Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001330380.2
Sequence Length
4442 nt
GC Content
0.4018
GUGGGCCCCGGCCCCAUUCAUUGCCGUGGCCGGCGGGCACUGGGGCCCCGUGUUUUCAGAGUCAUGGAGGCGCUAAUUCCUGUCAUAAACAAGCUCCAGGACGUCUUCAACACGGUGGGCGCCGACAUCAUCCAGCUGCCUCAAAUCGUCGUAGUGGGAACGCAGAGCAGCGGAAAGAGCUCAGUGCUAGAAAGCCUGGUGGGGAGGGACCUGCUUCCCAGAGGUACUGGAAUUGUCACCCGGAGACCUCUCAUUCUGCAACUGGUCCAUGUUUCACAAGAAGAUAAACGGAAAACAACAGGAGAAGAAAAUGACCCUGCUACAUGGAAAAACUCAAGACACCUUUCUAAAGGGGUGGAAGCAGAAGAAUGGGGUAAAUUUCUUCACACCAAAAAUAAGCUUUACACGGAUUUUGAUGAAAUUCGACAAGAAAUUGAAAAUGAAACAGAAAGAAUUUCAGGAAAUAAUAAGGGAGUAAGCCCUGAACCAAUUCAUCUUAAGAUUUUUUCACCCAACGUUGUCAAUUUGACACUUGUGGAUUUGCCAGGAAUGACCAAGGUGCCUGUAGGUGAUCAACCUAAGGAUAUUGAGCUUCAAAUCAGAGAGCUCAUUCUUCGGUUCAUCAGUAAUCCUAAUUCCAUUAUCCUCGCUGUCACUGCUGCUAAUACAGAUAUGGCAACAUCAGAGGCACUUAAAAUUUCAAGAGAGGUAGAUCCAGAUGGUCGCAGAACCCUAGCUGUAAUCACUAAACUUGAUCUCAUGGAUGCGGGUACUGAUGCCAUGGAUGUAUUGAUGGGAAGGGUUAUUCCAGUCAAACUUGGAAUAAUUGGAGUAGUUAACAGGAGCCAGCUAGAUAUUAACAACAAGAAGAGUGUAACUGAUUCAAUCCGUGAUGAGUAUGCUUUUCUUCAAAAGAAAUAUCCAUCUCUGGCCAAUAGAAAUGGAACAAAGUAUCUUGCUAGGACUCUAAACAGGUUACUGAUGCAUCACAUCAGAGAUUGUUUACCAGAGUUGAAAACAAGAAUAAAUGUUCUAGCUGCUCAGUAUCAGUCUCUUCUAAAUAGCUACGGUGAACCCGUGGAUGAUAAAAGUGCUACUUUACUCCAACUUAUUACCAAAUUUGCCACAGAAUAUUGUAACACUAUUGAAGGAACUGCAAAAUAUAUUGAAACUUCGGAGCUAUGCGGUGGUGCUAGAAUUUGUUAUAUUUUCCAUGAGACUUUUGGGCGAACCUUAGAAUCUGUUGAUCCACUUGGUGGCCUUAACACUAUUGACAUUUUGACUGCCAUUAGAAAUGCUACUGGUCCUCGUCCUGCUUUAUUUGUGCCUGAGGUUUCAUUUGAGUUACUGGUGAAGCGGCAAAUCAAACGUCUAGAAGAGCCCAGCCUCCGCUGUGUGGAACUGGUUCAUGAGGAAAUGCAAAGGAUCAUUCAGCACUGUAGCAAUUACAGUACACAGGAAUUGUUACGAUUUCCUAAACUUCAUGAUGCCAUAGUUGAAGUGGUGACUUGUCUUCUUCGUAAAAGGUUGCCUGUUACAAAUGAAAUGGUCCAUAACUUAGUGGCAAUUGAACUGGCUUAUAUCAACACAAAACAUCCAGACUUUGCUGAUGCUUGUGGGCUAAUGAACAAUAAUAUAGAGGAACAAAGGAGAAACAGGCUAGCCAGAGAAUUACCUUCAGCUGUAUCACGAGACAAGGUUGCAUCUGGAGGUGGUGGGGUUGGAGAUGGUGUUCAAGAACCAACCACAGGCAACUGGAGAGGAAUGCUGAAAACUUCAAAAGCUGAAGAGUUAUUAGCAGAAGAAAAAUCAAAACCCAUUCCAAUUAUGCCAGCCAGUCCACAAAAAGGUCAUGCCGUGAACCUGCUAGAUGUGCCAGUUCCUGUUGCACGAAAACUAUCUGCUCGGGAACAGCGAGAUUGUGAGGUUAUUGAACGACUCAUUAAAUCAUAUUUUCUCAUUGUCAGAAAGAAUAUUCAAGACAGUGUGCCAAAGGCAGUAAUGCAUUUUUUGGUUAAUCAUGUGAAAGACACUCUUCAGAGUGAGCUAGUAGGCCAGCUGUAUAAAUCAUCCUUAUUGGAUGAUCUUCUGACAGAAUCUGAGGACAUGGCACAGCGCAGGAAAGAAGCAGCUGAUAUGCUAAAGGCAUUACAAGGAGCCAGUCAAAUUAUUGCUGAAAUCCGGGAGACUCAUCUUUGGUGAAGAGAACUAUGUAAUACUGAGACUUUGUUGACUCAAAACUUGCUAGUUACUGCCUACCUGAGUAGAAUCUUAUUUAUGAACUCCUGUGUAUUGCAAUGGUAUGAAUCUGCUCAUGUGGAGACUGGCUAUAAACUGAAAAGUGUAUUCCAAAUUGCAGAACACAUCACACAUUUAAUCCAAAUAAUAAAUGGCUGUUUCUAAAGUUUCCCAGUAUAUAUAAAAUACAUCAAGUCUGUCUUGUGACAGUUUCAUCUGAACUUAACUUAAAAACAACUGUUAAUGUUCUAGUUGUGCAAAGCAGUUUGCCUGUGGAUAAGAUGACCUGUGUAAUAAUCUUUGUUAGUAGUCUUAAAGCUGCUGCCAUAGUCCUCCAAGAAGAAAGCACCAAGACAACAUUUCAUAUGACUAUAAUGCAUGUACUAUAUAAGCUGAUCUGGCUUUGAAAGAUGUGAGUUGGCAAGUUCCUCACAUAGAGUCAUUGUAUUCCACCUGUCCUUCAAUUUAGUUUUUUCUGAGCUUCUUUGCAGCCUUUGAUGUGUUUUUAAGAAAGCUGAAUGCACAAGAGGAUCUGUGACACUGACAUGGCUGUGGUGUGCAUACUGUGUAGUUACAUAGCCCUUCCAAUUCUGGGUCCAUUUGCACUAGCAAAUUAAAAUAUGCUUUGAUUCAUACUUAAACCUGAAAGCAGGAAUGCCUACAUUAAUUCCUACAUUAAAAACAGCCAUCUACCCUUGAUUAUCUAGAAAGACUUGGUAAUGAUGGUCAGUUCCUUUUAGAUUUCAGAAAAUCAAAUGAUGACCUAAAUUUCCCUUAAUUUGCAAAUACAGUAGUAAUUAAGGUACAUCUCUAAAGUGGAGCACUUACACCAGGCUCUAAGAUUCACUUUGAGGUGGAACUUAAAACCAGUGUACUGUAUGUAUGCAUUGGUAAUAGCUACUUUUGCUUCAUAGCUUCAUACCAACAAAAUAUAUUUAUUAGAAUAGUAUGAAAGUACUGGAGGAGCUGAAAGAAAAACACCCAAGGCUGGGCGUGGUGGCACACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGUGGAUCACCUGAGGUUGGGAGUUGGAGACCAGCUUGACCAACAUGGAGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAUUGGCCGGGCGUGGUGGCGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGGUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGACCCUGGGAGGUGGAGGUUGUGGUGAGCUAAGAUCGUGCCAUUGCACUCCAGCCUUGGCAACAAGAGCGAAACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAUAAAACAACACCCAGAUAGAUACACAUACUCCUUCAGACUUACAGACCUAAGCUGCAUUUAUGGGGUAGUGAUGAGGUUUAGAACAUAUACAUAUUUUGUUAAAAUUCCCCAGAUGAUUCUUGGUAUGAACGACUAUAUUAUAAAUUUUAAGAUGUACUUAGAAAUCCUUAAGACAUCUAGCCCCGUCUCUAAUAGACAACACAUUUAUAUUGCAGAUAUUACUUUUUUUUCAGUUUAUGACCAGGUAUUUAUGAAGGACUAUUGGCAGGGAAAAUAUGAAUAUGUUAACUUUAGCUUAUGGCAUCAAUUUACUAAGGAACAACAGGCUCACCAACUGAUGUCAAACAUAAAAACCCCCACAUCAGUCUGAUACGAUAUGGUACUACUUUGAAUCUGUUACUAGUACCAUCUUGACAGAGGAUACAUGCUCCCAAAACGUUUGUUACCACACUUAAAAAUCACUGCCAUCAUUAAGCAUCAGUUUCAAAAUUAUAGCCAUUCAUGAUUUACUUUUUCCAGAUGACUAUCAUUAUUCUAGUCCUUUGAAUUUGUAAGGGGAAAAAAAACAAAAACAAAAACUUACGAUGCACUUUUCUCCAGCACAUCAGAUUUCAAAUUGAAAAUUAAAGACAUGCUAUGGUAAUGCACUUGCUAGUACUACACACUUUGUACAACAAAAAACAGAGGCAAGAAACAACGGAAAGAGAAAAGCCUUCCUUUGUUGGCCCUUAAACUGAGUCAAGAUCUGAAAUGUAGAGAUGAUCUCUGACGAUACCUGUAUGUUCUUAUUGUGUAAAUAAAAUUGCUGGUAUGAAAUGACACUAAAGUUUGUCAAAAAAUGAAUUCUUAACUUUUCUCCCAGAGAAAGGGAGACAAAAGGAGCUUUUUAAUACCUAAUCUACUUUGGAACAUAACCGUAUAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1196.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1278.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 979.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((((((((((....((((((....))))))....)))))))(((((((...((((((.(((((........................))))).))).)))..))))))).))).))).)).(((((..(((((((((....(((((((((....)))..((((((((..(.(((((((.(((....)))))))(((((((.......)))))))((((((.((((((((((((((((..((((.(((((((((((...((((.(((((..(............)..)))))...((.(((((((...((((((((...(((......)))...(((((((....)))))))..)))........)))))...)))))))...))................((((((((...))))))))((((((((((((.((((.....((((((((((.(((((((....((((......))))......)))..)))).))))))))))......)))).)))))))....)))))))))))))..)))))))...))))..)))..)))))).((((.(((((...((((((((......)).))))))))))).)))).............))))))).)).))))))).)