Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001314039.2
Sequence Length
2141 nt
GC Content
0.4059
GCGGAACUUUCCAGAACGCUCGGUGAGAGGCGGAGGAGCGGUAACUACCCCGGCUGCGCACAGCUCGGCGCUCCUUCCCGCUCCCUCACACACCGGCCUCAGCCCGCACCGGCAGUAGAAGAUGGUGAAAGAAACAACUUACUACGAUGUUUUGGGGGUCAAACCCAAUGCUACUCAGGAAGAAUUGAAAAAGGCUUAUAGGAAACUGGCUUUGAAGUACCAUCCUGAUAAGAACCCAAAUGAAGGAGAGAAGGUAAAAAUGUUGUACAUCAGCUCUCAGUAACCCUAGAAGACUUAUAUAAUGGUGCAACAAGAAAACUGGCUCUGCAAAAGAAUGUGAUUUGUGACAAAUGUGAAGGUAGAGGAGGUAAGAAAGGAGCAGUAGAGUGCUGUCCCAAUUGCCGAGGUACUGGAAUGCAAAUAAGAAUUCAUCAGAUAGGACCUGGAAUGGUUCAGCAAAUUCAGUCUGUGUGCAUGGAGUGCCAGGGCCAUGGGGAGCGGAUCAGUCCUAAAGAUAGAUGUAAAAGCUGCAACGGAAGGAAGAUAGUUCGAGAGAAGAAAAUUUUAGAAGUUCAUAUUGACAAAGGCAUGAAAGAUGGCCAGAAGAUAACAUUCCAUGGUGAAGGAGACCAAGAACCAGGACUGGAGCCAGGCGAUAUUAUCAUUGUGUUAGAUCAGAAGGACCAUGCUGUUUUUACUCGACGAGGAGAAGACCUUUUCAUGUGUAUGGACAUACAGCUCGUUGAAGCACUGUGUGGCUUCCAGAAGCCAAUAUCUACUCUUGACAACCGAACCAUCGUCAUCACCUCUCAUCCAGGUCAGAUUGUCAAGCAUGGAGAUAUCAAGUGUGUACUAAAUGAAGGCAUGCCAAUUUAUCGUAGACCAUAUGAAAAGGGUCGCCUAAUCAUCGAAUUUAAGGUAAACUUUCCUGAGAAUGGCUUUCUCUCUCCUGAUAAACUGUCUUUGCUGGAAAAACUCCUACCCGAGAGGAAGGAAGUGGAAGAGACUGAUGAGAUGGACCAAGUAGAACUGGUGGACUUUGAUCCAAAUCAGGAAAGACGGCGCCACUACAAUGGAGAAGCAUAUGAGGAUGAUGAACAUCAUCCCAGAGGUGGUGUUCAGUGUCAGACCUCUUAAUGGGCCAGUGAAUAACACUCACUGCUGGCAUUUAAUGUGCAGUAGUGAAUGAGUGAAGGACUGUAAUCAUAAUAUGCUCACUACUUGCUCUUGUUUUUGUUUUAAUAAACUAUAGUAGUGUUUUAAAAAGUUAAAUGAAGAAUAAACGCAAAUAUAAAAGCUCUGAUUUUGCCCUGUAUGUAUGAUGACUUCAGUGUGCAAGAUGAAGUUUAAUACCUGUAAAAACUACAAAGAAGUUCCCCUAGCAUUUCUAGGCCAAACCUUGUAAUUGACUUCAGCUAUGUACGUGGACAAGCUUAGACUGAAAUGCUAGGUAUAUGUAUUGGCUUCAGUGUAUGACCCUUCAUUGUUAAGCUAUGAAAGUAAAACUCUGUAUUUAACUGGCAAUGAGGAAAAAAAAAUUUUGUAGAGAAGUGUUGGUCUGUAUAGUUCUUUAUAUUAAGUGGGAUUCAUUGUAAUGCCUCUGCAUUUAUUCUGUUGCCUCAGCUGUUACUUGAAGAUGGCGUAAUAUAUAAUUUAUCCUGUGGUAUCAGUGAUAAAAAUGAUACCUUUCUGUAGGAGGGGUUUAUCAUAAUAUGCUGCUUCUUGAAGGCUUGCACUUCCAGAAUUGUGUUUCCUUCUGCUGUGCCAUUCAUAUAUAUAUACAUAUAUAUAUAUAAUCUUGACCAGUCCUGGUCAUUUGCUCCCCUCCUUGUCUGUGGACCAUGAUAAGCCCAAGUAGUGACUUCAGAGCUGGGUAACAGAAAUUAAAGUGAAAAGACCUUUACGUGGAGAAUUUGCAUGCGUAAUAUAGGAAGGUGUUCUUUAGGUAUGUUACAGGAUUACUUUAAACCAUUUGACUUUCGCUCCAAAGUUAUGUUGGUAGUAUAGCAAAUUAUGAUGAAUAGCUUUAAUUGUAUGUUUAAAAGUCUCAUAUGUUCACAUGCUUAAAUCUGGGUAUCAGAAUUUAAGCAAUUCUUGAAAUGUAUUGUCUCCUUAAUAUACUAAUUACAAAGCAUCUCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-576.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -616.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 554.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((............((.(((((.((((((((((((((.........(((((((....)))).))))))))))..))))...)))...)))))))....(((......))).(((((((.((..........)).))).))))((((((((((((......)))....((..((((((..........((((((...((....)))))))).........))))))..))............((((.((((((..(((((((((((.((((((((.(((....(((...(.(((((...(((((.(((((((...(((..((((((.......(((........))).........))))))..)))......((.((((((...)))))).))....(((..((((((...(((((....(((............(((((......)))))...........)))...)))))..))))))..)))...(((((((((..((((.(((....)))..((((.(((((((((((((..........(((((((.(((...........((((((((........(((((((((((((((....((((((((...(((((((....(.((..(..(((....)))..)..)))....))))))).))))))..))....)).))))...((((((.(((...)))..)))))).)))))))))))))))))((((((..(......)..))))))(((((....)))))....))).)))))))........(((((.((((((..((((.((((((.(((.((((((.....(((((.....(((....)))..((((((((..(((..(((.(((((.....)))))))).))).))))..))))........(((........)))