Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001329754.2
Sequence Length
3859 nt
GC Content
0.3597
ACUCUUUAGAUCUCUCUUGAAGAGGGCUGGUAUAUUUGUGCCUGCUGGAGGUGGAAUUAACAGUAAGAAGGAGAAAGGGAUUGAAUGGACUUACAGGAAGGAUUUCAAGUAAAUUCAGGGAAACACAUUUACUUGAAUAGUACAACCUAGAGUAUUAUUUUACACUAAGACGACACAAAAGAUGUUAAAGUUAUCACCAAGCUGCCGGACAGAUAUAUAUUCCAACACCAAGGUGCAGAUCAGCAUAGAUCUGUGAUUCAGAAAUCAGGAUUUGUUUUGGAAAGAGCUCAAGGGUUGAGAAGAACUCAAAAGCAAGUGAAGAUUACUUUGGGAACUACAGUUUAUCAGAAGAUCAACUUUUGCUAAUUCAAAUACCAAAGGCCUGAUUAUCAUAAAUUCAUAUAGGAAUGCAUAGGUCAUCUGAUCAAAUAAUAUUAGCCGUCUUCUGCUACAUCAAUGCAGCAAAAACUCUUAACAACUGUGGAUAAUUGGAAAUCUGAGUUUCAGCUUUCUUAGAAAUAACUACUCUUGACAUAUUCCAAAAUAUUUAAAAUAGGACAGGAAAAUCGGUGAGGAUGUUGUGCUCAGAAAUGUCACUGUCAUGAAAAAUAGGUAAAUUUGUUUUUUCAGCUACUGGGAAACUGUACCUCCUAGAACCUUAGGUUUUUUUUUUUUUUAAGAGGACAAGAAGGACUAAAAAUAUCAACUUUUGCUUUUGGACAAAAAUGCAUCUGACUGUAUUUUUACUUAAGGGUAUUGUGGGUUUCCUCUGGAGCUGCUGGGUUCUAGUGGGUUAUGCAAAAGGAGGUUUGGGAGACAAUCAUGUUCACUCCAGUUUUAUUUAUAGAAGACUACGGAACCACGAAAGACGGGAAAUACAAAGGGAAAUUCUCUCUAUCUUGGGUUUGCCUCACAGACCCAGACCAUUUUCACCUGGAAAACAAGCGUCCUCUGCACCUCUCUUUAUGCUGGAUCUCUACAAUGCCAUGACCAAUGAAGAAAAUCCUGAAGAGUCGGAGUACUCAGUAAGGGCAUCCUUGGCAGAAGAGACCAGAGGGGCAAGAAAGGGAUACCCAGCCUCUCCCAAUGGGUAUCCUCGUCGCAUACAGUUAUCUCGGACGACUCCUCUGACCACCCAGAGUCCUCCUCUAGCCAGCCUCCAUGAUACCAACUUUCUGAAUGAUGCUGACAUGGUCAUGAGCUUUGUCAACUUAGUUGAAAGAGACAAGGAUUUUUCUCACCAGCGAAGGCAUUACAAAGAAUUUCGAUUUGAUCUUACCCAAAUUCCUCAUGGAGAGGCAGUGACAGCAGCUGAAUUCCGGAUAUACAAGGACCGGAGCAACAACCGAUUUGAAAAUGAAACAAUUAAGAUUAGCAUAUAUCAAAUCAUCAAGGAAUACACAAAUAGGGAUGCAGAUCUGUUCUUGUUAGACACAAGAAAGGCCCAAGCUUUAGAUGUGGGUUGGCUUGUCUUUGAUAUCACUGUGACCAGCAAUCAUUGGGUGAUUAAUCCCCAGAAUAAUUUGGGCUUACAGCUCUGUGCAGAAACAGGGGAUGGACGCAGUAUCAACGUAAAAUCUGCUGGUCUUGUGGGAAGACAGGGACCUCAGUCAAAACAACCAUUCAUGGUGGCCUUCUUCAAGGCGAGUGAGGUACUUCUUCGAUCCGUGAGAGCAGCCAACAAACGAAAAAAUCAAAACCGCAAUAAAUCCAGCUCUCAUCAGGACUCCUCCAGAAUGUCCAGUGUUGGAGAUUAUAACACAAGUGAGCAAAAACAAGCCUGUAAGAAGCACGAACUCUAUGUGAGCUUCCGGGAUCUGGGAUGGCAGGUUCAUCUGAUGUUUCCUGACCACGUACCAAAGCCUUGUUGUGCUCCAACCAAAUUAAAUGCCAUCUCUGUUCUGUACUUUGAUGACAGCUCCAAUGUCAUUUUGAAAAAAUAUAGAAAUAUGGUAGUACGCUCAUGUGGCUGCCACUAAUAUUAAAUAAUAUUGAUAAUAACAAAAAGAUCUGUAUUAAGGUUUAUGGCUGCAAUAAAAAGCAUACUUUCAGACAAACGGGGAAUUUCCUAAAAUUAGUCUGGCUCAUUUUGACUCUUUUCCUAUGUACAAUAUCAUGUAUAUAGUCAUUUUUAUUUAUUUAAACGUAUAUAUUCUCUUCUGUGGAGGCUUUAUCAAUAAAAUCUAUUUCAUAGGCCACUACAUUAUACAAUAGAUCAUCUAGUAUAAUUUUCAAUGGGUUAUGCUGAGUCCAUUCAAUUCCAUUUCAACAUUUUUUUCUAAUACAAUUUUACAUAAUUUUCUGAGAUUAGACAGAACUCCUUUGACUGUUUAAUAUUGUGGAAGGAAAUUGAAUAAUUUAGUUAUAUUGUGCCAAUGAAAACCAUGAUAGAAUAUUUAUUUAGAAAUAAGACUUAAAAAAAUAACAACCCAAACAAAAAUUCUUGGAUAAACACAAUUUCUCUUUUAGAGUUCCUGCUUCAUUAGAUAAAGUGAAAUGUUGAACUGGAUUUGAAUAAAUAAACGGUAGGCAGAACAUAGAAGCUGAAAGAUUGCACAGAAUUGUUUUAACUGUUUGCUUUAACAGAAGUGGUGUAACUGUAGGAGCAUGUUCCUUUUUGGCUUGUGGAUUGUAGAUUUUGCAAAGAGCUCAAAGCUUCAGGAGACAGGCUUGAGCCUGUGUCCAUAGCUUUCCAAGUUAACACUAAUUGUAGUACAACCUUCUUACCUCAAAUAAAUCAUGUCUGCCUAUUAUCUAGAACACUACUGCUGCAGAAUUUUUUUUUCAGAUUUAAAAACCUAGUCCAAAAUAAAGAAACAUUUACAUGUGCUCCACUUUCCUCCCCACAGGCAAGAGUCACUGCAUGCGUAAAAUGUACAAGAGCAGAAGAUGCCGAAAGAACCAUUUUCUUUAGCUCUCCUUUAUAACUGAGUUUGCUGAUUGAUGUGAUGCAAGGGAUUUUAUUUAGAAGUAAAAGCACUGAAACUAAACUGGAGGAAAUUACCAAAAGUCCCAGAAUGGCUUUGACAGAAUUGCCAUUUCUAAAGAACAGCUGAAAUUCAUUUUUCAUAUCUUUGAGAGUGAGCUCAAUGAAAACCUUAUUUUGUAAAGGCAUUUUGUAAACCUUCUUCCAAGCACAAAUAAUUCCAAACAGGAAGGUUCUGUUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUCUGUGUGUGCAUGUGUGUUCUUCCCUCUAAAAUUAAUUUAUUUUCUCUAUCUAUUAGAAUGCCCUCUAAGGCCUUUCUUUAACACACACUGACUUUUUGAAGAAUGAUCUUUAGAUUGAUAACUUGCUAUUUAUGGUGACUCUGUGGUUAGGCUUAUUUACCGUUAAUCUAAAGUAUUCAUAAAGCACCAUUUAUUAAUCAUCCUUUUGGAUCUUUCAAACCAAACGUAUACCAAAAAUGUCUUCAAAAAUGUUAUGGCUUUGUUUGUAAUUCGGGUAUAUUAAAAUGUUGUUUUGAAAUACAGUUUAUCUUAAAGAAAAUUUGACAGUAACUAUAUUAAGGGGUACAUUAAGUAAUAUAUUUUUAAUUAAUGGUGUACCAUUGAGAGAAUAAGAAAUGGAAGUCUAUUGUUUUAUUCUUUAAAUGUGCUGUUUAAAUAUAUUUCCAUAUUUUAAAAUAUAUUAAACAGAUGCUAAUUUCUGCUGUUCUUGAUUUGGUUCUUUAUUUAAAAGGAAUACAAAAUGUAAGUAUAUCAUAAAUUGAGACAAUAAGAAUAUUUAUCAAAUGUAAACUGUUUGUGGAUCACAUGAUUCUUUAUGUUGUUCUUAAUUGCCAAAAUUGUUUUUUGUGUUGUUAAUAAUUAUCUCACUAUUAAAUGUGCAAAGCAACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-943.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1020.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 1083.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((...(((((..((((.((((((((((....((((..((((.....)))).))))...)))).(((.((((((((.((((((..(((.((((..(((....)))..)))).)))((((((((((((......(((((((((........)))))))))(((((..((((.((((....((((.......)))).((........))(((.((((((((.((((((.((((((((.((((((.((.((((((((((((...((((((((((((((((.((.....(((((...)))))......)).)))))))))........((((((..........(((.((((((.....)))))).)))........)))))).))))))).................)))).)))))))))))))))).........((((.(....).))))..(((.((.(((....((((((((.......(((((..((((((..(((((((((((((((((((((((..(((...((((.(((((....)))))))))..)))(((((((.......((((.((...)).))))......)).)))))..........(((((.((((((.....(((((((((((....(((((((((((..((((..((((((((.......))))))))...)))).)))......(((.((((((((((((((.(((((((((......))))))))).......(((((((((((..(((.((((((((....)))))))).(((...((((..((((.((((((((((((....)))...))))((((((........))))))......((.((.....))))........(((((.....)))))...(((((((((.....))))))))).(((........)))....))))).)))).))))...)))........)))..))))))))))).............((((((((....((((((...(((((((..((((..((((.((((((((((.((((((((.......((((((((((...........))))))))))((((................)))).)))))))).......((((((........(((...((((((((........((((...(((((((....((((...((((((((((..(((......))).)))))))......))))))).....)))))))...))))....((((((........))))))..)))))))).)))(((((((..(((((..((((((...........))))))........(((((((..(((................)))...)))))))(((((((..((((..((((((((((((.......((((((.....))))))(((((....))))).((((.(((((((.((((.((((((...((((((.(((..((((((...))))))....((((((....)))))).......((((((......))))))..))).)))))).....(((.......((((.(((((((((((((.((..((((((.((......((((....)))).(((((....))))))).)))))).)))))))...)))))))).))))......))).....))))))...)))).....))))))).)))).((((...........)))).((((((.......))))))..(.(((((..