Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001322421.2
Sequence Length
1694 nt
GC Content
0.5077
AGUGGUCCUGCCGCCUGGUCUCACCUCGCUAUGGUUCGUCUGCCUCUGCAGUGCGUCCUCUGGGGCUGCUUGCUGACCGCUGUCCAUCCAGAACCACCCACUGCAUGCAGAGAAAAACAGUACCUAAUAAACAGUCAGUGCUGUUCUUUGUGCCAGCCAGGACAGAAACUGGUGAGUGACUGCACAGAGUUCACUGAAACGGAAUGCCUUCCUUGCGGUGAAAGCGAAUUCCUAGACACCUGGAACAGAGAGACACACUGCCACCAGCACAAAUACUGCGACCCCAACCUAGGGCUUCGGGUCCAGCAGAAGGGCACCUCAGAAACAGACACCAUCUGCACCUGUGAAGAAGGCUGGCACUGUACGAGUGAGGCCUGUGAGAGCUGUGUCCUGCACCGCUCAUGCUCGCCCGGCUUUGGGGUCAAGCAGAUUGCUACAGGGGUUUCUGAUACCAUCUGCGAGCCCUGCCCAGUCGGCUUCUUCUCCAAUGUGUCAUCUGCUUUCGAAAAAUGUCACCCUUGGACAAGCUGUGAGACCAAAGACCUGGUUGUGCAACAGGCAGGCACAAACAAGACUGAUGUUGUCUGUGGUCCCCAGGAUCGGCUGAGAGCCCUGGUGGUGAUCCCCAUCAUCUUCGGGAUCCUGUUUGCCAUCCUCUUGGUGCUGGUCUUUAUCAGUGAGUCCUCAGAAAAGGUGGCCAAGAAGCCAACCAAUAAGGCCCCCCACCCCAAGCAGGAACCCCAGGAGAUCAAUUUUCCCGACGAUCUUCCUGGCUCCAACACUGCUGCUCCAGUGCAGGAGACUUUACAUGGAUGCCAACCGGUCACCCAGGAGGAUGGCAAAGAGAGUCGCAUCUCAGUGCAGGAGAGACAGUGAGGCUGCACCCACCCAGGAGUGUGGCCACGUGGGCAAACAGGCAGUUGGCCAGAGAGCCUGGUGCUGCUGCUGCUGUGGCGUGAGGGUGAGGGGCUGGCACUGACUGGGCAUAGCUCCCCGCUUCUGCCUGCACCCCUGCAGUUUGAGACAGGAGACCUGGCACUGGAUGCAGAAACAGUUCACCUUGAAGAACCUCUCACUUCACCCUGGAGCCCAUCCAGUCUCCCAACUUGUAUUAAAGACAGAGGCAGAAGUUUGGUGGUGGUGGUGUUGGGGUAUGGUUUAGUAAUAUCCACCAGACCUUCCGAUCCAGCAGUUUGGUGCCCAGAGAGGCAUCAUGGUGGCUUCCCUGCGCCCAGGAAGCCAUAUACACAGAUGCCCAUUGCAGCAUUGUUUGUGAUAGUGAACAACUGGAAGCUGCUUAACUGUCCAUCAGCAGGAGACUGGCUAAAUAAAAUUAGAAUAUAUUUAUACAACAGAAUCUCAAAAACACUGUUGAGUAAGGAAAAAAAGGCAUGCUGCUGAAUGAUGGGUAUGGAACUUUUUAAAAAAGUACAUGCUUUUAUGUAUGUAUAUUGCCUAUGGAUAUAUGUAUAAAUACAAUAUGCAUCAUAUAUUGAUAUAACAAGGGUUCUGGAAGGGUACACAGAAAACCCACAGCUCGAAGAGUGGUGACGUCUGGGGUGGGGAAGAAGGGUCUGGGGGAGGGUUGGUUAAAGGGAGAUUUGGCUUUCCCAUAAUGCUUCAUCAUUUUUCCCAAAAGGAGAGUGAAUUCACAUAAUGCUUAUGUAAUUAAAAAAUCAUCAAACAUGUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-586.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -619.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 424.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((....((((...((((((.((((((.((((((((...((((((((((((.((((((((((((.((.........)).)))).............(((((((.(((((((...(((((((..............))))))))))))))....(((((........))))).(((((((......)).))))).....((((....)))).)))))))........((((.((....))))))))))).))).))))))....((((...((.((((((((((((....((((..(((((...(((((.((..................)).))))))))))......(((((..((((.....)))).)))))(((.((((.((((...)))).)))).)))..))))....))))))))..))))))))))..))))))...))).)))))..)))((((((.(((((.(..(((((((((((..((((((((.((((((((....((((.......)))).((((((.(((((......)))))..((((((..(((............))).))))))(((((..((((((......)))((((((((.((...((((((..........))))))((.(((((((((((((((((((((((...((((.(((..((((.......(((((....