Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001346359.2
Sequence Length
4284 nt
GC Content
0.5212
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGGGAAGCGACCGGCUGCUGGGCUUAAGGCGGGAGUGACCGCUUAACCAGUGAGGGAAGCACUGAAGAGCGCCAGUCGACGUGGGUGCGACAACUCGCGGAGUCUUAGGAGCAAAACGUCUGGGGCCUGCGAGCCAGGACCCUUCUGAAGCCUUAGGUGUCUAUCGGCGACGUGUACGGUCACUGCAGCUCCGGAGCGCGGAACCCUCAGCCAGGAGGCGCGGCUGGUCGGUCCCAGGUCCCGGCCUCCGUAAUGAGAGCCCGGAACCACUCUUUGUGCCGCAGCUUCGCAGCAUCUUGGACUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACUACAGAUUCCUAUAGGCAAUGGAAACUGAUCUCAAUUCCCAGGACAGAAAGGACCUGGACAAGUUUAUUAAAUUUUUUGCCCUCAAGACUGUCCAAGUGAUUGUCCAGGCUCGGCUUGGUGAAAAGAUUUGCACUCGUUCAUCAUCUUCUCCAACGGGUUCAGAUUGGUUCAACUUAGCAAUCAAAGACAUCCCAGAGGUUACACAUGAAGCAAAGAAGGCACUGGCAGGACAGCUGCCUGCAGUCGGGAGGUCCAUGUGUGUGGAGAUUUCACUUAAGACUUCUGAGGGAGAUUCCAUGGAGCUGGAAAUAUGGUGUCUUGAAAUGAAUGAAAAGUGUGAUAAAGAAAUCAAAGUUUCCUACACGGUGUACAACAGACUGUCAUUGCUGCUGAAGUCCCUUCUUGCUAUAACUAGGGUGACACCAGCCUAUAGGCUCUCCAGGAAACAAGGGCAUGAAUAUGUCAUAUUAUACAGGAUAUAUUUUGGAGAAGUUCAGCUGAGUGGCUUAGGAGAAGGUAUGUAUCAACGGUUGAAAAACAUCGUAGUGUUCAGAGCUCUCCUAACUUCAGAGAUGAUCUUCGUUUCUACUUGUUAUAAUAUGUAGAUUGUCAUCUUAAUAUGCAUAAUACAAGUAAAGAAAAGAUGAGAAUGCAGGCUUCCAGACAGUUCGUGUUGGGACAGUGGGCACCCCUGUGGGCACCAUCACUCUUUCUUGUGCUUACAGAAUUAACUUGGCAUUCAUGUCUACCAGGCAAUUUGAGAGGACCCCACCUAUCAUGGGGAUUAUUAUUGAUCACUUUGUGGACCGUCCCUAUCCCAGCUCCUCUCCCAUGCACCCCUGCAAUUACAGAACUGCUGGUGAGGACACUGGAGUAAUAUACCCGUCUGUAGAAGACUCUCAAGAAGUGUGUACCACCUCUUUUUCCACCUCCCCACCAUCCCAGCUCUCAAGCUCUCGCCUUUCCUAUCAGCCUGCUGCCCUGGGCGUUGGAUCAGCUGACCUGGCUUAUCCAGUAGUGUUUGCUGCUGGCUUAAAUGCUACACACCCUCACCAGCUGAUGGUUCCUGGGAAGGAAGGUGGGGUACCCCUUGCUCCCAACCAGCCUGUCCAUGGUACCCAGGCUGACCAGGAGAGACUGGCAACCUGCACCCCUUCUGACAGAACCCACUGUGCUGCCACACCCUCCAGUAGUGAGGAUACUGAAACCGUAUCAAACAGCAGUGAGGGACGGGCCUCCCCUCACGAUGUCUUGGAGACCAUCUUUGUCCGAAAAGUGGGGGCUUUUGUCAACAAACCCAUUAACCAGGUGACCCUGACGAGUUUGGAUAUACCCUUUGCCAUGUUUGCUCCCAAGAAUUUGGAGCUGGAGGAUACCGAUCCAAUGGUGAAUCCUCCAGAUUCCCCAGAGACUGAAUCUCCUCUCCAGGGCAGCCUGCACUCAGAUGGCUCCAGCGGGGGCAGCAGUGGCAAUACCCAUGAUGACUUUGUUAUGAUAGACUUUAAACCAGCUUUUUCUAAAGAUGACAUUCUUCCGAUGGACCUGGGGACCUUCUAUCGGGAGUUUCAGAACCCACCUCAGCUGAGCAGCCUCUCCAUAGAUAUUGGAGCACAGUCCAUGGCUGAAGACUUGGACUCAUUACCAGAGAAGCUGGCUGUGCAUGAGAAGAAUGUCCGCGAGUUUGAUGCCUUUGUGGAAACCCUGCAGUAAAAGUAUCCUUGAGUCCCAGCAGCACCCCCUUUUUGUGGCCCCAGGGCAUAAGCAGCCUCCCAUGCAUCAGCUGCUCCCACCCCUCAUCCUGCUCUGAGCCAGGUGGAAGGGAGGCUGGCUUCUCCCAUGGGGACCCAGAAGUCCCUACUCUUGGACCUCCUGGAGACUCCGUGGCGGCAGUCAAGCCCAGUGCCCAGUUGGAGAAGACUCACGUGCUGGCCUUGGAGAUGGGAAGAACCUUCGUACGAAAAAGCCCUCAGCAGGGCCAUCUGUGUGCCCUGCCCAUCACCAACUGCUUCCCAAGGGUGUCAUCCUGUUCCUCCUGCUGCCGGCCUCCUGCCUGGGCCUGCCUUGCAGCUGGCCCCUUCCCUGCCUGCUGUCACCAUCCACUGUUUGACAUUCCAGCUGGUGGCCAAGAGAUUGGUGUGGAGGCAGAAAGAGGAAGGAGACAGUGCCAGGAGGAAGAAGGAAGGAGUCCCUUAGCUCUCUUCAUUGUCCCCUUUACUUCCUGCUAUCUUCUUCUCCUCUUCUUCUCUCUCUUGCCUCUAUGCCUGUAUUUCUGGCAAUAUGACAGGCCUGCCUACCCAAGAUCAGAACUCCAAAACCACUCCCACCCCUGAAGGUCGGGAGGGUCUGAGCAGCCCUGGUGGCUGCCUGUGCUCAGGUCCUCAGCUCCAUGGGAAAUAAAAAUGGCACCCUGAAUCUCUAGGAUUUUGUCACUUGGAGUCACAGCAAAGUUCUCUUCCUCUUGUCCCCCCGUUGCUGCUCCUUGGUUAUAGAACAUGGUAAAUAUUUAUUACUUUCAGAGAAACCAGAUAUUUUAUAGAGGAAAUAUGUUUGAGGUGAGUUGUUUUUCACUUGGAGAAGGCGGAGGGCUCUUCCUGGGACGGAGACCUCCUCCUCCGGAGGUUAUUGAGAAUCCGGGCUGCUGCUUUGAGGAUCUUCCCACCAUACAGACAGCGAGAUCCAAGAAGAGGGCUGGCCGGGGGCAAAGUCACCUCCCAGUGUGGCUGCACUGGAACUGACUAAAGGCUUUACCUUGGAUAGUUGCGUAUUCCUGGUGAGAGCCUUACAUCUCCCACAGUUUCUGCAGAGUGACUGACUCCAUUCUGGCAGCCCAGGAAGUCCUGGGUGCUAAAUGUGAUGGCCACAUGUAGUGGUUAGGGGAUGUUGUGUGUGUCCCCCAACUGCCUGGGUACUUGUUCCUGAUCCCUGGGGCUGUCCUGUGGAGCUUUUCCUCCUGCUUGGGCCUAGCUACCAUCUCCCUCUAAUCCCAGGUUCUCUACACUGCCCUGGGGUUUACCAGCUGGAUUGGCUUCUGGUUGAGAAAUCAAAGCUGGGCGUAUGAUUGACUUAACCCUUCAGGUAUUGUUACUUGAAUAAGUCAAGUGCCUAGCCUCACCCACCUAUGAUCUGUCCUUUCCCAGCCUCGCUGGUAGUCCUGGUCAAGGAGAUCUAGGUCUACUCCAUUCCUCCUGGCCCACCUGGGGCAUUCACUGGCAGCAGCUGUGCUUCAGUGGAGCAGGUGGUUCUCAGCUGCUUGUUAGUAUACUGCAUGUGACACUGUUCCCACAUACAAGGCUGACUUCUGAGGAUUGGAGCAGGCUCUGGCGGGGACCAGAGCUCUGCGUGCUGCUGCUGCCACCAAGAAGUGUUAGCAGAAGCAGUAGCAGCCAACUGGCCCUCCUGACUUUGGCCCAGAGCACAUGCGUGGCUUGCUGAACCCAGGCUCAGGUUUAUCCCCAAGGCCCCAGCUUUGAGAAGGGGGAAGGCCCCUGGUAAGUUAUUGAUGCCCCCAUAUUUCAGCUACUGCUCUCUUUCCAAGGCCUUGCAUGGAAAGGCCUAGCCAUUGUCUGAGGCAGCAAUCUUUGGCAUCUACAGGUGGCAGCAGCCUUUCACCAGGGCUCCAUCUGUGAAGAGUCUCAGCCAUGACUUUGAGCUGAGCUUGGGAGAAGUAAAGCAACUGUUAAGGCCAGCCCUUGCCCCUCAGACCUGCCAUGAAAGGAAUGAGCCCUAGACUGACUCCUGCAGCACCCCCGGGACAGGCUGGGACCAGCUGUUUGUCUCCAGGUGUCAGAGUCCCUCCUCCUCCUCCAACCUCUCCAACCUACUUUGUUUGGAAAUACCGAGCUACACUUCAAAAUGUAUUCAAGGGAUUUCCAAUAAAUUUUUUUCUGUACUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1560.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1639.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 867.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.....((((((((.(((((.........((((((((.((.((((((.(.((((((((.((((....((((((((.(((((((.....)))).((((((((......((.((((((..((((((((.(..((((((((((.((((((((.(.....).)))))))))))))).(((((.((.(((((..((((((((.((((..(((.(((.......))).)))....((((.....))))...(((((((((((((((.(((.((..((((...(((((.((((((......))).))).)).))).......((((.((......)).))))((((....)))).))))..)).))).).))))))))....)))))).....)))).)))).))))...((((..((....)).)))).....))))).)).)))))..............((((((((((((..(..((((....(((((((((((((...))))))((((..((((((.(((((((.............))))))).))))))..)))).....)))))))..))))..)..))))...........))))))))(((((((((..(((.((((((((.((((((((((((((.(.(((.((.