Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001319224.2
Sequence Length
3341 nt
GC Content
0.4223
AGCCUUUCGCGCGCUGUGUAGGCAAGUUACCCGUGUUCUGCGUUGCCGGCCGUGGGUGCUCUGGCCACAGUGAGUUAGGGGCGUCGGAGCGGGUUUCUCCAACCGCAAUCGGCUCCGCUCAAGGGGAGGAGGAGAGUCCCUUCUCGGAAGGCCUAAGGAAACGUGUCGUCUGGAAUGGGCUUGGGGGCCACGCCUGCACAUCUCCGCGAGACAGAGGGAUAAAGUGAAGAUGGUGCUGUUAUUGUUACCUCGAGUGCCACAUGCGACCUCUGAGAUAUGUACACAGUCAUUCUUACUAUCGCACUCAGCCAUUCUUACUACGCUAAAGAAGAAAUAAUUAUUCGAGGAUAUUUGCCUGGCCCAGAAGAAACUUAUGUAAAUUUCAUGAACUAUUAUAUCCGUUUUCCUCGGAGUGAGAGAAAACUCUUUUUAGAUAUCAUCUGAGAGGUAGUUAAUUUGGCACCAUGGGGAUACAGGGAUUGCUACAAUUUAUCAAAGAAGCUUCAGAACCCAUCCAUGUGAGGAAGUAUAAAGGGCAGGUAGUAGCUGUGGAUACAUAUUGCUGGCUUCACAAAGGAGCUAUUGCUUGUGCUGAAAAACUAGCCAAAGGUGAACCUACUGAUAGGUAUGUAGGAUUUUGUAUGAAAUUUGUAAAUAUGUUACUAUCUCAUGGGAUCAAGCCUAUUCUCGUAUUUGAUGGAUGUACUUUACCUUCUAAAAAGGAAGUAGAGAGAUCUAGAAGAGAAAGACGACAAGCCAAUCUUCUUAAGGGAAAGCAACUUCUUCGUGAGGGGAAAGUCUCGGAAGCUCGAGAGUGUUUCACCCGGUCUAUCAAUAUCACACAUGCCAUGGCCCACAAAGUAAUUAAAGCUGCCCGGUCUCAGGGGGUAGAUUGCCUCGUGGCUCCCUAUGAAGCUGAUGCGCAGUUGGCCUAUCUUAACAAAGCGGGAAUUGUGCAAGCCAUAAUUACAGAGGACUCGGAUCUCCUAGCUUUUGGCUGUAAAAAGGUAAUUUUAAAGAUGGACCAGUUUGGAAAUGGACUUGAAAUUGAUCAAGCUCGGCUAGGAAUGUGCAGACAGCUUGGGGAUGUAUUCACGGAAGAGAAGUUUCGUUACAUGUGUAUUCUUUCAGGUUGUGACUACCUGUCAUCACUGCGUGGGAUUGGAUUAGCAAAGGCAUGCAAAGUCCUAAGACUAGCCAAUAAUCCAGAUAUAGUAAAGGUUAUCAAGAAAAUUGGACAUUAUCUCAAGAUGAAUAUCACGGUACCAGAGGAUUACAUCAACGGGUUUAUUCGGGCCAACAAUACCUUCCUCUAUCAGCUAGUUUUUGAUCCCAUCAAAAGGAAACUUAUUCCUCUGAACGCCUAUGAAGAUGAUGUUGAUCCUGAAACACUAAGCUACGCUGGGCAAUAUGUUGAUGAUUCCAUAGCUCUUCAAAUAGCACUUGGAAAUAAAGAUAUAAAUACUUUUGAACAGAUCGAUGACUACAAUCCAGACACUGCUAUGCCUGCCCAUUCAAGAAGUCAUAGUUGGGAUGACAAAACAUGUCAAAAGUCAGCUAAUGUUAGCAGCAUUUGGCAUAGGAAUUACUCUCCCAGACCAGAGUCGGGUACUGUUUCAGAUGCCCCACAAUUGAAGGAAAAUCCAAGUACUGUGGGAGUGGAACGAGUGAUUAGUACUAAAGGGUUAAAUCUCCCAAGGAAAUCAUCCAUUGUGAAAAGACCAAGAAGUGAGCUGUCAGAAGAUGACCUGUUGAGUCAGUAUUCUCUUUCAUUUACGAAGAAGACCAAGAAAAAUAGCUCUGAAGGCAAUAAAUCAUUGAGCUUUUCUGAAGUGUUUGUGCCUGACCUGGUAAAUGGACCUACUAACAAAAAGAGUGUAAGCACUCCACCUAGGACGAGAAAUAAAUUUGCAACAUUUUUACAAAGGAAAAAUGAAGAAAGUGGUGCAGUUGUGGUUCCAGGGACCAGAAGCAGGUUUUUUUGCAGUUCAGAUUCUACUGACUGUGUAUCAAACAAAGUGAGCAUCCAGCCUCUGGAUGAAACUGCUGUCACAGAUAAAGAGAACAAUCUGCAUGAAUCAGAGUAUGGAGACCAAGAAGGCAAGAGACUGGUUGACACAGAUGUAGCACGUAAUUCAAGUGAUGACAUUCCGAAUAAUCAUAUUCCAGGUGAUCAUAUUCCAGACAAGGCAACAGUGUUUACAGAUGAAGAGUCCUACUCUUUUGAGAGCAGCAAAUUUACAAGGACCAUUUCACCACCCACUUUGGGAACACUAAGAAGUUGUUUUAGUUGGUCUGGAGGUCUUGGAGAUUUUUCAAGAACGCCGAGCCCCUCUCCAAGCACAGCAUUGCAGCAGUUCCGAAGAAAGAGCGAUUCCCCCACCUCUUUGCCUGAGAAUAAUAUGUCUGAUGUGUCGCAGUUAAAGAGCGAGGAGUCCAGUGACGAUGAGUCUCAUCCCUUACGAGAAGAGGCAUGUUCUUCACAGUCCCAGGAAAGUGGAGAAUUCUCACUGCAGAGUUCAAAUGCAUCAAAGCUUUCUCAGUGCUCUAGUAAGGACUCUGAUUCAGAGGAAUCUGAUUGCAAUAUUAAGUUACUUGACAGUCAAAGUGACCAGACCUCCAAGCUACGUUUAUCUCAUUUCUCAAAAAAAGACACACCUCUAAGGAACAAGGUUCCUGGGCUAUAUAAGUCCAGUUCUGCAGACUCUCUUUCUACAACCAAGAUCAAACCUCUAGGACCUGCCAGAGCCAGUGGGCUGAGCAAGAAGCCGGCAAGCAUCCAGAAGAGAAAGCAUCAUAAUGCCGAGAACAAGCCGGGGUUACAGAUCAAACUCAAUGAGCUCUGGAAAAACUUUGGAUUUAAAAAAGAUUCUGAAAAGCUUCCUCCUUGUAAGAAACCCCUGUCCCCAGUCAGAGAUAACAUCCAACUAACUCCAGAAGCGGAAGAGGAUAUAUUUAACAAACCUGAAUGUGGCCGUGUUCAAAGAGCAAUAUUCCAGUAAAUGCAGACUGCUGCAAAGCUUUUGCCUGCAAGAGAAUCUGAUCAAUUUGAAGUCCCUGUUUGGGAAUGAGGCACUUAUCAGCAUGAAGAAUUUUUUCUCAUUCUGUGCCAUUUUAAAAAUAGAAUACAUUUUGUAUAUUAACUUUAUAAUUGGGUUGUGGUUUUUUUGCUCAGCUUUUUAUAUUUUUAUAAGAAGCUAAAUAGAAGAAUAAUUGUAUCUCUGACAGGUUUUUGGAGGUUUUAGUGUUAAUUGGGAAAAUCCUCUGGAGUUUAUAAAAGUCUACUCUAAAUAUUUCUGUAAUGUUGUCAAGUAGAAAGAUAGUAAAUGGAGAAACUACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-915.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -978.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 749.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.((.((((((...(((.((.((((((((.((.((...)).)).))))))))..)).))))))))).)).)))))).........(((((((((..(((....)))((((.(....).))))(((((...((((....((.(((((((..((((((.((((....((((((.((..((.(....).)).)).))).)))(((((..((((((....((((..(((((((..((.(((((((((((((((((.....)))..))).)))....))).))))).))...))))))).))))...)).))))..)).)))...(((.((.((((((((((..(((...((((((((((((..((....(((((.......))))).....(((((((.(((((((((((((.((((....))))((((((((...))))))))((..((((.((((((....((((((((..(((.((..(((((.........((((((((((((....(((......)))(((....((.((((((((((((((((((..((......))..))))).....))))))))))))).)).....)))..((((((....(((((....)))))..(((((...((.(((((.((..((((.....)))).)).))))).)).....)))))(((((((((((((((((.(.((((((.((((....)))).))))))).))).....((((.(((((.....((...........)).(((((((((((((.(((.(((((((.((((((....))))))...)))).)))((((((((...........((((((((((......(((((((..(((...((((.((((((((......(((....)))))))).))).)))).(((((((((..(((..(((....))).)))))))))))))))..)))))))(((((.((.((....)).))))))))))))).....))))........))))))))......(((((((.(((((((((......(((..(((.((((((((......((((((((((((..((((.(((.....((...(((((((.(((.((((((....(((((((....(((((((...((((((..((((((..(((..((((((((.((((....))))..(((((..((..((((..........))))..))..)))))...(((((....))))).............((((((...........(((((....)))))..........))))))......(((((.((((((...((((((((((.....)))))......(((((((.((....((((........)))).....)).)).)))))..((((((..((.(((((..(((........)))...))))).))..))))))......)))))...)))))).)))))............))).))))))))..))))))....)))).))