(((((.....)))))))))))))))).))).)))..........((((((.((.....)).))).)))))).)))).))))))))))).....((((...(((((..(.((..(((......)))..)).).)))))))))((((.(((.((((..((((.((((((((((((((.....)))))))))))...)))..)))).........((((((((..((((((((((((.(((.....))))))))))))....(((((((((((((....((((((..((.((((((((..((((((((..((((((((((.........))))......))))))..))))))))..))))........((.((((....(((..(((((((((..(((((((..........))))))).......((((.....))))..........((((((((((((((((....((.((((..((........))..)))).))....)))))))....)))))))))))))))))).))).)))).))......(((((((((((.........((.......)).........))))))))))).............)))).)).)))))).....))))))))))))).....)))..))))))))..)))).))).))))..)))))))))...)))).))))..((((.(((((((........(((((((((......))).)))))).(((((((((((((...))))))))..)))))..)))))))))))..(((((...((((..........))))..))))).))))..)).....((((((((((....))))))))))....((((((....))))))...)))))))..)))))...)).))))).))))).)....)))..)))..)))))))))).))))...(((((((((.........(((.((((((((..((...(.((...)).)...)))))))))).)))..........)))))))))..))))).)))))).)))).(((((((..(.(((((.......))))).)...)))))))((((((((((((....((.(..(((((((((..((((((((((((.....))).))))))))).....)).))))))).).))....))))))).)))))))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.....,,,{,.,((.(((((,({((((((((((((.........(((((((....)))).))))))))))..))))...))),..}}})))}.,..(((......))).(((((((.((.,........)).))).))))((((((((({((,,...,)))....((..((((((.,.,,{....((((((...((....}}))))))..,,,..,.))))))..,}............((((.((((((..((((({(((((.((((((((.(((..,.(({...{.(((((...(((((.(((((((...(((..((((((.......(((........)))..,.,....))))))..)))......((.((((({...}))))).)).,,.(((..((((((...(((((....(((............(((((......)))))...........))),,.)))))..))))))..))).,,((((((((((,,.{{{,....}}}.}||,.....((.(((.((((((((({(((((((,,({(,((,...,,,.,,,,(({((({({,,,..,,(((({{,,,{{{(((....,.,..{{.{((.((((...{{...|}....}}}}))},|||,{||,}||,||.,,,}}},,}|||}.,.}}|,.,||,|,,,{{{{{{{{{.,(((({(({{{({|,.,.})))),{{({|,,,.}}}||||,}}}}}}}},},.,})),||||{{,...}}))),...|||,||||||,....,,..(((((.((((((..((((.((((({.(((.((((((.....(((((.....,{{....,}}..{(((((((..(((..{({.(((((.....)))))})}.))).))))..))))........(((........)))(((((.....)))))))))))))))}.))),)}...,,}},...{{((((.{(,....)).)))},})}}}.)))).))))))))))).,{,,||||..,{||{({,..,,..|||...,,,)}),})),}|)||||||,|,{|{|{{.,((((,,((((.((((((((((((((.....))))))))))}..,)))..)))).....||{{((((((((..((((((((((({{(((.....)))))))))))}....(((((((((((((....((((((.,((.((((((((..((((((((..(((((({{((,,....,,,}}}}......))))))..))))))))..)))).......,{{,.{.({{{{((({{(,{,({,,,...}},|)}}.}.}}}}}}}{||||||,{{{{.((({...,,|}|,..,.}}},..((((((((((((((((....((.((((..((........))..)))).))....))))))}...,)))))))))}}}},))))})))}))}}}}}......(((((((((({.{..,....((.......}}.,.,.,,.,)))))))))))..........,,,)))),)}.)))))).....)))))))))))))....,)))..))))))))..||||||||,||,,,,,,|||||||..}}}}|,,},,.}},|}}|))}}},........{((((((((......))).)))))}.(((((((((((((...)))))))}.,))))).)))))}}}))))},}}}},,,,,,.}))),.))))))).)))))))))).))))).....{(((((((((,...,))))))))),....{(((((....)))))),}))))))))..)))))...)).))))).))))).,....}})..)))..)))))))))),}))}...{((((((((.....,...(((.((((((({..{(.{.(.{,....,,,|..},}))))))).))).},,......))))))))}..))))).)))))).)))),{{(({{{..{.{{{{{,......}})}).}...))))))}|(((((((((((....((.(..(((((((((..((((((((((((,...,)))},)))))))).....)))}}))))).).))....))))))).)))),))))))))))))..
Back