Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001330729.2
Sequence Length
3488 nt
GC Content
0.4564
AAGCCUCUCGGUCUGUGGCAGCAGCGUUGGCCCGGCCCCGGGAGCGGAGAGCGAGGGGAGGCGGAGACGGAGGAAGGUCUGAGGAGCAGCUUCAGUCCCCGCCGAGCCGCCACCGCAGGUCGAGGACGGUCGGACUCCCGCGGCGGGAGGAGCCUGUUCCCCUGAGGGUAUUUGAAGUAUACCAUACAACUGUUUUGAAAAUCCAGCGUGGACAAUGGCUACUCAAGGCUACCUUUUGCUCCAUUUUCUGCUCACUCCUCCUAAUGGCUUGGUGAAAUAGCAAACAAGCCACCAGCAGGAAUCUAGUCUGGAUGACUGCUUCUGGAGCCUGGAUGCAGUACCAUUCUUCCACUGAUUCACUGAUUUGAUGGAGUUGGACAUGGCCAUGGAACCAGACAGAAAAGCGGCUGUUAGUCACUGGCAGCAACAGUCUUACCUGGACUCUGGAAUCCAUUCUGGUGCCACUACCACAGCUCCUUCUCUGAGUGGUAAAGGCAAUCCUGAGGAAGAGGAUGUGGAUACCUCCCAAGUCCUGUAUGAGUGGGAACAGGGAUUUUCUCAGUCCUUCACUCAAGAACAAGUAGCUGAUAUUGAUGGACAGUAUGCAAUGACUCGAGCUCAGAGGGUACGAGCUGCUAUGUUCCCUGAGACAUUAGAUGAGGGCAUGCAGAUCCCAUCUACACAGUUUGAUGCUGCUCAUCCCACUAAUGUCCAGCGUUUGGCUGAACCAUCACAGAUGCUGAAACAUGCAGUUGUAAACUUGAUUAACUAUCAAGAUGAUGCAGAACUUGCCACACGUGCAAUCCCUGAACUGACAAAACUGCUAAAUGACGAGGACCAGGUGGUGGUUAAUAAGGCUGCAGUUAUGGUCCAUCAGCUUUCUAAAAAGGAAGCUUCCAGACACGCUAUCAUGCGUUCUCCUCAGAUGGUGUCUGCUAUUGUACGUACCAUGCAGAAUACAAAUGAUGUAGAAACAGCUCGUUGUACCGCUGGGACCUUGCAUAACCUUUCCCAUCAUCGUGAGGGCUUACUGGCCAUCUUUAAGUCUGGAGGCAUUCCUGCCCUGGUGAAAAUGCUUGGUUCACCAGUGGAUUCUGUGUUGUUUUAUGCCAUUACAACUCUCCACAACCUUUUAUUACAUCAAGAAGGAGCUAAAAUGGCAGUGCGUUUAGCUGGUGGGCUGCAGAAAAUGGUUGCCUUGCUCAACAAAACAAAUGUUAAAUUCUUGGCUAUUACGACAGACUGCCUUCAAAUUUUAGCUUAUGGCAACCAAGAAAGCAAGCUCAUCAUACUGGCUAGUGGUGGACCCCAAGCUUUAGUAAAUAUAAUGAGGACCUAUACUUACGAAAAACUACUGUGGACCACAAGCAGAGUGCUGAAGGUGCUAUCUGUCUGCUCUAGUAAUAAGCCGGCUAUUGUAGAAGCUGGUGGAAUGCAAGCUUUAGGACUUCACCUGACAGAUCCAAGUCAACGUCUUGUUCAGAACUGUCUUUGGACUCUCAGGAAUCUUUCAGAUGCUGCAACUAAACAGGAAGGGAUGGAAGGUCUCCUUGGGACUCUUGUUCAGCUUCUGGGUUCAGAUGAUAUAAAUGUGGUCACCUGUGCAGCUGGAAUUCUUUCUAACCUCACUUGCAAUAAUUAUAAGAACAAGAUGAUGGUCUGCCAAGUGGGUGGUAUAGAGGCUCUUGUGCGUACUGUCCUUCGGGCUGGUGACAGGGAAGACAUCACUGAGCCUGCCAUCUGUGCUCUUCGUCAUCUGACCAGCCGACACCAAGAAGCAGAGAUGGCCCAGAAUGCAGUUCGCCUUCACUAUGGACUACCAGUUGUGGUUAAGCUCUUACACCCACCAUCCCACUGGCCUCUGAUAAAGGCUACUGUUGGAUUGAUUCGAAAUCUUGCCCUUUGUCCCGCAAAUCAUGCACCUUUGCGUGAGCAGGGUGCCAUUCCACGACUAGUUCAGUUGCUUGUUCGUGCACAUCAGGAUACCCAGCGCCGUACGUCCAUGGGUGGGACACAGCAGCAAUUUGUGGAGGGGGUCCGCAUGGAAGAAAUAGUUGAAGGUUGUACCGGAGCCCUUCACAUCCUAGCUCGGGAUGUUCACAACCGAAUUGUUAUCAGAGGACUAAAUACCAUUCCAUUGUUUGUGCAGCUGCUUUAUUCUCCCAUUGAAAACAUCCAAAGAGUAGCUGCAGGGGUCCUCUGUGAACUUGCUCAGGACAAGGAAGCUGCAGAAGCUAUUGAAGCUGAGGGAGCCACAGCUCCUCUGACAGAGUUACUUCACUCUAGGAAUGAAGGUGUGGCGACAUAUGCAGCUGCUGUUUUGUUCCGAAUGUCUGAGGACAAGCCACAAGAUUACAAGAAACGGCUUUCAGUUGAGCUGACCAGCUCUCUCUUCAGAACAGAGCCAAUGGCUUGGAAUGAGACUGCUGAUCUUGGACUUGAUAUUGGUGCCCAGGGAGAACCCCUUGGAUAUCGCCAGGAUGAUCCUAGCUAUCGUUCUUUUCACUCUGGUGGAUAUGGCCAGGAUGCCUUGGGUAUGGACCCCAUGAUGGAACAUGAGAUGGGUGGCCACCACCCUGGUGCUGACUAUCCAGUUGAUGGGCUGCCAGAUCUGGGGCAUGCCCAGGACCUCAUGGAUGGGCUGCCUCCAGGUGACAGCAAUCAGCUGGCCUGGUUUGAUACUGACCUGUAAAUCAUCCUUUAGCUGUAUUGUCUGAACUUGCAUUGUGAUUGGCCUGUAGAGUUGCUGAGAGGGCUCGAGGGGUGGGCUGGUAUCUCAGAAAGUGCCUGACACACUAACCAAGCUGAGUUUCCUAUGGGAACAAUUGAAGUAAACUUUUUGUUCUGGUCCUUUUUGGUCGAGGAGUAACAAUACAAAUGGAUUUUGGGAGUGACUCAAGAAGUGAAGAAUGCACAAGAAUGGAUCACAAGAUGGAAUUUAUCAAACCCUAGCCUUGCUUGUUAAAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAGAAUAUCUGUAAUGGUACUGACUUUGCUUGCUUUGAAGUAGCUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGCAGUAACUGUUUUUUAAGUCUCUCGUAGUGUUAAGUUAUAGUGAAUACUGCUACAGCAAUUUCUAAUUUUUAAGAAUUGAGUAAUGGUGUAGAACACUAAUUCAUAAUCACUCUAAUUAAUUGUAAUCUGAAUAAAGUGUAACAAUUGUGUAGCCUUUUUGUAUAAAAUAGACAAAUAGAAAAUGGUCCAAUUAGUUUCCUUUUUAAUAUGCUUAAAAUAAGCAGGUGGAUCUAUUUCAUGUUUUUGAUCAAAAACUAUUUGGGAUAUGUAUGGGUAGGGUAAAUCAGUAAGAGGUGUUAUUUGGAACCUUGUUUUGGACAGUUUACCAGUUGCCUUUUAUCCCAAAGUUGUUGUAACCUGCUGUGAUACGAUGCUUCAAGAGAAAAUGCGGUUAUAAAAAAUGGUUCAGAAUUAAACUUUUAAUUCAUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1094.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1163.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 848.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((.(((.((.((((...)))).((((....))))..)).))).))))))).(((((...(((.((..((.((((((.....)))))).)))).)))..)))))...(((((((.((((((((((((..(((.(((.(((((.......)))))))).)))..))))..((((...)))).)))))))).....((((.(((((.....(((((((((((((..(((...((((((((...............((..(((((((.((......))..)))))))..))((((((((.(((..((((((((((.(((((...))))).)))))..)))))....)))))))).)))....)))))))).......(((((((..((((((..((((((((((((((((...))))))))...(((((.....)))))((((.(((.((((((((((((.......((((((((((.(((((((((((((.......(((..(.(((((.(((.......))).))))).).(((((((.....((((((.....))))))))))))).(((((((((((((((((((.....)))))).)).....(((.((((...)))).))))))))).))))).(((.((((((((.((.(((...((((....((((..........))))))))...)))))))))))))))).((.((((((((.((.((((((.(((((.....((((((.....((((((.....))))))......(((...(((((....).))))...))).........))))))..........((((((....((((((.....)))))).....)))))).))))).........(((((((((((((((((((......))))....((((((((((((((((...............))))).........((((((...((((..........)))).....)))))).........))))))).))))((((....))))........)))))))))).))))).((((((((((.........)))))))).))..)))))).)).)))).))))..))..)))........)))))))))).)))))))))))))....))))(((((.(((((((((((((((((......((((((((..(((.((((.......))))........(((..((......))..)))..........)))....)))))))).....)).))))))))).(((.(((.(((((.....(((.....(((((.......((((........))))........))))))))))))).)))..))))))))).)))))(((((((.(((...(((.(..(((((((........)))))))..).))).)))...(((......)))))))))).((((((...(((((((.......(((((((((((..((.(((((....(((..((((((.........(..(((((((((((.((((...((((....)))).