Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001346352.2
Sequence Length
4151 nt
GC Content
0.5271
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGGGAAGCGACCGGCUGCUGGGCUUAAGGCGGGAGUGACCGCUUAACCAGUGAGGGAAGCACUGAAGAGCGCCAGUCGACGUGGGUGCGACAACUCGCGGAGUCUUAGGAGCAAAACGUCUGGGGCCUGCGAGCCAGGACCCUUCUGAAGCCUUAGGUGUCUAUCGGCGACGUGUACGGUCACUGCAGCUCCGGAGCGCGGAACCCUCAGCCAGGAGGCGCGGCUGGUCGGUCCCAGGUCCCGGCCUCCGUAAUGAGAGCCCGGAACCACUCUUUGUGCCGCAGCUUCGCAGGGUUUUGCUUUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAAUGACAUGAUCACAGCUCACUGCAGCCAUACCUCCUGGGUUCGAGUGAUCUUCCCACAUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACUAUAGCAUCUUGGACUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACUACAGAUUCCUAUAGGCAAUGGAAACUGAUCUCAAUUCCCAGGACAGAAAGGACCUGGACAAGUUUAUUAAAUUUUUUGCCCUCAAGACUGUCCAAGUGAUUGUCCAGGCUCGGCUUGGUGAAAAGAUUUGCACUCGUUCAUCAUCUUCUCCAACGGGUUCAGAUUGGUUCAACUUAGCAAUCAAAGACAUCCCAGAGGUUACACAUGAAGCAAAGAAGGCACUGGCAGGACAGCUGCCUGCAGUCGGGAGGUCCAUGUGUGUGGAGAUUUCACUUAAGACUUCUGAGGGAGAUUCCAUGGAGCUGGAAAUAUGGUGUCUUGAAAUGAAUGAAAAGUGUGAUAAAGAAAUCAAAGUUUCCUACACGGUGUACAACAGACUGUCAUUGCUGCUGAAGUCCCUUCUUGCUAUAACUAGGGUGACACCAGCCUAUAGGCUCUCCAGGAAACAAGGGCAUGAAUAUGUCAUAUUAUACAGGAUAUAUUUUGGAGAAGUUCAGCUGAGUGGCUUAGGAGAAGGCUUCCAGACAGUUCGUGUUGGGACAGUGGGCACCCCUGUGGGCACCAUCACUCUUUCUUGUGCUUACAGAAUUAACUUGGCAUUCAUGUCUACCAGGCAAUUUGAGAGGACCCCACCUAUCAUGGGGAUUAUUAUUGAUCACUUUGUGGACCGUCCCUAUCCCAGCUCCUCUCCCAUGCACCCCUGCAAUUACAGAACUGCUGGUGAGGACACUGGAGUAAUAUACCCGUCUGUAGAAGACUCUCAAGAAGUGUGUACCACCUCUUUUUCCACCUCCCCACCAUCCCAGCUGAUGGUUCCUGGGAAGGAAGGUGGGGUACCCCUUGCUCCCAACCAGCCUGUCCAUGGUACCCAGGCUGACCAGGAGAGACUGGCAACCUGCACCCCUUCUGACAGAACCCACUGUGCUGCCACACCCUCCAGUAGUGAGGAUACUGAAACCGUAUCAAACAGCAGUGAGGGACGGGCCUCCCCUCACGAUGUCUUGGAGACCAUCUUUGUCCGAAAAGUGGGGGCUUUUGUCAACAAACCCAUUAACCAGGUGACCCUGACGAGUUUGGAUAUACCCUUUGCCAUGUUUGCUCCCAAGAAUUUGGAGCUGGAGGAUACCGAUCCAAUGGUGAAUCCUCCAGAUUCCCCAGAGACUGAAUCUCCUCUCCAGGGCAGCCUGCACUCAGAUGGCUCCAGCGGGGGCAGCAGUGGCAAUACCCAUGAUGACUUUGUUAUGAUAGACUUUAAACCAGCUUUUUCUAAAGAUGACAUUCUUCCGAUGGACCUGGGGACCUUCUAUCGGGAGUUUCAGAACCCACCUCAGCUGAGCAGCCUCUCCAUAGAUAUUGGAGCACAGUCCAUGGCUGAAGACUUGGACUCAUUACCAGAGAAGCUGGCUGUGCAUGAGAAGAAUGUCCGCGAGUUUGAUGCCUUUGUGGAAACCCUGCAGUAAAAGUAUCCUUGAGUCCCAGCAGCACCCCCUUUUUGUGGCCCCAGGGCAUAAGCAGCCUCCCAUGCAUCAGCUGCUCCCACCCCUCAUCCUGCUCUGAGCCAGGUGGAAGGGAGGCUGGCUUCUCCCAUGGGGACCCAGAAGUCCCUACUCUUGGACCUCCUGGAGACUCCGUGGCGGCAGUCAAGCCCAGUGCCCAGUUGGAGAAGACUCACGUGCUGGCCUUGGAGAUGGGAAGAACCUUCGUACGAAAAAGCCCUCAGCAGGGCCAUCUGUGUGCCCUGCCCAUCACCAACUGCUUCCCAAGGGUGUCAUCCUGUUCCUCCUGCUGCCGGCCUCCUGCCUGGGCCUGCCUUGCAGCUGGCCCCUUCCCUGCCUGCUGUCACCAUCCACUGUUUGACAUUCCAGCUGGUGGCCAAGAGAUUGGUGUGGAGGCAGAAAGAGGAAGGAGACAGUGCCAGGAGGAAGAAGGAAGGAGUCCCUUAGCUCUCUUCAUUGUCCCCUUUACUUCCUGCUAUCUUCUUCUCCUCUUCUUCUCUCUCUUGCCUCUAUGCCUGUAUUUCUGGCAAUAUGACAGGCCUGCCUACCCAAGAUCAGAACUCCAAAACCACUCCCACCCCUGAAGGUCGGGAGGGUCUGAGCAGCCCUGGUGGCUGCCUGUGCUCAGGUCCUCAGCUCCAUGGGAAAUAAAAAUGGCACCCUGAAUCUCUAGGAUUUUGUCACUUGGAGUCACAGCAAAGUUCUCUUCCUCUUGUCCCCCCGUUGCUGCUCCUUGGUUAUAGAACAUGGUAAAUAUUUAUUACUUUCAGAGAAACCAGAUAUUUUAUAGAGGAAAUAUGUUUGAGGUGAGUUGUUUUUCACUUGGAGAAGGCGGAGGGCUCUUCCUGGGACGGAGACCUCCUCCUCCGGAGGUUAUUGAGAAUCCGGGCUGCUGCUUUGAGGAUCUUCCCACCAUACAGACAGCGAGAUCCAAGAAGAGGGCUGGCCGGGGGCAAAGUCACCUCCCAGUGUGGCUGCACUGGAACUGACUAAAGGCUUUACCUUGGAUAGUUGCGUAUUCCUGGUGAGAGCCUUACAUCUCCCACAGUUUCUGCAGAGUGACUGACUCCAUUCUGGCAGCCCAGGAAGUCCUGGGUGCUAAAUGUGAUGGCCACAUGUAGUGGUUAGGGGAUGUUGUGUGUGUCCCCCAACUGCCUGGGUACUUGUUCCUGAUCCCUGGGGCUGUCCUGUGGAGCUUUUCCUCCUGCUUGGGCCUAGCUACCAUCUCCCUCUAAUCCCAGGUUCUCUACACUGCCCUGGGGUUUACCAGCUGGAUUGGCUUCUGGUUGAGAAAUCAAAGCUGGGCGUAUGAUUGACUUAACCCUUCAGGUAUUGUUACUUGAAUAAGUCAAGUGCCUAGCCUCACCCACCUAUGAUCUGUCCUUUCCCAGCCUCGCUGGUAGUCCUGGUCAAGGAGAUCUAGGUCUACUCCAUUCCUCCUGGCCCACCUGGGGCAUUCACUGGCAGCAGCUGUGCUUCAGUGGAGCAGGUGGUUCUCAGCUGCUUGUUAGUAUACUGCAUGUGACACUGUUCCCACAUACAAGGCUGACUUCUGAGGAUUGGAGCAGGCUCUGGCGGGGACCAGAGCUCUGCGUGCUGCUGCUGCCACCAAGAAGUGUUAGCAGAAGCAGUAGCAGCCAACUGGCCCUCCUGACUUUGGCCCAGAGCACAUGCGUGGCUUGCUGAACCCAGGCUCAGGUUUAUCCCCAAGGCCCCAGCUUUGAGAAGGGGGAAGGCCCCUGGUAAGUUAUUGAUGCCCCCAUAUUUCAGCUACUGCUCUCUUUCCAAGGCCUUGCAUGGAAAGGCCUAGCCAUUGUCUGAGGCAGCAAUCUUUGGCAUCUACAGGUGGCAGCAGCCUUUCACCAGGGCUCCAUCUGUGAAGAGUCUCAGCCAUGACUUUGAGCUGAGCUUGGGAGAAGUAAAGCAACUGUUAAGGCCAGCCCUUGCCCCUCAGACCUGCCAUGAAAGGAAUGAGCCCUAGACUGACUCCUGCAGCACCCCCGGGACAGGCUGGGACCAGCUGUUUGUCUCCAGGUGUCAGAGUCCCUCCUCCUCCUCCAACCUCUCCAACCUACUUUGUUUGGAAAUACCGAGCUACACUUCAAAAUGUAUUCAAGGGAUUUCCAAUAAAUUUUUUUCUGUACUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1534.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1606.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 918.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.....((((((((.(((((.........((((((((.((.((((((.(.((((((((.((((...(((((((((.(.((((.....(((.((((((.((.((....)).))..((((((....)).))))..(((((((.((((((((.(.....).))))))))))))))).((((((((((..(((((....((((......(((....(((((((..(((((.(((.(((((.((((((((((..((...(((((((((((((......)))(((((.((((((......))).))).)).))).........))))).)))))))))))))))))..((((((((.(((((.(((((..(((.....)))..))..))).)))))...((((..(((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((((.........((.((((....))))))....(((((((...((((...((((...(((((...(((.((((..........)))).))).)))))))))(((((.(......).)))))...............