Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001320099.2

Sequence Length

1549 nt

GC Content

0.5094

AUUUCCGAUCCGGGCCAAGGCUGGGUGGCUGCGGCAGUGCCGGAGGCCCGCUCUCCCCUUGGUCCGCUCUUUAGUUCAUUCCCAGCACUCCCUCUUUAGCGGGUCAAGUUGCCGCAGAAACCGCCCGUAGUCUUCCUGUUUGAUACAAGGGUUUCAGCGGCCGAAGCAGAGCCUUUUUAAAUAGUUCCCAAUGGGCGCUCACGGCCAAACGUGAACACCUCCCCUCCUCACCUGUCACCUCCUGAACUUUACAGGGUUGCGAGGGGGAGUGUGGGAUCGGGUGUCGCCUAGCCGUGGUCGUACUGCCCGGGUGUGUCUGAAGCCCCAUCUGUCAUCCCUGCCUGCCUUCCCGGUCACUUAACCUUCACUGCCUUACACACAACCAAGCCACAGCACACUGGUGCAGGGGUGGUGGAACUGCACCUUCAAAUCGUGCCUGGCUACUGACCAGUGCUGGGGGAGAAAUGGAGGCCAGAGACAAACAAGUACUCCGCUCACUUCGCCUGGAGCUGGGUGCAGAGGUAUUGGUGGAGGGACUGGUUCUUCAGUACCUCUACCAGGAAGGAAUCUUGACGGAAAACCAUAUUCAAGAAAUCAAUGCUCAAACCACAGGCCUCCGGAAAACAAUGCUCCUGCUGGAUAUCCUACCUUCCAGGGGCCCUAAAGCAUUUGAUACAUUCCUAGAUUCCCUACAGGAGUUUCCCUGGGUCAGGGAGAAGCUGAAGAAGGCAAGGGAAGAGGCCAUGACCGACCUGCCUGCAGGUGACAGAUUGACUGGGAUCCCCUCGCACAUCCUCAACAGCUCCCCAUCAGACCGGCAGAUUAACCAGCUGGCCCAGAGGCUGGGCCCUGAGUGGGAGCCCAUGGUGCUGUCUCUGGGACUGUCCCAGACGGAUAUCUACCGCUGUAAGGCCAACCACCCCCACAACGUGCAGUCGCAGGUGGUGGAGGCCUUCAUCCGUUGGCGGCAGCGCUUCGGGAAGCAGGCCACCUUCCAGAGCCUGCACAACGGGCUGCGGGCUGUGGAGGUGGACCCCUCGCUGCUCCUGCACAUGUUGGAGUGAUGGUGCCUCCAGCAACCGCUGGGGAGUGUGUCCCUGAGUCAUGUGGGCUGAAUCCUGACUUUCACUCAGAGCAGGUGGUUUUUUGUGUAGGUUUGUUUUUUAUUUUUGAUGAUCUUCAGAUGGAAGGAGAAAACAGGGUUUCCACUAGACAUUACUUGAAAGGCCAGAUUACUCAGCAGAUCUCCCAUGUUGGCUCAACAAUUCUUUGUUUUUAAUUGCUUGAAGAUUGCAUUGUUGUAAUUGUUCAGUUUUUAAAUGUGUAAUGGCAUUUUAAUAGACUAGUAAAUCACAGUGGUUCAAAAUAUAUAUCCAUAUAUAUAUAUAUCCAUAUAUAUAUCUCAUGUCAUCACAUUACAGGCAGGUGUCUCAUAUGUAAAACAUUUACCUGAAUGUUGUCUGAGGACUGAACUGUGGACUUUACUAUUCAUAAUGAUAAAAUAAUAAAAUGCGAAUUACUAUAUAUAAUGUGCCUCACUCAUGAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-545.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -575.20

