Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323370.2
Sequence Length
1583 nt
GC Content
0.6273
AGAGUCAGGGCCACGGAGCUUAGGAGACCUUGGGUCAGCUCUGCAAAGGGGUUGUUUACUGAAUGCUUCUGGUAUCUGCAGCCCCGCUGGGGUUCGGACAGGGGGUCUGGAAUAGGGCUUCACAACUACAGCAGGGCUAGGACCCUCUUGGGCUGGAAGGAGCUGGAGAGGCCUCUGCAAGCUGUCACAGGCUCUUGGUGCUGGCACUGGCUCAGGCUUUCACACACACACACGCGCACACACACACACACACACACACGGACAGGCACCCCCUUGGUGGCCUUCACAGUUUCACCUUCAGGCUCAAAGCUGGCUCUGCAGGGGACAUGAGAGGCACACCGAAGACCCACCUCCUGGCCUUCUCCCUCCUCUGCCUCCUCUCAAAGGUGCGUACCCAGCUGUGCCCGACACCAUGUACCUGCCCCUGGCCACCUCCCCGAUGCCCGCUGGGAGUACCCCUGGUGCUGGAUGGCUGUGGCUGCUGCCGGGUAUGUGCACGGCGGCUGGGGGAGCCCUGCGACCAACUCCACGUCUGCGACGCCAGCCAGGGCCUGGUCUGCCAGCCCGGGGCAGGACCCGGUGGCCGGGGGGCCCUGUGCCUCUUGGCAGAGGACGACAGCAGCUGUGAGGUGAACGGCCGCCUGUAUCGGGAAGGGGAGACCUUCCAGCCCCACUGCAGCAUCCGCUGCCGCUGCGAGGACGGCGGCUUCACCUGCGUGCCGCUGUGCAGCGAGGAUGUGCGGCUGCCCAGCUGGGACUGCCCCCACCCCAGGAGGGUCGAGGUCCUGGGCAAGUGCUGCCCUGAGUGGGUGUGCGGCCAAGGAGGGGGACUGGGGACCCAGCCCCUUCCAGCCCAAGGACCCCAGUUUUCUGGCCUUGUCUCUUCCCUGCCCCCUGGUGUCCCCUGCCCAGAAUGGAGCACGGCCUGGGGACCCUGCUCGACCACCUGUGGGCUGGGCAUGGCCACCCGGGUGUCCAACCAGAACCGCUUCUGCCGACUGGAGACCCAGCGCCGCCUGUGCCUGUCCAGGCCCUGCCCACCCUCCAGGGGUCGCAGUCCACAAAACAGUGCCUUCUAGAGCCGGGCUGGGAAUGGGGACACGGUGUCCACCAUCCCCAGCUGGUGGCCCUGUGCCUGGGCCCUGGGCUGAUGGAAGAUGGUCCGUGCCCAGGCCCUUGGCUGCAGGCAACACUUUAGCUUGGGUCCACCAUGCAGAACACCAAUAUUAACACGCUGCCUGGUCUGUCUGGAUCCCGAGGUAUGGCAGAGGUGCAAGACCUAGUCCCCUUUCCUCUAACUCACUGCCUAGGAGGCUGGCCAAGGUGUCCAGGGUCCUCUAGCCCACUCCCUGCCUACACACACAGCCUAUAUCAAACAUGCACACGGGCGAGCUUUCUCUCCGACUUCCCCUGGGCAAGAGAUGGGACAAGCAGUCCCUUAAUAUUGAGGCUGCAGCAGGUGCUGGGCUGGACUGGCCAUUUUUCUGGGGGUAGGAUGAAGAGAAGGCACACAGAGAUUCUGGAUCUCCUGCUGCCUUUUCUGGAGUUUGUAAAAUUGUUCCUGAAUACAAGCCUAUGCGUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-718.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -741.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 269.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((((((((((((((.....((((...)))))))))))....((((((((.(((((((...))).))))...))))))))((((((((((((((.....))))......(((((............(((((((..((((((((((((.(((....((((((....(((((.(((.((((((.((((..(.((((((.(((((.((((..((.................((((((.....................((.(((((((.....))).)))))).((((((..((....))....)))))).....((((((((...(((((((.((..((.(......))).))))).))))..))))))))............)))))).)).))))))))).).))))).)..))))(((((((((((((((....((((((((((.((.(((...(((.((((.((((.((.((.(((((((.((....)).))))))).(((....)))...(((.........))).)).)))))).)))).))).))))).)))))...))))))))...))))))))))))..(((.((((....)))).)))..))))))...))))))))...(((((((...((((.