(((((((((((..(..((((....(((((((((((((...))))))((((..((((((.(((((((.............))))))).))))))..)))).....)))))))..))))..)..))))...........)))))))))))...))))))))))))))......)))))))))..))))).).)))))..))))))..)))))..))))(((((.(((((..........))))).))))).........((((....((((......))))...)))).....(((((.(((......))))))))..((.((((...))))..))........))))))))..((((....))))((((((((.(((((((((((((((((((...........)))))))))((((((.(((((((((((((((((.((((((((((((((((((..(((((..(((((((((((.....((((((((((..............))))))))))......(((((............)))))......(((.(((((((((((...((((((((..((((..........))))...)))))))).((((.(((((..(((.(((...(((......)))...)))))).)))))..))))............((((.....))))....((((.(((.....))).))))......(((.(((((((((......))))))....))).))).))))))))).)).)))(((.......)))(((((...((....((((.((.((((......)))))).))))....))....)))))..))))))))...(((...((((((.((.((...(((((.......)))))..)).)).).)))))...)))..)))..))))))))).))))..(((.((((......)))))))(((..((((....)))))))......((((....))))..((((((((......)).(((((((..((((((((........((((((((((((((((........)))..))))))))).))))...((((.....))))........((.((((...........))))))...))))))))..)))))))....((((((......))))))..))))))......)))))))))).))).(((....(((((((((((...((...)).)))))))))))..)))....))).)))))))))))....)))))).......(((.....((((((.(........).)))))).....)))...(((((.((.(.((((.......)))).))).))))).))))))))))((.....((((.(...(((....)))....)...)))).....)).(((((.((((((((((.(.((((((((((((..(((.....)))..(((((.((((........))))...)))))..)))))))).)))).)))).))))).)))))))((((........)))).)))))))).))))).))).)))))((((.(((((((..((((......))))...))))))).)))).....((......)).))))))).....)))....(((((((((....)).)))))))....))))....)))))..))))).....))))))))))))))..).)))))))))))))......)))).)))))))).).)))))).)))))))))).........)))))..)).))).)))))))))).(((((((((((((((((((((.((((((((((((.((((.(((((((..((((((((((((......)))).)))........))))).))))))).)).))...))))))....)))))).)).)))))))))))).(((((......)))))..((((..((((.........(((((.........((.((((((((......))).))))))))))))....((((((.(((((((((....))))....)))))))).)))..........)))).))))))))))).((((((((.(((((((((.((((((...(.((((.....((((((((...(.((((((...((((((...(((..((((((....))))))..))).....))))))(((((((......))))))).....(((((((......)))))))((((..((...((((((((((((.(((.((((.....)))))))(((((((..((((.....((((.....((((..(((((((.................)))))))..))))(((((((((((((((((.(((((....(((((((....)))))))...))))).(((((((((((..(((((......)))))..))).))))))))..........(((((.((....)).)))))..((((((.(((((.((((((....))))))))))))))).))(((((((.....)))))))((((((.........)))))).(((((((.(((..(((.