Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001322086.2
Sequence Length
3281 nt
GC Content
0.5443
GCAAACUGGCGGCGUGCUCCGCGGGAGAGCACACCUGGCCACGGCCUGGGACGGCUGGCACCUGCCGGACCCUGCUCGGGGGGCCUGCGCCCGGCCUCCUAGGCCUGGACCGGACCCUGUCCAGCUGGGCGGCCCCGACGAGCGUCCACCCCUCUCUGGGCCUCCUACAGGGACGGCGAGGGCACCCCGGAGGGUGUAUGAGGAGAGGCCUGGAAAGCGAGCCCCAGGCCGGCUCCGAUCCUCCUCUCCCCUGGGACUUUGGGCCAGUUACCCAACCUGUGGGGUCCCCCACCCCUCCAGCAGGGGCAGCCUUGCAGAAAUCUCGAAGAAAAUUUGGAGUGGUUUGAAAAAUCCUGCUGUCCCACCGAUUGAAGUGUAAUACAGGGAUAGUUAACGUUUACUUAGUGUUUCCUGUGGGAUCGGCACUGCCUUCUAGCUUUAUUCUAGUCUCAUGGCUCUAUAGGGAAACUGUUCUCAUUUUAUGAUGAGAAUCCUGAGGCAGAGGUAACUUGCCCUCAGUCUUACAGCUGGUGGUGAUGGAGCAAGAUUGGAACGCAGGCCAUCUAGAUCUCUGAGCGCACCCUUUCACCACUGUGUGCAAGCGAAUACACGCGGAACAAUCCUAGUGAAUUUUCAGCAAAAACCAGUUCAGUUUGGCUGGUAGCUUUUCAAGUAACUUUGACACUAUUGGACCGGGUGUGGUGGCUCACCCCUGUAGUCCCAGCACUUUGAGAGGCCGAGGUGGGCGAAUCACUUGAGGUCAAGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACGUGGUGAAACGCUAUCUCUACCAAAAAUACAAAAACUAGCUGGGCGUGGUGGCGGGCGCCUUCAUUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGGACUGUUUGAGCCGGGGAGACGGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUUGCACCACCACGCUCCAACCUGGGCAACAGAGCAAGACCCUGUCUCAAAAAAAAAAAACAAACAAAAAAAGACACUAUUAAGUCUGGAGAAUGCCAUCCACAUUUAUGGAAACACUUGCUGUAUAUCUGGUGAUUUACGUGUGUUUACACAAUAAUCUUCAUAGAGGUGGACGUAAUCCCGUUAUAUAGAGCAUGAAACUGAGGCCCUUGGGAGGUGACUUGCAAAGAUUCUGUUGAAGUAGUUCAUCAAGUUGCUACCAGAGUAGACUGUCUCCAUUGUGUGGAUGCUGAAACUGAACCCAGAAAGGUUAUGUGAAGCCGACAUCGGCCUGGCUGCCUGGGGACGCAAGGCCCUGGACAUUGCUGAGAACGAGAUGCCGGGCCUGAUGCGUAUGCGGGAGCGGUACUCGGCCUCCAAGCCACUGAAGGGCGCCCGCAUCGCUGGCUGCCUGCACAUGACCGUGGAGACGGCCGUCCUCAUUGAGACCCUCGUCACCCUGGGUGCUGAGGUGCAGUGGUCCAGCUGCAACAUCUUCUCCACCCAGGACCAUGCGGCGGCUGCCAUUGCCAAGGCUGGCAUUCCGGUGUAUGCCUGGAAGGGCGAAACGGACGAGGAGUACCUGUGGUGCAUUGAGCAGACCCUGUACUUCAAGGACGGGCCCCUCAACAUGAUUCUGGACGACGGGGGCGACCUCACCAACCUCAUCCACACCAAGUACCCGCAGCUUCUGCCAGGCAUCCGAGGCAUCUCUGAGGAGACCACGACUGGGGUCCACAACCUCUACAAGAUGAUGGCCAAUGGGAUCCUCAAGGUGCCUGCCAUCAAUGUCAAUGACUCCGUCACCAAGAGCAAGUUUGACAACCUCUAUGGCUGCCGGGAGUCCCUCAUAGAUGGCAUCAAGCGGGCCACAGAUGUGAUGAUUGCCGGCAAGGUAGCGGUGGUAGCAGGCUAUGGUGAUGUGGGCAAGGGCUGUGCCCAGGCCCUGCGGGGUUUCGGAGCCCGCGUCAUCAUCACCGAGAUUGACCCCAUCAACGCACUGCAGGCUGCCAUGGAGGGCUAUGAGGUGACCACCAUGGAUGAGGCCUGUCAGGAGGGCAACAUCUUUGUCACCACCACAGGCUGUAUUGACAUCAUCCUUGGCCGGCACUUUGAGCAGAUGAAGGAUGAUGCCAUUGUGUGUAACAUUGGACACUUUGACGUGGAGAUCGAUGUCAAGUGGCUCAACGAGAACGCCGUGGAGAAGGUGAACAUCAAGCCGCAGGUGGACCGGUAUCGGUUGAAGAAUGGGCGCCGCAUCAUCCUGCUGGCCGAGGGUCGGCUGGUCAACCUGGGUUGUGCCAUGGGCCACCCCAGCUUCGUGAUGAGUAACUCCUUCACCAACCAGGUGAUGGCGCAGAUCGAGCUGUGGACCCAUCCAGACAAGUACCCCGUUGGGGUUCAUUUCCUGCCCAAGAAGCUGGAUGAGGCAGUGGCUGAAGCCCACCUGGGCAAGCUGAAUGUGAAGUUGACCAAGCUAACUGAGAAGCAAGCCCAGUACCUGGGCAUGUCCUGUGAUGGCCCCUUCAAGCCGGAUCACUACCGCUACUGAGAGCCAGGUCUGCGUUUCACCCUCCAGCUGCUGUCCUUGCCCAGGCCCCACCUCUCCUCCCUAAGAGCUAAUGGCACCAACUUUGUGAUUGGUUUGUCAGUGUCCCCCAUCGACUCUCUGGGGCUGAUCACUUAGUUUUUGGCCUCUGCUGCAGCCGUCAUACUGUUCCAAAUGUGGCAGCGGGAACAGAGUACCCUCUUCAAGCCCCGGUCAUGAUGGAGGUCCCAGCCACAGGGAACCAUGAGCUCAGUGGUCUUGGAACAGCUCACUAAGUCAGUCCUUCCUUAGCCUGGAAGUCAGUAGUGGAGUCACAAAGCCCAUGUGUUUUGCCAUCUAGGCCUUCACCUGGUCUGUGGACUUAUACCUGUGUGCUUGGUUUACAGGUCCAGUGGUUCUUCAGCCCAUGACAGAUGAGAAGGGGCUAUAUUGAAGGGCAAAGAGGAACUGUUGUUUGAAUUUUCCUGAGAGCCUGGCUUAGUGCUGGGCCUUCUCUUAAACCUCAUUACAAUGAGGUUAGUACUUUUAGUCCCUGUUUUACAGGGGUUAGAAUAGACUGUUAAGGGGCAACUGAGAAAGAACAGAGAAGUGACAGCUAGGGGUUGAGAGGGGCCAGAAAAACAUGAAUGCAGGCAGAUUUCGUGAAAUCUGCCACCACUUUAUAACCAGAUGGUUCCUUUCACAACCCUGGGUCAAAAAGAGAAUAAUUUGGCCUAUAAUGUUAAAAGAAAGCAGGAAGGUGGGUAAAUAAAAAUCUUGGUGCCUGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1261.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1320.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 781.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((...(((((((((((((....).))))))..(((((((.(((((((((.((((((....(((.((.((((......)))))).))).)))))))))))))))))).))))....(((((((.((((((((((.((.(((.(......)))))).)))))(((((((((((..((..(((.((((((.(((((.(..(.(((((((...(((..(.(((((.......))))))..))).))))))).)..).)).(((((.......)))))))).)))))).))).(((.(((((((((((....)))))).....(((...))).....))))).))).....((((...((((((((....((((.....))))...))))))))....)))).....))..)))))))))))(((((((((((((((((((((........(((((((((((....)))....(((((((((....)))))))))..(((((..(((....)))..)))))(((..((.(((..(((((((((((((...((((((.((..((((.(((((...((((((((((.(..........).))))..(((((..(((..(((....)))..)))....))).))........))))))))))).)))).)).))))))......((((((....((((..((((.((((((.((.(((((((.((((...((..(((((.(((((((((((.((..(((((...(((((.(.(((.(....)))))))))).....)))))..)))))))))..................(((((((((((((((.((((((((((((.((((........))))(((((((((..(((.((((((..((((((((((((((.((((((..((.(((.((...((........))......)).)))..))..)))..)))))))))).......................((((........)))).........(((((((((..(((((.(((..((((.(((((.(((.((((.(((((((....)))....(((((....)))))..)))))))))))..))))).)))).............(((.((.(((((((((....((((((.....)).))))...))))))))).)).))).....))).))))).)))))))))((...((..((((......))))..))..))(((....)))))))))).((((.(.(((((((((((.((.((((.(.......).))))))))))))..))))).).)))))))))).))).)))))..))))..)))).))))))))))))))((((((.((.(((......))).)).))))))....(((((....(((((.((((...)))).)))))..)))))))))))))).......