Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001346348.2
Sequence Length
4288 nt
GC Content
0.5224
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGGGAAGCGACCGGCUGCUGGGCUUAAGGCGGGAGUGACCGCUUAACCAGUGAGGGAAGCACUGAAGAGCGCCAGUCGACGUGGGUGCGACAACUCGCGGAGUCUUAGGAGCAAAACGUCUGGGGCCUGCGAGCCAGGACCCUUCUGAAGCCUUAGGUGUCUAUCGGCGACGUGUACGGUCACUGCAGCUCCGGAGCGCGGAACCCUCAGCCAGGAGGCGCGGCUGGUCGGUCCCAGGUCCCGGCCUCCGUAAUGAGAGCCCGGAACCACUCUUUGUGCCGCAGCUUCGCAGGUGAGGGUGACUGUUGACUAGUGAAAAAAGGGACCCAUGGUUCACGACUGUCUUCUUACUGGCAGUGGAACGACCUGUGGAAACCUGUGAUCCAUUCUCAUUAAAUAAAUCUCUGGGCUGUGUCGUCCCAAAGAUACUAAGUAACAGGCAGAAUUGGAUAUGGCACAAAUUUCUGUUUAAAGAGAUGCGGUCUCGCUCUGUUGCCCAGGCUGUUGUGCAGUGGUAUUCACAGUCAUGAUCAUAUUUCUCUACAGCAUCUUGGACUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACUACAGAUUCCUAUAGGCAAUGGAAACUGAUCUCAAUUCCCAGGACAGAAAGGACCUGGACAAGUUUAUUAAAUUUUUUGCCCUCAAGACUGUCCAAGUGAUUGUCCAGGCUCGGCUUGGUGAAAAGAUUUGCACUCGUUCAUCAUCUUCUCCAACGGGUUCAGAUUGGUUCAACUUAGCAAUCAAAGACAUCCCAGAGGUUACACAUGAAGCAAAGAAGGCACUGGCAGGACAGCUGCCUGCAGUCGGGAGGUCCAUGUGUGUGGAGAUUUCACUUAAGACUUCUGAGGGAGAUUCCAUGGAGCUGGAAAUAUGGUGUCUUGAAAUGAAUGAAAAGUGUGAUAAAGAAAUCAAAGUUUCCUACACGGUGUACAACAGACUGUCAUUGCUGCUGAAGUCCCUUCUUGCUAUAACUAGGGUGACACCAGCCUAUAGGCUCUCCAGGAAACAAGGGCAUGAAUAUGUCAUAUUAUACAGGAUAUAUUUUGGAGAAGUUCAGCUGAGUGGCUUAGGAGAAGGCUUCCAGACAGUUCGUGUUGGGACAGUGGGCACCCCUGUGGGCACCAUCACUCUUUCUUGUGCUUACAGAAUUAACUUGGCAUUCAUGUCUACCAGGCAAUUUGAGAGGACCCCACCUAUCAUGGGGAUUAUUAUUGAUCACUUUGUGGACCGUCCCUAUCCCAGCUCCUCUCCCAUGCACCCCUGCAAUUACAGAACUGCUGGUGAGGACACUGGAGUAAUAUACCCGUCUGUAGAAGACUCUCAAGAAGUGUGUACCACCUCUUUUUCCACCUCCCCACCAUCCCAGCUGAUGGUUCCUGGGAAGGAAGGUGGGGUACCCCUUGCUCCCAACCAGCCUGUCCAUGGUACCCAGGCUGACCAGGAGAGACUGGCAACCUGCACCCCUUCUGACAGAACCCACUGUGCUGCCACACCCUCCAGUAGUGAGGAUACUGAAACCGUAUCAAACAGCAGUGAGGGACGGGCCUCCCCUCACGAUGUCUUGGAGACCAUCUUUGUCCGAAAAGUGGGGGCUUUUGUCAACAAACCCAUUAACCAGGUGACCCUGACGAGUUUGGAUAUACCCUUUGCCAUGUUUGCUCCCAAGAAUUUGGAGCUGGAGGAUACCGAUCCAAUGGUGAAUCCUCCAGAUUCCCCAGAGACUGAAUCUCCUCUCCAGGGCAGCCUGCACUCAGAUGGCUCCAGCGGGGGCAGCAGUGGCAAUACCCAUGAUGACUUUGUUAUGAUAGACUUUAAACCAGCUUUUUCUAAAGAUGACAUUCUUCCGAUGGACCUGGGGACCUUCUAUCGGGAGUUUCAGAACCCACCUCAGCUGAGCAGCCUCUCCAUAGAUAUUGGAGCACAGUCCAUGGCUGAAGACUUGGACUCAUUACCAGAGAAGCUGGCUGUGCAUGAGAAGAAUGUCCGCGAGUUUGAUGCCUUUGUGGAAACCCUGCAGUAAAAGUAUCCUUGAGUCCCAGCAGCACCCCCUUUUUGUGGCCCCAGGGCAUAAGCAGCCUCCCAUGCAUCAGCUGCUCCCACCCCUCAUCCUGCUCUGAGCCAGGUGGAAGGGAGGCUGGCUUCUCCCAUGGGGACCCAGAAGUCCCUACUCUUGGACCUCCUGGAGACUCCGUGGCGGCAGUCAAGCCCAGUGCCCAGUUGGAGAAGACUCACGUGCUGGCCUUGGAGAUGGGAAGAACCUUCGUACGAAAAAGCCCUCAGCAGGGCCAUCUGUGUGCCCUGCCCAUCACCAACUGCUUCCCAAGGGUGUCAUCCUGUUCCUCCUGCUGCCGGCCUCCUGCCUGGGCCUGCCUUGCAGCUGGCCCCUUCCCUGCCUGCUGUCACCAUCCACUGUUUGACAUUCCAGCUGGUGGCCAAGAGAUUGGUGUGGAGGCAGAAAGAGGAAGGAGACAGUGCCAGGAGGAAGAAGGAAGGAGUCCCUUAGCUCUCUUCAUUGUCCCCUUUACUUCCUGCUAUCUUCUUCUCCUCUUCUUCUCUCUCUUGCCUCUAUGCCUGUAUUUCUGGCAAUAUGACAGGCCUGCCUACCCAAGAUCAGAACUCCAAAACCACUCCCACCCCUGAAGGUCGGGAGGGUCUGAGCAGCCCUGGUGGCUGCCUGUGCUCAGGUCCUCAGCUCCAUGGGAAAUAAAAAUGGCACCCUGAAUCUCUAGGAUUUUGUCACUUGGAGUCACAGCAAAGUUCUCUUCCUCUUGUCCCCCCGUUGCUGCUCCUUGGUUAUAGAACAUGGUAAAUAUUUAUUACUUUCAGAGAAACCAGAUAUUUUAUAGAGGAAAUAUGUUUGAGGUGAGUUGUUUUUCACUUGGAGAAGGCGGAGGGCUCUUCCUGGGACGGAGACCUCCUCCUCCGGAGGUUAUUGAGAAUCCGGGCUGCUGCUUUGAGGAUCUUCCCACCAUACAGACAGCGAGAUCCAAGAAGAGGGCUGGCCGGGGGCAAAGUCACCUCCCAGUGUGGCUGCACUGGAACUGACUAAAGGCUUUACCUUGGAUAGUUGCGUAUUCCUGGUGAGAGCCUUACAUCUCCCACAGUUUCUGCAGAGUGACUGACUCCAUUCUGGCAGCCCAGGAAGUCCUGGGUGCUAAAUGUGAUGGCCACAUGUAGUGGUUAGGGGAUGUUGUGUGUGUCCCCCAACUGCCUGGGUACUUGUUCCUGAUCCCUGGGGCUGUCCUGUGGAGCUUUUCCUCCUGCUUGGGCCUAGCUACCAUCUCCCUCUAAUCCCAGGUUCUCUACACUGCCCUGGGGUUUACCAGCUGGAUUGGCUUCUGGUUGAGAAAUCAAAGCUGGGCGUAUGAUUGACUUAACCCUUCAGGUAUUGUUACUUGAAUAAGUCAAGUGCCUAGCCUCACCCACCUAUGAUCUGUCCUUUCCCAGCCUCGCUGGUAGUCCUGGUCAAGGAGAUCUAGGUCUACUCCAUUCCUCCUGGCCCACCUGGGGCAUUCACUGGCAGCAGCUGUGCUUCAGUGGAGCAGGUGGUUCUCAGCUGCUUGUUAGUAUACUGCAUGUGACACUGUUCCCACAUACAAGGCUGACUUCUGAGGAUUGGAGCAGGCUCUGGCGGGGACCAGAGCUCUGCGUGCUGCUGCUGCCACCAAGAAGUGUUAGCAGAAGCAGUAGCAGCCAACUGGCCCUCCUGACUUUGGCCCAGAGCACAUGCGUGGCUUGCUGAACCCAGGCUCAGGUUUAUCCCCAAGGCCCCAGCUUUGAGAAGGGGGAAGGCCCCUGGUAAGUUAUUGAUGCCCCCAUAUUUCAGCUACUGCUCUCUUUCCAAGGCCUUGCAUGGAAAGGCCUAGCCAUUGUCUGAGGCAGCAAUCUUUGGCAUCUACAGGUGGCAGCAGCCUUUCACCAGGGCUCCAUCUGUGAAGAGUCUCAGCCAUGACUUUGAGCUGAGCUUGGGAGAAGUAAAGCAACUGUUAAGGCCAGCCCUUGCCCCUCAGACCUGCCAUGAAAGGAAUGAGCCCUAGACUGACUCCUGCAGCACCCCCGGGACAGGCUGGGACCAGCUGUUUGUCUCCAGGUGUCAGAGUCCCUCCUCCUCCUCCAACCUCUCCAACCUACUUUGUUUGGAAAUACCGAGCUACACUUCAAAAUGUAUUCAAGGGAUUUCCAAUAAAUUUUUUUCUGUACUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1571.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1648.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 903.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.....((((((((.(((((.........((((((((.((.((((((.(.((((((((.((((....((((((((.(((((((.....)))).((((((((......((.((((((..((((((((.(..((((((((((.((((((((.(.....).)))))))))))))).(((((.((.(((((....(((((.(((((...(((((((((......))).(((((.((((((.((((.(((((((.(...(((((((((((((......)))(((((.((((((......))).))).)).))).........))))).)))))...).)))))))..))))(((..((((.....(((...((((((((..(.((((((........)))))).)...)))).))))...)))......)))).)))..........)))))))))))))))))....))))))))))...((((.((((((.((.((.(((....(((((......)))))))).)).))((......))(((((.(((((((.((.((((((((......)))..))))).)).))))))).)))))........)))))))))).(((((....)))))...((((((...(((.((((..........)))).)))