((((((((((((((.(((......(((..((.(((((.(((((.(((.........(((.((((((((...(((((.........)))))....)).)))))))))((.(((((.((......)).).))))))))).)))))...)))))))..))))))))))))..(((((((.(((((((.(((..((....))..)))...))).)))).))))))))))))).)).....(((((((((((...((.(((..(((((............((((.((...((((((((((.......)))))).....(((((.......)))))(((.((.((((((((...(((((((....)))))))((.(((((((....((((((.(((......))).).))))).......)).))))).)).((((......)))))))))))).))..)))....)))).)))))))))))))).))..)))).)))))))......)))).))))).))))))..)((((...........))))...(((..(((((((((..................(.((((((((((((.........(((........))))))))))))))).))))))))))..)))((.(((((..(((...((((.....)))).)))...))))).))((((((.(((.(((...(((((......))))).)))..).)).))))))......))))))..)))....)))))))..)))))))))))....)))))))..(((((..((((((......))))))..((((..(((((((....((.((((...))))))))).))))..)))).))))))))))).....((((.((((((......)))))).))))))))))))))).))))....))..))))))..))))))...))))))))))..)))))))))..)).))))))).)))).........((((((...)))))).(((((.(((((.(((((((((..((((....((((((((((.(((((...((....)).))))))))).))))))..)))).)))))))))..))))).).))))))))))).((((((....((((((((((.(((......((((((((..((((..(((((((((((..(((((((((.....)))))((((...((((.......))))...))))..(((((.(((((....((.(((((((..((((....))))))))))).))((((.......))))((((.((.((((.(((..(((((((((......((((((.(((((((..(((((...((.......((((.....)))).........))...)))))...))))))).)))))).))))))))).))).)))).)).))))))))).)))))))))..)))))))))........................(((((((((((..(((((..((.....))..)))))..)))))...))))))(((((((((((((........)))).(((((..((((((...)))))))))))........(((..(((((((.((((......)).)).)))))))..)))....(((((.........)))))..((((..((((((...................((((((...))))))..))))))..))))..((((((....))))))..(((((((((.....((((((((((((((((...(((((..........)))))...)))....)))))))..))))))..))))))))))))))))))))..))))...))))))))......))).))))))))))......))))))..(((((((....)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((((.(((.((((((...))),})))))..))))))||{((((({((((((.((((((((.((((({(((((,{,(((((((((((..{{((((({({(((({{,((,{.,,,.,.}).}))}|||.}}|||}}))}))),)))),})))))),},},}(((((.......)))))........{{{{{{{....(({..,,}},,..}}},|..})}}))),}))))),.))))..)))))))),.)))))),...(((((((.{{......)}..)))))))..(((((..(((({...}))))..))))}{({((.,(|{{{,.,{{((,(((,,.,(((({,{{,({...}},}}),}}})).}))},.}},))),})..))))|,{(({{{(.,((((({{{,,,}}||||||,,,(((({,,,,.}}|||,((..(((((((((.(((({{{{.(((((.(({{((({({,({.(((.....,.}))}},)))),)})}.)))))...,(((((((((((((((((((((({..(,(((({,.||||,})|},,})))).,{{{{{{,{{(({,((((((.....)))))),}.....(((((((((.,,{,,(((,({((((.(((((......((((((((,((,(((,,,{((({{..,,,{......}}},))))))})}}}))}},})))))))(((((((((..{{,....,},))))))))).}))))))))))))}..||((((.....))))