((((((.............(((((((((.(((((..........))))).))))..........((((....((((......))))...))))....(((((.(.....).)))))...((((((((..(((((((..(......)..)))).)))...((((....))))(((.((((.(((((((((((((((((((...........)))))))))((((((.((((((((((((((.((((((((.(.(.((...(.(((((........))))).)....)).).))))))))).....(((((((...)))))))(((((((.....((((((.((((......)))).))))))..)))))))...............((((((...((((.......(.(((((((..(((((.....((((((((((..............))))))))))......(((((............))))).....(((((((((.((((.......((((((((....))))).))).))))...)))).(((.((((.(((((..(((.(((...(((......)))...)))))).)))))..)))).)))........((((.....)))))))))(((.(((.....))).)))...........)))))..))))))).)....((....))(((((((.((((((((.((((.((((((((((((((((((...(((((((.((((((((....))))))))..)))..))))...........))))))))......(((((.(.((((.((....)))))).)))))).)))))..))))).))))..))))))))..))))))).))))...))))))....((((((......((((((((((.((.(...((((....).)))(((((.......)))))..(((...(((((((.........)))))))..)))..(((((.((((((..((......(((((((((....)))......))))))...(((((..(((((..(((...((((.((..((((((((.((((........)))).)))..((((((((((((........)))..)))))))))......)))))..)).)))).)))..)))))..))))).))..)))))))))))).)).)))).)))))).......((((((......)))))).............((.((((....)))).)).....(((((((((((...((...)).)))))))))))..)))))).))).)))))))))))....)))))).......(((.....((((((.(........).)))))).....)))...(((((.((.(.((((.......)))).))).))))).))))))))))((....))(((.......))))))).)))...))))))))..)))))..((.((((((((((.(.((((((((((((..(((.....)))..(((((.((((........))))...)))))..)))))))).)))).)))).))))).))))))))))))))).).))))))))))...)))).)).)))))).)))..).))))))))..))))..)...))))))))))))))))(((.(((((((((...)))).................(((((((((....)).)))))))))))).)))..)))))))).(((((...)))))))).))))))))...(((((.......))))).)))).)))))))).).)))))).)))))))))).........)))))..)).))).)))))))))).(((((((((((((((((((((.((((((((((((.((((.(((((((..((((((((((((......)))).)))........))))).))))))).)).))...))))))....)))))).)).)))))))))))).(((((......)))))..((((..((((.........(((((.........((.((((((((......))).))))))))))))....((((((.(((((((((....))))....)))))))).)))..........)))).))))))))))).((((((((.(((((((((.((((((...(.((((.....((((((((...(.((((((...((((((...(((..((((((....))))))..))).....))))))(((((((......))))))).....(((((((......)))))))((((..((...((((((((((((.(((.((((.....)))))))(((((((..((((.....((((.....((((..(((((((.................)))))))..))))(((((((((((((((((.(((((....(((((((....)))))))...))))).(((((((((((..(((((......)))))..))).))))))))..........(((((.((....)).)))))..((((((.(((((.((((((....))))))))))))))).))(((((((.....)))))))((((((.........)))))).(((((((.(((..(((.(((((..