(((((..((.((((((((..((((.((((......)))).(((((((..((((..((((.....((((((((((((..........(((((((((.....((((..(((.(((.....((.((((........((((((((.....((((((((....((((((((....)))))))))))))))).)))))))))))).))(((((.((((..(((((..((((((.....)).....))))..)))))))))))))).....))).)))..))))....)))))))))..((((((.((((....))))))))))((((((.((.....)).))))))((((((....((.(((((..........))))).))..)))))).)))).))))))))((((((((((((((((.((((.(((((((.((((.((((((.(((......))).)))))).)))))))).)))...))))))))..........).))))))).).)))))))...))))..))))))).))))...........))))))))....))..))))).)))..))).))).)))).....)))))))........((((((.(((((......(((((((.......))))))).((((..(..((......))..)..))))...(((((((((....((((((.....)))))))))))))))..(((.((((((((......)).)))))))))))))).)))..))).........)))))))))).))))))))))))).)).....))))).)))))))...))..)))).)))))).)...))))))))..)))).).)))))..).))))))))).)))))))).............................((((((.(((((..(((((.((((........)))))))..))..))))))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((,{,{{..{(((((((.(((((.........((((((((.((.((((((.(.((((((((,(((({,.(((((((((.(.((({.....(((.((((((((({,,....||.((((((,.((((((((.{..(({(((((((.((((((((.(.....).))))))))))))))|(((((.((.(((((..((({((((.({{{...((({{.(((...(((((((..(((((.((((.((((((((((..((...(((((((((({((......))}(((,({(({(((......)}),)}),)).))),|.....,.))))).)))))))))))))))))...........(((((.(((({..(({.....}}}..},.}))).)))))....)))).)))))..))))))).,..))).}}.))).,{{(((,.{((({{,...,,,|..||||},,,}},|||,,,{{{({({{((((....))))).,)},||||...|||}|,||}}.}}}}...||||.,||.,,,)}.}}}}}},,.))))}.)).))))).,............{(((((((((((..{,.((((....(((((((((((((...))))))((((..((((((.(((((({.............})))))).))))))..)))}.....)))))))..)))).,}..))))...........)))))))}(((((((((..(((.((((((((.((((((((((((((.(.(((.((,((((((.,,,..{,,{{{|{,{{({{{{,({({{..,.,{,,.,|||||{|||}|...,,...,,,....,.{{,,...,,.})))..))))),.,}||{{|||.....}.}}))),,.((((((((.,((({{{,..{,,....,.,|||},|,}..,|{{{....)))}(((.((({.(((((((((((((((((((...........)))))))))((((((.(((((((((((((({((.{(((({((((((((((((..(((((..(((((((((((.....((((((((((.,............))))))))))......{{(((.,....,|,,..}}))),.....(((.(((((((((((...{(((((((..,,..,|,,,.,...}}}},..)))))}}}.((((.(((((..(((.(((...(((......)))...)))))).)))))..)))).||,....,,..((((.....))))....{(((.({(,,...))).})))..,,,.{{({((,((((((......))))))....))),})).))))))))).)).))){{{.......})}(((((...((....((((.((.((((......)))))).))))...,}}....)))))..)))))))}...(((...((((((.{(.{(...(((((.......)))))..}).}}.}.)))))...)))..)))..)))))))))}})))}.{{({{({({,..{{|||{(|{(((..{{{{,,..||||}}},|,...((((....))))