Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001308467.3
Sequence Length
4869 nt
GC Content
0.4134
GAAAUGAGCAACCUGAAUUACUCGGAGGAGAAAGGCAGGAGAGAUAGAGGCAGCAGAAGCCAGGGCAGCUGAAAGACAGAGACCUUCAGUCUGAACCAACAACAAGCAAAGUUAAAUUAUGGAUAUCCAAGGGAGUCUAUAGAAGGUCCAUGCAAGACAUUUUGACUACUUGUCUGAACUAGAUAUCCCUUGAAUGUGCACACAAAAAGUGAAUGGGUCAUUUGAUAAGAGCCCAAGACCACCAGAAACCCUCCUGUAAUGGAACAAGUUGGCUUUAUUACUAAUUGCAACAAGGCUUUUGAAAGCCUUCUGUCAUCUUCCUGGGGAUCACCUCUUCAGGUGUACAGAGACAGCAUAGGGAAAACUAGGUUCCAAGAUGGCUGAAUAGGAAGAGCUCCAAUCUGCAGAUCCCAGUGUGAGCAACGUGGAAGACGGGUGAUUUCUGCAUUUCCAACUGAGCAUGGAGAGAAAAUUUAUGUCCUUGCAACCAUCCAUCUCCGUAUCAGAAAUGGAACCAAAUGGCACCUUCAGCAAUAACAACAGCAGGAACUGCACAAUUGAAAACUUCAAGAGAGAAUUUUUCCCAAUUGUAUAUCUGAUAAUAUUUUUCUGGGGAGUCUUGGGAAAUGGGUUGUCCAUAUAUGUUUUCCUGCAGCCUUAUAAGAAGUCCACAUCUGUGAACGUUUUCAUGCUAAAUCUGGCCAUUUCAGAUCUCCUGUUCAUAAGCACGCUUCCCUUCAGGGCUGACUAUUAUCUUAGAGGCUCCAAUUGGAUAUUUGGAGACCUGGCCUGCAGGAUUAUGUCUUAUUCCUUGUAUGUCAACAUGUACAGCAGUAUUUAUUUCCUGACCGUGCUGAGUGUUGUGCGUUUCCUGGCAAUGGUUCACCCCUUUCGGCUUCUGCAUGUCACCAGCAUCAGGAGUGCCUGGAUCCUCUGUGGGAUCAUAUGGAUCCUUAUCAUGGCUUCCUCAAUAAUGCUCCUGGACAGUGGCUCUGAGCAGAACGGCAGUGUCACAUCAUGCUUAGAGCUGAAUCUCUAUAAAAUUGCUAAGCUGCAGACCAUGAACUAUAUUGCCUUGGUGGUGGGCUGCCUGCUGCCAUUUUUCACACUCAGCAUCUGUUAUCUGCUGAUCAUUCGGGUUCUGUUAAAAGUGGAGGUCCCAGAAUCGGGGCUGCGGGUUUCUCACAGGAAGGCACUGACCACCAUCAUCAUCACCUUGAUCAUCUUCUUCUUGUGUUUCCUGCCCUAUCACACACUGAGGACCGUCCACUUGACGACAUGGAAAGUGGGUUUAUGCAAAGACAGACUGCAUAAAGCUUUGGUUAUCACACUGGCCUUGGCAGCAGCCAAUGCCUGCUUCAAUCCUCUGCUCUAUUACUUUGCUGGGGAGAAUUUUAAGGACAGACUAAAGUCUGCACUCAGAAAAGGCCAUCCACAGAAGGCAAAGACAAAGUGUGUUUUCCCUGUUAGUGUGUGGUUGAGAAAGGAAACAAGAGUAUAAGGAGCUCUUAGAUGAGACCUGUUCUUGUAUCCUUGUGUCCAUCUUCAUUCACUCAUAGUCUCCAAAUGACUUUGUAUUUACAUCACUCCCAACAAAUGUUGAUUCUUAAUAUUUAGUUGACCAUUACUUUUGUUAAUAAGACCUACUUCAAAAAUUUUAUUCAGUGUAUUUUCAGUUGUUGAGUCUUAAUGAGGGAUACAGGAGGAAAAAUCCCUACUAGAGUCCUGUGGGCUGAAAUAUCAGACUGGGAAAAAAUGCAAAGCACAUUGGAUCCUACUUUUCUUCAGAUAUUGAACCAGAUCUCUGGCCCAUCAGGCUUUCUAAAUUCUUCAAAAGAGCCACAACUUCCCCAGCUUCUCCAGCUCCCCUGUCCUCUUCAAUCCCUUGAGAUAUAGCCAACUAACGACGCUACUGGAAGCCCCAGAGCAGAAAAGAAGCACAUCCUAAGAUUCAGGGAAAGACUAACUGUGAAAAGGAAGGCUGUCCUAUAACAAAGCAGCAUCAAGUCCCAAGUAAGGACAGUGAGAGAAAAGGGGGAGAAGGAUUGGAGCAAAAGAGAACUGGCAAUAAGUAGGGGAAGGAAGAAUUUCAUUUUGCAUUGGGAGAGAGGUUCUAACACACUGAAGGCAACCCUAUUUCUACUGUUUCUCUCUUGCCAGGGUAUUAGGAAGGACAGGAAAAGUAGGAGGAGGAUCUGGGGCAUUGCCCUAGGAAAUGAAAGAAUUGUGUAUAGAAUGGAAGGGGGAUCAUCAAGGACAUGUAUCUCAAAUUUUCUUUGAGAUGCAGGUUAGUUGACCUUGCUGCAGUUCUCCUUCCCAUUAAUUCAUUGGGAUGGAAGCCAAAAAUAAAAGAGGUGCCUCUGAGGAUUAGGGUUGAGCACUCAAGGGAAAGAUGGAGUAGAGGGCAAAUAGCAAAAGUUGUUGCACUCCUGAAAUUCUAUUAACAUUUCCGCAGAAGAUGAGUAGGGAGAUGCUGCCUUCCCUUUUGAGAUAGUGUAGAAAAACACUAGAUAGUGUGAGAGGUUCCUUUCUGUCCACUGAAACAAGGCUAAGGAUACUACCAACUACUAUCACCAUGACCAUUGUACUGACAACAAUUGAAUGCAGUCUCCCUGCAGGGCAGAUUAUGCCAGGCACUUUACAUUUGUUGAUCCCAUUUGACAUUCACACCAAAGCUCUGAGUUCCAUUUUACAGCUGAAGAAAUUGAAGCUUAGAGAAAUUAAGAAGCUUGUUUAAGUUUACACAGCUAGUAAGAGUUUUAAAAAUCUCUGUGCAGAAGUGUUGGCUGGGUGCUCUCCCCACCACUACCCUUGUAAACUUCCAGGAAGAUUGGUUGAAAGUCUGAAUAAAAGCUGUCCUUUCCUACCAAUUUCCUCCCCCUCCUCACUCUCACAAGAAAACCAAAAGUUUCUCUUCAGAGUUGUUGACUCAUAGUACAGUAAAGGGUGGAGGUGAUAUGGCAUUCUGAAAGUAGGGAGGGACUAAGUCAGUCAUCAUACUAAACAAAAAUCCCAGUACCCUUUCCUUAUUUAGCUACCAGAAUGAUGACAGACAGACUCAAACCCUGUCAAGACAGGACCCUGGAGGAUCCUCCUAUGGGGAAACUGCAUAAUCUGAAAAAAAGGCUGACAGAUACAAAUAGUUGAGGAUCCUUCAACACAAAAGCUGCGUGUCUGCCCUAUUACUCACCUGACGAUGAAGCCCACAAUGCAACAAAUCCCUUCCACUCACAGCAUUUGGUCAACCUGUCAGAGCCUCAUUCUUAAUUAUGAAAAGUAGUCAAUGAACACAAUACAUUUGAGGGAAAGGCCGUAACAUGAAAGGCACCAACAAAUAAAUGUGAGAGUAGAUAGAGACCUUUUGAGUAUAAAAGAUCCUCCAAAAUAAGAGAUUAAACCAAGAUAGAGGAAAACACAGUAGCUGGGAAACAAGGAAUCCAACGCAGGAGAAAGUGAAGAGAAUUCCCAGGAUGUUGGUGUGUAGCAGGCUUAGAAAGCAAGUCAUUCAUGUUGGAGCAGGACUCUUAAAGGACUCUAGGAGAGAUGUCUCCCAGAAAAAGAAGAAAUUAAUUGAUUCAUACACAUUGAGAGGGAUUUAGAUUUCUCUUGCAGAGAUUGAGAUAAACUAGUCGUAAAUACAUAGAAAAAUAAGCAAGUAAAAACGCAAUACAGUUUUUAAGUGCUAGAGGAAAAGAAACUUUUGUAUUAGAGAGGAAAUAUAACCACAGUACACUACAUGGCUCAGCUGUGAAUAAUAUUUACAUAGAGGAUAAUGUGAAUAUAAUAGUCUCCCAUUAUCUGUGGUUUUGCUUUCUGCAGUUCAGUUACAGCCAGCCAGUCUGAAAAUAUUAAAUGGAAAAUUCCAGAAAUAAUUCUUAAGUUUUAAAACAUGUGCUGUUUUGAGUAGCAUGUUGAAAUCUCGCACUAUCACCCUCCACCCAUGUUCUGGGCAGGGCAAAGUGGGAUGGUGUGAGAUUUCUCCAGUGGAUCCACAAUGUAUAUGCUACCCACCCAUGAGUCACUUAGUCAUCAUCCAGUUGCUCAGAUCAACUGUUGUGGUAUAACAGUGCUUGUGUUAAAGUCACUCUUAUUUUACUUACUAAUGUCCCCAAAGCAUAAGAGUAGUGAUGCUGGCAAAUAAGAUACACCAAAGAGAAGCUGUAAAGUGCUUCCUCUAACAGAAAAUGUGAAAGUUCUUGACUUAAUAAGGAAAGAAAAAAAACACAUGCUGAAGUUGCUAAGAUCUACAGUAAGAACAAAUCCAUCUGUAAAAUUGUGAAGAAGGCAAAAGAAAUUUGUGCUAGUUUUGCUGUUGCACCACAAGCUGCAAAAAUUAUUUAUUACACCCCACGGUGUGUGAUAAACACUUAGUUAAGAUGAAAAGGUAUUAAAUUUGUGGGUGGAAGACAUGAACAGAAAUGUGUUCCAAUUGACAGCAAUCGGGUUUGGUACUAUUUGGGUUUGGUGCUAUUCGUAUUCAGGGUCUUGGAAUGCAACUCCCACAGAUAAGGGGGUGCUGCUGGAGUGAAAUACUGUGAUAUAACCUUUUUUUCAGGAAAUGAAGGGAGAAGAUGUGUACGUGUGUGGGAGAGGUAUAAGAGACCUAGGUUGCCAUAUUCUAUCACAGAAAAUGCAUAAUAACUAAAUCUGGAAAAUGAUGAAUAGCUGUACAACCAUAUUAUUUAGCAAUAGGAGGUAAAUACAGGUAGAAGCAGAAGAAAGAAUGGGCAGGGGUUACCUCUAUGGAGAAGCUGGGGUGGGAGGAUAGGGUGGGGACUUAUUUUACGAACUGUGUAAUUGCCUAACUUGUGAAUAUGUAUUUCUGAAGUAAAAUAAAAAUUAAGUUAAAAUUAAAUUUUAAAAUUCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1357.85 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1450.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 1256.27
