Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001318933.2
Sequence Length
4610 nt
GC Content
0.6247
AACCCGGCCCCGCCGCCCCGCCGGGAUGGCCGCGGCCGGAGCGCGCUGAGCCCCGGCGCCGUCCCUGCCGCCCCCACCUCUCCGCGACCCCCGCCCGGCCCCGCGCCCCCGCCCCGGCUCCGCAGCUGGCGCCUCCCCACCCCCGUCCCUGCUCCCGCCCUCCCCGCGCCGCUGGCAGCCGCAGCCCCCGGACCGGGAGGAAUGAGCGAGCCAUGAGGCUGCUGCGGCGCUGGGCGUUCGCGGCUCUGCUGCUGUCGCUGCUCCCCACGCCCGGUCUUGGGACCCAAGGUCCUGCUGGAGCUCUGCGAUGGGGGGGCUUACCCCAGCUGGGAGGCCCAGGAGCCCCUGAGGUCACGGAACCCAGCCGUCUGGUUAGGGAGAGCUCCGGGGGAGAGGUCCGAAAGCAGCAGCUGGACACAAGGGUCCGCCAGGAGCCACCAGGGGGCCCGCCUGUCCAUCUGGCCCAGGUGAGUUUCGUCAUCCCAGCCUUCAACUCAAACUUCACCCUGGACCUGGAGCUGAACCACCACCUCCUCUCCUCGCAAUACGUGGAGCGCCACUUCAGCCGGGAGGGGACAACCCAGCACAGCACCGGGGCUGGAGACCACUGCUACUACCAGGGGAAGCUCCGGGGGAACCCGCACUCCUUCGCCGCCCUCUCCACCUGCCAGGGGCUGCAUGGGGUCUUCUCUGAUGGGAACUUGACUUACAUCGUGGAGCCCCAAGAGGUGGCUGGACCUUGGGGAGCCCCUCAGGGACCCCUUCCCCACCUCAUUUACCGGACCCCUCUCCUCCCAGAUCCCCUCGGAUGCAGGGAACCAGGCUGCCUGUUUGCUGUGCCUGCCCAGUCGGCUCCUCCAAACCGGCCGAGGCUGAGAAGGAAAAGGUCCGCCGGGGCCACCCUACAGUGCACAGUGAAACCAAGUAUGUGGAGCUAAUUGUGAUCAACGACCACCAGCUGUUCGAGCAGAUGCGACAGUCGGUGGUCCUCACCAGCAACUUUGCCAAGUCCGUGGUGAACCUGGCCGAUGUGAUAUACAAGGAGCAGCUCAACACUCGCAUCGUCCUGGUUGCCAUGGAAACAUGGGCAGAUGGGGACAAGAUCCAGGUGCAGGAUGACCUCCUGGAGACCCUGGCCCGGCUCAUGGUCUACCGACGGGAGGGUCUGCCUGAGCCCAGUGAUGCCACCCACCUCUUCUCGGGCAGGACCUUCCAGAGCACGAGCAGCGGGGCAGCCUACGUGGGGGGCAUAUGCUCCCUGUCCCACGGCGGGGGUGUGAACGAGUACGGCAACAUGGGGGCGAUGGCCGUGACCCUUGCCCAGACGCUGGGACAGAACCUGGGCAUGAUGUGGAACAAACACCGGAGCUCGGCAGGGGACUGCAAGUGUCCAGACAUCUGGCUGGGCUGCAUCAUGGAGGACACUGGGUUCUACCUGCCCCGCAAGUUCUCGCGCUGUAGCAUCGACGAGUACAACCAGUUUCUGCAGGAGGGUGGUGGCAGCUGCCUCUUCAACAAGCCCCUCAAGCUCCUGGACCCCCCAGAGUGCGGGAACGGCUUCGUGGAGGCAGGGGAGGAGUGCGACUGCGGCUCGGUGCAGGAGUGCAGCCGCGCAGGUGGCAACUGCUGCAAGAAAUGCACCCUGACUCACGACGCCAUGUGCAGCGACGGGCUCUGCUGUCGCCGCUGCAAGUACGAACCACGGGGUGUGUCCUGCCGAGAGGCCGUGAACGAGUGCGACAUCGCGGAGACCUGCACCGGGGACUCUAGCCAGUGCCCGCCUAACCUGCACAAGCUGGACGGUUACUACUGUGACCAUGAGCAGGGCCGCUGCUACGGAGGUCGCUGCAAAACCCGGGACCGGCAGUGCCAGGUUCUUUGGGGCCAUGCGGCUGCUGAUCGCUUCUGCUACGAGAAGCUGAAUGUGGAGGGGACGGAGCGUGGGAGCUGUGGGCGCAAGGGAUCUGGCUGGGUCCAGUGCAGUAAGCAGGACGUGCUGUGUGGCUUCCUCCUCUGUGUCAACAUCUCUGGAGCUCCUCGGCUAGGGGACCUGGUGGGAGACAUCAGUAGUGUCACCUUCUACCACCAGGGCAAGGAGCUGGACUGCAGGGGAGGCCACGUGCAGCUGGCGGACGGCUCUGACCUGAGCUAUGUGGAGGAUGGCACAGCCUGCGGGCCUAACAUGUUGUGCCUGGACCAUCGCUGCCUGCCAGCUUCUGCCUUCAACUUCAGCACCUGCCCCGGCAGUGGGGAGCGCCGGAUUUGCUCCCACCACGGGGUCUGCAGCAAUGAAGGGAAGUGCAUCUGUCAGCCAGACUGGACAGGCAAAGACUGCAGUAUCCAUAACCCCCUGCCCACGUCCCCACCCACGGGGGAGACGGAGAGAUAUAAAGGUCCCAGCGGCACCAACAUCAUCAUUGGCUCCAUUGCUGGGGCUGUCCUGGUUGCAGCCAUCGUCCUGGGCGGCACGGGCUGGGGAUUUAAAAACAUUCGCCGAGGAAGGUCCGGAGGGGCCUAAGUGCCACCCUCCUCCCUCCAAGCCUGGCACCCACCGUCUCGGCCCUGAACCACGAGGCUGCCCCCAUCCAGCCACGGAGGGAGGCACCAUGCAAAUGUCUUCCAGGUCCAAACCCUUCAACUCCUGGCUCCGCAGGGGUUUGGGUGGGGGCUGUGGCCCUGCCCUUGGCACCACCAGGGUGGACCAGGCCUGGAGGGCACUUCCUCCACAGUCCCCCACCCACCUCCUGCGGCUCAGCCUUGCACACCCACUGCCCCGUGUGAAUGUAGCUUCCACCUCAUGGAUUGCCACAGCUCAACUCGGGGGCGCCUGGAGGGAUGCCCCCAGGCAGCCACCAGUGGACCUAGCCUGGAUGGCCCCUCCUUGCAACCAGGCAGCUGAGACCAGGGUCUUACCUCUCUGGGACCUAGGGGGACGGGGCUGACAUCUACAUUUUUUAAAACUGAAUCUUAAUCGAUGAAUGUAAACUCGGGGGUGCUGGGGCCAGGGCAGAUGUGGGGAUGUUUUGACAUUUACAGGAGGGCCCGGAGAAACUGAGGUAUGGCCAUGCCCUAGACCCUCCCCAAGGAUGACCACACCCGAAGUCCUGUCACUGAGCACAGUCAGGGGCUGGGCAUCCCAGCUUGCCCCCGCUUAGCCCCGCUGAGCUUGGAGGAAGUAUGAGUGCUGAUUCAAACCAAAGCUGCCUGUGCCAUGCCCAAGGCCUAGGUUAUGGGUACGGCAACCACAUGUCCCAGAUCGUCUCCAAUUCGAAAACAACCGUCCUGCUGUCCCUGUCAGGACACAUGGAUUUUGGCAGGGCGGGGGGGGUUCUAGAAAAUAUAGUUCCUAUAAUAAAAUGGCACCUUCCCCCUUUCAAGAAGGGUGAUUCUGGGGCCGACUCAGGGUUUAGGUGCCCCCUGGUGUGGCCUAGAUGUCCCCACCUGGGCCAUCUUUCUGGGGAGGACUCUCCCAGGUAGGGAAGGCCAGAGGUGGCCCAGUGCCUGGAGGGUUAGGGUCUCUGCCUGGGAUAUGCAAGAGGAAGUAGGAAAGGGAGGUCUCAUGGAUGAUCCUAGGCUGCUAGAAGUCCUUAAGGCCCCAUCUAGUCCAUUCCACUCCCUACCCCCAUUCCAGAGCCGAGUAGUAAGUUUACAGAUGUUUCCCCCAUUACGUACCCCCACCCAUCCCUGCUGCAGCGAGCCUGAGAGCCAGGUAGAGCCAGGCACAGCUCCUCAGUCUUCUCACACAGUCCUGCCGGUGGCCUUCCCUCAUGACCCUUGCUUGGGAGGGUGGAGCACUGGCUCCUUGACCCUAAAAGGUAGCUGGCAGGGGCAAGAUGGGGGCCAGCUACCUAAUGGAUGAAAGCCACAAGUGAAUACAGUUCUUGUCACCAGGGUUGCCCUGCCCUCACUCGGCAGGGAGUUCUGACACCCCAGGGCCCGUGAGCUACCUGCUUGAGCCCCUGUUUCUGGGGCACCUUCGAGGAGGCGUUGUGGAGGGCAUCGCCCCCUGUUUAUUCACAACACCCUCAGGGGCAAACAGGCCUGGGACCCGCUGACACCAUUUUGGGUAGCUGGAUGCACCCGACAGCAGUGGGGUCCACACACUGAGCUCCAGCUGGCACUGCCCACUCAAGGGCUGAGUGGAGGGGCCCCUCCGGCCAGCUCUGCUCCACCAGCCCUGCAAGCUGAUGCAGGGCGGGGGAAGGGCUGGGUGUUGCACUAUUGCUGCGCUGCCUUAAGGCAUCUGUCCUCUGGUGGUGCACCCGUGCACACAGGUACAGUGCAUCUGGGCACAGCUUUUGGAUCCACACCUCUGCACAAGUGUGAAUACCUCUGCACAUAUGGGCGUAUCUGUGUGUGCUCGUGUAUAUGGGGUGGGGAACAUGAGACUUCCUGUGACCAGUCCACCCUGGCUCCCAGCUGUCUGUAUCCUCCUGCCCCGCCCUGGCGAGUGCCUACCCUGGCAGAACCCAGGGAGGAGUGGAGGCUGCCUCUGCCUGGGCCUCCACACAGCAUCCUGUACAUACGCCACCUGGGCUGGGGGUGGGGAGGCAGGGCCAGGAGCAUCGAUUAAAGAUCACAUCCUGGGGCUUCCAGGGAGCUCACACCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-2104.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2172.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 957.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((.(((((((....))).)))).).)))))).......((((((((((.(((..(((((((..(((((((((((((.(.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((((((.((((((((.((((((.(.((((.(((((((((((((((.((((((((.(....(((((((((....))))((.(((((((.((((.......)))).)).))))).)))))))....).)))))))).((((((...))))))((.((..((((((((((((((......)))).((((((.((((((((....)))).))))((((.......)))).((((..((...((((((((((((....)))....((..(((.((((((...((((((.((.((.....)).))))))))...)))))).)))))((((((((((((.....................)))).))).))))).)))))))))...))))))..(((((((((.((.....((((....))))....)).)))))))))...))))))......((((((((.....((.(((.......)))))..)))))))).......(((((((.(((((.((((((.((((((((..((((((.((((((((((((((....)))))...))))....))))).))))))..(((((((..((.((((((((....))))))))