Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001322504.1
Sequence Length
1947 nt
GC Content
0.5840
GUGGACGCGGUCAAACGAUGCCCCGCAGCCUCCUGGGUCUCAGCACAUAUUCCACACCUACGUCCCCUGACCUGUGCUCCUAGAAGCUGGAGAGAGCAGGAGCCUUCGGUGGGGCAGCUCAAAAUGUAGGUAACUGCGGGCCAGGAGCAGCGCCCAACCUGUAGCGCUGCGCUACCCAACCAUCGGUCCCUGCCUUUGAGCGUCGACGGCUGAUCUUUUGGUUUGAGGGAGAGACUGGCGCUGGAGUUUUGAAUUCCGAAUCAUGUGCAGAAUGCUGAAUCUUCCCCCAGCCAGGACGAAUAAGACAGCGCGGAAAAGCAGAUUCUCGUAAUUCUGGAAUUGCAUGUUGCAAGGAGUCUCCUGGAUCUUCGCACCCAGCUUCGGGUAGGGAGGGAGUCCGGGUCCCGGGCUAGGCCAGCCCGGCAGGUGGAGAGGGUCCCCGGCAGCCCCGCGCGCCCCUGGCCAUGUCUUUAAUGCCCUGCCCCUUCAUGUGGCCUUCUGAGGGUUCCCAGGGCUGGCCAGGGUUGUUUCCCACCCGCGCGCGCGCUCUCACCCCCAGCCAAACCCACCUGGCAGGGCUCCCUCCAGCCGAGACCUUUUGAUUCCCGGCUCCCGCGCUCCCGCCUCCGCGCCAGCCCGGGAGGUGGCCCUGGACAGCCGGACCUCGCCCGGCCCCGGCUGGGACCAUGGUGUUUCUCUCGGGAAAUGCUUCCGACAGCUCCAACUGCACCCAACCGCCGGCACCGGUGAACAUUUCCAAGGCCAUUCUGCUCGGGGUGAUCUUGGGGGGCCUCAUUCUUUUCGGGGUGCUGGGUAACAUCCUAGUGAUCCUCUCCGUAGCCUGUCACCGACACCUGCACUCAGUCACGCACUACUACAUCGUCAACCUGGCGGUGGCCGACCUCCUGCUCACCUCCACGGUGCUGCCCUUCUCCGCCAUCUUCGAGGUCCUAGGCUACUGGGCCUUCGGCAGGGUCUUCUGCAACAUCUGGGCGGCAGUGGAUGUGCUGUGCUGCACCGCGUCCAUCAUGGGCCUCUGCAUCAUCUCCAUCGACCGCUACAUCGGCGUGAGCUACCCGCUGCGCUACCCAACCAUCGUCACCCAGAGGAGGGGUCUCAUGGCUCUGCUCUGCGUCUGGGCACUCUCCCUGGUCAUAUCCAUUGGACCCCUGUUCGGCUGGAGGCAGCCGGCCCCCGAGGACGAGACCAUCUGCCAGAUCAACGAGGAGCCGGGCUACGUGCUCUUCUCAGCGCUGGGCUCCUUCUACCUGCCUCUGGCCAUCAUCCUGGUCAUGUACUGCCGCGUCUACGUGGUGGCCAAGAGGGAGAGCCGGGGCCUCAAGUCUGGCCUCAAGACCGACAAGUCGGACUCGGAGCAAGUGACGCUCCGCAUCCAUCGGAAAAACGCCCCGGCAGGAGGCAGCGGGAUGGCCAGCGCCAAGACCAAGACGCACUUCUCAGUGAGGCUCCUCAAGUUCUCCCGGGAGAAGAAAGCGGCCAAAACGCUGGGCAUCGUGGUCGGCUGCUUCGUCCUCUGCUGGCUGCCUUUUUUCUUAGUCAUGCCCAUUGAUGAGGAAACUGAGGCCCAAGAAGGAAAAAAUGACUCACCCAGCUUUAAACAACCAGUUCACCAUGCAGCAGUGCUGGGGUUGGAGGUGAUGGAGAAGGAAAAUUUGGAAGGUGUUUCAAGGAAAGACACCUGUGGGGUUUGGUGACCAGUUGGAAUGUAAGAGGCAAAAAAAAGGGAGAAGGAACUAGAUACAUAUUCUUCUGGCAGGAACUGUUAAUUGGGUUCCUGCUCCCAUCUUGCACUACAGUGAGAGAGAUAACCUGGUCUCCUACCAUUGGAAAGCAUAUCAUCUGUGCUCUGGAGGAUGAGACAAUCAAAGAAAACAAGUAAAUAAGAAAACUUAAAAACUGUGAUAUGUACCGUGAAAUAAAUAAGCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-766.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -796.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 555.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((...((.((((...........)))).)).((((((((((...((((((((((((((((((((.(((((((...)))).))).))))).....)))).)))))..........))))))((((.((((((((..(((((((..........))))))).((.((((((((..((((...(((.((((...)))).))).))))...)))))...)))))...))))).))).)))).........)))).)))))).......((..((.(((.(((((((((...........(((((((....((((.((((.(.....).)))))))).....((..((((((....((.((((.((((((......))))..((((((((((((((..(((((((.....)))))))..(((((((.((((........))))((((((((((((((((.(((((....((((((((.(.....).)))......)))))....)))))))))))))).............)))))))..))).))))))).((((........)))).))))))))))).)).))))))....))))))..))..))))))).((((((((.((......)))))))))).))))).(((((((.((......))..))))))).(((((.(((((((((((((.....((((((..(((..((((((((((((.((((.(((((((((((((...(((((((((.((((((....)))))).)))))))))...)))))........))))))))......(((.(((..