Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001322084.2
Sequence Length
3270 nt
GC Content
0.5450
GCAAACUGGCGGCGUGCUCCGCGGGAGAGCACACCUGGCCACGGCCUGGGACGGCUGGCACCUGCCGGACCCUGCUCGGGGGGCCUGCGCCCGGCCUCCUAGGCCUGGACCGGACCCUGUCCAGCUGGGCGGCCCCGACGAGCGUCCACCCCUCUCUGGGCCUCCUACAGGGACGGCGAGGGCACCCCGGAGGGUGUAUGAGGAGAGGCCUGGAAAGCGAGCCCCAGGCCGGCUCCGAUCCUCCUCUCCCCUGGGACUUUGGGCCAGUUACCCAACCUGUGGGGUCCCCCACCCCUCCAGCAGGGGCAGCCUUGCAGAAAUCUCGAAGAAAAUUUGGAGUGGUUUGAAAAAUCCUGCUGUCCCACCGAUUGAAGUGUAAUACAGGGAUAGUUAACGUUUACUUAGUGUUUCCUGUGGGAUCGGCACUGCCUUCUAGCUUUAUUCUAGUCUCAUGGCUCUAUAGGGAAACUGUUCUCAUUUUAUGAUGAGAAUCCUGAGGCAGAGGUAACUUGCCCUCAGUCUUACAGCUGGUGGUGAUGGAGCAAGAUUGGAACGCAGGCCAUCUAGAUCUCUGAGCGCACCCUUUCACCACUGUGUGCAAGCGAAUACACGCGGAACAAUCCUAGUGAAUUUUCAGCAAAAACCAGUUCAGUUUGGCUGGUAGCUUUUCAAGUAACUUUGACACUAUUGGACCGGGUGUGGUGGCUCACCCCUGUAGUCCCAGCACUUUGAGAGGCCGAGGUGGGCGAAUCACUUGAGGUCAAGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACGUGGUGAAACGCUAUCUCUACCAAAAAUACAAAAACUAGCUGGGCGUGGUGGCGGGCGCCUUCAUUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGGACUGUUUGAGCCGGGGAGACGGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUUGCACCACCACGCUCCAACCUGGGCAACAGAGCAAGACCCUGUCUCAAAAAAAAAAAACAAACAAAAAAAGACACUAUUAAGUCUGGAGAAUGCCAUCCACAUUUAUGGAAACACUUGCUGUAUAUCUGGUGAUUUACGUGUGUUUACACAAUAAUCUUCAUAGAGGUGGACGUAAUCCCGUUAUAUAGAGCAUGAAACUGAGGCCCUUGGGAGGUGACUUGCAAAGAUUCUGUUGAAGUAGUUCAUCAAGUUGCUACCAGAGUAGACUGUCUCCAUUGUGUGGAUGCUGAAACUGAACCCAGAAAGCCGACAUCGGCCUGGCUGCCUGGGGACGCAAGGCCCUGGACAUUGCUGAGAACGAGAUGCCGGGCCUGAUGCGUAUGCGGGAGCGGUACUCGGCCUCCAAGCCACUGAAGGGCGCCCGCAUCGCUGGCUGCCUGCACAUGACCGUGGAGACGGCCGUCCUCAUUGAGACCCUCGUCACCCUGGGUGCUGAGGUGCAGUGGUCCAGCUGCAACAUCUUCUCCACCCAGGACCAUGCGGCGGCUGCCAUUGCCAAGGCUGGCAUUCCGGUGUAUGCCUGGAAGGGCGAAACGGACGAGGAGUACCUGUGGUGCAUUGAGCAGACCCUGUACUUCAAGGACGGGCCCCUCAACAUGAUUCUGGACGACGGGGGCGACCUCACCAACCUCAUCCACACCAAGUACCCGCAGCUUCUGCCAGGCAUCCGAGGCAUCUCUGAGGAGACCACGACUGGGGUCCACAACCUCUACAAGAUGAUGGCCAAUGGGAUCCUCAAGGUGCCUGCCAUCAAUGUCAAUGACUCCGUCACCAAGAGCAAGUUUGACAACCUCUAUGGCUGCCGGGAGUCCCUCAUAGAUGGCAUCAAGCGGGCCACAGAUGUGAUGAUUGCCGGCAAGGUAGCGGUGGUAGCAGGCUAUGGUGAUGUGGGCAAGGGCUGUGCCCAGGCCCUGCGGGGUUUCGGAGCCCGCGUCAUCAUCACCGAGAUUGACCCCAUCAACGCACUGCAGGCUGCCAUGGAGGGCUAUGAGGUGACCACCAUGGAUGAGGCCUGUCAGGAGGGCAACAUCUUUGUCACCACCACAGGCUGUAUUGACAUCAUCCUUGGCCGGCACUUUGAGCAGAUGAAGGAUGAUGCCAUUGUGUGUAACAUUGGACACUUUGACGUGGAGAUCGAUGUCAAGUGGCUCAACGAGAACGCCGUGGAGAAGGUGAACAUCAAGCCGCAGGUGGACCGGUAUCGGUUGAAGAAUGGGCGCCGCAUCAUCCUGCUGGCCGAGGGUCGGCUGGUCAACCUGGGUUGUGCCAUGGGCCACCCCAGCUUCGUGAUGAGUAACUCCUUCACCAACCAGGUGAUGGCGCAGAUCGAGCUGUGGACCCAUCCAGACAAGUACCCCGUUGGGGUUCAUUUCCUGCCCAAGAAGCUGGAUGAGGCAGUGGCUGAAGCCCACCUGGGCAAGCUGAAUGUGAAGUUGACCAAGCUAACUGAGAAGCAAGCCCAGUACCUGGGCAUGUCCUGUGAUGGCCCCUUCAAGCCGGAUCACUACCGCUACUGAGAGCCAGGUCUGCGUUUCACCCUCCAGCUGCUGUCCUUGCCCAGGCCCCACCUCUCCUCCCUAAGAGCUAAUGGCACCAACUUUGUGAUUGGUUUGUCAGUGUCCCCCAUCGACUCUCUGGGGCUGAUCACUUAGUUUUUGGCCUCUGCUGCAGCCGUCAUACUGUUCCAAAUGUGGCAGCGGGAACAGAGUACCCUCUUCAAGCCCCGGUCAUGAUGGAGGUCCCAGCCACAGGGAACCAUGAGCUCAGUGGUCUUGGAACAGCUCACUAAGUCAGUCCUUCCUUAGCCUGGAAGUCAGUAGUGGAGUCACAAAGCCCAUGUGUUUUGCCAUCUAGGCCUUCACCUGGUCUGUGGACUUAUACCUGUGUGCUUGGUUUACAGGUCCAGUGGUUCUUCAGCCCAUGACAGAUGAGAAGGGGCUAUAUUGAAGGGCAAAGAGGAACUGUUGUUUGAAUUUUCCUGAGAGCCUGGCUUAGUGCUGGGCCUUCUCUUAAACCUCAUUACAAUGAGGUUAGUACUUUUAGUCCCUGUUUUACAGGGGUUAGAAUAGACUGUUAAGGGGCAACUGAGAAAGAACAGAGAAGUGACAGCUAGGGGUUGAGAGGGGCCAGAAAAACAUGAAUGCAGGCAGAUUUCGUGAAAUCUGCCACCACUUUAUAACCAGAUGGUUCCUUUCACAACCCUGGGUCAAAAAGAGAAUAAUUUGGCCUAUAAUGUUAAAAGAAAGCAGGAAGGUGGGUAAAUAAAAAUCUUGGUGCCUGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1257.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1316.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 804.30
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((...(((((((((((((....).))))))..(((((((.(((((((((.((((((....(((.((.((((......)))))).))).)))))))))))))))))).))))....(((((((.((((((((((.((.(((.(......)))))).)))))(((((((((((..((..(((.((((((.(((((.(..(.(((((((...(((..(.(((((.......))))))..))).))))))).)..).)).(((((.......)))))))).)))))).))).(((.(((((((((((....)))))).....(((...))).....))))).))).....((((...((((((((....((((.....))))...))))))))....)))).....))..)))))))))))(((((((((((((((((((((........(((((((((((....)))....(((((((((....)))))))))..(((((..(((....)))..)))))(((..((.(((..(((((((((((((...((((((.((..((((.(((((...((((((((((.(..........).))))..(((((..(((..(((....)))..)))....))).))........))))))))))).)))).)).))))))......((((((....((((..((((.((((((.((.(((((((.((((...((..(((((.(((((((((((.((..(((((...(((((.(.(((.(....)))))))))).....)))))..)))))))))..................(((((((((((((((.((((((((((((.((((........))))(((((((((..(((.((((((..((((((((((.((..(((((((((........))))))..))).))))))...(((((...((((((.((((...))))........................((((........))))((......))((((((((..(((((.(((..((((.(((((.(((.((((.(((((((....)))....(((((....)))))..)))))))))))..))))).)))).............(((.((.(((((((((....((((((.....)).))))...))))))))).)).))).....))).))))).)))))))))))....)))..)))))...((((....)))))))))).((((.(.(((((((((((.((.((((.(.......).))))))))))))..))))).).)))))))))).))).)))))..))))..)))).))))))))))))))((((((.((.(((......))).)).))))))....(((((....(((((.((((...)))).)))))..)))))))))))))).......