Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001320632.2
Sequence Length
1980 nt
GC Content
0.6030
CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGUCCGGCGCACGCUCCGCCUCCGUCAGUUGGCUCCGCUGUCGGGUGCGCGGCGUGGAGCGGCAGCCGGUCUGGACGCGCGGCCGGGGCUGGGGGCUGGGAGCGCGGCGCGCAAGAUCUCCCCGCGCGAGAGCGGCCCCUGCCACCGGGCGAGGCCUGCGCCGCGAUGGCAGAGAUGGGCAGUAAAGGGGUGACGGCGGGAAAGAUCGCCAGCAACGUGCAGAAGAAGCUCACCCGCGCGCAGGAGAAGGUUCUCCAGAAGCUGGGGAAGGCAGAUGAGACCAAGGAUGAGCAGUUUGAGCAGUGCGUCCAGAAUUUCAACAAGCAGCUGACGGAGGGCACCCGGCUGCAGAAGGAUCUCCGGACCUACCUGGCCUCCGUCAAAGCCAUGCACGAGGCUUCCAAGAAGCUGAAUGAGUGUCUGCAGGAGGUGUAUGAGCCCGAUUGGCCCGGCAGGGAUGAGGCAAACAAGAUCGCAGAGAACAACGACCUGCUGUGGAUGGAUUACCACCAGAAGCUGGUGGACCAGGCGCUGCUGACCAUGGACACGUACCUGGGCCAGUUCCCCGACAUCAAGUCACGCAUUGCCAAGCGGGGGCGCAAGCUGGUGGACUACGACAGUGCCCGGCACCACUACGAGUCCCUUCAAACUGCCAAAAAGAAGGAUGAAGCCAAAAUUGCCAAGGCCGAGGAGGAGCUCAUCAAAGCCCAGAAGGUGUUUGAGGAGAUGAAUGUGGAUCUGCAGGAGGAGCUGCCGUCCCUGUGGAACAGCCGCGUAGGUUUCUACGUCAACACGUUCCAGAGCAUCGCGGGCCUGGAGGAAAACUUCCACAAGGAGAUGAGCAAGCUCAACCAGAACCUCAAUGAUGUGCUGGUCGGCCUGGAGAAGCAACACGGGAGCAACACCUUCACGGUCAAGGCCCAGCCCAGAAAGAAAAGUAAACUGUUUUCGCGGCUGCGCAGAAAGAAGAACAGUGACAACGCGCCUGCAAAAGGGAACAAGAGCCCUUCGCCUCCAGAUGGCUCCCCUGCCGCCACCCCCGAGAUCAGAGUCAACCACGAGCCAGAGCCGGCCGGCGGGGCCACGCCCGGGGCCACCCUCCCCAAGUCCCCAUCUCAGAGCUCUCUUCCUGCUGUCGUGGUGGAGACCUUCCCAGCAACUGUGAAUGGCACCGUGGAGGGCGGCAGUGGGGCCGGGCGCUUGGACCUGCCCCCAGGUUUCAUGUUCAAGGUACAGGCCCAGCACGACUACACGGCCACUGACACAGACGAGCUGCAGCUCAAGGCUGGUGAUGUGGUGCUGGUGAUCCCCUUCCAGAACCCUGAAGAGCAGGAUGAAGGCUGGCUCAUGGGCGUGAAGGAGAGCGACUGGAACCAGCACAAGGAGCUGGAGAAGUGCCGUGGCGUCUUCCCCGAGAACUUCACUGAGAGGGUCCCAUGACGGCGGGGCCCAGGCAGCCUCCGGGCGUGUGAAGAACACCUCCUCCCGAAAAAUGUGUGGUUCUUUUUUUUGUUUUGUUUUCGUUUUUCAUCUUUUGAAGAGCAAAGGGAAAUCAAGAGGAGACCCCCAGGCAGAGGGGCGUUCUCCCAAAGAUUAGGUCGUUUUCCAAAGAGCCGCGUCCCGGCAAGUCCGGCGGAAUUCACCAGUGUUCCUGAAGCUGCUGUGUCCUCUAGUUGAGUUUCUGGCGCCCCUGCCUGUGCCCGCAUGUGUGCCUGGCCGCAGGGCGGGGCUGGGGGCUGCCGAGCCACCAUGCUUGCCUGAAGCUUCGGCCGCGCCACCCGGGCAAGGGUCCUCUUUUCCUGGCAGCUGCUGUGGGUGGGGCCCAGACACCAGCCUAGCCUGGCUCUGCCCCGCAGACGGUCUGUGUGCUGUUUGAAAAUAAAUCUUAGUGUUCAAAACAAAAUGAAACAAAAAAAAAAUGAUAAAAACUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-800.34 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -830.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 673.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.....(((((.(((.((((.((((((((((.(((.((((.(.(((((((.((((((((..((((((.(((((......))))).)).)))).)))))))))).))))).).)).)).))))))))(((.((((((((...((((((.(.(......).).)))))).....)))))))))))..)))))..)))).)))..)))))))))))).((((.(((....((((((.(((((......))))).(((...))).........))))))(((((((((......((((((((...))))))))(((((((((((....(((((.((.((....)).)).)))))....))))).((..(((((((((((((.((...(((((.(((....))).))).))....)).)))))))).(((((........)))))......)))))..)).(((((((..((((((((.((..(((((((.((((((((((................................))))))).)).).)))..(((((((...))))))).(((((.((((((......)).)).)).)))))((((((((((((((.....))).(((........)))))))....)))))))(((((.((...((((...)))).....)))))))(((((..((..........))..))))).........(((.((((((.....(((.(((((((((((....)).))))((((((((........))))...((..((((((((((((((((((((...((((((((....))))))........(((((.