..))))))))........)))))).(((((((((((.............(((((((((.(((((..((((..(((.((((((.((((.((((.......))))...)))).)).)))).)))..))))))))).).(((((.((((......)))).)))))..((((((((((((((((((.......((((.(((((((((((......((((((((((((.((.(((........))).))))))))))))))...........(((((.((((.....)))).)))))........(((((....((((((((((((....((((((.....))))))...))))))...)))))).....)))))...)))).)))))))))))((((.((.(.(..((.......((((((.....))))))..))..).).)).))))))))))))).))))).))))........(((((......(((...(((((((((.......((((((.(((...((((((((((.(((((((((((.((((((.((.(((((((((((((.((((((((((............((((((.((((...))))..)))))).............((..((((.(((.....))).))))..))...((((((((((.(((.((.((((...)))).)).))).)))))))))).........))))))))))...((((..(((((...))))).)))))))))).)))))))..)).))..))))))))))((((((((..(........)..))))))))...............(((....))).((((...(((((.(((.(((((((.((((.(((...))).))))........((((((((((.....((((((.....((((....................))))...))))))....))))))))))...............((((((((((((....(((((((((((.....(((((((((((.((((..((........)))))).)))))))))))..))))))...((((........)))).(((((((((((((....(((((((......((((....(((((.......))))).))))............................((((((((((((...((((((((((((...(((((....((((((((((((((..(((.((......))))).)))))))...((((.(((((..(((.(((.....))).))).))))).)))).(((((((.(((......)))..))))))).((((((((((....)))...))))))).......(((.....)))((((((((.((.(((....))))).((((....(((((((.....)))))))......))))..))))))))..)))))))..))))).....((((.......))))....(((.(((((((((.(((.(((....))))))........((((.((..(((.((((...(((((((.((((...((((.(......).))))....))))))))).))...)))).)))..)).)))).........))))).)))).))).)))))))).)))).....))))))..))))))....(((....))))))))))...(((((.(((........((((((..........))))))(((........)))......((((.......)))).......(((((....)))))........(((((((((............))))).))))..))).)))))..))).)))))))))).........))))).......)))))))(((((((......)))))))......))))).)))))))))))))))...)))).....(((((.(......)))))).........)))).).))))))))))..(((((((...........)))))))....))).)))))).......)))))))))...)))..))))).))))))))...)))))))))))(((((....)))))((((((((....(((.(((((((..((((...(((((((...(((((...)))))....)))))))........(((((((..((((((....))))))........(((((..................)))))((((((..........))))))............(((((((((((((...........)))....))))..))))))(((((((((..((((((.((...(((....)))...))))))))..........(((((...((((((..(((((...((((((.((((((((((.((......)))))).......))))))))))))...))))).((((((((((.....))..))))))))....)))))))))))..((..(((((((((......((((....))))......))))).))))..)))))))))))............(((((((((((.((((((((((((((((....((((((....))))))((((((..((((((...))))))..((((((((((((...)))))))..))))).((((((.......))))))..............))))))))))))(((...((.((((..((((((((.((.