Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318157.2
Sequence Length
1981 nt
GC Content
0.5775
GGAGGAGCAGGAGCAGCGCUCGAGGCCGCCCUGGGAGAGCUGAGAGGCAGGCUCUGGACUGGGGACACAGGGAUAGCUGAGCCCCAGCUGGGGGUGGAAGCUGAGCCAGGGACAGUCACGGAGGAACAAGAUCAAGAUGCGCUGUAACUGAGAAGCCCCCAAGGCGGAGGCUGAGAAUCAGAGACAUUUCAGCAGACAUCUACAAAUCUGAAAGACAAAACAUGGUUCAAGCAUCCGGGCACAGGCGAGGCUUGUUGGCACCGUGGAUUGCACUUUCAGCUCCCCACCCGCCCAUCUGCAAAGUGGCCUCAUUGGUGUGCCAUUUUUACUGGUCCAGUCCCAACUAGAAGGGGCAUGGCCUGGCCAUCUACCCCAGUUCCUCUCCAUGUCCCCGUGGCUCUCAAGUGUCUCCAAUUCCAGCUGUCCCAGCUGCCCUGCGCAAGAGGAGGCGUGUGUGGGCGAGGCUGCUGGGUUACCUAUUAACUCAGCUGGGAGUUGAAGAGCCGAUGGGCAGCAGGCAGACUUGAGUCUCCUUUCUGUCCAUGGGCUCGGGCCACUGUCUUAGGUCCACCCGUGGCUCCAAAAUGGUCUCCUGGUCCGUGAUAGCAAAGAUCCAGGAAAUACUGCAGAGGAAGAUGGUGCGAGAGUUCCUGGCCGAGUUCAUGAGCACAUAUGUCAUGAUGGUAUUCGGCCUUGGUUCCGUGGCCCAUAUGGUUCUAAAUAAAAAAUAUGGGAGCUACCUUGGUGUCAACUUGGGUUUUGGCUUCGGAGUCACCAUGGGAGUGCACGUGGCAGGCCGCAUCUCUGGAGCCCACAUGAACGCAGCUGUGACCUUUGCUAACUGUGCGCUGGGCCGCGUGCCCUGGAGGAAGUUUCCGGUCUAUGUGCUGGGGCAGUUCCUGGGCUCCUUCCUGGCGGCUGCCACCAUCUACAGUCUCUUCUACACGGCCAUUCUCCACUUUUCGGGUGGACAGCUGAUGGUGACCGGUCCCGUCGCUACAGCUGGCAUUUUUGCCACCUACCUUCCUGAUCACAUGACAUUGUGGCGGGGCUUCCUGAAUGAGGCGUGGCUGACCGGGAUGCUCCAGCUGUGUCUCUUCGCCAUCACGGACCAGGAGAACAACCCAGCACUGCCAGGAACAGAGGCGCUGGUGAUAGGCAUCCUCGUGGUCAUCAUCGGGGUGUCCCUUGGCAUGAACACAGGAUAUGCCAUCAACCCGUCCCGGGACCUGCCCCCCCGCAUCUUCACCUUCAUUGCUGGUUGGGGCAAACAGGUCUUCAGGUACUGCCCCUGCCCAGGCCCAUUCCUUUGAGUUUUUCUGUGGGUCCCCUGUGUGUUGAGGGGUGGGGGGUGAUGUGAGGGGCAGCACAGGAGGGUCCUGCUGAGCCCCCAGGUAGCCUGGGGAGCAGGAGUGAGUCCCAACAUUUCCCCAGGCCAGUACAGAUACAGAUCCUGCACCUGCACUGAGUGUCAACGCUGUCCCUGAAUUGGGCUGAGGCUGACCAGGGCCCUGGGUUGGGGGUGUUUCCUGGGGUAGCCUGGGGAUGACUCCUCUGCUCAACCUGUCUUGGCCCGAGGUGGAUGAGGGUGCUGUCCUGGGCAUCAGCCCCCUCAGCAGGCCUCUGCCUCUUGCCUGCAGCAAUGGGGAGAACUGGUGGUGGGUGCCAGUGGUGGCACCACUUCUGGGUGCCUAUCUAGGUGGCAUCAUCUACCUGGUCUUCAUUGGCUCCACCAUCCCACGGGAGCCCCUGAAAUUGGAGGAUUCUGUGGCGUAUGAAGACCACGGGAUAACCGUAUUGCCCAAGAUGGGAUCUCAUGAACCCACGAUCUCUCCCCUCACCCCCGUCUCUGUGAGCCCUGCCAACAGAUCUUCAGUCCACCCUGCCCCACCCUUACAUGAAUCCAUGGCCCUAGAGCACUUCUAAGCAGAGAUUAUUUGUGAUCCCAUCCAUUCCCCAAUAAAGCAAGGCUUGUCCGACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-832.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -866.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 390.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((....((((.((((.(((..(((.((((((.(.((.(.((((((...(((((((((((((((((((((((((.....)))))((((((((.....((((((((((((.....((((((((.......(((((.(((((..((((..((((.((.....)).)))).....))))..))......(((((...........(((((((.(((..((((((.(.((((.((..((....))..))..)))).).))))))..)))..)))))))...............)))))(((((((((........).))))))))....((.((((((((........))))).))))).))))))))......))))))))...))))))..))))))...((((((((...(((((((((...)))))((((.(((((.(......).)))))))))..((((((((((((.....(((((((......))))))).(((((.((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))).)))))(((((.........)))))..((((.........))))((((((((((((((((.((.((((.((((........(((((((..(..(.((((..(((((((((((((((((((((.((....))))))))....))))))))((((..(((((.....)))))..))))...........)))))))((((.(((....))).))))...((((((((((.....(((((..(((.....)))..)).)))))))))))))........)))).)..)..))))))).....