Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001330221.2
Sequence Length
2380 nt
GC Content
0.6391
AAGCUCAGCGCUCCCGGAGGCGCGGACGGUGGGGCCCCGCGCCUUUUGUGUCGGGCUUUGACCGCCGCGCGCGCUCAUUCACCUCAGCGGCCGCGGGCGGAGGGGCGCACGCGCGCGCAGUCCCCUCGGAGGGCGGUGGGGCGAACAGCAACGCGCGUACCCUAGCUCUUGGCUGCUGUGCUGAGACUAGCCCGCGCGCCCGCGCGCCUCUCCCUCGAGGACUCGGAGCCGCCCGCGCACUCGCCAGGGGCCGCCGCCCCGAGUCUCAGGCGGACGCGCACGCGUUCCCGCCGCCCGGACCCCAGCCGGCUCGCCCCCCGCCCCCCCAUCCCCCGGCGGCGGCCCCCAGGCACGCGCCCGCGCACACGCCGGCCCGGGCACGCGCCCGCCAAGAUGGCAGGGGCCGGGGCCCAGCUGUCAGUCGCCGCCGCCGCGGCCCUUCCCCGCAGCUAGCGGCCCCGACGCCCACCCGGAGAAGAUGAGCCCCCGCUGCCCCCCGCAGCCCAGUCAGACGCGGAGCCGCCGCGCCCGGGGCCGGCUCCCCCGCUAGCGCCCGCGUCCCGCGCCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGGGUCGCCCCUGGCCCGGCGCGCCCGUCCCCGGCAGCGACAAUGAGUGAACAGAGUAUCUGCCAAGCCCGGGCUUCCGUGAUGGUCUACGAUGACACCAGUAAGAAAUGGGUACCAAUCAAACCUGGCCAGCAGGGAUUCAGCCGGAUCAACAUCUACCACAACACUGCCAGCAACACCUUCAGAGUCGUUGGAGUCAAGUUGCAGGAUCAGCAGGUUGUGAUCAAUUAUUCAAUCGUGAAAGGGCUGAAGUACAAUCAGGCCACGCCAACCUUCCACCAGUGGCGAGAUGCCCGCCAGGUCUACGGCUUAAACUUUGCAAGUAAAGAAGAGGCAACCACGUUCUCCAAUGCAAUGCUGUUUGCCCUGAACAUCAUGAAUUCCCAAGAAGGAGGCCCCUCCAGCCAGCGUCAGGUGCAGAAUGGCCCCUCUCCUGAUGAGAUGGACAUCCAGAGAAGACAAGUGAUGGAGCAGCACCAGCAGCAGCGUCAGGAAUCUCUAGAAAGAAGAACCUCGGCCACAGGGCCCAUCCUCCCACCAGGACAUCCUUCAUCUGCAGCCAGCGCCCCCGUCUCAUGUAGUGGGCCUCCACCGCCCCCCCCACCCCCAGUCCCACCUCCACCCACUGGGGCUACCCCACCUCCCCCACCCCCACUGCCAGCCGGAGGAGCCCAGGGGUCCAGCCACGACGAGAGCUCCAUGUCAGGACUGGCCGCUGCCAUAGCUGGGGCCAAGCUGAGAAGAGUCCAACGGCCAGAAGACGCAUCUGGAGGCUCCAGUCCCAGUGGGACCUCAAAGUCCGAUGCCAACCGGGCAAGCAGCGGGGGUGGCGGAGGAGGCCUCAUGGAGGAAAUGAACAAACUGCUGGCCAAGAGGAGAAAAGCAGCCUCCCAGUCAGACAAGCCAGCCGAGAAGAAGGAAGAUGAAAGCCAAAUGGAAGAUCCUAGUACCUCCCCCUCUCCGGGGACCCGAGCAGCCAGCCAGCCACCUAACUCCUCAGAGGCUGGCCGGAAGCCCUGGGAGCGGAGCAACUCGGUGGAGAAGCCUGUGUCCUCGAUUCUGUCCAGAACCCCGUCUGUGGCAAAGAGCCCCGAAGCUAAGAGCCCCCUUCAGUCGCAGCCUCACUCUAGGAUGAAGCCUGCUGGGAGCGUGAAUGACAUGGCCCUGGAUGCCUUCGACUUGGACCGGAUGAAGCAGGAGAUCCUAGAGGAGGUGGUGAGAGAGCUCCACAAGGUGAAGGAGGAGAUCAUCGACGCCAUCAGGCAGGAGCUGAGUGGGAUCAGCACCACGUAAGGGGCCGGCCUCGCUGCGCUGAUUCGUCGAGCCCAUCCGGCGACAGAGGACAGCCAGAAGCCCAGCCAGCCCCAGACUCCAGUGCACCAGAGCACGCACAGGAGCCUGGGCGCGCUGCUGUGAAACGUCCUGACCUGUGAUCACACAUGACAGUGAGGAAACCAAGUGCAACUCCUGGGUUUUUUUAGAUUCUGCCUGACACGGAACACCAGGUCUGCUCGUCUUUUUUGUGUUUUAUAUUUGCUUAUUUAAGGUACAUUUCUUUGGGUUUCUAGAGACGCCCCUAAGUCACCUGCUUCAUUAGACGGUUUCCAGGUUUUCUCCCAGGUGACGCUGUUAGCGCCUCAGCUGGCGGUGACAGCCGGCCCAGCGUGGCGCCACCACACACCGCAGAGCUGUCCAGGCACAGCUCCGUCCCCAGCGCUCAUGGUGUUGAAACUGUCUGUCAUGCACCACGGUGUCUGUGUCCACACAGUAAUAAACGGUUUACUGUCCGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-968.