...))....))))))).......(((......)))((((.(((((....)))).).))))....((((((....((.(((((((.(((((((((((((((((...(((((.(.((((...........)))))))))).((((((.....(..((((((....(((......))).....))))))..)....((((((.((((((...((....)))))))).))))))(((((((......((((((...((((((((.((((.((.((((((((......((......))......)))))))).)).))))))))))))......))))))((((.......)))))))).)))....(((((((.(((..((((....((((.((((((((.....((((((((((((((((....(((........))).....)))))))).))))))))..(((.((((..(((((((((.......(((((((....)))))))((((((((((((((((.........((((((..(((.(...).)))))))))))))))))).....).))))))((((((((((((((((((((..((..(((.((((((..((((....)))).))).))).).....))..))..)))))))))).....).)))))))))..))))))))).....)))).))))))).))))..))))....))))..))).)))))))..))))))..((((((((.(...(((((..((..((.(((((.....)))).).))..))..))))).).)))))))).)))))))).)))))).)))..))))))).)).))))))..))))))))........(((.((...((((((((.....((..((..(((((.(((((((......))))))).)).))).)).)).....)))))))).)).))).))).))).))))).))))))).)))))))))).)).)).(((((...((((((..((((...........))))..)))))).((((((....))))))....((((((((.(((...))).)))).))))....)))))(((((((...))).))))....)))))..))))))))))....((((((......)))))).....)))).).))..)))).)))))))).).)))))...)))...((((((((((.((.((.((..((.((.(.(((..((((((...((((((((((((..((.((((...(((((((.....)))))(((((((((((((((.....)))))....))..))))))))))..)))).))))).))))))))))))))).)))))).))..)).)).))))))).))))).)))).))).))).))).)))))))))...((.(((.((((((..(((...(((.(((.(((....(((((((..((((((((...((((((...(((((.((((.......)))))))))..)))))).))).....))))).)))).))).))).))).)))..))).))))))..)))))............((((((((((((((((((.((...))))).))))(((((..........((((((((..((((........))))..))...))))))((((.(((((((((((.....(((((.(((.......))).)))))............(((......)))..(((((((((...(((((.((((((.........(((.(((.......)))..)))............(((((........)))))..)))))).)))))(((....)))...(((((((..................(((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((.((.....)))))))))....)))).(((((......))))))))).)))))))))).)))))))))...))))........((((((.((((.((((.(((.((.((((.....))))..)).)))..)).)).))))(((((((((.(((...))))))))).)))..)))))).....))))))).))))))))))))))))))))))))((((((....)))))).)))))))))...)))))))..)))))..((((...((((..((((.........))))..)))).))))......)))))))).)))))).))))((((((.(((....))).))))))...)).)))).))))))..(((.(((((....))))).)))..(((((((((((((((((..((((..((((......((((((.((((..(((((((((((........)))))......)))))))))).))))))(((.(((.(((((....))))).......))).))).((((.((((((.(((....))).)))))).)))).......(((((((((((.........)))......((((((((((((((.(((......))).))))...))))))))))(((((((.(((.....(((((...)))))......))).)))))))((((((...))))))....)))))))).))))..))))...)))((((...((((.((.(.....).)).)))).))))))))))..))))))))....(((((((((((((.(((((....))))).....(((((....))))).)))))))))))))...(((.(((((....(((.((((((((((((((((((..