Frequency: 0.0000

Diversity: 355.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((((((((((((((..((((((((.((((...)))).))..))))))...))))))))))..................(((((((((....(((((........(((((.((((((....(((.((.........)))))...)))))).)))))....(((((((.............((((...((((((.((((((.....((((.(((((.(((.((((.(((.((.(.(((((.......)))))..).)).)))))).).)))...)))))))))...))))))))......))))((((((((..(....(((((((((((..(((((..((.....((((((.....(((((.(((((((.......(((..(((.((((...((((.((.(((((((((((.(((..((((((..((.(.((((((.(((....))))))))).).))..)))))).)))..((......))..))))).)))))))))))).))))))).....)))..(((((((((.(((((....))))).)))))))))((((((((((((((.((....))....)))))).(((((((((.........((((((.((((........(((....))).........)))).))))))....)))).)))))...)))))....)))((.(((...((((((((...))))))))..))).))))))).)).)))).)....))))))....))..)))))))))))).....)))).....)..))))))))......((((((..((((...(((.(......).)))(((((((...)))))))))))..))))))....(((((((((.((((((...))))))(((((..........((.((((((..(((((......((.(((....))).))))))).)))))))))))))....)))))))))..))))((((((((((((.(((.((((((((........)))))))).)))))))))...))).)))))).))))...((((((((.(......))))))))).))))))))))))))....((((((.((.(((.((.....((((.......))))..((((((((.(((.(((.((.((((((((((.(((((.((.........)).))))))))))))))).))..))).))).))))))))..)).))).)).))))))..))))((.((((..(((.((((((....))))..((((..(((.((((((((((....))))))).))))))..))))(((((((((.((((((((.((((.((((((((((((((((..............))((((((((((......)))))))))).(((.(((.(((.((.(((..((((((..................))))))..))).)).))).)))))))))))))..))))))).))............)).))))))))..))))).))))....)).))).....)))).))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

......{{..((((((((((..((((((((.((((...)))).)),,))))))...)))))))))).,,....{{.{,,,....(((((((({....(((((........(((((.((((((.,..((,,((.........)))))..,)))))).))))).,..(({((((,,........,},||{{...((((({{((((((.....((({,(((((.(((.((((.(((.((.(.{((((.......)))))..).)).)))))).).)))...))))))))).,.))))))).,},...))))((((((((..{...,(((((((((((..(((((..((.....((((((.....{((((.(((((((.......,{{..(((.(,(({{.{{{||||,{||{||||{{,.(((..((((((..((.(.((((((.(((....))))))))).).))..)))))).)))..,,......||,|||}||{|}|},,.}}})}}))})))))).,.})}..(((((((((.{((((....))))}.)))))))))|{{(((((((((((.((....))....)))))}.(((((((((.........((((((.((((....,,{.(((....))),,,......)))).))))))....))))}}})))...})))}.,,|}}}{{.{{|,..{(((((((...)))))))}..))).}})))))},).)))).}....))))))....))..)))))))))))),....,))).....,..))))))))......((((((..((((...(((.,......}.))){((((((...)))))))))))..))))))....(((({(((((((((((...))))))}{((|,.....}}}.{(.((((((..(((((.{....((.(((....))),)}))))).))))))}),}}},.}}}))))))))).,))|}((((((((((({{(((.((((((((........)))))))).)))))))))...))).))))))}})))...((((((((.(......})))))))).)))))))))))))).....(((((((((((((({{,..{(((,{{{{.....))}}||||(((({((({(,({((,((((((((((.{(((({{{,....})),},,)))|,}))})))}}}.)).,)}}.)))}})))),))}}))}))),}}.,,))))..}}}}.}))))|.,)))))|((((....)))),.((((..(({,(({(((((((....))))))).))))))..))))|(({(((((.((((((((.{,((.((((((((((((((((,,.....,,,,.....{{(((((((({{,...)))))))))},(((.(,(,,,({(({,(({{,((((({............})))}),))))}}))),),,)))}))))},)))))))..))))))).))............},.))))))))..})))).))}}..,,}).))|{{|....)))),..