Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001308398.2

Sequence Length

2248 nt

GC Content

0.5227

AGAGGGAGGAAGGACAGCAGACCAGACAGUCACAGCAGCCUUGACAAAACGUUCCUGGAACUCAAGCUCUUCUCCACAGAGGAGGACAGAGCAGACAGCAGAGACCAUGGAGUCUCCCUCGGCCCCUCCCCACAGAUGGUGCAUCCCCUGGCAGAGGCUCCUGCUCACAGCCUCACUUCUAACCUUCUGGAACCCGCCCACCACUGCCAAGCUCACUAUUGAAUCCACGCCGUUCAAUGUCGCAGAGGGGAAGGAGGUGCUUCUACUUGUCCACAAUCUGCCCCAGCAUCUUUUUGGCUACAGCUGGUACAAAGGUGAAAGAGUGGAUGGCAACCGUCAAAUUAUAGGAUAUGUAAUAGGAACUCAACAAGCUACCCCAGGGCCCGCAUACAGUGGUCGAGAGAUAAUAUACCCCAAUGCAUCCCUGCUGAUCCAGAACAUCAUCCAGAAUGACACAGGAUUCUACACCCUACACGUCAUAAAGUCAGAUCUUGUGAAUGAAGAAGCAACUGGCCAGUUCCGGGUAUACCCGGAGCUGCCCAAGCCCUCCAUCUCCAGCAACAACUCCAAACCCGUGGAGGACAAGGAUGCUGUGGCCUUCACCUGUGAACCUGAGACUCAGGACGCAACCUACCUGUGGUGGGUAAACAAUCAGAGCCUCCCGGUCAGUCCCAGGCUGCAGCUGUCCAAUGGCAACAGGACCCUCACUCUAUUCAAUGUCACAAGAAAUGACACAGCAAGCUACAAAUGUGAAACCCAGAACCCAGUGAGUGCCAGGCGCAGUGAUUCAGUCAUCCUGAAUGUCCUCUAUGGCCCGGAUGCCCCCACCAUUUCCCCUCUAAACACAUCUUACAGAUCAGGGGAAAAUCUGAACCUCUCCUGCCACGCAGCCUCUAACCCACCUGCACAGUACUCUUGGUUUGUCAAUGGGACUUUCCAGCAAUCCACCCAAGAGCUCUUUAUCCCCAACAUCACUGUGAAUAAUAGUGGAUCCUAUACGUGCCAAGCCCAUAACUCAGACACUGGCCUCAAUAGGACCACAGUCACGACGAUCACAGUCUAUGAGCCACCCAAACCCUUCAUCACCAGCAACAACUCCAACCCCGUGGAGGAUGAGGAUGCUGUAGCCUUAACCUGUGAACCUGAGAUUCAGAACACAACCUACCUGUGGUGGGUAAAUAAUCAGAGCCUCCCGGUCAGUCCCAGGCUGCAGCUGUCCAAUGACAACAGGACCCUCACUCUACUCAGUGUCACAAGGAAUGAUGUAGGACCCUAUGAGUGUGGAAUCCAGAACGAAUUAAGUGUUGACCACAGCGACCCAGUCAUCCUGAAUGUCCUCUAUGGCCCAGACGACCCCACCAUUUCCCCCUCAUACACCUAUUACCGUCCAGGGGUGAACCUCAGCCUCUCCUGCCAUGCAGCCUCUAACCCACCUGCACAGUAUUCUUGGCUGAUUGAUGGGAACAUCCAGCAACACACACAAGAGCUCUUUAUCUCCAACAUCACUGAGAAGAACAGCGGACUCUAUACCUGCCAGGCCAAUAACUCAGCCAGUGGCCACAGCAGGACUACAGUCAAGACAAUCACAGUCUCUGCGGAGCUGCCCAAGCCCUCCAUCUCCAGCAACAACUCCAAACCCGUGGAGGACAAGGAUGCUGUGGCCUUCACCUGUGAACCUGAGGCUCAGAACACAACCUACCUGUGGUGGGUAAAUGGUCAGAGCCUCCCAGUCAGUCCCAGGCUGCAGCUGUCCAAUGGCAACAGGACCCUCACUCUAUUCAAUGUCACAAGAAAUGACGCAAGAGCCUAUGUAUGUGGAAUCCAGAACUCAGUGAGUGCAAACCGCAGUGACCCAGUCACCCUGGAUGUCCUCUAUGGGCCGGACACCCCCAUCAUUUCCCCCCCAGACUCGUCUUACCUUUCGGGAGCGAACCUCAACCUCUCCUGCCACUCGGCCUCUAACCCAUCCCCGCAGUAUUCUUGGCGUAUCAAUGGGAUACCGCAGCAACACACACAAGUUCUCUUUAUCGCCAAAAUCACGCCAAAUAAUAACGGGACCUAUGCCUGUUUUGUCUCUAACUUGGCUACUGGCCGCAAUAAUUCCAUAGUCAAGAGCAUCACAGUCUCUGCAUCUGGAACUUCUCCUGGUCUCUCAGCUGGGGCCACUGUCGGCAUCAUGAUUGGAGUGCUGGUUGGGGUUGCUCUGAUAUAGCAGCCCUGGUGUAGUUUCUUCAUUUCAGGAAGACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-667.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -705.46

