Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001323419.2
Sequence Length
2882 nt
GC Content
0.4813
AUCGUGCGGGACGUGGACGGAAGAAAAAAGAGAGUGAGCGAGCGCCGGAAUCAGCCCGGCGUGGAGUGCGGACCCGCGGUAGUGCCAGGGGGCGAAGGCGGCGGUGGUGAGGAAGAUACUUUGGUUAGUGACCACAUCGCAGCAUGUUGAGUCAAGUUUACCGCUGUGGGUUCCAGCCCUUCAACCAACAUCUUCUGCCCUGGGUCAAGUGUACAACCGUCUUCAGAUCUCAUUUUGGUGACCAAUUUGGAUUUCCAUGAUGAGCAGAAGCGCCGGAACCUCAAUGGAACACUUCAUGAACUCCUUAGAAUGAACAUUGUCCCCAUUGUCAACACAAAUGAUGCUGUUGUCCCCCCAGCUGAGCCCAACAGUGACCUGCAGGGGGUAAAUGUUAUUAGUGUUAAAGAUAAUGAUAGCCUGGCUGCCCGACUGGCUGUGGAAAUGAAAACUGAUCUCUUGAUUGUUCUUUCAGAUGUAGAAGGCCUUUUUGACAGCCCCCCAGGUUCAGAUGAUGCAAAGCUUAUUGAUAUAUUUUAUCCCGGAGAUCAGCAGUCUGUGACAUUUGGAACCAAGUCUAGAGUGGGAAUGGGUGGCAUGGAAGCCAAGGUGAAAGCAGCCCUCUGGGCUUUGCAAGGUGGCACUUCUGUUGUUAUUGCCAAUGGAACCCACCCAAAGGUGUCUGGGCACGUCAUCACAGACAUUGUGGAGGGGAAGAAAGUUGGUACCUUCUUUUCAGAAGUAAAGCCUGCAGGCCCUACUGUUGAGCAGCAGGGAGAAAUGGCGCGAUCUGGAGGAAGGAUGUUGGCCACCUUGGAACCUGAGCAGAGAGCAGAAAUUAUCCAUCAUCUGGCUGAUCUGUUGACGGACCAGCGUGAUGAGAUCCUGUUAGCCAACAAAAAAGACUUGGAGGAGGCAGAGGGGAGACUUGCAGCUCCUCUGCUGAAACGUUUAAGCCUCUCCACAUCCAAAUUGAACAGCCUGGCCAUCGGUCUGCGACAGAUCGCAGCCUCCUCCCAGGACAGCGUGGGACGUGUUUUGCGCCGCACCCGAAUCGCCAAAAACUUGGAACUGGAACAAGUGACUGUCCCAAUUGGAGUUCUGCUGGUGAUCUUUGAAUCUCGUCCUGACUGUCUACCCCAGGUGGCAGCUUUGGCUAUCGCAAGUGGCAAUGGCUUGUUACUCAAAGGAGGGAAGGAGGCUGCACACAGCAACCGGAUUCUCCACCUCCUGACCCAGGAGGCUCUCUCAAUCCAUGGAGUCAAGGAGGCCGUGCAACUGGUGAAUACCAGAGAAGAAGUUGAAGAUCUUUGCCGCCUAGACAAAAUGAUAGAUCUGAUCAUUCCACGUGGCUCUUCCCAGCUGGUCAGAGACAUCCAGAAAGCUGCUAAGGGGAUUCCAGUGAUGGGGCACAGCGAAGGGAUCUGUCACAUGUAUGUGGAUUCCGAGGCCAGUGUUGAUAAGGUCACCAGGCUAGUCAGAGACUCUAAAUGUGAAUAUCCAGCUGCCUGUAAUGCUUUGGAGACUUUGUUAAUCCACCGGGAUCUGCUCAGGACACCAUUAUUUGACCAGAUCAUUGAUAUGCUGAGAGUGGAACAGGUAAAAAUUCAUGCAGGCCCCAAAUUUGCCUCCUAUCUGACCUUCAGCCCCUCCGAAGUGAAGUCACUCCGAACUGAGUAUGGGGACCUGGAAUUAUGCAUUGAAGUAGUGGACAACGUUCAGGAUGCCAUUGACCACAUCCACAAGUAUGGCAGCUCCCACACGGAUGUCAUCGUCACAGAGGACGAAAACACAGCGGAGUUCUUCCUGCAGCACGUAGACAGUGCCUGUGUGUUCUGGAAUGCCAGCACUCGCUUUUCUGAUGGUUACCGCUUUGGACUGGGAGCUGAAGUGGGAAUCAGUACAUCGAGAAUCCACGCCCGGGGACCAGUAGGACUUGAGGGACUGCUUACUACUAAGUGGCUGCUGCGAGGGAAGGACCACGUGGUCUCAGAUUUCUCAGAGCAUGGAAGUUUAAAAUAUCUUCAUGAGAACCUCCCUAUUCCUCAGAGAAACACCAACUGAAAAGAGCCAGGAAAACCCGGGAAUUUUCCAAAAGGUCUUCACGUUAAACUUGUCUUAUCUCAGGAGAGAGCCCGCUCUUGUCUCCCAGUUCCUGGUAGGGUCUGCCUGUUGGAAAGUGUACCUGGAUGCUUCUGGGCUCCGUUUGGCAAUAGCAGUCUUGGCUGAUGUGCACAGUCUGGCUCCCAGCUCACCCUUUUUUUUUAAAGUAAGAAAAUAGUUGCUACCGAUAGGGACUUUGCCAAGUCCAAUUAUCUUCUAGGAUUGAAAGGUGCAUUUUCCCCAUAAAAAAGGCGAGGAAAACCCAUGGCUGCUUUGUGUCACCUCAGUGACUUACAGUCCCCCUUGGCAUUUAGUUGGUACUAGAGCCAGUCAUCCUUAACAAAUCUUUUCACAUUUUAUUUCUUUCACAUGUAGUCAUCUUCAAAAAGGAAAGAUUUGGAAUUUUAGAAAAGGGGCAACUCUUCUUUUUAGCAUUCUCAUCAGAAAGUCACAAAAAUCGAUGGAAUCAUUUCCACUGGGAAGAUUGACCUUUUGUAUUUAUUUGUGGGGUAAAUUAAUAAGCAUUCCAGAUGCUUGCAGCUUCCUGCAUCCAGGAGAUGCUGUGUUCCCCGUGAUGCAGCUGGAACCCAAGCUGCAGCAGGAGAUGCAAGUUUCAGGAUGUUCCCCACUGAGCUGGAGGAAUAUCUACAGCAGUGAUGCUUGAAAUUUUUGUAUGAAUUAUUUUGUCGUCCUACCCUUUUCCUCCAAAACAAAAAUUAGAGGAUUAUUUUAAUACUUUGGAUUCUUCCCCCUUUUUUGAGAAAUAAAGUUUUUUAUGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-913.88 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -972.