((((((.....)))))).........(((((....)))))((((((....((((((((...........))))))))))))))..)))).))))))).))))))(((....)))))).))))))))))))..)))))))(((..((((.((((.....)))))))).)))..((((((((.((((....)))))))))))))))))..))))))))))....)))))))).))))..(((((((((.((.((((((((((((...))).)))......))))))))....(((((.((((.(((.((((((.((((....((((.((((..(((((....))))).....)))).)))).((((.....)))).......)))).)))))))))..)))))))))(((((((.....((((((((.((..((((.(((((((.(((((((((...))))).)))).)))))))((((..((((((((.(((((.(((((..(((((......)))))))))))))))..))).)))))...)))).((.(((((((((((((.((((..................)))).))))......))).)))))).))....(((((.....(((...)))......)))))..(((..((((((((((((((......((((.(((((..............)))))...))))...))))))................((((.(((....)))))))......)))))))).)))..(((((.....)))))..........))))..)).))))))))...)))))))...........)))))))))....((((((((((((..((((((...)))))).)).))))))))))((.(((((((..............)))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((((((((((((((.....((((...)))))))))))....((((((((.((((({,...,)}.))))...))))))))((((((((((....{(((((((({{......(((..........)))....}},))))))))|((((((((((((.(((((.(((((((..((.((.(((({..{{(....}.}},))))))).))..))))))).............{.,.......................,.....}}.,((((((((((((((({.{{,,(((.(((.(((((,({....}))).))).)))))),.)).))))).))))))((.(((.((((((((((..{.(((.((((.{((((((......((.((((.((((((((.((((({((((.(((..,,{(((((((((((({{{....((((((((((.((.(((...(((.((((.((((.((.((.(((((((.({....}).))))))).((({...})).,.{{{.........}}}.)).)))))).)))).))).))))).)))))...)))))))}...)))))))))))),,(((.((((....)))).))).,.(((((.(((((.((((((,,{((((((,{{.,{{((((((.....)))))).......,.(((((....))))),).}}}}},,,})))})})))))))))}.)).))))),},))).)).))),)))..)).))))))))}},)).)}......)))))),,.)))),...(((((.....))))).},..))).).}.)))),,)))))))).))))))..))))).)))))))))))),))))))))))....)))))))).))))..(((((((((.((.((((((,((({,....}}.}},.}}}..))))))))....(((((.((((.(((.((((((.((((....((((.((((..(((({....})))).....)))).)))).((((.....)))).......)))).)))))))))..)))))))))(((((((.....((((((((.((..,(((.(((((((.(((((((({...})))).)))).)))))))((((..((((((((.((({(((((((..(((((......)))))))))))))))..))).)))))...)))}.{(.(((((((((((((.((((..................)))).)))}.....}))).)))))).)}.||,,,((({....,||}}.|||,|....}}|||..,,,..((((((((((((((......((((.(((((..............)))))...))))...))))))................((((.(((....)))))))......)))))))).))),.|||||..,,,))}}}.,......},))))}.)).))))))))...))))))),,.........)))))))))....((((((((((..{{((((((...)))))).)).))))))))))((.(((((((....,.........)))))))))........
Back