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.............((((((.(((....))).....((((((((((((((((..((((((((.((.((((((((.(........)))))).)))..))......................((.((((.(((((((((((......(((.((.(((((............))))).)).))))))).))))))).)))).))(((.....)))..(((((..((....))..)))))...(((.(((........)))...))).....((((...(((....)))...))))..))))))))...))).)))))).)).)))))((.....)).(((((((.(((((...((((..((((.((.((..(((((.((((((((((..((((((((((((((..(((.......))))).))))..(((.....)))((((.....((...(((((.((((..(((((((.........(((....)))........))))))).))))...))))).)).....))))................((((...))))(((((((((((.(((......))).)))))..))))))......((((((...(((((.(((...))).)))))...))))))........))))))))))))).........((.(((....))).))((((((((.(((..(((..(((((((((.(((((....(((..(((((((((((((((...(((((((((((((((.(((((((((........)))))).)))...((((((((....((((.((((((((((((((((.(((..((((((...........((((.(((((((((((............((((((((((((....(((((((((..(((((((...(((((.(((((.(((.((((((..((((....)))).)))))).......)))))))).....)))))....))))..(((((((((((((..(((...)))...)).)))))))))))...............))).)))))).)))...))))))))..)))).((((((((((...))))))))))......)))))))))))..)))).))))))..)))..((((((((((..(((((((((((((((.....(((..(((((.....((((((((((...(((.........(((......))))))...))))))))))...))))))))........))).))))).)))))))..(((((((((....((.((((((((.........)))))))).))...((((.(((((((((.(((((....))))).)))........(((((.((...........)).)))))...((((.((..(((((....)))))..)).))))...(((.((....)).)))........(.(((((((((((((((.(((.((((.((((...(((.(((((.(((((((((((((......))).)...))))))))).))))).)))...)))).)))).)))((((.......)))).(.(((((((.((((((((..(((((((((.(((..........((((((...(((((((..((((((((.............................(((((((((((.(((((((.((((((...(((.((.....((((((((......(((((((((((....))))..(((((...((((.......))))...)))))....(((((((.....(((((...(((((..((((....((.....(((((((((.............(((((((.((((((((..(((((((...((((((..(((((((.(((.(((....))).....(((.((((.....)))))))............(.((((....((((.((.........)).)))).)))).)(((((...........))))).....))).))))...)))..).)))))....)))))))..)))..)))))........(((.......))).))))))))))))))))......))..)))))))))))))).......)))))))....(((.((((((((.(((((.((((.((.........)).)))).))))).)))))))).)))..(((((((...))))))).............(((..(((((((.((((((((((((.(((((((.(((((((((((.....))))))))))).)).......))))).))