}},{..{{(((.,,,,(((((((((((((.....,....(((((.((.((((((.((..((.(((((((((((((((..{(((.(((((....(((((...((((((((....))))))))...,{{.((((......))))|||,,(((.,(((({(((((....{|....}},},))))}.||||..|||.|,},,..({{{..,,...,..))))))))))))))...)))}.((((((.((((({((((...((((((({.,,.,.{{{|||||{{,,{{{,|{{,{((((((,..{{{{{{|||||||(((((...,(,({(((........}.,)))}}.,)))))..((((((.........))))))((((({{{((......))))))))}((((((((((......((((((((..({{.,,,,........|||{{{,,...(((..{{......}}..)))....,,,}},)))....)))))))).....)),})))))))..,,,.,,,.,}||}}}}}},}}))),,{,{{{,.,,,,.,{{{....,,,,}))),.....,{|{,,|{||{|,,,.,{(({{.,{{,....,,))..}}}))}))},,)})},....(((((((........)))))))|||{||,.{{||.,{(({..{(((({(.(({.(((((((((.{(((((((((.....{((((((((((..((.(((((....(((..((((((........,{..(((((((((((.((((...((((....)))).((((((((((((((.(((,.....{((..((.(((((.(((((.(((.........(((.((((((((,..(((((.........))))).,}.)),}))))))))((.(((((.((......)).).))))))})).))))).,.))))))}..))))))))))))}.(((((((.(((((((.(((..({....}}..)))...))),}))).))))))),))))).)).{,.,(((((((((((...((.(((..(((((.....,,,,...((((.({,((({({((((((.......))))))..}|.||||,,..,...}}}}{(((.((.((((((((...(((((((....})))))}((.(((((((....((((((.(((......))).),})))).......)).))))).)).((((......)))))))))))).))..)))}...))))})))))))))))))).))..))))}})))))).,.,}.)))).))))).))))))..}((((..,,....,,.))))...(((..(((((((((......,,......,,..{.((((((((((((.........,,{........,,,)))))))))))).})))))))))..))),{.(((((..,,{,..((((.....)))).)),...))))),},((((((.((,,({{...(((((......))))).)}}..).)).))))))..,...))))))..)))....)))))))..))))))))))}{{{{,...............{((({{......||))))..,|{{||({{{....},..}||||{..,))))),))))))))).).))).)))))).)))....,{(({.((((((......)))))).}}})|,))|}.|||}}}}}}|}..})))}},})))}),})))))}.})))))))...)))))((((....})))|,....,,..))))))))))))))))))))}}})))).))(((((.(((((((((..((((.,..((((((((((.(((((...((....)).))))))))).)))))),.)))).)))))))))..))))){{{(((......))}..))}}).)))))).)).))))).,..,))))),})))..))))}}}}},,))}.}}}...)))))))))}|||||}},|{{|{.,.||..,}},})}).,.))))..,}.,}}},.((((((...))))))....{{{{....))})})))))|{,{(({{...,...))))).}....}))))...)))))))))))).,..,.....))))......)))).)))))))))..)}|||.{(((((((.(({.....,{{...),))).)))))))}.,,,,,{{{,.....))))}..,}})),,,)))),,)})}}}}}||))).}})}}))))))))),,..............,{{{{{...((((((((.{((....(((((.{.((((((..((((((((,......{,(((((((({((((........)))}.(((((..((((((...)))))))))))........{{{..(((((((,,.((......)).,}.)))))))..))).,{.(((({.......,.}}}}}.,{{((,.((((((,,,,{........|}}},.((((({...})))))..)))))).,)))}..{{{{{{....})))))..{((((((((.....((((({((((((((((...(((((..........)))))...))),...}))))))..})))))..))))))))))))))))))...,))))))))..)))))).}.)))))))).))))))))}})))}.}}},..(((((((....)))))))....
Back