Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001319241.1
Sequence Length
1275 nt
GC Content
0.4078
GGGGCAGUAGAGUGUGUCUGGGUCAGCUGAGUGACUACAUCAAAGCUCCCAGCCUUGAAAAACACAUGCUGUUCCCAGGCCUCAAGAUAUUGAAACAUUAAUUAGAUAAUUUAAAGUAGCGUUUUCUUCUACAAUGUCUGAAGAAGUGACCUACGCGACACUCACAUUUCAGGAUUCUGCUGGAGCAAGGAAUAACCGAGAUGGAAAUAACCUAAGAAAAAGAGGGCAUCCAGCUCCAUCUCCCAUUUGGCGUCAUGCUGCUCUGGGUCUGGUAACUCUUUGCCUGAUGUUGCUGAUUGGGCUGGUGACAUUGGGGAUGAUGUAUAUCUAAUGACAUUAACUCAGAUUCAGAGAAAUUGAGUCAACUUCAGAAAACCAUCCAACAGCAGCAGGAUAACUUAUCCCAGCAACUGGGCAACUCCAACAACUUGUCCAUGGAGGAGGAAUUUCUCAAGUCACAGAUCUCCAGUGUACUGAAGAGGCAGGAACAAAUGGCCAUCAAACUGUGCCAAGAGCUAAUCAUUCAUACUUCAGACCACAGAUGUAAUCCAUGUCCUAAGAUGUGGCAAUGGUACCAAAAUAGUUGCUACUAUUUUACAACAAAUGAGGAGAAAACCUGGGCUAACAGUAGAAAGGACUGCAUAGACAAGAACUCCACCCUAGUGAAGAUAGACAGUUUGGAAGAAAAGGAUUUUCUUAUGUCACAGCCAUUACUCAUGUUUUCGUUCUUUUGGCUGGGAUUAUCAUGGGACUCCUCUGGCAGAAGUUGGUUCUGGGAAGAUGGCUCUGUUCCCUCUCCAUCCUUAUUUAGUACUAAAGAACUUGACCAGAUCAAUGGAUCCAAAGGAUGUGCUUAUUUUCAAAAAGGAAAUAUUUAUAUUUCUCGCUGUAGUGCUGAAAUUUUUUGGAUUUGCGAGAAGACAGCUGCCCCAGUGAAGACUGAGGAUUUGGAUUAGUAUGCUUCUUCCAAAUUCUCCAAGAAGUAAGAGACUUGUGAGUAAGCUCAUAUGAGGAAAGAGGAAACUACGGUACCAGAGCCAAACCAGCUUUUAAAAUGACUGUGUAUUUACAUUAUCAGACAAAUGAACUUGUUUAACAGAACAUUCUCCAGUUCCUUGUCUGACGUCUUCUGAUUUGAUGUUAUUAUUCGGUCUUAAAAUUAUACCUGGGGACAAAGGGGAAUAGCCAUACUAUGGCCCUAUGAUUGUCUCAGAAUCAUUUCACUGAAUUUCUUUGCUUUCUCAAAUAAAGACUCCUUUCUUUCAUUAUUAUUAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-344.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -369.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 287.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.(((((((((((((.((((...(((......((((.(((...))).))))....)))..))))..))))))).((((....))))......................((((.(((..(((((.((.....)).))))).)))))))...))))))))....(((.......)))((((((((((.....(((((.((((((((....(((..(((((((....(((.((((((((((((((..(.((((.((((((((((((((....((((.((((..((((((((.(((((.((((....((((((.((((..((.(((..(((.(((......)))))).))).))...)))).))))))...)))))))))))))))))(((((...)))))(((..((((((...((((((((...)))...)))))((((....))))............))))))...)))...)))))))).....((((((......)).)))).((.....)).........))))))).)))).)))...)))).).((((((((((((((.((......)).)))))))).))))))...)))))).))))).....))))))....((((......))))...................(((((.(((((.((((((.........((((...(((((((((.((((((......(((....))).....)))))).))....))))))).)))).....(((((((((((.........((((((((...(((((...((((((((((((((((.((.....(((((......))).))....(((((((..(((((((.....)))))))..)))))))....)).))))))))))((((((((((((((.((((((.((((((((.((((....)))).))........)))).)))))))).))))...))))))))))........((((((....)))))))))))).)))))..((....))..))))))))))))))))))).....)))))).))))).)))))((((((((..((((((((((....)))))......))))).)))))))).)))))))..)))...)))))..))).))))).............(((((((((((..((((.....))))..))))....))))))).(((....))).......))))))))))...........).))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({((({((((({(((((((.((((...(((......((((.(((...))).))))....)))..))))..))))))).((((....))))....,,,..,.,....,,,,..((((.(((,,(((({.{{.....}),))))).)))))))...}}}}}}.,....{{|.}}}}}}))){(((((((((.....(((((.((((((((....(({..(((((((.,{{((,.,..(((((((((((,.(.((((.((((((((((((((....(({((((((..((((((((.(((((.((((....((((((.((((((,{.,...,||})))}}.|||,({(((|..}}..}))))))..)))))}...)))))))))))))))))(((({...}))))(((..{{(((|...((((({(,...}))...)))))((({....})))..{{{...,...,})})),..)))...)))))))}.....((((((......)).)))).{{.....,,.........,)))))).)))).)))...)))).}.{(((((((((((((.{{......}}.)))))))).))))))...)))))).)))))....))))}||,.,,(({{.....,)))}.,,|...............(((((.(((((.((((((.,..{(,..{(((...(((((((((.((((((......(((....))).....)))))).))....))))))).))))}}..,{((((((((((,{....,,.((((((((,,.(((((...((((((({{((({{{,.,,..,{,{,(((......))),}}....|((((((..(((((((.....)))))))..))))))|||{{||{,,||||||,.,((((((({,,,,,}||||||.||||,||,.||||}...}}}|{||{{{{{{{.,||,...})}}})}))))}}}))}}}}}|||......|||({{{{....)))))))))))).)))))..{{....),..))))))))))))))))))}.....)))))).))))).)))))((((((((..((((((((((....)))))......))))).)))))))).)))))))..)))...))))),.})).)))))..........{{{(((((((((((..((((.....))))..))))....)))))))}}..{{{......})}..}))))))))},}|,....,,|||,}}}..,,,,.............
Back