..))))))))))(((((..(((.(((((.((..((((.........((((....)))).........))))...))))))).)))..)))))....(((.((((.((((....)))))))).))).....)))))))..)))..)))))))......))))))))....)).))))))))))))))))(((((......))))).(((((((((..((..(((((...(((...........))).)))))..))..))..)))))))...................))))))))))).((((.....))))(((((((((.(((((((((..........((((((......))))))((((.(((((..((((((((((.(((((.........))))).).))))))))).........(((((((........))).))))....((((..........)))).(((((..(((.(((.((((.......))))))).)))..)))))..((((...)))).))))))))).)))))......(((((((((((((((((((((.(((((((((....(((((...((((((((.....)))).)))).)))))((((((((...))).))))).)))).))))).))).)))...........)))))))))))...(((.((((((((.((......................................)).)))))))).)))..........(((((....)))))....((((((((((((((((..(....(((((...(((.......))).)).)))...)..))))..)))))))))))).......))))))))))))))))).........((((((.(((...(((.(((((.....................)))))))))))...))))))........)))).))))..))))))))))))))))))....))))))).))))...(((...........)))..............))))..))))))).)((.((((((....)))))).))(((........)))..........))))).)))))))))).)..(((((((.((.....(((......))).....)).......)))))))......)))))))))).(((((.......))))).))))))))).)))))))))).........(((.(((((....))))).)))...............))))..)))))).......))))))..))))...))))))))....))))))))..)))))...................((((..(((((((........)))))))..)))).(((((((((...(((((......)))))..........(((((((((((.((((((...))))))....((((((((((........))))))))))..(((((((((.((((((((((...(((.....)))((((((((.(((.(.....).)))....((((...((((....))))..))))...........((((((((.....))))))))(((((((((.((((((((((((((((.((((...(((.((((...)))))))...)).))))))))))))))))))....(((....))).....)))))))))((((((((((((.((((..((((((((...((((.(((((((((((((((...))))))))((((......)))).(((((((((((....((....)).....))).))))))))..)))).)))))))....))).......((((((((........)))).))))..(((...(((((....(((((..(((...)))..)))))......))))).))).....((((((...(((((...((.....))...)))))...((((.......))))......((((((((.((..(((....)))..)).))).))))).....((((((((((((...)).))))))))))..))))))...)))))..)))).....))))))))))))..))).))))).((..((((((((((..(((...((((((((..(((((((........)))))))))))).)))....)))))))))))))..))))))))))))))))).))))....))))...))))))).......))))))))).))...))))))))..)).)))))..)))......(((((((......((((...(((((.((((((.((.((((..................)))).....((.....((.(((((..(((...(((((....)))))..)))...))))).))....))...)).))))))))))))))))))))))..)))))..)))))))))..)))))).))))))))..)))))..)))))