(((...(((((.((((((.....)))))).)))))))))).))).))))).)))).))....))))))))))))).).))))))))))......(((((......)).))).....................))))))).................))))..))))))))))....))))))))))))))))))))))((((...(((((((.(((((((((((((...(((.((...(((.((((((((((((((((.((.(((((((....((((((.(((((......)))))))))))......((((.....)))).....))))))).)).))..............)).)))))).)))))).)))..))..)))...))))))....))))))).)))))))((((...((((((((((...((((..((((....(((((((......((((((((.................))))))))(((...(((.(((((((((...............))))))))).))).))).(((.......)))......)))))))......)))).))))...)))))....)))))...))))...(((((((........))))))).((((((((.(((((...))))).((((.(.((((((..(((((..((((((((............................))))))))((((..((.(((((((...)).)))))...))..)))).((((((.....))))))((((..........)))).)))))...))))))).)))).....))))))))((((((..(((((((((..(((((.......(((((((((..............))))).)))).(((((.(((.(((.(((((.....))))))))))).)))))....(((((........)))))....................((((...))))))))).))).))))))))))))......((((......)))).....))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((((((((((((....((((((....))))))....)))))))(((((((...((((((.(((((,{..........,..........}))))).))).)))..))))))).))).))).)).{((((,.(((((((({....(((((((((....}}}..((((((((..(.((({(((.(((....))))))}{{(((((,......))))))}((((({.((((((((((((((((..((((.((((((((({,..{((((,((((({,,..,.........|.....,....((.(((((((...((((((((.,.{{{......}},...(((((({....}))))))..}})}.......}))))...)))))))...))................((((((((...}))))))),((({{((((({.{(((.....((((((((((.((((,,,....((((......))))......,}}..)))).))))))))))......)))}.}))))))....))))))))))))),.)))))))...))))..)))..)))))}.{(((.(((((...((((((((......)}}))))))))))).))))............,))))))).}}.))))))).)..))))))))....,...}})))).(((((((((((.........,,,.,{{||{(((.(((({..((((..(((.((((,,.(((,.((((.......))))..,),)}.,}.)))).)))..))))))))).}||(((,,((((,,,,..}}}}.|}|||,.((((((((((((((((({....,..((({,(((((((((({......{((((((((((,,((.((({,.....,))).)))))))))))))}...........(((((.((((.....)))).)))))........(((((....((((((((((((.{{.((((((.....)))))).},)))))),..}))))).....)))))...}}))}})))))))))),||,..({{..{{{........((((((.....))))))..,.,,.}}},)})}}}})))))))).))))).)))).,}}}...{{(((,,,.,,,({.,,(((((((((,{{{,,,((((((.(((..,{{{{{{(({{{,,{|||||{||,|||||||,|}}}||||,,{,{{{..,,{|{||{,{{{{{{|,|{{||{{{|{.{{{{..,|||}..},,,)},,,.,|.,,...{({..((((.(((.....))).)))).,|||{.{{((((((((.(((.((.((((...)))).)).))).))))))))||,.......((((((((.......((((....))))((((({,(((((((((((((,,,{{{...,{,...,},.}}{{(((({,,,|}}|}}}....,|{{|}|,,,,,,},))))}...}})))))){(.((((((((.((((((({.{{.((((((((.{....((((((((((...........((((((((({....,|(((({.....((((.,................,.))))...}))))}.,}.)))))))))}.,.......................,......,.,,{{{{((.....(((((((((((.