((((((((((.((((....(((((...(((...(((.(((((((..((((.......((((((.((((((.(.....).)).)))).))).)))(((((((..............(((((.(((((....))))).)))))(((((....))))).......))))))).))))..)))).))))))....)))(((.((.((((((((...............(((.........(((((.(((.....))))))))...........)))..((((.((((((..((((.(((.(......).)))))))..))))))))))......(((((((((....)))))).)))(((((((((((....((((((((((((((.((((........((((((((..(((..((((((((((..(((((((.(((((.....(((((((((((((......))))).....((((((((....))))))))((....))....((((((((....((((((((.((......))...))))))))((((((.......))))))..(((...))).....)))))))).)))))))).)))).).)))))))..)))...))).)))).....)))..))))))))...(((((....)))))...((((.......)))).))))..)))))).......)))))))).)))))))))))..((((((.((((.......)))).))))))..)))))))).)).)))............((((((.............................))))))))))))))).)))))).))))..))).)))((((((((.......))))))))....)))).))))..)))))))).)))..)))))).......((((((((((............)))))))((((((((((........)))))))))))))..............)))))))))).))))))))(((.......))).((((((.....)))))))))).))).))..))((((.((.....((((..........)))).....)).)))).)).)))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((({,...,,,(({{{{{{{,{,,{{|}|{{((,((((({{{{{...{({{{{(((((({{({{{{|,((((({{...}})).))),})))),,.,.}})),)))))..........||||}}.{||,|(((((((,.(((((((..........))))))).{{.((((((((..((((...(((.((({...}))).))).)}}),..})))}.,.))|||,..))))).)||,||||...,,,,,}))}).)})))),|,.,,,|,..||}{{(.{{{{{({{{...........(((((((....(((((((({.(.....|,}}}}}}||....,||.,(({|{{....||.|||{.|{((((......))))..((((((((((({{(,.(((((((.....))))))){{(((((,{.{(((....{{.{||,,((((((((((((((((.{{{{,....(((((({{,(,,,,.}.}}}....,,))))}...,)))))))))))))).............))))))).)))},,}))},,.|||,...}}}}}))}).))))))))))).||,|}|}}}....)}}))},,)),.))))))).((((((((,({...,,.}})))))))).))})).{{(((((.{{......))..)))))))|(((((.(((((((((((((,{...((((((..(((..((((((((((((.((((.(((((((((((((...(((((((((.((((((....)))))).)))))))))...)))}}......,,))))))))......{((.{((..((((((((((.((((....(((((.(({(((({,{{,,,,{,,{,,{,.,...,,..{(((((.((((((.(.....}.)}.)))).))).)))(((((((,,,,,,,.,.....(((((.(((((....))))),)))))(((({....})))).......})))))},||||,||||}||{{{{|||.,},}|((.((.((((((((.,......,,.,,,{({..,.......(((((.(((.....)))))))}...........,....(({(,({(((({{(({(.(({.{......).}}}}))),.}}}})))}))......|||||||||,,,,}))))).})|(((((((((((....((((((((({{({(,({((.,......((((((((..(((..((((((((((..(((((((.(((((.{{.,((,(((((((((({{{,..|||,|,,,..,,{{||||.,,,,)))))))||..}}))....((((((((....((((((((.((......))...))))))))((((((.......))))))..{((...))).....)))))))).,}))),)).)))).).)))))))..)))...))).)))).....)))..))))))))...{{{{{....))))}...((((,,,....||}}.}}}}..)))})},,,,,,,)))))))).))))))))))),.{{{{{{,|{{{.......))))}))))},..)))))))).)).))}.....,{.......,||,,....,,.....}}}.....,)))))))))).))}))))))))).))))))}})))..))}.)))((((((((.......))))))))....)))).))))..)))))))).)))..)))))).......((((((((((..,.........))))))){(((((((((........)))))))))))))....,,,......}}))))))))),,)))))))|((.......)),.{(((((.....))))))}})).))}|}),,},,||,.,,...,,{(((...{(((....)))}...}))}))}}.)),)))))).............
Back