...)))))))....((((((((.((..((((....)))).)).))))))))...((((((((.(((.(((....))))))....((((((.....((((((......(((...)))......))))))..)))))))))))))).........(((........)))..(((.....)))...............((((.(((((((.(((((((..((((((((((........)))..(((..((((((.(......(((((...(((((..................))))))))))....).))))))..))).(((((...((((.((((.(((.....(((((....)))))......................((((.(((((((................))))))).))))))))))).))))...))))).)))))))))))))))))))))..)))).((.(((.(((.....))).))).))(((((((...)))))))........)))))))....))))))...(((.((((........)))).))).(((..((........))..)))..))).)))))))))....)))..))))..)))))))(((((....))))))))))...)))))))))).)..))).....(((((.((...(((((((...))))))))).)))))...))))).))))..)))))))....((((...))))..))).)))))))))))))...((((.(((((((((((((((...(((.........)))....)))))).((...))((((((((((((((...(((.....((((((.(...(((((((.(((.((...((((.....)))).)).))).))))))).).))))))((((((.((...(((((.((........)).)))))..(((((((((..((....))..)))))))))))))))))((((((((...(((.....(((.........)))...))).)))))))).)))...)))).))).))))))).....(((((((........))))))).))))))))).))))))))).)))).((((((......(((......))).((((((...))))))(((((.....))))).(((((((((...............((.(((.......))).))..))).))))))..((.((((........)))).))............)))))).))))).)))).))))).....((((((((.((............)))))))))).....))))))............))))))..))))))....)))))..)).))).))))))))))))))..))))..)).....))))).))...)))))))))))))..........))...)).))))........)).))))...)))......(((((....)))))..((....))..(((((((((((...(((((((((((((((.....))).....(((((.....((.((((.(((....))))))).)))))))..............(((((...)))))....)))))).)))))).....)))))))))))..(((((((((((....)))))))))))........)))))))))).))))))))).))))))..)))))))..))......))))...)))))....((((((.....((((((...((((((.....))))))....))))))......)))))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((.((.(((((({..({(,((.{(((((((.{(.((...)).)).))))))))}},),})))))))).)).)))))).........((((((((((.(((....)))((((.{....).))))(((((...((((....({.(((((((..((((((.(((({,,,((((((,(({{(,((((,,,||},|||||{{|||{({{|..,{{{{{.,..{|||.,{{{{{|{|,{{.,,,,,,,{(((((({((.....|||,.}}},|||,.|,|,}.}}})}}}}},}))}}})),))}}..,)}.}}}|..}|.,,,...||||{{.{{{{{{{{||,,||{.,.,{||{|({{{{{..{{....(((((.......))))).....(((((((.(((((((((((((,(({(....}))|{(((((((...)))))))}{{..((((.((((((....((((({.,(((((.({.{(((((.........((((((((((((.,,,(((...,,.))}(((....((.((((((((((((((((((..((......))..))))),....})))))))))))).)).....}))..((({((,{{,,((((..{,|||}}{,((((({{{((.{{,||,}|,,{{{,.,}},)}})}))}}}}))}),},,..))},|((((({{((({{((((({(.((((({,((((....,)))})))}}||,|||,,,,.((((.