((((.,,(.......,),)))).)))))))))))..||||||...((({........}))),}})))))))))),,,,),)),((((((.(((((((.....))),}}))).))))))}}}}}..,.)))....))))).)))))))).)})))))))))))...(((((((...))),,))).))))))))||,.(((((((..(((.((......))))).))))))).))}))},|{|||||,..{{|..{|{|||||....{{{|,,{{{,,(((((((.(({......})}..))))))),(((...)))|{{{(((((({...{((|...{(((((((((..(((((....))))){(((......,.))))......{((((((.....))))))|{((({...,,...,,((((((((((({,,(((((((..((((((((({{..(((((...)))))..}}...((((((((..((((((((.,..{{.((((((.,((({{,,.((({...(((((((.((((...((((.(......).))))....))))))))).))...}))),}})},,..,,......,,)}.)))))).)}.,,)))))))).....(((((....))))))))))))).....,{,...,|(((,,,.,....}},,},}}}}.,,...((((((..........)))))))))))))))......,....((((.......}))}.....,.(((((....)))))..{(({(((((((((((............))))}.)))).}},}},((({{....)))))}}}},,,,,}}}}}}))))))},,,,....,}}}}|(((({......))))))))))).))))))..))))),................))))))))))))).))))))).)))}....{{{||....}))))}}))},)}}))))}))),)}),,,)))))}),,}.))}).}))))),.,}},.))))))))},{{|,,..,}))),||,,,,,,}}.)))))))))))(((({....}))))((((((((....(((.(((((((..((((...(((((((..,(((((...}))))....)))))))........(((((((..((((((....))))))........(((((.,..............,.))))){(((((..........)))))}............{((((({((({,,..,,.,,.,..,}}....))))..)))))|(((((((((,,,({({(.{,...|||....}}}...,,|||||......||,,,(((((...((((((..{((((...((((((.((((((((((.((......)))))).......))))))))))))...))))}.((((((((({.....}}.}))))))))....)))))))))))..{{..(((((((((......((((....))))......)))))))}))..))))))))))),...........(((((((((((.(((((((((({(((((....((((({....})))))((((({..((((((...))))))..((((((((((((...)))))))..))))).((((((.......)))))}..............})))))||||||{.,,,,.|}||||,.{{{(((((.((.(((|,,{((((.((((((.....)))))).)))))))))).))).))))}.}}}}.}),...,,,)))))))))).).))))))))))......(((((......)).))).....................)))))))..,..............))))..))))))))))....))))))))})))))))})}}}|((({.,,(((((((.(((((((((((((...(((..,.,,((,.((((((((((((,,......,,,,,,.....((((((.(((((......)))))))))))......((((.....})))......,,,,}},}}.}}},............}}.)))))),}))))).}}),,),..))).,.)))))),...})))))).))))))),{||...((({{(((({...{(({..{((({...(((((((......((((((((.................)))))))){||...(((.(((((((((...,,,.....,,,.))))))))).))).}}||({,......,)),......))))))}......}}}}.,}}}...))))),...,)))).,,||||,..(((((((........))))))).((((((((.(((((...))))).((((.(.((((((..(((((..((((((((............................))))))))((((..((.(((((({...}))))}))...))..)))).((((((.....))))))((((..........)))).)))))...))))))).)))).....)))))))),{{{(({.{({{{{|{{,,|{{{,.,,}}},{{|{{{{{{........,,,,..)}))),)))).{{{{|,||{.|||,|{{{{..,..)))}},,,})),))))),...(((((........)))))...........,,,..,{{,((((,{.,,,,,,)))})),}}}}))))))))),....,|,.,,{,,.,}|||..,....)),..,,,,.
Back