..))..)).))))..)))).....))))).))))))).....(((((.((((.......)))).))))).))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{.((((({{((,.(,.{{(,,,,||}.,|,,||||(((({((((((,,.{{((((({,(({(((((({{,(........})))))}}}|..||...,,,..,,...|},......((.((((.((((((((((((,{{{,{((.,,.{((({.....,,}....)))})})).,,))))).))))))).)))).)}(((.....)))..(((((,.({....,},.))))}...,,.,(((......,,|}}...{||{{{.{(((,.{{{{{,........,,...,{((((|....})))))}{((({.{{{.((((((((.....)))))))),,..,})}}}}}},}}}}}}..}}))..))))),...{{((((....(((.....)))...{(((.{{..(((((((((..{{{,((((({.{{{{.....)))),.||||||.{{{{,,({((({{.........{({|..|}}|...,{{{,|,|||||.||,}.{{{((((((.(((((.....((((((((((({...{((({{{{{{{{((((((((((.(((......))).)))}|.|}))))},{,,..{{{{{|...{{{{|||{|.,,)))}))}}|,{,|}}}}).}|||{{((..{(((((((((.....,(({((.,,{...,|||{||,,.,,...||,..{{{{||.....}})))}.,{{{|,,,,,|{{...,))),....}))))}}),{{{......)))(((((((((........)))))).)))))|,)))))))..}},,..,,.,,,.||||{||,.,,)))))}}))))}......,))))).,.(((((((((({.,..........((((((((((((....{,.((((((..(({{(((...(((((.(((((.(((.((((((..((((....)))).)))))).......)))})))).....)))))...,)))}.,(((((((((((((..(({...)))...)).))))))))))),..............})).)))))).}},...))))))},.})))).{(((((((((...)))))))))}.....,))))))))))}.)))))).)))))))))))..))))))|||..(((((((((((((((....{(((,.{{(((.....((((((((((...(((........,{{{......))))))...))))))))))...))))))))........))).))))).)))))))...)}.}})))..})}|,|(((((({.........))))))}},)}..,))}.)))))))))..}|,)))))))))).,})))))))}..}))))))},,,......})))).}...((((((((((,.(((((....))))).{{(((((((..{{.{{.(((((.((((((..(((.((({({({{.(((((((.(((.((((.((((,..(((.(((((.((((((((({{(({,....)))}....))))))))).))))).))).},)))).)))).))){(((.......)))}.{({....,,,...((((((,{(((((((((...})))))))).||||{,.,......|,}}}}}},,{,....,...........,.,..,|,},,.,,,,(((((,.(..((({..((((((((...{{.{{,....)))))..{{(((.((((((((((({....}})},.{((((...{{((,...,..))))...))))}.,..,,{(({{...,}}},((((....)))))))).))))||}}}},.}))))))).}))).,))))))}.((((((((((((((...((((((((((((((..((((({(({...{{(....,,......(((.((((.....)))))))......,..,....,|||....}}}))))}..((((((((((((...((((((((((.((((.....((((((.{{..((((.......)))).(((((((...((((((((..(((((((.,,........{{{.,,....}}}.((((((((,((((((((.((((.,...,,)))}))))))))..,.,............(((.{(((((((.{((((.((({.((.......,.)).}))).))))}.)))))))}.))).,(((((((...))))))),...,.......,}{{({...(((((..((((((((((.((({{,,.{((((((((((.....))))))))))|{||{....}}}},.,,,...{{{.(((.(((((.........))))).)))})}...........(((((((((,((((..{{{....