Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001320862.2

Sequence Length

2557 nt

GC Content

0.5596

AGAUGCGGACACCUGGACCGCCGCGCCGAGGCUCCCGGCGCUCGCUGCUCCCGCGGCCCGCGCCAUGCCCUCCUACACGGUCACCGUGGCCACUGGCAGCCAGUGGUUCGCCGGCACUGACGACUACAUCUACCUCAGCCUCGUGGGCUCGGCGGGCUGCAGCGAGAAGCACCUGCUGGACAAGCCCUUCUACAACGACUUCGAGCGUGGCGCGGUGAGCGCGGGCGGGGCACGGGUGGAGCGCGGGCUGAGGUGGAUUCAUACGACGUGACUGUGGACGAGGAACUGGGCGAGAUCCAGCUGGUCAGAAUCGAGAAGCGCAAGUACUGGCUGAAUGACGACUGGUACCUGAAGUACAUCACGCUGAAGACGCCCCACGGGGACUACAUCGAGUUCCCCUGCUACCGCUGGAUCACCGGCGAUGUCGAGGUUGUCCUGAGGGAUGGACGCGCAAAGUUGGCCCGAGAUGACCAAAUUCACAUUCUCAAGCAACACCGACGUAAAGAACUGGAAACACGGCAAAAACAAUAUCGAUGGAUGGAGUGGAACCCUGGCUUCCCCUUGAGCAUCGAUGCCAAAUGCCACAAGGAUUUACCCCGUGAUAUCCAGUUUGAUAGUGAAAAAGGAGUGGACUUUGUUCUGAAUUACUCCAAAGCGAUGGAGAACCUGUUCAUCAACCGCUUCAUGCACAUGUUCCAGUCUUCUUGGAAUGACUUCGCCGACUUUGAGAAAAUCUUUGUCAAGAUCAGCAACACUAUUUCUGAGCGGGUCAUGAAUCACUGGCAGGAAGACCUGAUGUUUGGCUACCAGUUCCUGAAUGGCUGCAACCCUGUGUUGAUCCGGCGCUGCACAGAGCUGCCCGAGAAGCUCCCGGUGACCACGGAGAUGGUAGAGUGCAGCCUGGAGCGGCAGCUCAGCUUGGAGCAGGAGGUCCAGCAAGGGAACAUUUUCAUCGUGGACUUUGAGCUGCUGGAUGGCAUCGAUGCCAACAAAACAGACCCCUGCACACUCCAGUUCCUGGCCGCUCCCAUCUGCUUGCUGUAUAAGAACCUGGCCAACAAGAUUGUCCCCAUUGCCAUCCAGCUCAACCAAAUCCCGGGAGAUGAGAACCCUAUUUUCCUCCCUUCGGAUGCAAAAUACGACUGGCUUUUGGCCAAAAUCUGGGUGCGUUCCAGUGACUUCCACGUCCACCAGACCAUCACCCACCUUCUGCGAACACAUCUGGUGUCUGAGGUUUUUGGCAUUGCAAUGUACCGCCAGCUGCCUGCUGUGCACCCCAUUUUCAAGCUGCUGGUGGCACACGUGAGAUUCACCAUUGCAAUCAACACCAAGGCCCGUGAGCAGCUCAUCUGCGAGUGUGGCCUCUUUGACAAGGCCAACGCCACAGGGGGCGGUGGGCACGUGCAGAUGGUGCAGAGGGCCAUGAAGGACCUGACCUAUGCCUCCCUGUGCUUUCCCGAGGCCAUCAAGGCCCGGGGCAUGGAGAGCAAAGAAGACAUCCCCUACUACUUCUACCGGGACGACGGGCUCCUGGUGUGGGAAGCCAUCAGGACGUUCACGGCCGAGGUGGUAGACAUCUACUACGAGGGCGACCAGGUGGUGGAGGAGGACCCGGAGCUGCAGGACUUCGUGAACGAUGUCUACGUGUACGGCAUGCGGGGCCGCAAGUCCUCAGGCUUCCCCAAGUCGGUCAAGAGCCGGGAGCAGCUGUCGGAGUACCUGACCGUGGUGAUCUUCACCGCCUCCGCCCAGCACGCCGCGGUCAACUUCGGCCAGUACGACUGGUGCUCCUGGAUCCCCAAUGCGCCCCCAACCAUGCGAGCCCCGCCACCGACUGCCAAGGGCGUGGUGACCAUUGAGCAGAUCGUGGACACGCUGCCCGACCGCGGCCGCUCCUGCUGGCAUCUGGGUGCAGUGUGGGCGCUGAGCCAGUUCCAGGAAAACGAGCUGUUCCUGGGCAUGUACCCAGAAGAGCAUUUUAUCGAGAAGCCUGUGAAGGAAGCCAUGGCCCGAUUCCGCAAGAACCUCGAGGCCAUUGUCAGCGUGAUUGCUGAGCGCAACAAGAAGAAGCAGCUGCCAUAUUACUACUUGUCCCCAGACCGGAUUCCGAACAGUGUGGCCAUCUGAGCACACUGCCAGUCUCACUGUGGGAAGGCCAGCUGCCCCAGCCAGAUGGACUCCAGCCUGCCUGGCAGGCUGUCUGGCCAGGCCUCUUGGCAGUCACAUCUCUUCCUCCGAGGCCAGUACCUUUCCAUUUAUUCUUUGAUCUUCAGGGAACUGCAUAGAUUGAUCAAAGUGUAAACACCAUAGGGACCCAUUCUACACAGAGCAGGACUGCACAGCGUCCUGUCCACACCCAGCUCAGCAUUUCCACACCAAGCAGCAACAGCAAAUCACGACCACUGAUAGAUGUCUAUUCUUGUUGGAGACAUGGGAUGAUUAUUUUCUGUUCUAUUUGUGCUUAGUCCAAUUCCUUGCACAUAGUAGGUACCCAAUUCAAUUACUAUUGAAUGAAUUAAGAAUUGGUUGCCAUAAAAAUAAAUCAGUUCAUUUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-939.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -985.58

