACAACACACACUGGGGCCUGUUGAGGGCAGGGAGUCGGCAGAGAGAGAGCAUCAGGAAGAAUAGCUAAUGGAUGCUGGGCUUCAUACCUGGGUGAUGAGAUGAUCUGUGCAGCAAAGCACCAUGGUACAUGUUUACCUAUGUAACAAACCUGCACAUCCUGCACAUGUACCCUGGAACUUAAUAAAAGUUGGAAAUUUUUAAAAAGAAUGAAUAAGACCUGGUAUUUGAUAGCACAACAGGGAGACUAUAGUCAACAGCAAUUUAAUUGUAUAUUUUAAUAUGACUAAAAGAGUAUAAUGGAUUGUUUGUAACACAAAUAAAUGCUUGAGGAGAUGGACACCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-581.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -626.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 703.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((.......)))))))((((.((((((........)))))))))).....(((..(((((((..(((((..((.(....)))...)))))..))).).))).))).....(((..(((((((((..(((..((((...((.(((...((((((((.((((((((......))))).((((((.((((........(((((..(((((((..........((((((.((....(((((((((..((....(((((.....)))))..))..)))))))))....)).))).)))((((........)))).((((((((((((((((......((((..((((((.((((.....(((.((.(((((.(((((..........(((.(((((.(((((((((((((.(((((..(((.(((((((((((((.((((.(((((((.(((((..((((....))))..))(((((.((((((......))))..)))))))............(((..(((((((((((((((.(.((((....)))).))))...........))).....(((...((((........))))..))))))))))))..)))(((((.(((....))).)))))...............)))..))))))).))))..)))))).))))))).)))..(((((.(((.........))))))))..((((((((.....))))))))..((((....((.((((...)))).))....)))).............))))))))))).(((((.(((..(((((..((((((((.....(((((((.(((..(((((((((..((.....))..)))))))))((((((((..(((((((..((..(((.....)))..)).))))))).(((....))))))))))).))).)).)))))....))))))))...)))))..))).)))))...((((((((((((((((((.((.((((.((((((((..(((((.((((....((((........))))....))))((((((.((((......)))).))))))..........((((((((.((((((..(((......((((((.((.((((((((((....(((((.......((((.......))))........)))))..)))))))))))).))))))...))).))))(((((((.............((..(((((...)))))...))))))))).......((((((((((.....)))).))))))....)))))))))).)))))..)))..))))).....((((((((((...))))))..)))).((((.((((......)))))))).......)))).))))))))))))).......(((((.(((((((.((....)).)).)))))..)))))......((((((((((((((((....((((((.(((...))).)).)))).....))))................))))))))))))...((((((..((((((..(((((......))))).)))...)))..)))))).....((((((((.(((((..(((((((((((..(((((((((((...........((....((((.(((((((.((((.........)))).))))))).))))....))))))).)))))))))))))))))..)).............))).))))))))))))))).....((((....)))).))))))).........))))).)))))))).))))))).))))))).)))))))))).................))))))).)))))))))..))))).))..))))))))).)))))).(((..(((.(((((((((.......((((.......))))........))))))))).)))..)))..((((((((...))))))))..............)))..))))))))...)))))...))))(((....))).(((((((((((.((((((.(((((.......)))))..))))))))))))).))))...............))).)))))))))..)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{..{((({{{{({.{{{(({{{,{{{(((((,.....}}})))}}})}}).,,|..,|,,,((((........)))}.,|{,{{||{{{,,||||{,,,|.{{((,{{{{,(({{(({,,((((({{({..,,,..,,,{..,{||{||,,,,,,,,|}}}}||||||{.||||,}}}}}|((((|{{((((((.....)))))}..|||,|||||,{,{({({.{,|||||,,{,.(((((((((..((....(((((.....)))))..))..)))))))))......(((({.((((({{{(((((.((({.,(((((,((((((((((..{,..((,,,((((((((((,...((((((((((.({..((((........)))).(((((((((((((((((,(((,.,((((....))))},.}}))))).)))))))..)))))).((..((((....))))..))(((((.,(((((......)))),.},)))))....,,|.....|((..(((((((((,,.(((,(.((((....})))})))}.....,,....},......{{{.,.((((........)))).,))))))))))))..))}(((((.(((....))).))))).{,,..(((......))).,,..((((.........))))}).)))))))))).{((({{(((.........)))))))},}))}....)))))))})).,}}.},.}})))))))),.}))))..,)))).))))|,|{{.,||||..,{((({,(({{...(((((.{((..{(({(..{{{{{{||,,...(({((((,(((,.(((((((((..,(.....,,..)))))))}}((((((((..(((((({,.{(.,{{{.....})).,,,.))))))).(((....))))))))))).,)),})}))))),,,,))))))))...)))}}..))).)))))..,,,,{{{,,..,,|}}|({,{{|{|{|,||||}}}},}}}}}}.{(({{{{{((,{,{{{...,||||{,,{{{{|((((((.((((......)))).))))))....,,{,||||}},.})}}|||||}}||||{{{,.,{,(((,,({((((((((,{.,,.(((,....({.{(((,{{{....|||,..,,,,{{||||,{{||||||,,,,....,))))}}))))})).,((((((({.,,,..,{{,,.....|}}|..,}},|||,,.,|}))))))....(((((((((({((((...((((((,{((.{({..{{{.........}))..}},}},}}}......{((((((({({(((({{{(.((((,,(({,(((((......)))))}}}..,.,..,}}},}||||||,.,|||,,,....(((((.(((((((.((....)).)).)))))..)))))......(((((((((((((({{,...{{({{{.{{....,,|,|}.}}}}.....})),,,|,.,,,,.,,.}}})),)))))))))..,}}},.,}}|}}|,||,(((({......})}}}.}}}}}})))},..,.|||..,.((((((((.(((((.{(((((((((((..(((((((((((,,,,.,,,{{.......((((.(((((((.((({....,,,..}}}}.))))))).)))),)))).))))).))))))))))))))))).,{......,,..,.})))).)))))))).,}})},},.,,||||,,,.)}})})))))}........))))))....))))))))))))))})))))),)).....))),)).)))}}}}}}},,,.},}}}})}}}})}}}}},}}}|)}|||,.})))}))}}||||}}....|,,{((.(((((((({.||,..,{|||.......})}),,,..,},))))))))).))).,{{{..,{{|||||...,}||||},..,}}.,,......))))})))))))),}.))}.....))))},|}}}.,))}||{(((((((,{((((((.(((((.......)))))..))))))))))))))||||...,}},,,,,.})))}),)))))}}},..,}),.
Back