Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001317188.2
Sequence Length
2728 nt
GC Content
0.4428
AGUCCGGUCGUCCUGCCUGACAAGCCAGUGCCAUCAGAGUCCGUGACUUCAUUUGAAGAAAGGAGGGCUUCAUAUAAUUCAAUUCAAACAUUCUCUUUGGAGGACUGCUGUUGUUGCGCAAGGGUGGAGGGAGGAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAACUUUCAGUACAGUCAGAUCCAGUAAGGAACAGACAGUCAGUAUUUAGGUGUUGAGGGAAAGCUGAGAGAAUGAAGGCUCUAAAUCCCCAGUGGAAGCAUGAUAUGGCGAAGCAGAGCUGGUGCUGAAUUGUUCUCUCUGAUGGCUCUAUGGGAGUGGAUAGCACUGAGUCUUCAUUGCUGGGUUUUAGCGGUUGCUGCUGUUUCGGAUCAGCAUGCCACAAGCCCCUUCGACUGGCUCCUCUCUGAUAAGGGACCCUUCCAUCGCUCACAGGAAUACACAGAUUUUGUGGACAGAAGCCGGCAGGGAUUUAGCACAAGAUACAAGAUAUACAGGAGAGGAGUCACUCACAAUUUUUGUGGACAAGCGGAAGUUGAGCAAACGAGCUGAAGGAAGUGAUUCCACCACCAAUAGCUCUUCGGUCACUCUGGAGACGCUACAUCAGCUAGCCGCUUCUUAUUUCAUUGACAGGGACAGCACCCUUCGGAGACUUCACCACAUUCAAAUUGCAUCCACUGCCAUAAAGGUAACAGAAACACGGACUGGUCCUCUUGGCUGCAGUAACUAUGACAACCUAGAUUCUGUCAGUUCUGUUCUGGUUCAGAGUCCUGAGAAUAAGAUUCAGUUGCAAGGGCUUCAAGUACUUCUCCCAGACUAUCUUCAGGAACGUUUUGUACAAGCAGCUUUGAGCUACAUUGCUUGCAAUUCAGAGGGAGAGUUUAUCUGCAAGGAAAAUGACUGCUGGUGUCACUGUGGUCCCAAAUUUCCAGAAUGCAACUGCCCCUCCAUGGACAUUCAAGCCAUGGAAGAGAAUCUUCUUCGAAUAACUGAAACCUGGAAAGCUUACAACAGUGACUUUGAGGAAUCAGAUGAAUUCAAGUUAUUUAUGAAAAGGCUACCUAUGAAUUAUUUCCUCAACACAUCUACUAUAAUGCAUUUGUGGACAAUGGAUUCUAAUUUUCAGCGCCGUUAUGAACAACUGGAGAACAGCAUGAAACAACUUUUCCUAAAGGCGCAGAAAAUUGUACACAAGCUUUUUAGCCUUAGCAAGAGGUGUCAUAAACAACCCCUCAUCAGCCUGCCAAGACAAAGAACCUCAACCUACUGGCUUACUCGCAUCCAGUCUUUUCUCUACUGCAAUGAGAACGGCCUCCUAGGCAGCUUUUCAGAAGAGACGCACUCGUGCACGUGUCCGAAUGACCAGGUGGUCUGCACCGCGUUCCUGCCCUGCACAGUGGGAGACGCCUCUGCCUGCCUGACAUGCGCACCAGACAACCGCACCCGCUGCGGCACCUGCAACACCGGCUACAUGCUCAGCCAGGGGCUCUGCAAGCCUGAAGUCGCCGAGUCCACCGAUCACUAUAUUGGCUUUGAAACUGACCUGCAAGAUCUCGAGAUGAAAUAUCUGCUGCAGAAAACGGACAGACGAAUAGAAGUCCAUGCCAUUUUUAUCAGCAAUGACAUGCGCCUCAAUAGCUGGUUUGAUCCCUCCUGGCGUAAGCGGAUGCUCCUCACCUUGAAGAGCAAUAAGUACAAGUCAAGUCUGGUCCAUAUGAUUUUGGGUCUCUCUUUACAGAUUUGCUUAACUAAAAACAGCACCUUGGAGCCAGUGUUGGCUGUUUAUGUCAAUCCCUUCGGAGGCAGCCACUCUGAGAGCUGGUUUAUGCCUGUGAAUGAAAACAGCUUUCCAGACUGGGAGCGGACUAAGUUGGACCUACCCCUGCAGUGUUAUAACUGGACAUUAACUCUGGGGAACAAAUGGAAGACAUUUUUUGAGACAGUACACAUCUACCUGAGAAGUCGCAUCAAGUCCAAUGGUCCCAAUGGUAAUGAGAGCAUUUACUAUGAACCUCUGGAGUUUAUUGACCCUUCCCGGAACCUGGGCUAUAUGAAAAUCAAUAACAUUCAAGUGUUUGGCUACAGCAUGCACUUUGACCCUGAAGCAAUUCGGGACCUGAUUUUGCAGCUGGACUACCCCUAUACUCAGGGAUCCCAGGAUUCAGCACUUUUGCAACUACUAGAGAUCAGAGACCGUGUAAAUAAACUCUCCCCACCUGGUCAGCGUCGUCUAGAUCUUUUCUCUUGCUUGCUUCGUCAUAGACUCAAGCUGUCUACUAGUGAGGUGGUGAGGAUCCAAUCUGCUCUGCAGGCGUUUAAUGCCAAAUUGCCAAACACAAUGGAUUAUGACACGACCAAAUUAUGUAGUUAACCAUAAAUGUCAAGCACAACCCAAAAUCUUGAAGGAGUUUUUACAGUGCUUUUGUGGAACAGUUUAUGUUUGGAAGAGUAAAUUUAAAUUGUCUUUUCAAUAUCUGUCUUAUAUCAGUCAAUAACAUUGGAUGGCAAUUUACACACAUGAACUUGCUGACAAUGAAUAUAUUAUACAGCAGUUUUGGUUUAUGAAUGACAUAAAUACUGACACCAGUCUAGAAGACAUUCUACUUUUUACAAUAAAUUUCAUUUGUAAUUUUAUAUGUUCCGUGGCAAUGCUUUUGUGCAUUACAUCCUCUAGAGGGAACAUAAAAAGAUACCAAUAAAAUUUUGUAGCUGAACAGUUAUUAAAAAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-746.