Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001330502.2
Sequence Length
2623 nt
GC Content
0.4689
GAGAUUGCUGGGCGGUUCUUGCCGGAAGCGGAGAGCGGCUGAUCGCAGUCCGGAGGUGAGGCGGAACUCUGAGGUGGUCCAUUAUGGCUGACAUGCAAAAUCUGGUAGAAAGAUUGGAGAGGGCAGUGGGCCGCCUGGAGGCAGUAUCUCAUACCUCUGACAUGCACCGUGGGUAUGCAGACAGUCCUUCAAAAGGAGCAGCUCCAUAUGUGCAGGCAUUUGACUCGCUGCUUGCUGGUCCUGUGGCAGAGUACUUGAAGAUCAGUAAAGAGAUUGGGGGAGACGUGCAGAAACAUGCGGAGAUGGUCCACACAGGUUUGAAGUUGGAGCGAGCUCUGUUGGUUACAGCUUCUCAGUGUCAACAGCCAGCAGAAAAUAAGCUUUCCGAUUUGUUGGCACCCAUCUCAGAGCAGAUCAAAGAAGUGAUAACCUUUCGGGAGAAGAACCGAGGCAGCAAGUUGUUUAAUCACCUGUCAGCUGUCAGCGAAAGUAUCCAGGCCCUGGGCUGGGUGGCUAUGGCUCCCAAGCCUGGCCCUUAUGUGAAAGAAAUGAAUGAUGCCGCCAUGUUUUAUACAAACCGAGUCCUCAAAGAGUACAAAGAUGUGGAUAAGAAGCAUGUAGACUGGGUCAAAGCUUAUUUAAGUAUAUGGACAGAGCUGCAGGCUUACAUUAAGGAGUUCCAUACCACCGGACUGGCCUGGAGCAAAACGGGGCCUGUGGCAAAAGAACUGAGCGGACUGCCAUCUGGACCCUCUGCCGGAUCAUGUCCUCCUCCCCCUCCACCAUGCCCCCCUCCUCCCCCAGUCUCUACCAUUUCAUGCUCAUAUGAGUCUGCUUCCCGCUCAUCACUGUUCGCGCAGAUUAAUCAGGGGGAGAGCAUUACACAUGCCCUGAAACAUGUAUCUGAUGACAUGAAGACUCACAAGAACCCUGCCCUGAAGGCUCAGAGUGGUCCAGUACGCAGUGGCCCCAAACCAUUCUCUGCACCUAAACCCCAAACCAGCCCAUCCCCCAAACGAGCCACAAAGAAGGAGCCAGCUGUACUUGAACUGGAGGGCAAGAAGUGGAGAGUGGAAAAUCAGGAAAAUGUUUCCAACCUGGUGAUUGAGGACACAGAGCUGAAACAGGUGGCUUACAUAUACAAGUGUGUCAACACGACAUUGCAAAUCAAGGGCAAAAUUAACUCCAUUACAGUAGAUAACUGUAAGAAACUUGGCCUGGUAUUCGAUGACGUGGUGGGCAUUGUGGAGAUAAUCAACAGUAAGGAUGUCAAAGUUCAGGUAAUGGGUAAAGUGCCAACCAUAUCCAUCAACAAAACAGAUGGCUGCCAUGCUUACCUGAGCAAGAAUUCCCUGGAUUGUGAAAUAGUCAGUGCCAAAUCUUCCGAGAUGAAUGUCCUCAUUCCUACAGAAGGCGGUGACUUUAAUGAAUUCCCAGUUCCUGAGCAGUUCAAGACCCUAUGGAACGGGCAGAAGUUGGUCACCACAGUGACAGAAAUUGCUGGAUAAGCGAAGUGCCACUGGGUUCUUUGCCCUCCCUUCACACCAUGGGAUAAAUCUGUAUCAAGACGGUUCUUUUCUAGAUUUCCUCUACCUUUUUGCUCUUAAAACUGCUUCUCUGCUCUGAGAAGCACAGCUACCUGCCUUCACUGAAAUAUACCUCAGGCUGAAAUUUGGGGUGGGAUAGCAGGUCAGUUGAUCUUCUGCAGGAAGGUGCAGCUUUUCCAUAUCAGCUCAACCACGCCGCCAGUCCAUUCUUAAGGAACUGCCGACUAGGACUGAUGAUGCAUUUUAGCUUUGAGCUUUUGGGGGUUAUUCUACCAACAAACAGUCCAUUGGAAAGAAAACAGUCCCUGGAAUUAACAGAUCAGAAUGUUCACACUGGUUAAUCUUUUUUUAACAAUGAGCAUGAAGGUAGCAGAAGCUGGUGUGUUUCCAGAUGGUUCUUCUAACCAAACUAAUUUUUCACUGUUGACAAGCGAGGCAAGGGUUGCACUGGACCAAAGGCUGAGGCUUGGCCAUCUAGCAUUCCAUACAAAAUUGUUUCCUAUAAGCAUUCCUUUUAUUCUCUAUUCUAUCCUGGGUCUGCCUCAACCGUGAGAUAGGAGAGUCUCUGGUACUAGCUGCUGUAGCAGUGCCCUUCAUCCAGGGCAGUUAAUGGAGUCUUGGACCCUUUCUUUCUCUGGGAUCCCUGCCCAGCACCUUCCUAUAGAGAUGACUUUAAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCACAUGAUUUCAAGGAGUCUGGCAUUCCUGAAUCCUUCUUCCCUGCCAGGUGCCUGUCACCUGUCUUCACUGCCUCCUUUUCCCUGUCAUGCUCAUCAGCUUAUGGCUUCUGUCUAAGCACCUGAACAGAGGACUGAAACCUCCACUGCAGGCUGGUUUUAGGUCUUGAAUUAUGUAAGAAUCUUGCACAGCACUGCUAAUGUAAAUUUCAGUUGUUUUUCCCUCUAGGACAAACACUUACCAAAAUAUGCAACUUUUUUUUGGUGGGAAGAGAGAUUGUCCUGUGAUUUCUACCCAUUUCCUGAGGCCUGUGGAAAUAAACCUUUAUGUACUUAAAGUUAUACAGAAAAUAGAAUAAAGUUAAUACCAAACUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-797.