Frequency: 0.0000

Diversity: 509.87

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((.(((((((((.(((....(((.(((.(..(((((((((.....((((((((((......((((((((((.....)))))..)))))...((((((.((.(((((.((.((.(((((((.((...........((((...((((((..((((((.........)))))).(((((..(((((((((....((........)).........((((((((.......)))))))))).)))))))..))))).(((((((((((...(((....((..(((((...............)))))..))...)))...))))))).))))....((..((((((.....))))))..))...............))))))...))))..)).))))))).))......)).)).)))..)).)))))).)))))....((((.....))))....(((((((((((.(.....(((.....((((..(((((((((((.((..((...(((.((((((((((....)))))))))).))).)).)).))).....(((.....(((....(((((((((((((((((((((.((......))((((..(((((...))))).))))(((((((...)))))))..........(((((...((.....)).)))))...(((((((..(((((........((((((...(((....(((((........................)))))......)))...))))))))))))).)))))....))).))))))...))))))))))))...))))))........((((((((....................))))))))...........(((((....((((............))))..((..(((((((........((((....)))).........)))))))..))..........(((.((((((.......((((.((((((....((((..................))))....)))))))))).(((.....)))))))))..))).............(((((((...........(((((......))))))))))))..((((((((((....(((...(((.(((.(((.((.....(((((((...)))))))......)).))).)))..))))))....))))))))))((((....)))).)))))....((((......))))))))))))..))))....))).....).))))))))))).)))))..))))).))))......).)))...)))...)))..))))))..((((..............)))).)))))))).((((((.......(((..((((.(((..((((((.....(((..(((((............)))))..))).....)))))).(((((((....(((................(((.(((.((((..........)))).))).))).((((.((..(((((..(((((.............)))))...)))))..)).)))).((((.......)))).(((((((.((...........)).)))).)))...........(((((((((((((.((((((((((((((.......(((....(((((((.((.((..(((((((...)))))))...)).)).)))))))....))).....)))))))))).))))........((((...((((((...(((....(((((....(((..((....)).)))...)))))......)))...))))))(((.....)))(((((...)))))))))..)))))))))))))..)))....))))))).))).))))..))).............((((((.(.........).)))))).((.(((((((((((..(((..(((((((....(((((((.....(((((((..(.((.(((........))))))..)))).))).....)))))))........((((((.((((((((..((.((((....((((((.(((...........)))))))))))))))..)))).....))))..))......))))((((((......)))))))))).)))....))).)))))).))))).))((((((((.......)))))))).))))))...(((((.......)))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.({(((,((((((((({(,({{..,,,.|||...((((((({(({....{(((((((((......((((((((((.....)))))..})))).,.((((((.((.(((((.((,((.(((((((.{{...,.....,||(((...((((((..((((((.........)))))).,((((..((((((({{,...,{.......,||...,.....,(((((((.......))))))))),.)))))))..))))|{(((((((((((...(((....((..(((((........,......)))))..))...)))...))))))).)))}.}},{(..((((((.....))))))..)}.,.............))))))...)))}..}).))))))),))......,}.)),,))..)).)))))).))}}}....{{,|.,,,.}}},....(((((((((((.(.....(((.....((((..((((((((,((.{(..((...(((.((((((((((....)))))))))).))).)).}}.}}}.....{{{.....(((....((((((((((({,((((((((((({{{....,((((..(({((,.{||}||.,}},(((((((...))))))).......,.}||{||,..||}},,..,.)))))})})}.||||..{(({,.,.{{.,.((((((...{{(..,{((({{.....}}}},.......,......})))}......}}}...))))))}}})}}},}}}|}|{{{|||.,},,))},,))))))))))))...)))}}}...,....((((((((........,,,,...}}},.))))))))...,}..,{{{{(((,{{{{((((............))))..{(..(((((((.,,{,...((({....}))),,,,...,.)))))))..}}..............{((((({......((((.((((((..,.((((.............,....))))....)))))))))).,{{..,,,,,}}}}})),.,||{,...........,|||||,...........,,,,,.....})))))))}))))..((((((((((....{((.,.(((.(((.(((.((.....(((((((...)))))))......)).))).)))..))))))....)))))))))),((({...},,,.,,)))}...((((......))))))))))))..)))).,,.))).....}.))))))))))).}}}}}......|{{,,{.{{{((({{{{...}}}{{{||,..(((({{({((((..,,{..,.......,..{{{{{{{{...{{.,........||..})))).}}}..((((((.....(((..(((((............)))))..))).....)))))).{({((({....|||..,.............(((.(((.((((..........)))).))).))).((((.((..(((((..(((((.............)))))...)))))..)).)))).((((.......)))).{({((((,({.....,,....},.}}}).))}............||||||||||||}|||||||||||,|,.}}}.,,{{{....(((((((.({.({..(((((((...)))))))...)).)).)))))))....))))},..))))))),))}))))..,{,...||{{,,,,,{{({|{,,{{.,{((((,,.,,,,|||,|...,.|{({{{{...|,||{{{{{{{.|{{,.||}}}{((.....))}(((((...))))).))))}),))),)))))))).||,....})),))),))).,}}|,,|,,..{,,,,.,,...,{((((.(,........}.}}}}}{{(...,|||,,,,,.......((((,,,({{,.(((((((.....(((((((..(.((.(((........))))))..)))).))).....))))))),,},,,.}}|}....,{({((((..((.(({,...,((((((.(((...........)))))))))))))))..)))).....))}}..||{.....,}}{(({{{{......))))))),}),,))}},.,})}})))))})}}))}}|((((((((.......))))))))))}))},,}}}}}}}..,,,||}},},}..