Frequency: 0.0000

Diversity: 835.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....(((..((((.....(((((((((((((((.((((((((((((((.(((((((((((((...((((......(((((...)))))((((((((...)))))))).....))))((((.(..........).))))...))))))))..)))))..)))))))).......))))))...))))..............))).)))))))).))))..)))((((.((((((((((((((((((((((..((((...((((.....))))..((((((((((.(((((.((..((.((((((((......((.....)).....)))))))).))..)).))))).)))(((((......(((((..((((((((..(((((((......)))))))(((((((((.(((.(((((((..((((((..(((((.....(((.(.(((.......))).))))(((((((......)))...))))..)))))..))))))...((((((((..(((((.........((((((((..(.(((.((((.......)))).))).).))))))))..((((.((....))))))...)))))...))))))))....(((.....(((((((...(((...(((((..(((((......))))).....))))).))))))))))...)))..(((((((.....)))))))..(..(((((...((((.(((...))).))))((((((((.((.........(((.(.(((.((...(((((.((..((((.....))))..)).))))))).))).).))).......)))))))))))))))..)....(((((........))))))))))))))))))...))))))(((((((...((((((((((...((((.((((((((.((((((((.((((..(((.......)))..))))..)))).((..(((((....))))).)).....)))))))))....))))))).)).))))))))...))))..))).....(((...(((((((.(((...(((....((((.((((................(((((..(((((.....))))))))))...)))))))).....)))...))))))))))...)))))).))))).))))))))))..))))))).(((((.(((..((((...((......))...))))..)))))))).....(((((((((..((((((((.((.((..(((.....)))...)).)).)))))))).....((((...)))))))))))))...))))..))))))).....((((.(((((..(((((((((........))))).))))(((((((((((.((((((.((.(..(((((.(...).)))))...).)).)).)))))))).)))))))....((((.((((.....))))))))))).)).))))..((((((((((((((((((((((..((((((((......((((((((.(.....)))))))))))))).)))..))))))))))...((((((((..((....))..)))))))).((((((.(((..(((((.....(((((.(((.......))).)))))..)))))..)))...)))))).(((((((......((((.....))))(((((.((((.(((((.........(((((((...))))))))))))..))))..(((((((((......(((.(((.((...(((((...(((....)))..))))).........(((.....)))...))))))))..(((((..(((.((((.((.....)))))).)))..)))))))))))))).))))).((((((.((.(.((.((...)).)).).))))))))((((((....((((((.(((.((((......))))))).)))......))).....)))).)).)))))))((((((((((((.....)))..))).))))))((((((((((((((((((((.............(((((((((.............(((((((...(((((.....(((((((..(....)..)))))))..)))))..))).)))).)).)))))))....((((((.......((((((((...))))))))))))))..((((((..((.((........)).))...)))))).((.(((.....(((((.((((((((..(((....)))........)))))))).)))))......))).))....(((....)))(((((((.((...))))))))).........)))))))................((....)).)))))))....)))))).((((((..((.....))))))))))))))....))))))))))))))))))))).)))).....(((((.....)))))......(((((((....))))))).......(((((((((............)))))))))