Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001321289.2
Sequence Length
2321 nt
GC Content
0.4231
GUCCGUAGUCAAGUUGCCGGUGGAAUUGGCCCAGGAUGACAGCUGGAGAAUGGAGUCAGUUUUAUCCAAGUAUGAAGAUCAGAUUACUAUUUUCACUGACUACCUAGAAGAAUAUCCAGAUACAGAUGAGCUGGUAUGGAUCUUAGGGAAGCAGCAUCUCCUUAAAACAGAUUGGGAAAGAAAGACCUUUUAACCUGAAACUGCUAACAGCCCAGCACCCAGAUAAAGCCAGAGCUUGGAAAGAGGCAGCUCUGAGAUUUGUGUCUUUCUGAGGAGACAUCCUCUUCAGAGGCCCUCACUUAGCGUGGAGGAAGGAACAGGAAGAGGCUGAUGAAAAGGCAGGAGAGGAAGUUAGGCAUUGUGGAGCUCCUCCUGAGCCUGGCUUCAUUAUUUUGAUUGGAGAAUUCUGAACAGUGGAAAGCCUGGAGCUAGCAAUUAGGAGACCUUUUGUAUUCAGACUCUUCUAACUCAGAAAAAUCUAAGCUGUUGUCUGAUAUAAGUGCUCGUCUAUGGUUUACAUACAGAAGGAAAUUUUCACCAAUUGGUGGAACGGGCCCUUCAUCAGAUGCUGGUUGGGGAUGUAUGCUACGCUGUGGACAGAUGAUGCUGGCUCAAGCCCUUAUCUGUAGACACUUGGGAAGGGACUGGAGCUGGGAGAAACAAAAAGAACAACCCAAAGAAUACCAACGCAUCCUACAGUGCUUCUUAGAUAGAAAAGAUUGUUGCUACUCUAUCCAUCAAAUGGCACAAAUGGGUGUAGGAGAAGGGAAAUCAAUUGGAGAAUGGUUUGGACCAAAUACAGUUGCACAGGUGUUAAAAAAACUUGCUUUAUUUGACGAAUGGAAUUCCUUGGCUGUUUAUGUUUCAAUGGAUAACACAGUGGUCAUUGAAGAUAUCAAAAAAAUGUGCCGUGUCCUUCCCUUGAGUGCUGACACAGCUGGUGACAGGCCUCCCGAUUCUUUAACUGCUUCAAACCAGAGUGACGAGCUCAUCUUCUUGGACCCUCAUACAACCCAGACCUUUGUUGACACUGAAGAGAAUGGAACGGUUAAUGACCAGACUUUCCAUUGCCUGCAGUCCCCACAGCGAAUGAACAUCCUAAACCUGGAUCCUUCAGUUGCAUUGGGAUUUUUCUGCAAAGAAGAAAAAGACUUUGAUAACUGGUGUAGCCUUGUUCAGAAGGAAAUUCUAAAGGAGAAUUUAAGGAUGUUUGAAUUAGUUCAGAAACAUCCAUCACACUGGCCUCCCUUUGUACCUCCAGCCAAGCCAGAAGUGACAACCACUGGGGCAGAAUUCAUUGACUCUACUGAGCAACUGGAGGAGUUUGAUCUGGAGGAAGAUUUUGAGAUUCUGAGUGUGUAGAAUCCUGGGAACUCAACUUGAAGGUCUGUCUUCCAUCUGGCACCAUAAAAACAUGAACUUAUUGCAUAAAACUUUUCUAGUCAGCAAGUGCCUGAUAUGCCAAUAGCAUACAAACUCAAUAGCAAUCAUGACUGAGCCAAUCACUGUUUCUCAGAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAUGACAGUAACCCUUCCCCGGAAAGAAAUAGAACAAUCAUGGAGCCUAGGAGCAGAGAGAUGAGGAGGAGUUCAUUGCUUCCCAGCUUGUGUUAUAUGGCUACAGCAAGUCUUCAGCUGCUGCAAUGAGGAAAUGGGCAUCUGGAAGACAAACAGCAACUCUCAGCUUGCUUCAAGAACCAGCAGAUAAGAGAUGGUUAAGCUGUUCUUCACCCUUUCAGAUGUGACCUCUUUUGGACUAAGCAGCAAUCUGUUCUCUUGCUCAAAUAAUAAAGUGACUGAAUCAGGGAGGAAAAGGUUCUUGUUAAAUUAUUUGAUUGUGUAGUUGAAGUAAUUAUAAUUUAUAUCAAAACGUUUGUCAAAGAAACGAUGUCAAAUAUACACUUCUUGAUCUCCCUUCUGUUUGCGGGGAUCUUACUAUUUGAUGGGUCACUGUCCCCAUUCUUACUGAUACUUUUGUCAGAUAUCACCCUGUCCUUAAAUCAUGAUCACUUAAAUCAGGGGUCAGCAAACUUUUUCUGUAAAGGGCCAGACGGGAAAUAUUUUGGGCUUUGCAGGCCAUGCGGCCUCUGUCACAUCUACUCAACUCUGCUGUUGACAUGCAAAAGCAGCAAUAGACAAUAUGCGUGUAAAUGAGUGUGGCUGUAAUCCAAGAAAACUUUAUUUACAAAAGCAGGUGGAGGGCUGGGUUUGGCCUGCAGGCUGUAGCUUGCCAAUCAGUGACUUAAAUUGUUGAUUUUUGUUUGAUAAAUUAAAAAUAAAUUGUGUUUGAAGUAUACCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-638.