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 728.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.....))).((..((((((((((((((.((((((..(.(((((((((((((.((((((((((((.((((((((((((....((((((((((((.(((....(((((.....(((((......((..((((.((.((((((((((((((((((....((((.(((.((((((((.((((.((..((((.((((.((((((............(((.((((....((((((.(((.(((((...))).)).))).))))))..))))...))).........((.(((.(((((............)))))...))).))((((((((((((.((((((...(((..(((((((((((.......)))....)))..)))))..))))))))).)))))...))))))).......(((((.(.((..((((.((.(..(((((((.((((....))))))..)))))..).))...))))..)).).))))).))))))..)))).)))).....(((...((((.....))))...))).....((.((((.(((..(((....)))))))))).))))..)))).))).))))).))).)))).....(((((...)))))((.(((((((((..............(((((((....(((..(((..((((((((............)))))))).)))..)))......)))))))((((((((.((((.((...(((......((((.((((...)))).))))......)))))..))))))))))))......))))))))).))((((((((((.(((((.....((((((((((((((((.((....))))).)))).)))))).))).)))))................(((((...((.(((((..((((...((((......))))....))))...)))))))...)))))......((((((((((.((((.((((((....))))))))...(((((.(....).)))))..((((.(((.((((((..(((((.((............(((((....((..(((..(((.((((((..((((((((((((...((.(((.(((.....(((((.....(((((((((((((((...((((.(((.(((.((((((.((((((...(((..((.((((((((....))))....(((...))).(((((((...))))))))))).))..)))...))))..)).))))))))).))).))))...))))))................))))))))))))))....)))))))).)))))..))).))))..))..)))).))).)))..)).)))))...........)).)))))..))).))).))).))))..((((((...((((....)))))))))))))))))).))))((((((((.((((((.(((..((...((.......))...))..))))))..........))).))))))))...(((....)))))))))))))........))))))).......))))))))))).)))))).)))))))....)))))....)))))...))))))))))..)).)))((((((((((((((((((.....((((......))))((((.(.((((((....(.(((((...))))).).....)))))).).))))((((((((......(((.(((((..((((((((((.(((..(((((......)))))..)))..((((........)))).((((.......)))))))))))....))).)))))..)))........)).)))))).)))))))))..))).)))))))))))..)).))))........))))))))((((..((....)).)))).(((((((((.........(((....((..(((((((((....((((.(((.((....)).))).))))((((..........))))..(((...)))))).))))))..))...)))...(((((..(((((.((((...(((((.(((((((((.((((............((((........)))).(((((....))))).(((.((((...)))).)))....)))).)))))))))...)))))....)))).)))))..)))))....))))))))))))))))........)))))).)...)))))).)))))))(((((((((..((((((((.......(((((((((((....))))))..)))))...(((((((((((..(((((((.(((((((((..((.((.((.....)).)).))(((.((.(((((....))))).)).))).....(((((.((((((....)))))))))))..........(((((((((((.....................................)))))))))))((((.(((((((((((....))))..))))))).))))....(((((.((((......(((.(((((....))))).)))......)))).)))))......))))))))).........(((((((...)))))))(((((((((((....))))))..))))).....((.((.(((((((((...)).))))))).)))))))))))..)))))((((((((((((......))).)))))))))..((((....)))).(((((..((.....))..)))))...)))))).......((((.