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -802.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 715.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((.(((.....(((.((((((.((((((((....((((....)))).((((((((.......................))))))))...))))).))).))..))))...)))..))).))))........................((((((((((...(((.(.(((.....))).).))).((((((((((((((((((((.(...((.((((((.((....(((...(((((.(((((((((.(((((((((((((((.(((((..((((((((((((((((((.((.((.(((((.(((((((((((.(((....))).))))((((((..(.(((...(((((........))))).))).)))))))....((.((((((((((((..(((((...)))(((..........)))........((((((((...(((..((....))..)))..))))))))........))..)))))))))))).)).((((((.(((((..((((((.((((((((......)))...((((....))))........(((((((((((.....))))))).))))...)))))..))))))......((.((((.((((......)))))))).)).....)))))...)))))).))))))).))))).)).)).))))..........((..((((.((((((((.((((..((((..........))))))))))))...)))).)))).)).))))))..))))))))..))((((((.(..((((...(((.(((...)))...))).......))))..).))))))((((......))))((...((((.((((((((((((.((((.((....(((((.(((((((((((((.((......(((((((...((....))...(((((((.(......)))))))).((((....))))..............)))))))....)).)))))))).((((((((.......((((((((((.(((...))).)))).....))))))..))))))))....(((((............)))))...(((((..((((((((.(((((.(((.(((((.(((.....)))..)).........))).))).))))).)))))))).......((.....((((.(((...((((((((...........................))).....)))))...)))..)))).....)))))))(((((((((...((((...(((......)))....))))......)))))))))...((.((((.((((((.........((((((...(((..((((((((((........)))))).))))...))))))))))))))).)))).))....(((((.....)))))....((((.....((((...(((..((((...))))..))))))).(((((.((.((((((.(((((......))))).............((((((((((...(((((...)))))((((..(((((.((.(((((........)))..)))).)))))..))))..(((((((.((.((((((.(((((((.(......(((((....))...(((((.(((...))).)))))...(((..(((.((((((((........((((...))))........))))))))))).))).....))).....).)))))))))))))..)).)))))))....((((((((((..(((.(((((((((((.(((((........)))))..))))))).)))).)))..))(((((..(((((((...(((((.((((......)))).)..........))))...(((((.....))))).((((....(.((...((.....))...)))...))))))))))))))))..(((((((((....)).)))))))....)))))))).(((((((.....(((((...)))))...........)))))))...((((((((.((.......)).)))).)))).((((((....))))))....)))))))))).(((.....((((......))))...))))))))).)))))))))))...))))))).)))....)).)))).))))))))))))...))))...))(((.....)))..........)))))))))))))))...))).))).)))))).).).)))...)))....)).))).))).))...).)))))))))(((((((((....(((((.....((((..(((....(((((........)))))..)))((((((.....((((.(((....))).))))...)))))).(((((.((((...(((((..((((((..(((....)))..))))))))))))))).)))))...))))....)))))..))))))))).((..(((((((((((((...((((.....)))).))))).....))))))))..))...))))))))))).......(((((....))))).....(((((..(((((.(((.(((.((((.(((((((((((..