((.((((((((..((((.((((......)))).(((((((..((((..((((.....((((((((((((..........(((((((((.....((((..(((.(((.....((.((((........((((((((.....((((((((....((((((((....)))))))))))))))).)))))))))))).))(((((.((((..(((((..((((((.....)).....))))..)))))))))))))).....))).)))..))))....)))))))))..((((((.((((....))))))))))((((((.((.....)).))))))((((((....((.(((((..........))))).))..)))))).)))).))))))))((((((((((((((((.((((.(((((((.((((.((((((.(((......))).)))))).)))))))).)))...))))))))..........).))))))).).)))))))...))))..))))))).))))...........))))))))....))..))))).)))..))).))).)))).....)))))))........((((((.(((((......(((((((.......))))))).((((..(..((......))..)..))))...(((((((((....((((((.....)))))))))))))))..(((.((((((((......)).)))))))))))))).)))..))).........)))))))))).))))))))))))).)).....))))).)))))))...))..)))).)))))).)...))))))))..)))).).)))))..).))))))))).)))))))).............................((((((.(((((..(((((.((((........)))))))..))..))))))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((,{,{{..{(((((((.(((((.........((((((((.((.((((((.(.((((((((,(((({,.{((((((((.(.((({.....(((.((((((((((......||.((((((..((((((((.(..(({(((((((.((((((((.(.....).))))))))))))))|(((((.((.(((((..((((((((.((((..,((,{{(.,,..,,||}.|||,.{.({{{.,|,|))}}..,(((((((((((((({.(((.((..((((...(((,({(({(((......)}).)}),)).))).......((((.((......)).)))){{{|,...}}}).))))..)).))).}.))))))))....)))))).....}))).)))}.})))...{{||..|{....}}.}},}||,..))))}.)).)))))..............{(((((((((((..{,.((((....(((((((((((((...))))))((((..((((((.(((((({.............})))))).))))))..)))}.....)))))))..)))).,}..))))...........)))))))}(((((((((..(((.((((((((.((((((((((((((.(.(((.((,((((((.,,,..{,,{{{|{,{{({{{{,({({{..,.,{,,.,|||||{|||}|...,,...,,,....,.{{,,...,,.})))..))))),.,}||{{|||.....}.}}))),,.((((((((.,((({{{,..{,.....,.,|||},|,}..,|{{{....)))}(((.((({.(((((((((((((((((((...........)))))))))((((((.((((((((((((((.((((((({,(.{.((.,.(.(((((.......,))))).}.,..)).}.)))))))))..,{{(({{{{{,{.||,||||(((((((.,,..((((((.((((......)))).)))))),,)))))),.,}}},.}}.}},..((((((.{,((((..,,,,.{.(((((((..(((((.....((((((((((.,............))))))))))......{{{((.,....,}|,..}}))).....,((((((,{{(((,......}||}(((((....))))}.|,..|}||,..}}}}.{{{.((((.(((((..(((.(((...(((......)))...)))))).)))))..)))).||}...,,,..{(((...,.))})}))}||{{,({(||...})),)))}..........)))))..))))))).}...,||,...,,(((((((.((((((((.((((.((((((((((((((((((...((((,{{.((((((((....))))))))..}},..))))...........))))))))......((((,,(.((((.((....)))))).)))))).)))))..))))).))))..))))))))..))))))).)))).},))))))....||||||......(((({{{((({((.,.{(((((....,.))){((((.,.....))))}..(((...(((((((.........)))))))..))).,(((((.