........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.({((((({({{{{,({{(((((((((,,({{..,|(((((,,(((((....))))){{{(|||,,{{{{,{...(((((,,,|||||((((((((...)))))))).,|,{{|,.,{{,||.....,{{{,{{||||{{,|||{|||{{{||(((.(((,,,..,..}}}})))))),...))))).{{,,,..{{.,,{||.||}|}||||}}.,,)))),{||||||{.||.||||,,.|,||||}}}||}||||{{,..{|{.|||||||||{.{|,}}..||{||||.({{{{{{{.((((((..{({,..{(({(..{{,(((({{...,,,||,||||}}}.||,,{|...,..||||{..|{{{{,,{,.(((((((......)))))))|||{,||||}|||}||,,|||}},,|||,}}|{{||}}.{{((({((((({{{{{,,|||{||,,(((((({......}},,,,))))..})}))..}}}|}|...((((((((.,(((((.........((((((((..{.(((.((((.....,.)))).))).}.))))))))...{{|.({....)),,}}...))))).,.)))))))),,{{(((.....(((((((...(((...(((((..(((((......))))).....))))).))))))))))...},}..(((((((....,})))))),.,..{((,({.{((((.((,...})).))))}.||,||,.||},,,,.{{{((({({({,.,,...((((({(({,((({..{{{||,|{{||.|||}|||{|||,|{|||,{{{{..,}})))),,||{{|({{,{,,.,{(({|||,.,,.,||||||||||||||||},{,||||||{((((((,,.((((((((((...((({,((((((((.(((((((({{(((..(({.......)))..))))..}}))))}|.(((((....))))).,......}}))))))}...,))))))).))}})))))))...))||.,|||{|||.,{,...(((((((.(((...(((....((({,((((.,..............(((((..(((({.....))))))))))...)))))))).....)))...))))))))))...||||||{|||||{|,|||,|,,,,,.||{{,{{{((((.(((..((((...{{......}}...))))..))))))},,|||.(((((((((..((((((((.((.((..(((.....)))...)).)).)))))))).....((((...)))))))))))))......{{.(((((.{..(({,{,((((((((.(((((((((........)))))..((((.,....))))....}))).)))))))))))).,.))))).}}..|||}.|,..{{.(((((((..((((...((((.((((.....)))))))))))))))).))).}}.,,...,,,.((((((((((..((((((((......((((((((.(.....)))))))))))))).)))..))))))))))...((((((((..((....))..))))))))}||||||,||||,{{{{{((((.(((,,..||}.}}}}.,,}}}}})))}}))||||}}},},}}}})}.|||||},}}.,))}))))}..})))))}})).}}}{||||,....)))))}(((((({...})))))),},})}}}))|.}|||||||||,,}.}}|((((((.,,,}}|||{{...|||}}}}))...,,)))}....}}}},}).))}})))}..}},||||}..{(({{,,{{{.{{{,{((,,...}))})).}}},,}}}}},,}}))))}}}|,,,}))}})),})}{||{||,|||||||||||||||}|{||{|}|||,...,,(((.(({{((((......))))))).)))......,,,,|,.{((({,{.,(({.,|.((((((((({((.....)))..))).)))))).|((((((....}))))}.,.............(((((((((............|(({{{,|,..||{(({{...((((({({,,...,|.{||}}}))}})))),}})))}}))),)),}))))))....((((((,......((((((((...))))))))))))))}}|||{||}}||.||}},}}}}}))}))}..,}}))),||.(((.....(((((.((((((((.,(((....)))....,,..)))))))).)))))......)))},}....|||....}),(((((((.{{...))))))))).,....,,.)))))),...|}}}},}...{,.{,.,,,}}..{(({.,.,...}}}}.,,|}||,.,,|}}},}))))),|||||||||,,..,,)),)))||||||||||...|}}}..,,})),)))},.,}}}||||,||{(((((((,...}}}}}}},,,,,..|||||||{|,,,.........}}}}}}}})..,.....