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1009.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 520.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((..(((((((((..((((((.(((((((((((.((((.....)))).))))))).))))))))))((..(((((..(((..(((((.((((.(((.((((((((((((.(((((((......((.((((((.(((((((........((((((...((((.(((((((......)))))))))))...)))))).(((((((.(((.(((.(((.((((((.((.(((((((....)))...))))....)).)))))))))))).))).))))..))).....((((.(.((...)).).))))))))))))))))).))((((.(((((.(((((((((..(((.((.(((((.((........)).))))).)).))).((((...)))).)))))((((((((((((((.....(((((....)))))........)))))).).))))))).))))...)))).)..)))).......(((((.....)))))............(((((((((.(....).)).)))))))...))).)))).)))))...))))))).))))))).)))))(((.((((((((......)))))))))))((((..(..(((((..((..((......))..))..)))))..)..))))((((((.(.(((.((....((((.(((........)))..............((((((((((.(((((....))))).........((((((.(((((.(((((..((((((.....))))))....)))))..)....)))))))))).............((((((..((((.........(((..(((((...............)))))..)))))))(((........))).....(((((....))))).((.(((((.(((((((......).)))).)).))))))).....))))))...........((((((((((.((((..((((..(.((((((.(((......(((((.((.((.(((..((.(((((.......(((((..((.((....)).))..)))))....))))).))............((((....))))..))))).)).)))))......))))))))).)..))))....))....)).)).))))))))..............(((((((.............))))))).....((.(((((.((((((((.((((..(((((..(.((.(((.((.((((((..((((.(.....).)))).)).)))))).))).....(((((((((..(((......))).......(((((.......))))).)))))))))....((.((((......)))).)))))..)).)))..)))).)))))))).))))).))((((...))))...........))))))))))...((((.........))))..))))....))))).))).)))).)))..)))))..)).....(((...))).......(((((......))))).....((..((.(((((((...............))))))).))..)).)))))))))))))......(((((.(.(((((((.(.(((((((((((((((......)))).)))......((((...(((..((((.....((..((((.(((((.(((((((((....(((((((((..((((.....)))).)))(((...((........)).))).....))))))..)))))))))))))).))))..)))))).....)))...)).)))))..))))).).)).))))).(((((((.((((........))))((..(((((.(((...(((..((((..((.((..(((.....)))....)).))))))....)))...))).)))))..))(((.((((..........)))).)))((((((((((.((((.(((.....((((.((.(((.((.....)).))))).))))......(.(((...((((((((((.((((.......))))...))))).)))))..))).)........(((((((((.((......)).))))))))).......((((.((....)).))))....((((((((.......((((.........)))).....))))))))(((((((.((((......)))).))))))).((((((...))).)))......))).)))).)).)))))))).))))))).....