Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001346459.2
Sequence Length
3434 nt
GC Content
0.3826
ACCCCUGAGGAUCCCGGUCCACGCGGAGGAGUGGGGCUUUUCACCGCCGCCGCCGCCGCCCUCGGACCUCUCCCGGGAUACUUCACAUUUCCCUAGGGACGGGAGCCCGAGGGGUCCGUUCGGCCCUCUUCCUCUCGCUGGGCCGACACCCCGCUGUAGGACCGUAACCCUUAGUCCCAAUGCCUCCGUAAGCGGAGUUGAGUGGGUGCCUGUGGUUGGAGCUGUGGAGGUGUCCCCGGUGGCGAGCGCGGCCAGAACUGCGGUCACUUAAGUUUUCCGUGUGCGGGUUGCAAGGAGCGUGCGUGCGUCUGGUAUAAUUUGGCUUCCUGAGAUUCUGCCUUAGCAAGAAAGGAGUGGGAAAUACCCUUGGAAAGAAAACUAAAACAGUUGCAGAAUGAACAUGUAAAGUUACAAAAUGAACUCAAGCACCUGUUUAAUGAAAAGCAAACUCAGCAGGAAAAACUUCAGCUCCUGCUUGAAGAACUAAGAGGAGAAUUAGUAGAGAAAACUAAAGAUUUAGAAGAAAUGAAACUGCAGAUAUUAACUCCACAAAAAUUGGAAUUGCUAAGAGCCCAAAUACAACAAGAAUUAGAAACUCCAAUGAGAGAACGUUUUAGGAAUCUAGAUGAAGAGGUAGAAAAGUAUAGAGCUGUAUAUAAUAAGCUUCGCUAUGAACAUACAUUUCUCAAGUCAGAAUUUGAACACCAGAAGGAAGAGUAUGCACGUAUUUUAGAUGAAGGAAAAAUAAAAUAUGAAUCAGAGAUUGCAAGACUGGAGGAAGAUAAAGAAGAACUACGUAACCAGCUGCUUAAUGUUGAUCUCACAAAAGACAGCAAACGAGUGGAACAACUUGCUCGAGAAAAAGUCUAUUUGUGUCAAAAAUUAAAAGGUUUAGAGGCUGAAGUAGCGGAAUUAAAGGCUGAAAAGGAGAAUUCUGAGGCUCAGGUGGAAAAUGCCCAAAGAAUACAGGUGCGGCAGUUGGCUGAGAUGCAGGCUACAGUCAGAUCCCUGGAGGCUGAAAAACAAUCAGCUAAUUUACGGGCAGAACGUUUGGAAAAAGAGCUACAAUCAAGCAGUGAACAAAAUACCUUUUUAAUUAAUAAAUUGCAUAAAGCUGAACGAGAAAUAAAUACAUUGUCCAGUAAAGUAAAAGAACUUAAACAUUCAAACAAACUGGAAAUAACAGACAUCAAACUGGAGACAGCAAGAGCUAAGAGUGAGCUAGAAAGAGAAAGGAAUAAGAUUCAAAGUGAACUGGAUGGAUUACAGUCAGACAAUGAAAUUCUCAAAGCAGCUGUUGAACAUCACAAAGUGCUCUUAGUAGAAAAGGAUCGUGAAUUAAUACGUAAAGUACAAGCUGCCAAAGAAGAAGGUUAUCAAAAACUUGUGGUAUUACAAGAUGAAAAGUUAGAACUCGAGAACAGAUUAGCAGAUUUGGAGAAAAUGAAAGUGGAACAUGAUGUCUGGAGGCAAUCUGAAAAGGAUCAGUAUGAAGAGAAAUUGCGGGCUUCACAGAUGGCAGAAGAGAUCACCAGGAAGGAGCUUCAGAGUGUUAGGUUAAAACUUCAGCAACAAAUUGUGACUAUUGAAAAUGCAGAGAAGGAAAAAAAUGAAAAUUCUGACCUAAAACAGCAAAUCAGUAGUUUGCAGAUCCAAGUGACUUCACUUGCACAGUCAGAGAAUGACUUGCUGAAUUCAAACCAAAUGCUGAAGGAAAUGGUGGAGAGAUUAAAACAAGAAUGCCGAAAUUUUAGAAGCCAAGCUGAAAAAGCGCAACUAGAAGCUGAAAAGACAUUGGAAGAGAAACAGAUACAGUGGUUGGAAGAAAAGCAUAAGCUUCAUGAGCGUAUCACAGACAGAGAAGAAAAGUACAAUCAAGCUAAGGAGAAACUGCAGCGAGCUGCAAUUGCCCAGAAAAAGAGAAAAUCUCUUCAUGAAAACAAAUUGAAAAGACUACAAGAGAAAGUAGAAGUCUUGGAGGCAAAGAAAGAAGAAUUGGAAACAGAAAAUCAGGUCUUAAAUAGACAAAAUGUUCCUUUUGAAGACUAUACAAGGCUUCAAAAAAGACUAAAAGAUAUACAGAGAAGACAUAAUGAAUUUCGAAGUCUAAUUUUGGUUCCUAACAUGCCUCCAACAGCAUCUAUCAAUCCUGUUAGCUUUCAGUCAUCAGCCAUGGUUCCAAGCAUGGAACUACCAUUUCCUCCUCAUAUGCAGGAGGAACAACAUCAAAGGGAACUCUCUCUACUUCGCAAAAGACUAGAAGAACUGGAAACAACACAAAGAAAACAACUAGAGGAACUUGGAUCUUCCGGAGAAUGAUGUUCUUGGAGAACAGGCAGAUCAAAAGAGGUGAAGUUGGUGACUCAGUAAAACUUGACAUUUUAACCUGUGGCAUUUAGAUACUUUUUACUGUUUGCCAAAACACUUGAAUGUGCCUCAAGAAAAGGUACCUACUACAUGCUGUAUUGUAUGACUGUCAGGAUUUUAAGAUUAUACAAGUGAAGCAUUAAAAGAGAAAUUCUCAGAGAUAUUUAGAAUAUUUGACAAUGGUUUGAGAAUGUAAAACAAAAAGGAACUAGUUAGAGUCAAGUUUUAAAAUUUUUACUUUGUUGAAUUUUUUUUUUUGGCAUUUUGAGUGAAAUAUAACUAUCAUUAAUUCUCUCUUCAUCUUUGAGAUGCUUGGCCAUAACAGGGUCCAUACACAUCUUCUGGUUUACUAUAUACAAAAACUGUAGUUGAAAAAAGAUGACAAUUUAAAAGUCAGCCUAAAGAAUGUAAAGGUAUCUAUAUACAAAAGGCUACCUUUUCUAAAAUCUGUGUGCACAUAAUUAAAGAGCUUAAUUUUUUUUUAAUCGUGUGUUUAAUUUUACAUCAACCAUAUAGCAUAUAUUUAGCAAUAUGACAGUCUACUGAUUUUGGCUUUGUUAGAAUAGAGAAUAAGUGCAAAUAAUUAAAUCCUAUGGCUGUAUUAACAAGGGGGCCAUUGAUUAUAAAACUUGAACUCAGGUCCUUUUAUAAACAUUGUUGGUAUUUAACUUUACUUCCCAUUACUGUGGAUCUAACCAAAUAAUUAUGUGUUUUGUGUCCCUAAGUAUGCUCUCAUUUUUUUUGGUCUACACCCAUUGGAAGCCUUUUUAAUGUGACAUCUUUUAGAGGAAUUCUGCUGGAAUAAUUUCAUGUUAACGAGGCUAAAGCUCAAGUCUCCCAAAUUAAGUGGAAUGUUCAUUAUCCCAAGGUGUUCAUAGUCAAAAGUCCCAGUUGAUAGUGAAGAAGGCCAGGACUGUAAUUGAGCAGUCCUUAGCACCAUUUAGCAAACUAGGUUUACUUACUACAUAAUAUAGCUGCUUAUUCACAGCAUAUACAGUGACACCUUAUCUCUGAAAAAUAAUUUCCACGGAGCCACUUAGAAUAAAAAAACUAUUAUAACUAGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-824.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -891.25