((........)).))))))))))))..)))))))))))))))).))((((.((((((((...)))))))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{{..{{{,,,.{{,,((((((((((((((.((((((..(.(((((({{{{{((,((((((((((((.((((((((((,{.,,.((((((((((((.(((..,.(((((.....(((((..{{{.,,..((((.((.((((((((((((((((((,,..((((.(((.((((((((,(({{.((..((((.((((.((((((.,,,{(({.,,.{((.((((....((((((.(((.(((({...})).)).))).)))))),.)))),,.}||.....,..,((.,{{.(((((............))))}...))),}.((((((((((((.((((((...{((..((((({,((.{.,{......)}...},)}.)))))..))))))))).)))))...)))))))..,{{{,(({{{.,.{,..((((,{,,{,.{(({{{{.((((....)))))},.}))))..,.},,..)))}..}),},))))).))))))..)))}.}}}|,....(((...((((.....))))...)))....,||,||||,|||,}|||,..,)},))))))),)))}..}))).))).))))).))).))))...,,(((((...))))){(.(((((((((.{..,.........(((((((....(((..(((..((((((((..........,.)))))))).)))..)))......)))))))(((((((((((((.{{...(((......((((.((((...)))).))))......)))}}..)))))))))))).....,))))))))).)}((((((((({.{((((.....((((((((((((((((.((....))))).)))).)))))).))).))))}......,......,,.,((((,{,(({((((({{((,(,..,{||}}}}}}}))}....}}},..,))))))),..))},,..,...((((((((((.((((.((((((....})))))))...(((((.(....).))))).|,{{{,(((.{{(({(,,{,{((.((,....,|||}.,{(({,.,,.,,...,{{{((,.{{({((({,{.((((((.(((((({.,,,.{{,..,,.(((((,....{(((((((,((((((.{{((((.(((.(({,((((((.((((((...(((..((.((((((((....))))....(((...))).(((((((...))))))))))).))..)))...))))..)).))))))))).))).)))).}})))))).,{{,,.......,)))))))))))))))).{{((({.,.....)))))}{((..(((......)))..)))))))})))}.)))),.,)}).),,.,)})))))}}))).)))}))}.,))),.((((((|,.{{{,....}))))))))))))))))).)))|((((((((.((((((.{{,{{(,,..{(.......},...}}.,}}}}})))....)),}})).)))))))),.,(((....)))))))))))))........}}))))).......}}))))))))).)))))),)))))))....)))))....)))))...))))))))))..}}.}))((((((((((((((((((.....((((......))))((((.{.((((((....{.(((({...})))).}.....)))))).).))))((((((((....,.(((.(((((..((((((((((.(((..(((((......)))))..)))..((((,,....,})})).((((.......)))))))))))....))).)))))..))).}......)).)))))).)))))))))..))).)))))))))))..)).))))........))))))))||||..{{,,,.||.||||,{((((((((,{,,..,,}))||{{{((,.((((((,(({{{.,,,|}|||.,,.,||))}}}),)}}|(({(,,........}}}}..|||,.,,)))}}.}))))),|,}.....},.,|||{,..((((({(((,.,.(((((.(((((((((.((((....,,......,.||........||(((((({{....))))},,||,|(((..,)))).)))}...)))).)))))))))...))))).,..)))),)))))..}}}}},...}}}}}}}},}))))})..,,....)))))).)...)))))).)))))))||{((((((..(((((({{|.,|...(((({((((((....))))))..,))))...{{{{{{,(((((((,,(((({(((((((((.,((,{({((.....}}.,|{||{.|,||,(((((....))))).|,,}}},....{((((.((((((....))))))))))}..........{{{((((((((..,{{{{,..,,,,,,...,{.,|....,,..,....)))))))}}))||||.{{{{{{{{(((,...)))}},}))))}|.}|||,....||||.||||......,,{.(((((....))))).,)))}}}}},}))}))))}..,,,.,}}||||||.,,......{((((((...|}}}}||((({({(((((,...}}))}|,.}}}}}..||,||.{|.(((((((((...)),})))))),))))})||||||||||||{(((((((((({......})).)))))))))..((((....))))}}||||,.,|,,,,,}}.,,}}}}.,}))))},,.....|((((.{,........}}.)))))}})))))..)))))))}},}))))),}}{(({.((((((({...)))))))).)))}.
Back