((((((((......)).)))..)))...)))).............((((((((((....((((((...............((((((((((((((((((..((................((((.((.((((.((...(((.(((...))).))).))))))))))))............((((((((((.(((((.........(((......)))((((((((((....)))))...)))))..))))).))))))))))))..))))))))(((((((((((((((.((..(((.......((((...))))..(((.(((((.((((((((((.......)))))))...((((......))))((((.((((...(((.((((((((((.......)))))....))))).))).((((((((((((...))))........))))))))...)))).))))...))).))))))))..)))..))))))..)))))))))))..(((..((.((((((((((((((...((((.(((((.((..(((...)))..))...))))).))))...)))))))..((.((((((((..(((.((.((((((((......)))))))).))))))))))))).)).......))))))))).)))....)))))))))).))))))..((((((..((((((((((((((.((.(((.((.(((........((((.(((((..........))))).)).))..))).)).))).))))))))))))))))..))))))..)))))))))).))))))))))))((.((((((......)))).)).)).)).)))...))))).)))((((((((((((.((((((.((((((......))))))))).(((((((((((....))...)))))))))((((....)))).))).)))))...)))).)))))))))).)))))))((((((..(((.......)))....)))))))))..)).))).)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((.(((((((,...))).)))},).)))))).,.{.{.((((((((((.(((..(((((((..(((((((((((((.(.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((((((.((((((((.((((((.(.((((,(((((((((((((((.((((((((.(,...((((,((({,...|||,(({(((((((.,,||}..}})))).,.))},}})).))))))).,,.}.)))))))).((((((...)))))|((.((..(((((((((({(((,.....)))).((((((.((((((((....)))).))))((((.......)))).{(((..((...((((((((((((....)))....,{..(((.((((((...((((((.((.((.....)).))))))))...)))))).)))}}((((((((((((.{..................,))))}}))})}))).)))))))))...))})))..(((((((((.((.....((((....))))....)).)))))))))...))))))......((((((((.....((.(((.......)))))..)))))))){,...,,(((((((.(((((.(((((((((((((((,.((((((.((((((((((((((....)))))...))))....))))).))))))..(((((((..(({{{{{((((..,,|}}}})))..})).}}}))))))).......(((......)))((((.{((((....)))).}.))))....((((((,...,(.(((((((.(((((((((((((((((...(((({,(.((((...........)))))))))).((((((.....(..((((((....(((......))).....))))))..)...(((((((.(((((({{.,,....,))))))).))))))),(((((.,{,.,((((((...((((((((.((((.((.((((((((......{{,,,...)),.....)))))))).)).))))))))))))......)))))){{{(,......)))}}}))},)).},,(((((((.(((..((((....((((.((((((((.....((((((((((((((((....(((........))).....)))))))))}}))))))..(((.((((..(((((((((.......(((((((....)))))))((((((((((((((((.........((((((..(((.{...).)))))))))))))))))).....}.))))))((((((((({((((((((((..{{..,,||{,(((({,((((,,,,|}}}.,}}})}).|...,}))},)),,)))))))))).....).)))))))))..)))))))))..,,.)))).))))))).))))..))))....))))..))).)))))))}.))))))..((((((((.,.,,(((((.{((..(({(((((.....))))})},,}}),..))))).),)))))))).)))))))).)))))).)))..))))))).)).)))))),.))))))){{....}}.(((.({.,{((((((((.....(({{,...,((((.(((((((......))))))).)).))}.)).)).....))))))))})}.))).))))))).))))).))))))).)))))))))).}).)).{((((...((((((..