((((((((((...(((((....((.....))..)))))))))...(((..(((((((..(((...)))...)))).)))....)))....)))))).))))))............)).)))))))))).)))))))))))..)))))....)))))))...................(((((((.(((....)))))))))).(((((((....)))))))............((((((......))))))..(..(((........)))..)..((((((.....((((...)))).......))))))........))))))....(((((((((......)))))))))............................)))))))))).)))).............(((((((..((((.........))))..)))))))....(((((((((((.....))))))))))).))))((((((.((((.((((((((((.(((((((....(((((((((....(((((........))))).((((((.((...........)).)))))).((((.(((((........)))))..)))).......))).))))))......)))))))......................((((..........)))).....(((..(((.(((..(.((((....)))).)..))).)))))))))))))))).)))).))))))........((((((((((.((((.((((((((((...((((((...........)))).((((((.((((...........)))).)))))).))...)))))))))).)((.(((((....((((((((((((.((((((...(((.((((((....)))))).)))..))))))...))))....))..)))))))))))))...................)))))))))))))..((((..........(((.((((....)))).)))..........))))......((((((..((((((((.(((((...((((((((......)))..)))))....))))).)).))))))...(((((((((((((.(....)...))))))))...))))).)))))).)))))))...))))))............)))))))).))))))))))))))...))).........)))))....)))......))))))..)))))..)))))).))))))))))).))))).)))))))))))).)))))))))))))))))))..))))).)))....(((........)))))))))))..(((((((((......................))))))))).))))).).)))))))).)))))))))))..)))))...))))))..))))))......))))))..)))))))).)))...((((.(((......)))..))))..............)))))).))))..)))))...(((((((((..........((((((.((.((((((((((.(((........)))))))).....))))).)))))))))))))))))((((....)))).........((((((....(((..(((((........))))).)))...))))))......)))).........((((((((((.((((.((((..(.(((((.....))))).)..)))).))))..((..((((((..((((.((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((((((....))))).))))))))))).))))..((((((((.(((((((..........)))))))))))))))..((........)).........(((((((((((......))))))).))))......))))))))).))))))........))))))))))..))))))..))......((((.((((((....)))))).))))(((((.(((((((.....))))).)).))))).........(((........))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((({....})}}))))))((({((((({{{{|,|||{,,|(((((,(..{((,,,{{{,{((.((((((({{((((((.{(((.{({{.,(((....}}},,}}}|,|}}{((({{{((({|.,,,.,|((((((((........))))))))}{((((..((((,((((,...((((.......)))).{{........}}(((.((((((((.,(((((.((((((((.((((((.((.((((((((((((.,{((((((({(((((((({({.....(((({...||}}}.....,)).,}}}}}}|}........((((((........||||,.(((({(.....)))))).)}},,......)))))).))))))).}}.......,......)))).)))))))))))))))).........((((.{....}.))))..(((.((.(((....((((((((.......(((((..((((((..(((((((((((((((((((((((..,,,...((({.{((({....}}))}}}},..}}}((((({{.......((((.({...}).))))....,.}}.)))))..........(((((.((((((.....(((((((((((...,((((((((,((..((((.,((((((((.......}})))))}..,)))).}}.......{{{.((((((((((((({.(((((((((......)))))))))...,,..(((((((((((..(((.((((((((....)))))))).||{...{(((..((((.((((((((((({....})),..}}||((((((........))))))..|,..,,.