Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321037.2
Sequence Length
2696 nt
GC Content
0.5159
AACUGAGCGAGGAGCAAUUGAUUAAUAGCUCGGCGAGGGGACUCACUGACUGUUAUAAUAACACUACACCAGCAACUCCUGGCUUCCCAGCAGCCGGAACACAGACAGGAGAGACUGUCUGACAACAUCUACCCGGUGGAGGACCUCGCCGCCACGUCGGUGACCAUCUUUCCCAAUGCCGAACUGGGAGGCCCCUUUGACCAGAUGAACGGAGUGGCCGGAGAUGGCAUGAUCAACAUUGACAUGACUGGAGAGAAGAGGUCGUUGGAUCUCCCAUAUCCCAGCAGCUUUGCUCCCGUCUCUGCACCUAGAAACCAGACCUUCACUUACAUGGGCAAGUUCUCCAUUGACCCUCAGUACCCUGGUGCCAGCUGCUACCCAGAAGGCAUAAUCAAUAUUGUGAGUGCAGGCAUCUUGCAAGGGGUCACUUCCCCAGCUUCAACCACAGCCUCAUCCAGCGUCACCUCUGCCUCCCCCAACCCACUGGCCACAGGACCCCUGGGUGUGUGCACCAUGUCCCAGACCCAGCCUGACCUGGACCACCUGUACUCUCCGCCACCGCCUCCUCCUCCUUAUUCUGGCUGUGCAGGAGACCUCUACCAGGACCCUUCUGCGUUCCUGUCAGCAGCCACCACCUCCACCUCUUCCUCUCUGGCCUACCCACCACCUCCUUCCUAUCCAUCCCCCAAGCCAGCCACGGACCCAGGUCUCUUCCCAAUGAUCCCAGACUAUCCUGGAUUCUUUCCAUCUCAGUGCCAGAGAGACCUACAUGGUACAGCUGGCCCAGACCGUAAGCCCUUUCCCUGCCCACUGGACACCCUGCGGGUGCCCCCUCCACUCACUCCACUCUCUACAAUCCGUAACUUUACCCUGGGGGGCCCCAGUGCUGGGGUGACCGGACCAGGGGCCAGUGGAGGCAGCGAGGGACCCCGGCUGCCUGGUAGCAGCUCAGCAGCAGCAGCAGCCGCCGCCGCCGCCGCCUAUAACCCACACCACCUGCCACUGCGGCCCAUUCUGAGGCCUCGCAAGUACCCCAACAGACCCAGCAAGACGCCGGUGCACGAGAGGCCCUACCCGUGCCCAGCAGAAGGCUGCGACCGGCGGUUCUCCCGCUCUGACGAGCUGACACGGCACAUCCGAAUCCACACUGGGCAUAAGCCCUUCCAGUGUCGGAUCUGCAUGCGCAACUUCAGCCGCAGUGACCACCUCACCACCCAUAUCCGCACCCACACCGGUGAGAAGCCCUUCGCCUGUGACUACUGUGGCCGAAAGUUUGCCCGGAGUGAUGAGAGGAAGCGCCACACCAAGAUCCACCUGAGACAGAAAGAGCGGAAAAGCAGUGCCCCCUCUGCAUCGGUGCCAGCCCCCUCUACAGCCUCCUGCUCUGGGGGCGUGCAGCCUGGGGGUACCCUGUGCAGCAGUAACAGCAGCAGUCUUGGCGGAGGGCCGCUCGCCCCUUGCUCCUCUCGGACCCGGACACCUUGAGAUGAGACUCAGGCUGAUACACCAGCUCCCAAAGGUCCCGGAGGCCCUUUGUCCACUGGAGCUGCACAACAAACACUACCACCCUUUCCUGUCCCUCUCUCCCUUUGUUGGGCAAAGGGCUUUGGUGGAGCUAGCACUGCCCCCUUUCCACCUAGAAGCAGGUUCUUCCUAAAACUUAGCCCAUUCUAGUCUCUCUUAGGUGAGUUGACUAUCAACCCAAGGCAAAGGGGAGGCUCAGAAGGAGGUGGUGUGGGGACCCCUGGCCAAGAGGGCUGAGGUCUGACCCUGCUUUAAAGGGUUGUUUGACUAGGUUUUGCUACCCCACUUCCCCUUAUUUUGACCCAUCACAGGUUUUUGACCCUGGAUGUCAGAGUUGAUCUAAGACGUUUUCUACAAUAGGUUGGGAGAUGCUGAUCCCUUCAAGUGGGGACAGCAAAAAGACAAGCAAAACUGAUGUGCACUUUAUGGCUUGGGACUGAUUUGGGGGACAUUGUACAGUGAGUGAAGUAUAGCCUUUAUGCCACACUCUGUGGCCCUAAAAUGGUGAAUCAGAGCAUAUCUAGUUGUCUCAACCCUUGAAGCAAUAUGUAUUAUAAACUCAGAGAACAGAAGUGCAAUGUGAUGGGAGGAACAUAGCAAUAUCUGCUCCUUUUCGAGUUGUUUGAGAAAUGUAGGCUAUUUUUUCAGUGUAUAUCCACUCAGAUUUUGUGUAUUUUUGAUGUACACUGUUCUCUAAAUUCUGAAUCUUUGGGAAAAAAUGUAAAGCAUUUAUGAUCUCAGAGGUUAACUUAUUUAAGGGGGAUGUACAUAUAUUCUCUGAAACUAGGAUGCAUGCAAUUGUGUUGGAAGUGUCCUUGGUGCCUUGUGUGAUGUAGACAAUGUUACAAGGUCUGCAUGUAAAUGGGUUGCCUUAUUAUGGAGAAAAAAAAUCACUCCCUGAGUUUAGUAUGGCUGUAUAUUUCUGCCUAUUAAUAUUUGGAAUUUUUUUUAGAAAGUAUAUUUUUGUAUGCUUUGUUUUGUGACUUAAAAGUGUUACCUUUGUAGUCAAAUUUCAGAUAAGAAUGUACAUAAUGUUACCGGAGCUGAUUUGUUUGGUCAUUAGCUCUUAAUAGUUGUGAAAAAAUAAAUCUAUUCUAACGCAAAACCACUAACUGAAGUUCAGAUAAUGGAUGGUUUGUGACUAUAGUGUAAAUAAAUACUUUUCAACAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-912.