..,,,|||||,,,...,,.(((((((,.{(((((((.......,((((((((((((((((,......,))),.,)))))))).}}}}...((({..,..}}}},}}},,,}|{.{{|(,,......,..)))))).,.))))))))},))))))}....{(({(({....,)))))),,,},.........}))))))))),))).|{{....(((((((((((...((...)).)))))))))))..)),....))),}))))))))))....))))))......,(((.....((((((.(........).)))))).....))),..(((((.((.(.((((.......)))),})).))))).))))))))))({....))|||.......))})))).))),..))))))))..,,,,,,,{{.((((((((((.,.((((((((((((..(((.....)))..(((((.((((........))))...)))))..))))))))},))).,))).))))).)))))))))))}))).).))))))))))...)))).)).)))))).)))..)}))))))))..))))..)...))))))))))))))}|{((.(((((((((...)))),,..,.....,,.....(((((((({....}).)))))))))))).))},.}))))))}.(((({...}))))...,})))))..}.)))))))))))))}))))}),,,.)))))))).).)))))).)))))))))).........)))))..)),))).)))))))))).(((((((((((((((((((((,((((((((((((.{(,(.{((((((,{((((((((((((......)))).))),.......,}))}.))))))),)}.,,,}}))))))}}),))}},,.)},})))))))}|||,{,,,,...}}},..,..,{(((,.((((.......,.{(((,........{((.((((((((......))).))))))))}))),,.,((((((.(((((((((....)))),...}))))))).)))..........)))).)))),,}}}},.((((((((.(((((((((.((((((...(,((({..{{.{{((((((...{.((((((...((((((.,.(((..((((((....,}})))..))).....)))))}(((((((......))))))).....(((((((......)))))))((((..((...((((((((((((.(((.((((.....)))))))(((((((..((((.....((((.....((((..(((((((.,.........,...}.)))))))..))))(((((((((((((((((.(((((..{,(((((((....)))))))}..))))).(((((((((((..(((((......)))))..)))}))))))))..........(((((.((....)).)))))..((((((.(((({,((((((....))))))))))))))).)}{((((((.....))))))}(((((({,......,)))))).{((((((.(((..(((.(((((..((.((((((((..,,{(.((({.....,||||.(((((((,,((((,,((({....,(({(((((((((..........,{{||||||,,...((((..(((.(((....,((.((((........((((((({.....((((((((....((((((((....)))))))))))))))),)))))))))))).)}(((((.((((,.{((((..((((((.....})..,..))))..)))))))))))))).....))).)))..)))),,,.}}})))))}..((((((.((((....))))))))))|(((((.((,...,)).)))))}((((((....((.(((((..........))))).))..))))))..}}),)))}))))}|||(((((((|((((.((((.(({((((.((((.((((((.(((......))).)))))).)))))))).)))...)))))))},........,)}))))))).,.}},)))),}.))}}..))))))).})))....,,,.,,.))))))))....))..))))).)))..))).))),,))}.....)))))))........(({,,({(({((,,,,,.(((((((.......))))))).(((({{(.{((...}}})),.,..)))).,,{((((((((....{(((({.....)))))))))))))))..(((.((((((((......)).)))))))))))))),)))}.})).........)))))))))).))))))))))))).)).....))))).)))))))...))..)))).)))))).,...))))))))..)))),..))))}.,).))))))))).))))))))...........,,,,.,,,,.........,(({,(((((((,.(({{(.((((........))))}})..)).,)))))))}})}.................
Back