........))))))..))))).)).)))))..............((((((((((((..(..((((....(((((((((((((...))))))((((..((((((.(((((((.............))))))).))))))..)))).....)))))))..))))..)..))))...........))))))))(((((((((..(((.((((((((.((((((((((((((.(.(((.((.((((((.............(((((((((.(((((..........))))).))))..........((((....((((......))))...))))....(((((.(.....).)))))...((((((((..(((((((..(......)..)))).)))...((((....))))(((.((((.(((((((((((((((((((...........)))))))))((((((.(((((((((((((((((.((((((((((((((((((..(((((..(((((((((((.....((((((((((..............))))))))))......(((((............)))))......(((.(((((((((((...((((((((..((((..........))))...)))))))).((((.(((((..(((.(((...(((......)))...)))))).)))))..))))............((((.....))))....((((.(((.....))).))))......(((.(((((((((......))))))....))).))).))))))))).)).)))(((.......)))(((((...((....((((.((.((((......)))))).))))....))....)))))..))))))))...(((...((((((.((.((...(((((.......)))))..)).)).).)))))...)))..)))..))))))))).))))..(((.((((......)))))))(((..((((....)))))))......((((....))))..((((((((......)).(((((((..((((((((........((((((((((((((((........)))..))))))))).))))...((((.....))))........((.((((...........))))))...))))))))..)))))))....((((((......))))))..))))))......)))))))))).))).(((....(((((((((((...((...)).)))))))))))..)))....))).)))))))))))....)))))).......(((.....((((((.(........).)))))).....)))...(((((.((.(.((((.......)))).))).))))).))))))))))((....))(((.......))))))).)))...))))))))..)))))..((.((((((((((.(.((((((((((((..(((.....)))..(((((.((((........))))...)))))..)))))))).)))).)))).))))).))))))))))))))).).))))))))))...)))).)).)))))).)))..).))))))))..))))..)...))))))))))))))))(((.(((((((((...)))).................(((((((((....)).)))))))))))).)))..)))))))).(((((...)))))))).))))))))...(((((.......))))).)))).)))))))).).)))))).)))))))))).........)))))..)).))).)))))))))).(((((((((((((((((((((.((((((((((((.((((.(((((((..((((((((((((......)))).)))........))))).))))))).)).))...))))))....)))))).)).)))))))))))).(((((......)))))..((((..((((.........(((((.........((.((((((((......))).))))))))))))....((((((.(((((((((....))))....)))))))).)))..........)))).))))))))))).((((((((.(((((((((.((((((...(.((((.....((((((((...(.((((((...((((((...(((..((((((....))))))..))).....))))))(((((((......))))))).....(((((((......)))))))((((..((...((((((((((((.(((.((((.....)))))))(((((((..((((.....((((.....((((..(((((((.................)))))))..))))(((((((((((((((((.(((((....(((((((....)))))))...))))).(((((((((((..(((((......)))))..))).))))))))..........(((((.((....)).)))))..((((((.(((((.((((((....))))))))))))))).))(((((((.....)))))))((((((.........)))))).(((((((.(((..(((.(((((..