((.......))))))))).....)))))).))).)))).)).)))))..))....))))..))))).)))..)))))))))..........))))..))))))))))........(((((.(((((.(..(((((........)))))((((((((.(((..((((((.......(((.((((((((..(((((........))))).))........((((((.((((((((........(((....)))..(((((.((((..(((....))).((((...))))((((.......))))..(((.(((((.((.(((.........))).).).))))).))).(((.(((...))).)))))))..)))))..)))))))).)))))))))))))))...((((..((((((..(((((....((((((((((((((((.(((((.(((((.(((...)))..((((....))))..))))))))..)).)))))))(((.(((((((......((((.....))))..)))))..)).))).((((((..(((((..(((((((((((((((......((((((....(((((.((((((((....((((((..(.((((..(((((((........)))))))..((((((....))).)))..(((((.((.((((........(((.(((.(((((((((.(((((.((((.((((((((.....)))))))))))).))))).)))))))))...))).))))))))).)))))........)))))..))))))....)))..))))).)))))..))))))(((((........)))))......))))).))..))))))))..))))).))))))..))))))))).)))))...))))))..))))((((.(((((((((((....)))).))..((((.....))))..))))).))))((((......))))..)))))).)))))))))))).))))).))))))))))))..(((......)))))))))(((....))))))))))))((((((((.((........)).))).)))))...........................)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((((,,((((((((,((({((((,{((({(((((.(((.((((,(.(((((((.((((((((..((((((.(((((......))))).)).)))).)))))))))).))))).).)).)).))))))}}(((.((((((((...((((((.(.(......,.}.)))))).....))))))))))).,))))),.}))).)))}}))).,))))))).|||{}|||....||||||}{{|||,.....||}||,((..,,|||.........))}})}|||||{{(((((....})))|,,..||||}|}}||||||,,({((,,..(((({.{(.{{....||{|}{||}||{{{{,{{{{,(,{((((((((((((((.((...(((((.(((....))).))).))....)).)))))))),.{{{{..,{,...|||||{...||}}||...,||||{|||{{,((((((({,((,{((({.(({(((,((((({..{,.(((........{{{{{{.{........|))})}}|||.|,,....(((((((...))))))).(((((.((((((,.....}}.)).)).)))))((((((((((((((.....))).(((........)))))))....}))))))(((((.{{..,((({...}}}},,,,.))))))){((((..({.,......,.))..))}})}}....}}}||..||||||...}},||}|||{,..(((,.,,,}|{||||{{({((((...,{{{{,|||,{,((..({{{{{||{|||{|||||{{...||||||{{,,,,))}}})....,,.}||{{|.||.,{{{{.|||||||||.....||||}}..)),)}||,|}..}))),.||{{..|||,...,,||{|||{{||,||}||,....,}....|||}.{|,,},|||||,,{.((,.(({((,((({,.,..{,,,,....,{{,|||||((({{{{|}|,|,.,{{|||,}}||..{,{.((((((({..(((((........))))).||,.......|||{(({((((((((..,,.,{.{{{....}))..{({((.((({..({,|||,}}|,(({{...})))((({,....,.)}}}..(((.(((((.((.(((.........))).).).))))).))).{((.(((...))).))}))))..))}))..)))))))).))))))))))))}}|,,((((({.,(((({,,({(({..,,(({{{{{(((((((((.((,,(,(((((.(((...)))..((((....))))..))))))))..)).)))))))|{,.{{||||{,,},}.||||..,.,))))..}},))}})).)),}||{|||}}|||{{.,|{{||||{|||||||},|||.{||||,{{{,(,(((.(({{,,,,,,,,|{|{||,}|.(((...(((((((........)))))))..,|||||,,,,))).)))},,{{{|.||,|||{........{((,(((,(((((((((,(((((.((((.((((((((.....)))))))))))).))))},))))}|}}}.,,||}.}}}}})))).))))),}......,,}}}..))))))..,,)))}})))}}||||},..})))))|{{||.}.,}.,.}}))),..,}}))))}.}}..}}}})))),,})))),))))}},,))}}}||||,|,}}|,{.||}|||{{||,|((((,({{((({((((....)))).)),.|))))}},..,}),,))))),})))}}.})))),.})))}}))))))})))))}||||||{|||||{||||||{|}}.,.,{{,....}})))))))})}})))),))}}))))))))||||||{,.,,.....,,.,|,||||,,,,,...,,,..,..................,,))))}
Back