((((((..(((((..((((((.(((.(((((..((....)))))))..))).)))))))))))..))).))).((..(..(((((((..(.(((((.....))..)))).)))))))..)..)))))).)))))..)).....)))).))))))).)).).)))))))))..))))............((((...))))..((((.....(((((((.((((((..(((.......((.(((((...(((...))))).)))))..)))..))))))))))))))))).....)))))))).)))))))))))..)))..))..)))..((((((((((((((((.((((..(((((..((((.((....))))))....))))).)))).)))))).(((.((((((((....((..((((((((((((((..((((...))))((((((....))))))....))))))))))))))..)).....(((.....))))).))))))..)))))))))))))))))))))(((.((.(((.(((((((((((((..((..((..(((....)))..)).))))))))).........)))))).)))..))))).(((.((((((((((((((((((....((((.((....)).)))).(((((((.(....).)))))))((((((....((...((((........))))....)).)))))).(((((((((....)))))..........)))))))))))))).((((....(((((.(((.((((..(((((.((.(((...))))).))))).....)))).)))....((.(((((.....))))).))(((((......))))))))))..))))......(((((...)))))))))...)))).))))))))))))..))))))).))))).))))).)))))))(((((...(((((((.((((..(((..((.((.(((..((((((...)))))).......((((((((........)))..)))))....))).)).)))))..)))).))..)))))....))))))))))).))))(((((((((((((.((((.......(((....(((...((((..(((((((((((...((.(((.......))).))...)))))))))))..))))....)))...)))..(((.(((((.((((((.....(((((.(.(((...((((....)))).....)))).))))).((((...((((.......)))).))))...((((((.(((((..(((((.((.........(((((((..((((((....(((.((.((((((((.((.((.(((.(((....(((.....)))...))).))).)).))))))...(((..((.(((((.....))))).))..)))........)))).)).)))......))))))....)))))))....(((((..(((.....))).)))))(((((((((((.....)))))))..))))...((((((((....)))))))).....(((((((((((((...)))))))))))))..)))))))..))))).))))))...))))))....))))).))).(((((((((((((((((.......(((((((..(((((((((....)))))))))..)).))))).......))))))))))))..)))))((((((((..........))))))))..................))))))))))).................))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((...(((((((((((((....).))))))..(((((((.(((((((((.((((((,...,((.((.((((.....,)))})).))).)))))))))))))))))).))))....(((((((.((((((((((.((.(((.(......}))))).)))))(((((((((((..(({,(((.((((((.((({|,,..{.(((((((...(((..(.(((((.......))))))..))).))))))).}.{|{,,.(((((.......))))}))).|}}))),))}}|||,{{{{{((((((....)))))).,....{{{.,|,.....,))))).}}}.,...,{,,...((((((((....((({.....})))...)))))))).....}},.....)),.)))))))))))(((((((((((((((((((((......,,(((((((({{,..,{||,..,,{((((((((....))))))))).,(((((,,(((....))),.)))))(((..((.(((..(((((((((((({{,(((((,..(({{(||{|{{.{,,,.{{,.((((((............))))))..({({,..(((.,(((....)))..|||....,,,,||....(((((({.....,))))))).}},..{{{{{....,}}}}||,,,.{(((..((((.((((((.((.