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -846.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 663.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(((((((.(((.(((((..(((....)))))))).))).)..)))))))((.((((.(((((.......((((((((((((...(((....(.((..((((.......)))))).)...)))))))))))))))(((((.(.(.((((((((((.((........)).))))))).))).).))))))....((((...))))....(((((((..((((..(((((((.((((((.((...(((((.((.((((.((.((.....((((((((((((((...((((......))))(((((((.((.....))...(((((((..((.(((...))).))..)))))))...((((((((((....(.((((......)))).)..))))))))))))))))).(((...((((......))))...)))((((........))))((((((.((.((......)).))....)))))).((....)).((((((((...((.(.(((((.(((((((((......((((..((((.............)))).))))(((((((((.(((.....((....)).....)))..))))))))).....((((.(((((.((..(((...((((....)))).....)))..))))))).)))).......))))..)))))))))).).)))))))))).......(((((..((((....((....(((.((((....((((((........))))))...))))..)))...))))))...)))))....)))))))))))))).....((((((.((((..((...((((((((.((.....((((....)))).......)).)))).))))....(((((........))))).))..))))))))))))))..)))).)).)))))((((....))))...)).)))))).)))))))...))))......)))))))............)).))))))).))........(((((..(((((((..((((((..........(((((((((((((((((..((((((..((......))))))))..(((..((.((((((((..((((((.......))))))((((((....))))))((.((((.(((((...((((.((.(((...........(((((((.....))))))).....))).))))))...))))).)))).))(((((((.....((((((..(((...(((..((...((((((((((((((((..((....))..))))))).............(((......))))))))))))..))..))))))))))))........)))))))..((((....))))...)))))))).))...))).....(((((((..(((.....(((.(((((..((..(((...))).))..)))))))).....)))))))))).((((((......)))))).....((((((.(((....))).))))))..((((..........)))).(((((((....((((....))))...))))))).))))).))))))))))))......(((((((......)))))))))))))..)).)))))...........(((((((...((((...((((((((..(((((.(((((..((((((..((((((((((((((..........)))).........((.((((((........)).)))).))....((((((............((((...))))((((..(((......)))..))))))))))...(((((((((...((((..(((((((((........(((((((.....(((((.......)))))..)))))))....((.((((.((((((((.....(((((.((((((((((............((((((.(((((..((.((((((((((.(((..(((.(((..(((....)))))))))....))).)))........)))))))))....(((..(((....................)))..))).))))).))))))))))))))))))))))))))))).)))).))..((((((......))))))))))))....))).))))..))))))))).((((.......))))))))))))))...((((((((...(((((((...............................(((((.((.((....)).)).))))).........((((((.....))))))...........)))))))....))))).)))....(((((.(((....)))))))).(((......)))(((((((........((((((((((...((((((((.......)))).)))).)).)))).)))).........)))))))(((((.(((.....))).)))))..((((((((............))))))))))))))..))))).)))))