((((((..(((((..((((((.(((.(((((..((....)))))))..))).)))))))))))..))).))).((..(..(((((((..(.(((((.....))..)))).)))))))..)..)))))).)))))..)).....)))).))))))).)).).)))))))))..))))............((((...))))..((((.....(((((((.((((((..(((.......((.(((((...(((...))))).)))))..)))..))))))))))))))))).....)))))))).)))))))))))..)))..))..)))..((((((((((((((((.((((..(((((..((((.((....))))))....))))).)))).)))))).(((.((((((((....((..((((((((((((((..((((...))))((((((....))))))....))))))))))))))..)).....(((.....))))).))))))..)))))))))))))))))))))(((.((.(((.(((((((((((((..((..((..(((....)))..)).))))))))).........)))))).)))..))))).(((.((((((((((((((((((....((((.((....)).)))).(((((((.(....).)))))))((((((....((...((((........))))....)).)))))).(((((((((....)))))..........)))))))))))))).((((....(((((.(((.((((..(((((.((.(((...))))).))))).....)))).)))....((.(((((.....))))).))(((((......))))))))))..))))......(((((...)))))))))...)))).))))))))))))..))))))).))))).))))).)))))))(((((...(((((((.((((..(((..((.((.(((..((((((...)))))).......((((((((........)))..)))))....))).)).)))))..)))).))..)))))....))))))))))).))))(((((((((((((.((((.......(((....(((...((((..(((((((((((...((.(((.......))).))...)))))))))))..))))....)))...)))..(((.(((((.((((((.....(((((.(.(((...((((....)))).....)))).))))).((((...((((.......)))).))))...((((((.(((((..(((((.((.........(((((((..((((((....(((.((.((((((((.((.((.(((.(((....(((.....)))...))).))).)).))))))...(((..((.(((((.....))))).))..)))........)))).)).)))......))))))....)))))))....(((((..(((.....))).)))))(((((((((((.....)))))))..))))...((((((((....)))))))).....(((((((((((((...)))))))))))))..)))))))..))))).))))))...))))))....))))).))).(((((((((((((((((.......(((((((..(((((((((....)))))))))..)).))))).......))))))))))))..)))))((((((((..........))))))))..................))))))))))).................))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((...(((((((((((((....).))))))..(((((((.(((((((((.((((((,...,((.((.((((.....,)))})).))).)))))))))))))))))).))))....(((((((.((((((((((.((.(((.(......}))))).)))))(((((((((((..(({,(((.((((((.((({|,,..{.(((((((...(((..(.(((((.......))))))..))).))))))).}.{|{,,.(((((.......))))}))).|}}))),))}}|||,{{{{{((((((....)))))).,....{{{.,|,.....,))))).}}}.,...,{,,...((((((((....((({.....})))...)))))))).....}},.....)),.)))))))))))(((((((((((((((((((((......,,(((((((({{,..,{||,..,,{((((((((....))))))))).,(((((,,(((....))),.)))))(((..((.(((..(((((((((((({{,(((((,..(({{(||{|{{.{,,,.{{,.((((((............))))))..({({,..(((.,(((....)))..|||....,,,,||....(((((({.....,))))))).}},..{{{{{....,}}}}||,,,.{(((..((((.((((((.