((((((......)))))).((((((.(...((((((((..((((.((((((((((.(((((......))))).))))))).)))..)))).............((((((..(((((((...))))))).(((((.(((((((.......))))))))))))((((....)))).........((((.(((((......)))))))))(((((......)))))))))))))))))))).))))))))).)..)))).)).))))))))))))))))..)))))))))..))).))))..))))))))(((((((((.((((.(((((((.((((((((((((((((.(((.((..(.(((((.(((((.(((((((...((.(...(((((((..((((((....(((((((....(((.((((((.((..(....)..))..)))))).)))..(((((((................)))))))((((........)))))))))))..)))))).)))))))..).))(((((((((.(.((((((((((...)))))).....((((((........))))))..(((.(((((.(((..((((.....(((((......).)))).....))))..))).))))).))).)))).).)))))))))))))))).))))).))))))..))))).)))))).)))))(((.((((..((((...(((..((((((((...((.(((((....((((....))))...)))))..))))))))))..))).))))...)))).)))...(((((((((.((((((((.((((((.(....)))))))...((((((((......))))))))...)))))))))))))))))((((((((.((((.......)).)).)))))))).).)))).)))))))))))..)).)))))))..(((((((.((....)).))))...)))......)))))))))))))))))....(((....))).))))))))))).))))))))).))))........))).)))))).)))).)).....(((((.....))))).......................))...)))).)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.((((.,{,({{(.((((.{((..({{.(((({(.(.((.(.((((((...(((((((((((,.(((((.((((((.(...(((((((((.((((.(((((((((((((((.....((((((((..,....(((((.(((((..((((..((((,({.....)).)))).....))))..))......(((((...........(((((((.(((..((((((,(,((((.((..((....))..))..)))),).))))))..)))..)))))))..........,....))))){((((((((.,......).)))))))}....((.((((((((........))))).))))).))))))))......))))))))...))))))..))))))...)))...)))).})))))))).,.))))))))))){((..({{{.{{|{|{{{,{{{|{,(({(((((((({.....(((((((......))))))).(((((.((((((((.(((.((((....)))))))..)))))))).)))))(((((((.,.....,,.....,.)))))}),....,{.((((((((((((((((.((.,,,,..((({{{...|||{..((((((.,(((((((((((.{,.((((((((((((((.({....})))))))....)))))))).{((..(((((.(((((((..,,...........))))))),{({,((,{((((...|{{{,({.....,,,)).))))))))).))||}||...(((((({{((((......((((((((...(,,(,((({.{{{{{{..,||...,,,|||,{,{(({.|||,|}}|,{{{(,...,}}}}))}},}}},)))}}}}}}})}}.))))))))......))))))))))).......,....,..,..)))))))}...(((((({...}))))))((((((.(((((((.,....,)))))))))))))}.)))))))}})))...))))))...((((......)))))))),,,}||}}|...{(((({{{{||{..,||},.,))})}))))))))))}}.)).)))))))))))))))).})))))))))..|||..,..,,,}}))},,(((((((((.((((.(((((((.(((({(((((((((((.(((.((..(.(((((.(((((.{((((((..,({.,,..(((((((..((((((..,.((((({...(((((.((((((.((..(....)..))..)))))).)})}))((((((................))))))(((((........)))))})))))}.)))))).)))))))..}.))(((((((((.(.((((({((({..,|||||||,,..((({{{...,,...}}})))}}|||,|((((.(((..((((....,((({{,.....).)))}.....))))..))).})))).))).)))).).)))))))))))))))}.))))).))))))..))))).)))))).)))))(((.((((..((((...(((..(((((({,.{{((.(((((....((((....))))...)))))..))))))))))..))).))))...)))).)))...(((((((((.((((((({.((((((.(....)))))))...((((((((......))))))))...}))))))))))))))))((((((((.((((.......)).)).)))))))).}.)))).)))))))))))..}).)))))))..,{,((((.((....)).))))...}})},}}}},)))},}),)))))))}.,,.{{|,..,))).))))))))))).))))))})}..))}.,,,,..,})),))})}}.)})).})}}}..||,{,{{{{,,,,})}}},...................,,...)))).)))....
Back