...)))))))))))))))))))..)))))........(((((......)))))...................(((((.......))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,((((((,,(((.(((((,.(((...,}}}})))).))}.,..})))))(((((((((((,....((((.(((((((((((,.,,{((..,.(.({..{(((.......)))))).),.,)})))))))))))))))))...,}.}))),.})))))),{,,{{..{{((((({{(((((((((({({,{((((((((((....({(.(((((((((((((..,((((((.((((((.((...(((((.((.((((..{.{{.,,..((((((((((((((...{(((......)))}(((((((,(((.((({{,,.,{{{{(((({,.{({((((((((((,|,{(|....,}})}....)))))))))}......))))))})))))))))).},))))))).(((...((((......))))...)))((((........))))((((((.,{.{(......}}.}}....)))))).{{....||.((((((((,,((((({(({(({{{,{|||||,,|}}}|||,{{(((((({......,,,.,,,,.{,.,{||{{{|||,|{{...,{.,{{{{,{.....},,....,,}}})},,...,{{{.{{({(.{{..|{{...((({....}})).....)))..))))))).)))),},.,,,))||,,||,,,,,,,,))})))))))))),,.....(((((.,((((....{(....(((.((((,{..((((((........)))))),,.))))..)))...}))))),}.)))))....)))))))))))))).....((((((.((((..(({,.((((((((.((.,,..((((....))))....,}.)).))))}}))}....(((((........))))).})..)))))))))))},},.)))).)).)))))((((....))))...)).)))))).))))))}.............{((((.(((..{(((((({.(((({............,.........(((((((..((((({..........(((((((((((((((((,,{(((({..{{{{,,..,,})))),.,((({,({.((((((((..((((({.......|)))))((((((....))))))({.((((.(((((.,.(((,,((.(((.......,...(((((((.....))))))),,...))).)))))).,.))))).)))).})(((((((,,...((((((..(((...(((..((...((((((((((((((((..({....}}..}}}}|||,.........}||||,.,}},,,}))))))))))..))..))))))))))))........)))))))..{(((....})}},..}))))))).))...}}},.}|.(((((({..{((...,.(((.(((((..((..(((...))).))..)))))))).,...))}))))))).{((((,,,....|||||}....,||||{{,|{|,,,,}}}.}}}})),,{{{{......,,,.)))).,{{{(({....,{{|....}))).,,)}))))}.)))))}}))))))))))).....,(((((((......)))))))))))))..)).))))).,(((........))))))))...)))))))))))...|}|||..{({{,{(({{(((.(((((((((({(({.......,,,||}|.......{.((.((((((........))},))).)).,..||{|||,,,..,......||||.,,}}}}{(((..(((......)))..)))}})))})...(((((((({...((((,,({{{{{{{{...,,...(((((((.....(((((.......)))))..))))))),,.|{{.((((.((((((((.....(((((.((((((((((............((((((.(((((...({{((((,{(((.{({..((({{{{,,(({.,.,|||}}))),...,))|.,}}........,})}}|,....,}|||..|||,..............,.,,}}})}}))).))))).))))))))))))))))))))))))))))).)))).}}..{(((((......))))))))}}}}.,.,}}}.})))..})))))))}.{(((.......)))))))))))))).)))))))}})).....,|||...................,,....{,,{{{,{((({(,.,,.},}))})}}}},}}......,},)))))))))).))).))).....)))}}))))))}{{{{{{,..,,{{{...(((((.(((....))))))))...))}}))),))(((((((....{,..(((((((({{...((((((((.......))))},))).)}.)))).))))...,}....))))))){((((.(((.....))).))))}((((((((((.,........,.))))))))))..))).)))))))}}))),,,,,}}}}}}|,,,{.,..}..|||}},,}|....(((((......))))),},},,,,...........{{(({.......})))}.
Back