Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001336.4
Sequence Length
1502 nt
GC Content
0.5819
AAAGUGCGGGGUCGGCCGGGUGCUGGGCCGAGGCCGAGGCCGGGGCGGGAUCCAGAGCGGGAGCCGGCGCGGGAUCUGGGACUCGGAGCGGGAUCCGGAGCGGGACCCAGGAGCCGGCGCGGGGCCAUGGCGAGGCGCGGGCCAGGGUGGCGGCCGCUUCUGCUGCUCGUGCUGCUGGCGGGCGCGGCGCAGGGCGGCCUCUACUUCCGCCGGGGACAGACCUGCUACCGGCCUCUGCGGGGGGACGGGCUGGCUCCGCUGGGGCGCAGCACAUACCCCCGGCCUCAUGAGUACCUGUCCCCAGCGGAUCUGCCCAAGAGCUGGGACUGGCGCAAUGUGGAUGGUGUCAACUAUGCCAGCAUCACCCGGAACCAGCACAUCCCCCAAUACUGCGGCUCCUGCUGGGCCCACGCCAGCACCAGCGCUAUGGCGGAUCGGAUCAACAUCAAGAGGAAGGGAGCGUGGCCCUCCACCCUCCUGUCCGUGCAGAACGUCAUCGACUGCGGUAACGCUGGCUCCUGUGAAGGGGGUAAUGACCUGUCCGUGUGGGACUACGCCCACCAGCACGGCAUCCCUGACGAGACCUGCAACAACUACCAGGCCAAGGACCAGGAGUGUGACAAGUUUAACCAAUGUGGGACAUGCAAUGAAUUCAAAGAGUGCCACGCCAUCCGGAACUACACCCUCUGGAGGGUGGGAGACUACGGCUCCCUCUCUGGGAGGGAGAAGAUGAUGGCAGAAAUCUAUGCAAAUGGUCCCAUCAGCUGUGGAAUAAUGGCAACAGAAAGACUGGCUAACUACACCGGAGGCAUCUAUGCCGAAUACCAGGACACCACAUAUAUAAACCAUGUCGUUUCUGUGGCUGGGUGGGGCAUCAGUGAUGGGACUGAGUACUGGAUUGUCCGGAAUUCAUGGGGUGAACCAUGGGGCGAGAGAGGCUGGCUGAGGAUCGUGACCAGCACCUAUAAGGAUGGGAAGGGCGCCAGAUACAACCUUGCCAUCGAGGAGCACUGUACAUUUGGGGACCCCAUCGUUUAAGGCCAUGUCACUAGAAGCGCAGUUUAAGAAAAGGCAUGGUGACCCAUGACCAGAGGGGAUCCUAUGGUUAUGUGUGCCAGGCUGGCUGGCAGGAACUGGGGUGGCUAUCAAUAUUGGAUGGCGAGGACAGCGUGGCACUGGCUGCGAGUGUUCCUGAGAGUUGAAAGUGGGAUGACUUAUGACACUUGCACAGCAUGGCUCUGCCUCACAAUGAUGCAGUCAGCCACCUGGUGAAGAAGUGACCUGCGACACAGGAAACGAUGGGACCUCAGUCUUCUUCAGCAGAGGACUUGAUAUUUUGUAUUUGGCAACUGUGGGCAAUAAUAUGGCAUUUAAGAGGUGAAAGAGUUCAGACUUAUCACCAUUCUUAUGUCACUUUAGAAUCAAGGGUGGGGGAGGGAGGGAGGGAGUUGGCAGUUUCAAAUCGCCCAAGUGAUGAAUAAAGUAUCUGGCUCUGCACGAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-614.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -637.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 397.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((((((((((((.(((..(((((.((.(((((.(.((.((.(((......))).)).)).).)).))).)).)))))..))).))))))..(.((((.((((((((((((((.(((.((((((..((((((((.(((((((.((((((....((((((((((((((........))))))).)))))))((((.(((((((.((((((((...((((...((((.....(((((.....(((((((((...))))).)))).....))))))))).....)))).)))))))).)).((((((((..((.(((((..((((((..(((((((((((....))))).))).))).....((..((((((....((.((....)).))....))))))..)).))))))..))))).))..)))))))).(((....)))....))))))))).))))))..)))))))...))))))))....)))))).).)).))....))))))))))))...(((((((....)))((.(((((((((......)))....)))))))).))))....((((.((..(((.((.((.(((....).)).)))))))..)).)))).......((((.((..................)).))))((((((.....((.(.((((((..((((.(((((.(....)))))).)))).)))))).).))..))))))...(((((((((...(((((((((((.(((((......((((.(((((((((((((..............((((....))))........((...))...........))).))).))))))).)))).......)).)))))))))))))).))).)))))))))).)....(((((......)))))((((((..(((((((.((((...((.(..((..(.(((((...(((..(((((((((((((((((((((((....)))))..............((((..((((((((((...((((((((.....((((...)))).......)))))))).((.((((((((.(((....))).)))))))).))((((((.((((((((.............((((((.......))))))((((.(((.((.(..(((..((((((((((..((((.(((........)))..)))).)))))))))))))..).)).)))))))...........))))))))))))))..........((((.....)))))))))))))).))))((((((((.....)))))))).......)))))))))))..(((((........)))))....((((((((((..((((....)))).)))))..))))).))).))))...)))....))))))..))..).)).....)))))))))))...))))))..................))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((((((((((((((.(((..(((((.((.(((((.(.((.((.(((......))).)).)).).)).))).)).)))))..))).))))))..{,{{,{{((((((((((((((.(((,((((((..((((((((.(((((((.((((((.{(((((((,((((((||.,..,}},)))))))|))))))|{{({.{{(((((.((((((((...((((...((((.....(((((.....(((((((((...))))).)))).,...))))))))).....)))).)))))))).)),((((((((..((.(((((..((((((..{{(((((((((....))))).))},))).....((..((((((....((.((....}).))....))))))..)).))))))..))))).))..)))))))).{,,....,,,..,.})}}}})}}.)}|))),.)))))))...))))))))....)))))).).)).))....)))))))))))).|..{((({,....,|||({(({,(((((......)))}},.}}}}))}}|}}}}..,.{(((.((,.((,,((.((.(((....).)).)))))))..)).)))}...,...((((.{(.{.,..{{....|...,.)).))})((((((.....((.,.((((((.,{(((.(((((.(....)))))).)))).)))))).).}}..))))))...,{{{{{{{{...{((((((((({{(((({.....,||||.,(((,,,,{{{{(,,..,,.,.,,|{.((({....}))).....{{,({...||,{,........}}},))},)}))))),)))),}}},.,)}.}))))))))))))}.}}},||||}},)))})..,|(((((......)))))||{{{{..({{(((({({{{...||.{,.||},|.{||,{...((({{,{(((.,{{{{{{{{{{,||||{,,,,)}))).,,...,,.....|((((..((((((((((...((((((((.{{..{{{{...}))}.,,....)))))))).{{.((((((((.(((....))).)))))))).)}((((((.((((((((.,...{,,...{.((((((.......)))))){{{{.{{|.,,{({.{,,{{((((((((({{.((((.(((........)))..)))).)))))))))},})}.,|))})}))}}},....,,.,),))))))))))))))..........((((.....)))))))))))))).))))|(((((((.....)))))))}.......})))))}))))..}|||||,,.......{((((,.{(((((((((..((((....)))).)))))..)))))))))|||||{..|||{...}||||,{{}},,|,}},....,,,,),,))))...))}))),..}}}}...}}}}},..))))))))))))....
Back