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -685.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 578.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((((....((((((...))))))...((((((.((((((.........)))))))))))).....(((((((.((....))))))))).)))))))..........(((((....(((.....)))...))))).(((((((.........))))))).((.(((((((((((......)))))...........((((.(((((.....((((((......(((((((.(........))))))))...(((.(((((.(((((((((.....)))))))))(((((((((.....)))............(((((((.((((..((((((...............(((........))).(((((((..(((((((((...((((.((((............)))).))))...)))))))))...))))))).))))))....)))).)))))))....((((((((.....((((.(.((((((.((((((...(((.((((((((((.((((((((....(((((((....)))))))..(((...(((((((((((((.(((((..(((((((((.((((((.((((((((.(((......)))..))))))))((.((((((((((((.(((((.((((((.................)))).......((...((((((....(((((.....((((((..((.......))..))))))........)))))....)))))).))...........((((((.....((((....))))....))))))..(((((.........)))))(((((..((((.(.((....((((((((.......))..))).))).....)).).)))).))))).............)).))).)))))))))..)))))))..)))))).((.(((((((((...((.((((......((((...(((((....(((((((..(((((.((((.....((((..((((....(((((((.((((.((..(((((((.((((........)))))))))))..)).)))).((((..((((.((((.((((.......))))..)))).))))..)))).(((((((....))))))).......))))))))))))))).....))))))))).(((((((.....)))))))..(((((((((((....))))..)))))))...(((..((....))..)))..((((((....(((...((((.....))))..)))........(((.(((....))))))))))))))))))).)))))..)))).....)))).))(((((.(.(((....))).).)))))......)))))))))..))(((.((((((((......)))......((((.....(((.....)))..))))))))).))).......)))))))))..))))))))).))).))).)))))).......((((((..((.((((...((((..((((.....((((((.((((((((((.((..((................((((..(((((((((.......((.(((((.....))))))).((((((((.........))).))))).....((((((.(((.((((......(((((((((((...(((((((((((((...(((((.........)))))....))))..)))..)))))).......)))))))))))..))))..))).)....)))))..))))))).)).))))..............))...)).))))))....)))).)))))).....)))).))))....((((.((((.......)))).))))...)))).))..))))))((.(((((...........))))).)))))))))).))(((((............((((((........))))))....((((((....))))))......)))))....))))))))))))))))).)))))).).))))....))))))))...))))))))))).)))....))))))...(((((((((..((((((........((((((......((((((((.(.(((....)))))))))).))...(((.((((((((((.((..((........))...))))))))))))...)))))))))))))))