(..(((.........)))..))))))......))))...((((((((((............)))).))))))((((..(((((......)))))..))))......))).))))...))))).)).)))))))))))))))).))(((((..((((..(((..((..((((((..((((((((((.....)).))))))))..(((((((....((((((..(((((.....)))))))))))(((((((.((((.((((((..(((((((((.((....)))).)))))))((((((((((((.......(((((((.((((((((.((.(((...(((....)))...))).)).)))(((((.........)))))...((((.....)))))))))..))).))))..........))))))))))..))...(((((((((((.............))))).)))))).)))))))).))))))))).(((((((......)))))))..(((((((((.((....))))))))))).........))))))).(((((.((..((((........))))...)).)))))...))))))..)).))).)))).)))))..................(((((.((((((.............)))))).))))).....(((((((((.((((...(((.((((.....)))).)))....))))))))))))).((((((((((((.......)))))))))))).((((((((((.....))))))).))).)).))))))))....)))..)))))......))))))))).)))))))))))).).....))))))))))).).)))))..))))))......)))))))))))))....)))).........(((((((((......)))))))))....((((((...))))))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((,...|||({,.((((((.((((((.((((((((...((((((((((((.((((((((({{(,({.,{..,...}}.)))}...}}|.......{{{{({|.{{{|{{{..,(((((((..............))))))))|||||||{,,(((((........))))).{{{{{{{,,,,,,))||||||,....((({....}))).},))))),,......,{((.{(....))))),))))).))).)))))}....((((...((.((((((((((((....((((..(((((...(((((.((..............,...)).)))))))))).,....(((((..((((.....)))).)))))(((.((((.((((...)))).)))).)))..)))).,..))))))))..)))))))))).,))))))...))).)))))..))){(((((.(((((.(..(((((((((((..(((((({(,(((((((,....((((.......)))),((((((.{{(({....,,||}||{{{{.|||,.|||}},,...,....,,,.,|}}}|(((((..((((((((((((((...})))((((.((((({....)))))).}))))))))))(((((((((((((((((((((((...((((.((((((({{,......(((((,...,..|||..,,.....))}..,)}}}}......,|||...((((((((((............))))}}))))){|||..{{(((......}))))..))))}}}},}),}.))))...))))).))}))))))))))))))))(((((,,(((((.(((((((((.....{{,{,.((((((((((.....)).)))))))).}|||((({..,.((((((..(((((.....)))))))))))}|}|}|||((((.(((((((.(((((((((.({....)})).))))))),)})))}})))|||,..{{((|,......}.}}||.,.)))}})))))))))).}.....((((........)))))))))........(((((((((..(((((((((.....(({......((((({(((({.,,,{(({{(((((,((({((({({,,,.......,,))),))}))).)))..))).,}}}|}}||,{((((((......)))))),..((((((((({((....)))))))))))...,,{{|||||},.,.{,,|||||.,||||,.,,.,,.})}}}}}}}.,))))},..)))))...,.))))))))))))((({......})))......{((((.((((((.............)))))).)))),.....,,((((({{.((({...{{{.{((({{,..||||,|,...,,)))})))))))}}||{|{{|||{{{||,,|{{,|{{|||||||||.,,,|||}))}}}},}))}}}}},},......)))))))))..)))..)))))}...,.)))))))))}}))))))))))).).....))))))))))).).)))))}.)))))}......})))))))},)))....))}}.........(((((((((,.....))))))))),,,.((((({...,))))),,,.........................
Back