((.((((((((..((((.((((......)))).(((((((..((((..((((.....((((((((((((..........(((((((((.....((((..(((.(((.....((.((((........((((((((.....((((((((....((((((((....)))))))))))))))).)))))))))))).))(((((.((((..(((((..((((((.....)).....))))..)))))))))))))).....))).)))..))))....)))))))))..((((((.((((....))))))))))((((((.((.....)).))))))((((((....((.(((((..........))))).))..)))))).)))).))))))))((((((((((((((((.((((.(((((((.((((.((((((.(((......))).)))))).)))))))).)))...))))))))..........).))))))).).)))))))...))))..))))))).))))...........))))))))....))..))))).)))..))).))).)))).....)))))))........((((((.(((((......(((((((.......))))))).((((..(..((......))..)..))))...(((((((((....((((((.....)))))))))))))))..(((.((((((((......)).)))))))))))))).)))..))).........)))))))))).))))))))))))).)).....))))).)))))))...))..)))).)))))).)...))))))))..)))).).)))))..).))))))))).)))))))).............................((((((.(((((..(((((.((((........)))))))..))..))))))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((,{,{{..{(((((((.(((((.........((((((((.((.((((((.(.((((((((,(((({,.{((((((((.(.((({.....(((.((((((((((......{{.((((((..((((((((.(..((((((((((.((((((((.(.....).))))))))))))))|(((((.((.(((((....{({{(((((((...(((((((((......))).(((((.((((((.((((.(((((((.({.,(((((((((({((......))}(((,({(({(((......)}),)}),)).))),|.....,.))))).))))).,.)})))))))..)))),{,..{(((,....(((...((((((((,.(.((((((........)))))).)...)))).))))...)))......,,},.))),,........)))))))))))))))}),...)))))))}}|,,,{((({(({,,,,,,..,,({.,..,(((((......))))))|},})}}}||,}||}}}}{{(((,((({({(,((.(({({(({{{,,,.,}|,.,}}}}.}}.})}))}).)}))),},...}})),}}}})))}|{|||,,,{|||}|.,,,(((((...(((.((((..........)))).))).)))}}..}}})))}.))))).)).)))))..............{(((((((((((..(,.((((....(((((((((((((...))))))((((..((((((.(((((((.............))))))).))))))..)))).....)))))))..)))).,,..))))...........)))))))}(((((((((..(((.((((((((.((((((((((((((.(.(((.((,(((({(.{,,..{,,{{{|{,{{({{{{,{{{{{..,.,{,,,,|||||{|||}|....,...,,,.,..,.{{,,...,,.})))..}))))..,}||{{|||.....}.}}))),,.((((((((.,((({{{,..{,,....,.,|||},|,}..,|{{{....)))}(((.((({.(((((((((((((((((((...........)))))))))((((((.(((((((((((((({((.{(((({((((((((((((..(((((..(((((((((((.....((((((((((.,............))))))))))......{{(((.,....,|,,..}}))),.....(((.(((((((((((...{(((((((..,,..,|,,,.,...}}}},..)))))}}}.((((.(((((..(((.(((...(((......)))...)))))).)))))..)))).||,....,,..((((.....))))....{(((.({(,,...))).})))..,,,.{{({((,((((((......))))))....))),})).))))))))).)).))){{{.......})}(((((...((....((((.((.((((......)))))).))))...,}}....)))))..)))))))}...(((...((((((.{(.{(...(((((.......)))))..}).}}.}.)))))...)))..)))..)))))))))