(((((((.((((,((((..(((((.((((((((({({((..(((((...(((({,(.(((.,....,))))))))).....)))))..)))))))))..................{{(({{{{{(((((,{((((((((((((.((((........))))(((((((((..(((.{(((((..((((((((((((((.((((((..((.(((.((.{((,........),..})}.)).)))..))..))}..)))))))))).......................((((........)))).......,,{((((((((..(((((.(((,.((((.(((((.(((.(({{{(((((((....)))....{{(((....})))),.)))))))))))..))))).)))).,...........{(((({.(((((((((.,..{{{{({.....)}.}}})...))))))))).))}),),....))).))))).)))))))))|,...((..((((......))))..))..,|(((....)))))))))).((((.{.(((((((((((.((.((((.,,......}.))))))))))))..))))).}.)))))))))}.))).)))))..))))..))))))))))))))))))),(((((.((.(((......))).)).)))))|,,,.{{{((....(((((,({((,,,||||.}|||||,||||}}}}}})))),,....,|||,{|,,|||||..{(((((.(((.(((((..((....)))))))..))).)))))}|||}}..))),}},.{{,,|,,||(((((..{.{{(((.....}}}.,}}}.)))))))..),.)})))).)))))..))...)))))).))))))).)).}.)))))))))..)))}......,,....((((...)))).,(({{,{{.{(((((((,((((({,,((,,.....|||}|,,...}}||....})},),)))))..)}),,)))))})))))))))),.}},,}|}}..}).)))))))))))..)))..))..)))..((((((((((((((((.((((..(((((..((((.{(....)}))))....))))).)))).)))))).{{{.((((((({..,.({,,{(((((((({((((..((((...)))),{((((....))))},...,)))))))))}}))),,)),,}.,||....,,}).,}.))))))..})}))))))))))))))))})|((.((.{({,{(((({(((((((..{(.,({{,{,,...})))}.)).}}))))))).,,...,,.}}||||,|||{{|||}|,{{,.|{,{....(((((((((({{.{((,,...}}}.)),.{{{,(((((((.(....).))))))))}|,(({.,,{....{{{|}|.|,,..||||..|,||.|||||}.||||,,{{{....))))}.....,)}},))))))))))))))|||||}}}}|}|}|}|||,|||{..{((((,((.{{{,,,|||||.}}}||,,...}|||.}|}....((.(((((.....))))).)),|||,..,}}}))))))})))}},,}},,,.,.(((((...))))).}.,...}})),}}.)))))))))..))))))),})))).))))).)))))))(((((,..(((((((.((((..(((..((.((.(((..((((((...)))))).......((((((((........))),.,))))....))).)).)))))..)))).))..)))))..,.))))))))))).))))(((((((((((((.((((,,,,...((((..,,,(({...((((((..,,..{((.((((((((((((((((.....((((((((({.......,,{((((.,({(((((((,{{,{.{{{..........,))))))))}))}..)))))........}},})))))))...)))))),(({(((,{,.,,.||},,}}.{({{({{((,{{,{{{,{{{,||,||||,.,|,{{(({((({,.,.(((({{{.{.({{..((((.((,.,...|}|}}},,,..}}|,|.}}}})))...|||,{|({(((((((({..,((,..,|}|...}))))))))).))))})((((((((((((.,..{..........))))}....,)))))))...,|||{|,,|||...,.)}}.))))}||||{||||||,,.,,)))))))},}}}}...((((((((....)))))))){{{..(((((((((((((...))))))))))))}..,))),....))))),})))).)))..))))))..))).}}))),{((({((((((((((((.......(((((((..(((((((((....)))))))))..)).))))).......))))))))))))..})))|((((((((..........)))))))),....,,,.......,),))))))))))).................))))))..
Back