(((((......))))).))).........)))))))).)))).))).))).)))))))))))))))).))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........((((.(((..,..,((.((((((.((((((((.,,.((((...,}}}}.||{||||,,,,,...........,.......,||||}))}}}))))).))).})..)})),.})}),.})).))))........................((((((((((...(((.(.(((.....))).).))).((((((((((((((((((((.(...((.((((((.((....(((...((((({(((((((((.((((((((((((((({{((.((,((((((((((((((((((.((.((.(((((.(((((((.(((.((((({{{|,.||||(({{{{.,(,(((.,,{||||,,..,,.,))))).|||{||||,},....((.((((((((((((,,{{.{({,.,,|}||.,,..,....|}}........((((((((....{{..((....)),.})}..))))))))........}.,.)))))))))))).)).{{,,,|}|||||..{(((((.((((((((......|}|,..(({,,,,.,}}),,..,,..(((((((((((.....))))))).))))..,)))))..)))))}......,,..,((.((((......))))))))}))},,......,...,.,.))}))))))).))))).)).)).)))}..,,.(((((({.,,,{,.((|{((({.,,{,.||,||.,,.,},...}})))))))))),}}),.,)))))}}}.))))))},,})))))|{(({(((((({.{{((,{{,,{,{.{(({..|||...)))..}}}}.},,,,}},|)))}.||||}.....})))||},.{(((.((((((((((((.((((.((....(((((.(((((((((((((.((......(((((((...((....))...(((((((.(......)))))))),{{{....,}}|{{,......,)},..)))))))....)).)))))))).(((((((,...{(({((((((((({.{{{....,,,}}}}.....))))))}})))))))}...,,,{,(.,..,.....,})))),{{{((((({{((((((((.(((((.{({.{{,.,.{{(,,,,.}}}...,.......,,))),}),.))))).)))))))}.......(((....}}}....|,.{(((((.(({{{.......,{{{,{..{{{.((({.{.....,....,,...,,..})))......((.{(((((((.,((((,.{{{....(((,...((({...}))).||}}||})).))))).,,.,{.((((.((((((.....,..{{(((({...(((..((((((((((........)))))}}})))...))))))})})))))).)))),||....(((((.....)))))...,}}(((({(.((((.{,{(({.,((((((((,,..,({{({|,{{,(,{((.{{(((,.(((((......)))))..,,,...,,...,,,{,||{{{,,}{{{{{...,}))|((((..(((((.((.{{(((........)))..}})).)))))..))))}.,|||,||}||,}}}...,|,|))}})....}}})))))...,)),..(((((.(({...})).)))))...{{{..(((.((((((((,,{{{...,,,..}}))})........))))))))))).}}}......|}.....)},)))),)))))){{{{{{{..,{{{.....((((,(((({{((({((,,,|||,||}},,,|}}}}.}}})))))}})))),,,..)))})))}.))(((((,.{((((((...((((,.{(((,,,...,,,,.}...,....,.))))...{((((.....))))}.{{{({.,.{.,,...{{,...,}),,.))}...}}},))))))))))))...,|||,|||}}.}...,.,,))))}})))))))))}}}}))),.....,,,{({.{|||||.....,{,...|||,.,,,..{{{{{{{{.{{,...,,||,,|||}}},}}.((((((....))))))....))}}}))))),}||.....((((......))))..)))))).))).|||....}))....))))))).)))....)).)))).))))))))))))...)))}.,,}}|||....|||,....,,,,,.)))))))))))))))...))).))).)))))).}.).))}.,,)))....)).))).))).))...).)))))))))(((((((((....(((((...,.((((..{({....{((((.......,|||||..}}}{(((((.....{(({,(({...,))},))}....)))))),|||||.((((,,,({(({{{{{{{{{,,|||.,,,))),,))))})}}}},}}}}.,,,,....))))....)))))..))))))))).{{..(((((((((((((...((({.....))}).))))).....))))))))..}}...)))))))))))....{,,({{{{,,..}}}}}.....((((,.,(((((.(((.(((.((((.((((((((,((..(((((......))))).}}},,.....,.)))))))).)))).))).))).)))))))))))))))).))))............
Back