}}}...)))}.,(((((((((((((,{(({(({{{((((....)))))))).}})})...))))))))....))))).|,.....,,.((((((((,.,((((.(((......,...((((((......))))))(((((((({..((..(((((,,,((,.......,,..)),.)))))..))..},,},)))))).........,((((.....,,)))},.))).)))))))))))))..((((.....)))))))))))))...}))).))))))).)))..)))))}}}}.....(((((((((,{({(((.........)))),,).)))))))))........((((((....)))))).,{(((((.,{.(((.((((((.((((((({(((((..(((.(((.((((......,))))))).)))..}))))......))),.}))))..)))))).)))...}...)))))))))))))).))))))).)))))))).....))))))),((((({{.....)))),)}}}..}})))))).....}))).)))),...(((((..(((((((.(((((((((..((((((((((((((..,...,,.......,,.............))).)))},})))......}}}..)))))),..((((..(((.{{.....(((((....)))))....((((((((((((((((..(....(((((...(((.......))).)).)))...)..))))..)))))))))))).......,})))..)))),))).))))))))))))...,,{,..{{.......}}..,...,,})))))..))))))...)))))).{(((((....(((((.{((,,....,,|},..,,.((((({{{{{{{,...,,{((({{((...{((.{((((,((((..(((,,,(({......|||({{{{{{,,......{(((((.,{{{{|||||.(((((.....,,,{{{.,,...((,,.,,.|||}...,{{{{.{{{(((((((.{,.....(((......))).....)}.......))))))}..,})))})))}).,{..((((...,}}).,))}.})))),)))}.},....)))))),,.,..(((.(((((....))))).)))....,,,..,,....,},.}}},,,....,||||||{|{|,...,}})))))),,,,.|{{{{.{,,....,,))).}.....,...........((((..(((((((........)))))))..)))).}||}}.......)))))))}}}.|}||||...,,,,,{((((({{,,,,.{(((({...||||}}....((((((((((........)))))))))).,||||,|,||,|||,||}})},}}|||}}}}})),,|||||}}}}.}}}..||..,}||,...,,{,...{(((....}))|,,|,,,.}}},..,,,,||,,(((({{{{{|,,....)|||{|||||}((((((((((((((((.((((...(((.(((,...}))))))...)).)))))))))))))))))).,,.{((,...)})..||{,||||||,,((((((((((((.((((..(((((...((((((.....,.))))))(((({{{,{{||||{((((,,,,,,}}}|,((((((((,{{....{{....)}.....}}}.))))))))..}))),}|)))},....}.,.......((((((((........))))}})))..(((...(((((....(((((..(((...}))..)))))......))))).})}...,{{{{,,,.,,{((((,..{,.,...,,...})))}...||||,,....|||||......|||,||||,||,||||}}}}),)}}))})}}.},,,,,.,,.((((((((((((...)).)))))))))}...,}}}}...)))))..)))).....)))))))))))).}).)})}.}},....|||||||,,|}}|||.,,,{{{({(,.{(((((((........))))))))}})}.,,,..{{|||||,,,||||,.{{(((|||.||,,|}|||,,}},,},.||||...})))})},|||..}}||||{((((.....))))))))},,,,|||||,.}}.))))))}},,||}}..}}})))).{||||}|,{{{{{,{{||||{{....|........,....}))}.....}})}}}}}|.,{|,.,,|||...,{{{,,...,,},,)))))....)))))).......)}})}......))))))))).........))))))))))))))})))))))))))).))),)).......,,..))).)))..))))))...))))).....)).))))))}.}}..........,,.,.......,,.,.,))))))))))...
Back