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -956.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 503.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.((((((((......((((((.((((.(((....))).)))))))))).............((((......))))(((((.....(((((....(((((((......)))))))...........))))))))))...((((((......))))))((((((((((((.........)))))((((.(((((..(....)..))))).)))).)))))))((((.(((....))))))).((((.((...((((((....)))))).....))))))..(((((.((((((((((((((((............((((((((((.((.((((((((((((.......(((((.(((.((((...((((((((.(((((((((((((....))))))((((((((..........((((......)))).(((........)))....(((((.(((((((..(((..............)))...)))....((((((.((.(((...)))..)).))))))..)))))))))...))))))))((((..(((.(((................))).)))..)))).(((.....)))..))))))).)).......))))))...))))...(((((.((((((.(((((..(((((((((((((((....((.(((((...(((......((((....)))).........((..((((......))))..))....((.((((.(...((((((((......((((..((((((((..((((.((((((((((((.(((((((((.(((((...)))))((((.(((..((((((((.....(((.....)))........(((((....)))))...))))))))..)))...)))))))))))(((.((.(((((((...((.....((((((((((((..(((.(((.(.((..(((((((.(((.((((..............((((...((.(((.......(.((((((....(((((......................)))))....))))))).......))))))))).)))).)))..))))))).)).).))))))..)))))).....(((.((((((.....((((((((....))))....)))))))))).)))..(((.((((((.(((((((((..(((((((((.....................))))))..((.....))..)))..))))))))).).))))))))((((.((..((((((((.(((...........(((.((.(((((.......((......)).((((((((.((((((........((((((....(((....)))....))))))))))))...))))))))....(((.((.......)).)))))))))).)))((((.....))))..))))))))))).)))))).((.((((((......)))))).))......(((((((((((((.((....)).))))))......)))))))...........))))))......)).))))))).)).)))..)).))).))))))))))))))).))))))..))))...........((((((((((((........))))).))...)))))))))))))..).)))).)).............)))...)))))))....))))))))))))).))........)))))))))))..)))))..((((((.......))))))(((((.((...(((((((.((((((((......((((((((..(((.((((........))))))))))))))).((((..((.(((((((((........))))))))))))))).....))))))))..))))))))).)))))...((....))((........))..))))))))..)))))))).)))).))))))))))))............((((((...))))))........))))...))))((((.(((.(((.(((.......(((.(((...))).))).......))).)))))).)))).....)))))))).))...)))......)))))))))))).((((((.(((((((.((.(((((.....((((((((((((((.........))).......)))))))))))((((((((((....(((((((((((..((((((...))))))....))))))))))).....)))).))))))((((((((...((.((((((((((((((((.(.((((...)))).).)))))).))))((((((((...............))))))))((.((((.....((....))....)))).))(((((((((...(((..((..((((((.(((...........)))))))))..)).))))))))))))..(((((((((....)))))))))......(((((..((((......))))..)))))...)))))).))..)))))))).........((((..(((((((((..((((.((((......))))))))..)))))))))..))))