((((((..((......(((((({{{....}}}......))))))...(((((..(((((..(((..,((,{,,...{,|{{,,,.....{(({{,{,....,,))))|(((((((((((,......,))),.,)))))))},|,,..,}|||..,}.}))).)))..)))))..))))).))..)))))))))))).))}))))))))))).......(((((({.....)))))).............{{.{(({....)))).}}.....(((((((((((...((...}).)))))))))))..))},,,.))),}))))))))))....))))))......,(((.....((((((.(........).)))))).....))),..(((((.((.(.((((.......)))),})).))))).))))))))))({....))|||.......))})))).))),..))))))))..,,,,,,,{{.((((((((((.,.((((((((((((..(((.....)))..(((((.((((........))))...)))))..))))))))},))).,))).))))).)))))))))))}))).).))))))))))...)))).)).)))))).)))..)}))))))))..))))..)...))))))))))))))}|(((.(((((((((...))))....,.....,......(((((((({....}).)))))))))))).))),.)))))))}.(((({...}))))....})))))..}.}))))))))))))}))))}),,,.)))))))).).)))))).)))))))))).........)))))..)),))).)))))))))).(((((((((((((((((((((,((((((((((((.{(,(.{((((((,{((((((((((((......)))).))),.......,}))}.))))))),)}.,,,}}))))))}}),))}},,.)},})))))))}|||,{,,,,...}}},..,..,{(((,.((((.......,.{(((,........{((.((((((((......))).))))))))}))),,.,((((((.(((((((((....)))),...}))))))).)))..........)))).)))),,}}}},.((((((((.(((((((((.((((((...(,((({..{{.{{((((((...{.((((((...((((((.,.(((..((((((....,}})))..))).....)))))}(((((((......))))))).....(((((((......)))))))((((..((...((((((((((((.(((.((((.....)))))))(((((((..((((.....((((.....((((..(((((((.,.........,...}.)))))))..))))(((((((((((((((((.(((((..{,(((((((....)))))))}..))))).(((((((((((..(((((......)))))..)))}))))))))..........(((((.((....)).)))))..((((((.(((({,((((((....))))))))))))))).)}{((((((.....))))))}(((((({,......,)))))).{((((((.(((..(((.(((((..((.((((((((..,,{(.((({.....,||||.(((((((,,((((,,((({....,(({(((((((((..........,{{||||||,,...((((..(((.(((....,((.((((........((((((({.....((((((((....((((((((....)))))))))))))))),)))))))))))).)}(((((.((((,.{((((..((((((.....})..,..))))..)))))))))))))).....))).)))..)))),,,.}}})))))}..((((((.((((....))))))))))|(((((.((,...,)).)))))}((((((....((.(((((..........))))).))..))))))..}}),)))}))))}|||(((((((|((((.((((.(({((((.((((.((((((.(((......))).)))))).)))))))).)))...)))))))},........,)}))))))).,.}},)))),}.))}}..))))))).})))....,,,.,,.))))))))....))..))))).)))..))).))),,))}.....)))))))........(({,,({(({((,,,,,.(((((((.......))))))).(((({{(.{((...}}})),.,..)))).,,{((((((((....{(((({.....)))))))))))))))..(((.((((((((......)).)))))))))))))),)))}.})).........)))))))))).))))))))))))).)).....))))).)))))))...))..)))).)))))).,...))))))))..)))),..))))}.,).))))))))).))))))))...........,,,,.,,,,.........,(({,(((((((,.(({{(.((((........))))}})..)).,)))))))}})}.................
Back