((((..|.....|..))))..)))))}.((((((....))))))....((((((((.(((...))).)))).))))....))))){{|||||.,.))).)))),...)))))..)))))))))),.,{((((((......)))))).},..)))).).))..)))).)))))))).).)))))...)))...((((((((({{((.((.((..((.{{.{.{((,,((((({..,((((((((((((..({.((((...(((((((.....))))}(((((((({{(((((.....)))))....}}..))))))))))..)))).)}))).))))))))))))))}.)))))}.))..)).)).))))))).))))).)))).))).))).)))},))))))))...{,.(((.((((((..(({,,,(((.(((,(((,...{((((((..((((((({...((((((...((((((((((.......)))))))))..)))))).})}.}...))))).)))).))).}}).))).))),.))).))))))..)))}},.,.........(((((((((({(((((((.((...))))).))))(((((..........((((((((..((((........))))..))...))))))((((.(((((((((((,,.,{,{(((.(({||,..,,|||{||||,..........}}|||.,||,.}}),,(((((((((...(((((.{{{{{{.,,,,{,..{{{|((|.......|||{{|}}.........}}}|||{(.......,)))}}..)))))),))))}{{{....}})...(((((((..................(((((((((((((..(((((((((((((((((((((((({{((.....)))))))))....)))).((((({....,))))))))).)))))))))).)))))))))...))))..,.....((((((,((((.((((.(((.((.((((.....))))..)).)))..)),}).))))|((((((((.(((...))))))))).))}..)))))).....))))))).))))))))),))))))))))))))((((((....)))))).)))))))))...)))))))..)))))..,....{((((({.,,.................))}))))))}.....)))))))).)))))).)))),{{{((,{{{,,,,.,}.)))))}.,,)).))),,))))))..((|,(({{.{{||},{||{{{|..(((((((((((((({(({,((({..{{(({{{..,(((,,,.|||}}}||(((((((,,.}}}}}}}},|||{,(((((((...))))))),,)),||..((.(((((....))))).}}....}}},,,,,((((.((((((.(((....))).)))))).)))).......(((((((({{{,{,{,.....|,......((((((((((((((.(((......))).))))...))))))))))(((((((.(((.....(((((...)))))......))).)))))))((((({...)))))).))}}))))))).}})),,))))...)))||||.,.||||}|({(,{{.,|.,,.)),)})))))))))}..)))))))).,{,((((((((({{(,.(((((....))))),..,}||||},}}})}}})})))})))))})),...(((.(((((.,{,((,..(((((((((((((((((..{({{((((...,,.}).}))..}))...}}))..,,,........((((((((((,{..((((((...............(((((((((((((((,,,.....{{{({{.....,,,.((((.((.((({{((...(((.(((...))).))).)))))))))))}...........,,{((((((((.(((((,,,......{{{......)))((((((((((....)))))...)))))..})))).))))))))))),..),))))))(((((((((((((((.((..(((.,,{{{.{,......,,)}}||{.{((((,((,(((((((.......))))))),,,||||....{{||||((((.((((...(((.((((((((((.......)))))....))))).))).((((((((((((...))))........))))))))...)))).))))...},}.)))))),,..)))..))))))..})))))))))).,(,({{(,{(,,,,||,||||,|...,,,{{(((,,.(({{(((.,.|||{.,,...)))),.}}}|{{{|,,,,))}}||}||||||,,}}||{.,,.((((((((......))))))))))))))|||||,}|{{{{.(({....))),)))})))}},..))))))))).)))))).,((((((..((((((((((((((.((.(((.((.(({.,{.....{{{{.(((((..........))))).}}.})..))).)).))).))))))))))))))))..))))))..)))))))))).))))))))))))|{.({((((......)))).)).)},}}.}))}..))))).)))((((((((((((.((((((.((((((......))))))))).(((((((((,(....,,...)))))))))((((....)))).))).)))))...)))).)))))))))).)))))))((((((,.,({,,,,...))),...)))))))))..)).))).))))},.....
Back