((({(...,{(,..,{{{,,..,}}}(((((((((((((.(((.(((((((.((((({....}))))).,.}))).)))((((((((...,....,,,.((((,(((,......(((((({..(((,,,({{{.{{{,{{||,,,...{({..,,)))}}))}.))}.))}}.(((((((((..(({..(((....})).))})))))))))))),.))}}}}},{(((,,,.{{...,)),,)))},))))))}.....}}},.,,,,...)))))))).....,(((((((.(((((((((......((({.,((.((((((((.,....((((((((((((..((((.(((.....((...(((((((.(((.{((((({{,,(((((,{....(((((((.{.((((((..((((((..((,.,((((((((.,(((....}}}}.{(((((..((..((((..........))))..))..))))).,.(((((....))))}.......{{{...((((((...........(((({....}))))..........)))))),,,.,.(((((.((((((...((((((((({.....}))},......(((((((.((..,.((((........)))).....)).)).)))))..((((((..{{.(((((..(((........)))...))))).}}..))))))....,})))))...)))))).))))).......}}}..))).))))))))..))))))....)))).)).,,)))))))....((((((((.((..((((....)))).)).)))))))).|.{,,,(((({{{,.{{(.,.,))}|||{{{{(,,,|}}.}}}||||||,}}},,|||...}}}....,{|||||,,{|||,,,}}|||}}}..,,,,...(((........))).,(({.....))).}}|,},....,,,.((((.(((((((.((((((,.{((((((({{((,,,,.{{{{{{{((......}}}}}}}}...{|||,...,||||.,.{{{{..{{{,,|,{{,||}}}}})).,}}}}))))))})),,,(((((...((((.((((.(((.....(((((....)))))......................((((.(((((((............,...))))))).))))))))))).))))...))))).)))))))))))))))))))))..)))).((.(((.(((.....))).))).))(((((((...)))))))...||,|||))))}},,..,},,.....||||,,||...}}},,},}|.,|{(({...,{........}))}))..}))).)))))))))....)))..))))..)))))))(((({....))))))))))..})))))))))).}.,|||,....|||||.,,...(((((((...)))))))}}.))))..,.))))).))))..)))))))....((({...})))..))).))))))))))))).,.{(((.(((((((((((((((...{((.........))}....)))))),{{...}}((((((((((((((...{{,...,.((((((.(...(((((((.(((.((...((((.....)))).)).))).))))))).).))))))((((((.({...(((((.((.{....}.)).)))))..(((((((((..((....))..)))))))))})))))))((((((((...(((.....{((.......,,))}...))).)))))))).}))...)))).))).))))))).....(((((((,.....,.))))))).})))))))).)))}))))).)))).||||||......{{{......}}}.{(((((...)))))|(((((.....))))),{{{{{{{{{..|,|||,,,,.......|||......,|||.|}..}}}}}))))}..((.((((........)))).))..)),}}}}..,)}}},.||||},.})))}})))),....((((((((.{{{,......,,..)))))))))).....))))))..........,.))))))..))))))....))))}.}.},.)))))))))))))))))..))))..)}.....))))).)}.,.)))))})))))))..........}}...}).))))..,,,,...)}))},}}}))),,....{((((,..,||}}}.,||.,,,))..(((((((((((,(((((((((((((((((.....))),....(((({....,((.((({,(((....))))))).)))))))..........|||,(((({...)))))....}))))).)))))),)),.)))))))))))..(((((((((((....)))))))))))........}}}}}})))).))))))))).))))))..)))))))..})......))))...)))))|,,,{(,,({.....{{{|||,,,{(((((.....}))))}....}}))))...,,.}},,.))))))))))....
Back