}})))}.{{({{({({,..{{|||{(|{(((..{{{{,,..||||}}},|,...((((....))))..,,,|||||,,,...,,.(((((((,.{(((((((.......,((((((((((((((((,......,))),.,)))))))).}}}}...((({..,..}}}},}}},,,}|{.{{|(,,......,..)))))).,.))))))))},))))))}....{(({(({....,)))))),,,},.........}))))))))),))).|{{....(((((((((((...((...)).)))))))))))..)),....))),}))))))))))....))))))......,(((.....((((((.(........).)))))).....))),..(((((.((.(.((((.......)))),})).))))).))))))))))({....))|||.......))})))).))),..))))))))..,,,,,,,{{.((((((((((.,.((((((((((((..(((.....)))..(((((.((((........))))...)))))..))))))))},))).,))).))))).)))))))))))}))).).))))))))))...)))).)).)))))).)))..)})}))))))..))))..)...))))))))))))))}|(((.(((((((((...))))....,............(((((((({....}).)))))))))))).))),.)))))))).(((((...)))))....,)))))..}.}))))))))))))}))))}),,,.)))))))).).)))))).)))))))))).........)))))..)),))).)))))))))).(((((((((((((((((((((,((((((((((((.{(,(.{((((((,{((((((((((((......)))).))),.......,}))}.))))))),)}.,,,}}))))))}}),))}},,.)},})))))))}|||,{,,,,...}}},..,..,{(((,.((((.......,.{(((,........{((.((((((((......))).))))))))}))),,.,((((((.(((((((((....)))),...}))))))).)))..........)))).)))),,}}}},.((((((((.(((((((((.((((((...(,((({..{{.{{((((((...{.((((((...((((((.,.(((..((((((....,}})))..))).....)))))}(((((((......))))))).....(((((((......)))))))((((..((...((((((((((((.(((.((((.....)))))))(((((((..((((.....((((.....((((..(((((((.,.........,...}.)))))))..))))(((((((((((((((((.(((((..{,(((((((....)))))))}..))))).(((((((((((..(((((......)))))..)))}))))))))..........(((((.((....)).)))))..((((((.(((({,((((((....))))))))))))))).)}{((((((.....))))))}(((((({,......,)))))).{((((((.(((..(((.(((((..((.((((((((..,,{(.((({.....,||||.(((((((,,((((,,((({....,(({(((((((((..........,{{||||||,,...((((..(((.(((....,((.((((........((((((({.....((((((((....((((((((....)))))))))))))))),)))))))))))).)}(((((.((((,.{((((..((((((.....})..,..))))..)))))))))))))).....))).)))..)))),,,.}}})))))}..((((((.((((....))))))))))|(((((.((,...,)).)))))}((((((....((.(((((..........))))).))..))))))..}}),)))}))))}|||(((((((|((((.((((.(({((((.((((.((((((.(((......))).)))))).)))))))).)))...)))))))},........,)}))))))).,.}},)))),}.))}}..))))))).})))....,,,.,,.))))))))....))..))))).)))..))).))),,))}.....)))))))........(({,,({(({((,,,,,.(((((((.......))))))).(((({{(.{((...}}})),.,..)))).,,{((((((((....{(((({.....)))))))))))))))..(((.((((((((......)).)))))))))))))),)))}.})).........)))))))))).))))))))))))).)).....))))).)))))))...))..)))).)))))).,...))))))))..)))),..))))}.,).))))))))).))))))))...........,,,,.,,,,.........,(({,(((((((,.(({{(.((((........))))}})..)).,)))))))}})}.................
Back