|{..,,,,|||,.......{{{{{...,,))))).|{{((((((((.....))))))))),,,,,{{{{...,))},,.))))).)))).)))),,|}||,.......)))..})))))))))).,,..........((((((((....((((((...((((((({{(({...((((.((((((((((.{(((((((.......{(((((((((...........)))))))))}((((................))))}}}}}||||......,||||||.,,},,},(((...((((((((........((((...(((((((..,.((((...((((((((((..(((......})).)))))))..,,..}},))))..,..)))))))...))))....((((((........))))))..)))))))).)))|((((((,.(((((..,(((((...........)))))}........{{{((({..{({..........,,,...}}}...))}}}||(((((((..{(((..((((((((((((..,,{.{((((((.....|}}}}}|||{{.,,.{{{{{.{((({((,,,(((((((.((((...((((({{((((((((,,,,({{.|||||..,,,((({{,....,})))|,,...,,{{((((......))))))||||.,,|,.,,,,,..},}......}))))))|,{{{(,(((((.,({.((((((.((....,.((((....)))),(((((....))))))).)))))).))))))),,{||((((((((.,........,,.............,,...........))))))))..|||,,,,{{{,,.{{,|||.||,|)))),.......))),})))).)))).))))))).,...(((((....{{.....}},.))))){((((.,(,((((((,,,,.}}}}}}.}.}..})))).)))}}}.},}}}}}})}}}}|}}}}},,}}.........))}}))))))))).)))))))))))||}}))}....))))))}.......,,{{{{{{....(((((((.(((....)))))))))).{({((((....}}}}))),,..........{{{{{|,,,...}))))}.,|||{{{.......,)),..,..|(((((.,...((({...))))....,}.)))))},,.....,}}}}},....(((((((((......))))))))).....,,{{....,.}},,.........}))))))))).)))),{{,.....{{{{((((((({{(((({{{{,{{{{{{{{{{..||||,..|||((((((((((.....))))))))))),}},.((((((.((((.(((((((((({,{((((({...,,,,,.,{,,,{.,{(((,,,,{{..|||},.((((((.((.{{.....},.)).)))))),{|||,,|||}}}}},,.,||||||.,,||{.....}))}.}},}}},|{|,|||||,,,......................((({..........)))).......|,.,,,,{{{...,|||{....)}}}.}}}))).,,,,,))))))))))).)))).))))))........((((((((({{((,.,,.,({{.......,,.}}}..,)}}},...))))}}}}},,.,||}..,}|}}}}}},}}}||({|,...,}}},...}))}})))))}..||}}}})))),,,.||||{.{{||||...(((.((((((....)))))).)))..})}}}}...)))},..,}|,.,|||}|||,,...,,,,},}............,}}|||||}}},,..,{{{..........{{|,|||{....|}}|,}}},,,.......}}))},....|,||||..((((((((.(((((...(((({(((......)))..}))))....))))).)))))))))...(((((((((((((.{....}...))))))))...)))))})))},..}))))))...)))))).........,..)))))))).})))))))))))))...))}........,)))))....)))......))))))..}))))..)))))).)))))))))))}}}))).)))))))))))).)))))))))))))))))))..))))).)))....{{{........}})))))))))..{((((((({......................})))))))).))))).)}))))))})})))))))))))..)))))...))))))}.}))))).,....))))))}.}))))))).)))}},.|||,,||}}}}}}))).,|||{{(((.,.,.({{(....,,((((((....}))))}(((((((((..{{{,..{{((((,,{((.{{,(({{{{(,.......,,.,)))))}}})))..))))),))))||},}))))))))((((....)))).,{{((((.({({((((((((...,,,,,...{{{{.,.||...,},,})},,,}...,,..)}}|}||,...,|||}},|}})}}|,,}|||,..,.|||||}}},.,,,||{{{{|,||.,,||,||,{{((((({{..|{||,,,...,}}}}}},))))))))|{{{.((((((((((((((((....))))).))))))))))).}}}|,,(((((({{{(((((((..........))))))))))))))).,||.......}))}|}},,,,,{((({((((((......))))))}.}}}}...})))))))})}..{{{{{{{((((({{({({{{{{{.{{||||,...,}}})})}||||.,,,,||}}}}},,)))))}}))))}}}|||,,,,.,|||||||||}},}|||||,..,,,,,,..,,,}}}.,||)),,))}}}}}.
Back