((.(((((((.((((,((((..(((((.((((((((({({((..(((((...(((({,(.(((.,....,))))))))).....)))))..)))))))))..................{{(({{{{{(((((,{((((((((((((.((((........))))(((((((((..(((.{(((((..(((((({(((((((.((((((..({.(((.((.{{(|,.......),,.}}}.)).)))..))..))}.,}))))))))).......................((((........)))).......{,{((((((((..(((((.(((,.((((.(((((.(((.(({{{(((((((....)))....{{(((....})})),.)))))))))))..))))).)))).,...........{(((({.(((((((((.,..{{{{({...,.)}.}}})...))))))))).))}),),....))).))))).)))))))))}.....{{{....)))...((((....)))))))))).((((.{.(((((((((((.((.((((.,,......}.))))))))))))..))))).}.)))))))))}.))).)))))..))))..))))))))))))))))))),(((((.((.(((......))).)).)))))|,,,.{{{((....(((((,({((,,,||||.}|||||,||||}}}}}})))),,....,|||,{|,,|||||..{(((((.(((.(((((..((....)))))))..))).)))))}|||}}..))),}},.{{,,|,,||(((((..{.{{(((.....}}}.,}}}.)))))))..),.)})))).)))))..))...}))))).))))))).)).}.)))))))))..)))}......,,....((((...)))).,(({{,{{.{(((((((,((((({,,((,,.....|||}|,,...}}||....})},),)))))..)}),,)))))})))))))))),.}},,}|}}..}).)))))))))))..)))..))..)))..((((((((((((((((.((((..(((((..((((.{(....)}))))....))))).)))).)))))).{{{.((((((({..,.({,,{(((((((({((((..((((...)))),{((((....))))},...,)))))))))}}))),,)),,}.,||....,,}).,}.))))))..})}))))))))))))))))})|((.((.{({,{(((({(((((((..{(.,({{,{,,...})))}.)).}}))))))).,,...,,.}}||||,|||{{|||}|,{{,.|{,{....(((((((((({{.{((,,...}}}.)),.{{{,(((((((.(....).))))))))}|,(({.,,{....{{{|}|.|,,..||||..|,||.|||||}.||||,,{{{....))))}.....,)}},))))))))))))))|||||}}}}|||}|}|||,|||{..{((((,((.{{{,,,|||||.}}}||,,...}|||.}|}....((.(((((.....))))).)),|||,..,}}}))))))})))}},,}},,,.,.(((((...))))).}.,...}})),}}.)))))))))..))))))),})))).))))).)))))))(((((,..(((((((.((((..(((..((.((.(((..((((((...)))))).......((((((((........))),.,))))....))).)).)))))..)))).))..)))))..,.))))))))))).))))(((((((((((((.((((,,,,...((((..,,,(({...((((((..,,..{((.((((((((((((((((.....((((((((({.......,,{((((.,({(((((((,{{,{.{{{..........,))))))))}))}..)))))........}},})))))))...)))))),(({(((,{,.,,.||},,}}.{({{({{((,{{,{{{,{{{,||,||||,.,|,{{(({((({,.,.(((({{{.{.({{..((((.((,.,...|}|}}},,,..}}|,|.}}}})))...|||,{|({(((((((({..,((,..,|}|...}))))))))).))))})((((((((((((.,..{..........))))}....,)))))))...,|||{|,,|||...,.)}}.))))}||||{||||||,,.,,)))))))},}}}}...((((((((....)))))))){{{..(((((((((((((...))))))))))))}..,))),....))))),})))).)))..))))))..))).}}))),{((({((((((((((((.......(((((((..(((((((((....)))))))))..)).))))).......))))))))))))..})))|((((((((..........)))))))),....,,,.......,),))))))))))).................))))))..
Back