....))))))))))))))))))...)))))).)))))((((((.(((.(((((((.((....)).))))))).)))...))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,.(((((((.,,.(({(((,,,||||||{{{(,,{,,.,,||||....,,,.})))))))))))}.....{((((((.((....))))))))),)))))))......,...{((((,,,.(((.....))),..)))}}.{((((({.,......,))))))}..,.({(((({((((......))))}...........(((,,(((((.,{,.(({((({,...,(((((({,(........)))))))).,.{{{.(((({.(((((((((.....)))))))))(((((((((.....))),.,.........(((((((.((((..(((((({,,,,,.,{,,{{{.,((...,,..|}))}||||{{{,,{((((((((...((((.((((.,.....,,...)))).))))...))))))))),..})))}}}.)))))).,..)))).)))))))....((((((({.....((((.{.((((((.((((((...(((.((((((((...(((({{((....(((((((....)))))))..(((,,.(((((((((((({,(((((..(((((((((.((((((.((((((((.(((......)))..))))))))((.((((((((((((((((((.(({({{.....,.....{,,,,.}|||,.{{{{.((,..((((((,,,,(((((.....((((((..((.......))..))))))........)))))....}}}))),)},..,{{{,...((((((.....((((....))))....))))))..(({{(,,,......}}}}}.|||,}}}},}}..))).,)))}))}}.}}}}|{{{(((((((({,{.,,...,}.,))))))}}}}}},.........)).))).)))))))))..)))))))..)))))){((.(((((((((,,,((.(((,..,...({((...(((({{{,.,{{{{{{.,(((({{((((.....((((..((((....{{(({{,.((((.((..(((((((.((((........)))))))))))..)).)))).((((..((((.((((.((((.......))))..)))).))))..)))).(((((((....))))))).......,}}}}}})))))))).....))))))))),(((((((.....)))))))..(((((((((({....}))),.}))))))..,||{,,||,,,,|}..}}}.{((((((....(((...((((.....))))..)))........{((.(((....)))))})))))))}}}}}),,}})),,)}}}...|||||},||{{{{|,{.,||,,,,)))}),})))}....}.)))))))))..))|{{.(((({{{{......}}}......{{{{.....,,,.....}}|.,|}},))))),))}..,,,,.)))))))))..)))))))))},)).))).|)})))......{({{{||,,|..,,,,..................,((((({,((((,((((((.(,,...,{{{{.,,.{{{{.,{{{...,((((((({{{..,,((.(((((.....))))))).(((((({{,....,,,,}}}}))))}.....((((((.{,,.((((,...,,(((((((((((,..(((((((((((((...(((((.........)))))....)))}.,)))..))))))..}....)))))))))))..))))}})},.....})))))..})}}}))})},))))..........}}}}.},..,}{|||{||..,,||||,||||||.,,,,||||{|,,|{{,,((({.{{||,,,,,..}}}},)))}..,||||.,,..}}))))|,.|||||,,,.,,,..}}))},)}))))))))))}).}))))|,,.........||||)}}.}}}))),,,,,,....((((((....))))))......,,))))...))))))))))))))))).)))))).}.))))....))))))))...})))))})))).)}}.,,,))})))},.((((((((({.((((((,..{(.(,{({.,,......((((((((.{.(((....))))))}})).},...{((.(((((((((({.,..((........))...))))))))))))...))))))))))))))).}..))))))))))))))))))...)))))).|||{{{{{{{{.{{|,(((((({.((....}}.))))))}.}}},,,))))),,}}.,.,.,..
Back