(((((((..(((((((((.........))).)))))).)))).)))).)))))(((((((........))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((..(((((((((..((((((.((((,((((((.((((.....)))).))))))).))))))))))((..(((((..(((,.(((((.((((((((.((((((((((((.(((({{{......((.((((((.(((((((...,,...((((((...((((.(((((((......)))))))))))...))))))..||((((.(((.(((.(({{((((((.((,(((({{({...,))...)))).),.)).)))))))))))).))).))))..|||....}}},(,({((......})))))))))))))))))),)}((((.,((((.(((((((((..(((.((.(((((.((.......,)).))))).)).))).((({...}))).)))))((((((((((((((..{..(((((....)))))........)))))).).))))))).))))...)))).)..)))).......(((((.....)))))...,......{.(((((((((.(....).))}}))))))..,))).)))).)))))...))))))).))))))).)))))|||(((((((((,....,)))))))))}|((((..,..(((((..((..((......))..))..)))))..}..))))|(((((.(.((({{{....((((.(((........)))..............(((((((((({({(((({{{{{{{,...||||..((((((.(((((.(((((..((((((.....))))))....))))).}}....))))))))))........{(({....}))}.{(,(|||.......||}},||,({{{............}))))|.}}}}.,,|||,}}}...,}}|.....((({{....}}}}}.{(.(((((.(((((((......).)))).)).))))))),....,|.||,.,,|.,..,,.((((((((((.(({,..((((..(,(((((,,(((......(((((.((.((.(({..{{.(((((.......(((((..((.((....)).))..))))),...))))).)}..{,......},((((....))))..}))}}.)).)))))......))))))))).),.))))....}}....)).)).))))))))..............{{{{(({.............}}})))),....{,.(((((.((((((((.((((..(((((.{(,,{...(((((((.((...(((..((((((((((({....(((((((,{{.,.,,{((.,{,,...})),,}....},.},.)))))))..},}),...))))}})))..)))...)).)))))))...,}}}...,,,..))})))..)))).)))))))).))))).))||||,}}))))...........}))))))))).{.((((.........))))..))))....,)))).))).)))).)))..)))))..)).....(({...})).......(((((......)))))...,.((..((.(((((((..,,........,}.))))))).))..)),)))))))))))))......(((((.{.(((((((.(.((({{,,((((((((......)))).)))}...{{{,,,...|}}..(({(...,,((..((((.(((((.(((((((((....(((((((((..((((.....)))).))){((...((........)).))),....))))))..)))))))))))))).))))..)})}}}{,,..|}}},,})|}}|||,,}}}}}.},|},}}|||.(((((((.((((........))))((..(((((.(((.,.((({.((((.,(({((,.{{{.....)))}},.))}},)))),,}.}}}...))).))))),,}|(((.((((..........)))).)))|{|||||{|{,{{|{|{((.....((((.({{(((.{(.....)).))))).)))}......{.({{...((((((((({.{{((.......))))...))))).)))))..))).}........|{{|{{{{{.,,..,,,,,..,})))))},..,||||((|,.||},},)).}},,....((((((((.......((((,,....,..)))).....))))))))(((((((.((((......)))).))))))).(((((,...})).)))..,.,.}}}.))}|,||||}}}}}}}.))))))),,...{{(((({..(((((({{{.,{.....})}}.)))))).)))).}))},}}}}){((((((........))))))),}},.
Back