..((((((.((((((.((((...))))....))).)))))))))...))))).)).))......))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(((.((((((((...,..,,,,{{.{((({((({...|||,|||,,|||||...,}}},......,.,....,,({((((.,.....)))))),...(((((((......)))))))............})))}}})..}}})}))}.{{{...,))).((((((((((((.,.....,.)))))((((.(((((..{....}..))))).)))).)))))))((((.(((....))))))).((((.((...((((((....)))))).....))))))..((({(,(((((((({((({{{,,,,....,,...((((((((((.((.((((((((((((..,,...(((((.(((,((((...((((((((.(((((((((((((....)))))),(((((((.....,}}..((((......)))).(((........)))....(((((.(((((((.,(((..............))}.,.)))....((((((.((.(({...,))..)).))))))..)))))))))...}))))))|((((..(((.(((................))).)))..))))}{{{.....)))..))))))).)).......)))))),},)),,...(((((.{(((((.(((((..(((((((((((((((....((.(((((...(((......((({...,||||,,.......((..((((......))))..)}....,,..,,,.||,,{((((({|,.....((((..((((((((,.{(((.((((((((((((.(((((((((.({(((,,.}|||}{((({(((,.((((((({.....,{,.....|||......,.(((((,.,.}}})).}.})))))}),,))}.,,)))))))))))(((.((.(((((((...((..{..((((((((((((..(((.(((.(.(({{((((,{(.(((.((((..............{{({..,((,(((.,.....{.((((((.{..(((((............,,.....},.)))))..|.))))))}.....}.))))})))).)))).)))..))))))),)).,.))))))..))))))..,..(((.((((({....{((((((((....)))}...,)))))))))).))).,|.((((((((.(((((((((..(((((((((.....................))))))..({.....))..)))..))))))))).)})}))))))((((.((..(((((((,,(({.,...{{{{{{{{{.,({{.,,{,,..,,.((......}}.((((((((.((((((........((((((....(((....)))....))))))))))))...)))))))).,{{(((.({.,...,.)).}}}))))))).)|,((((.....))))..})))))))))).)))))).{(.((((((......)))))).))......(((((((((((((.((....)).))))))......)))))))...........))))))..}...)).))))))).)).)))..)}.))).))))))))))))))).))))))..))))..........,((((((((((((........})))).))...)))))))))))))..)})|,(((({...}))))....)))...)))))))....))))))))))))).)),.......)))))))))))..)))))..{(((((.......)))))|(((((.((...(((((((.((((((((......((((((({.,(((.((((........))))))))))))))).((((..((.(((((((((,.....,.))))))))))))))).....))))))))..))))))))).)))))}..{{....}}((.,.....}))..)))))))),.)))))))).)))).))))))))))))....,,,,,{{.((((({...}))))).,,,,...))},...||,}((((.(((.(((.(((.......(((.(({...})).))).......))).)))))).))))..,,.)))))))).}}...)))......))))))))}))},{{(({{{(((({.{{{{,{{{{{.....((((((((((((((.........}}).......))))))))))),(((((((((....(((((((((((..((((((...))))))....))))))))))).....))))},))))}((((((((...((.((((((((((((((((.(.((((...)))).).))))))},))}((((((({..{(({...,.,},,))))))))((.((((.....((,...)),,..}))).)){((((((((...(((..((..((((((.(((.,.......,.)))))))))..)).)))))))))))),.(((((((((....))))))))).,....(((((..((((......))))..)))))...)))))).}}..))))))))...,,,...((((..(((((((((..((({{((((......))))))))..)))))))))..))))..((({{{{((((((.((((...))))....))).)))))))))...,,}||||,.....,)}})))))))))}}.
Back