Frequency: 0.0000
Diversity: 689.97
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((..((.(((((((((..((((..(.(((((((........))).))))).))))....)))))..((((((((...........))))..)))).)))).))..)))))(((.(((((((.((((((((((((((((..((((((((((...((..(((..(((..(((.((((....(((((....))))).....))))...))).))))))..)))))).)))))))))))))..((.(((((......))))).))............((((((((.(((......))).))))))))((((((...((((((.(((((((((((((((((((((((..((((.(((.....))))))).............((((((.(((.((.......((((....))))........))..))).))))))..............((.((((......((((..(((((.((((......)))))))))..(((((.......))))).......))))........)))).)).......((((.......)))).)))))))).)).......................(((....))))))..)))))))))).))))))((((..(((......(((((((((..........))))...)))))....))).))))((((((....))))))..))))))......(((.(((((((((((((.............)))))))))..........))))..)))))))))))).............(((.(((((((.((.(((.((.....((((((((((......(((((((......))))))).......)))).))))))...........)).))).)).)))))..)).)))........)))))))..)))..((((((((((((..(((((((....(((((........((.((..((((((((((....(((.((.(((........))).)).)))........))))))))))..)).))......))))).......(((.......)))((((((((.....((..(((((((...............((((.((((............)))).)))).((((......))))...............(((.......)))..........((((((.....((((((((((((((..((.........((((((((((.((.(((....(((.(((((((((((..((.(((....((((....((((((..(((...)))....(((((....(((...................)))....))))).))))))...))))....))).)).....((((((....))))))....(((((((((((.(((.((((((((.((...((((((.(..(((.........)))..).)))))).))))))))(((((((((..............((((.((((((..((((((((.......((((((........((((((...(((.((((..((.(((((((......((((((((((((...(((.....(((.....(((....)))....)))......)))..))))))).)))))....((((((....))))))...(((((.....))))))))))))))..)))).))).))))))....)))))).................))))...))))..))))))..(((.....)))))))(((((((((((((((((.((((...((((..(((((((.((((((((((((((...(((((((..((((.(((.((((((.(((((((...(((........)))..((.(.((.(((((....))))).)).))).....((((((...)))))).............(((((.(.(((((.((....(((((.((.(((((((((.((.((..(((((((((....((((.(((.(((((.............(((..((((((((.((......))))))))))..)))................)))))....))).))))....)))))))))..)).))....)))))))))..)).)))))...)).)).)))))))))((((((.....((((((((....))))))))....(((((((((....).)))))))).........(((((....))))).((((...........))))...((....)).............((((((((((...(((((((((((.(((((...)))))))))(..((((((..(((((.((((.(((((((((((.....(((((((((((..((((((..((((((..(((..........)))..)))).............((((((.......)))))).......(((((...((((((((((............)).))))))))....)))))..........(((((((((.....(((((...)))))......)))))))))...............))..)))))))))))))))))....(((((((((((((((........)))))))....))))))))........))))))))).)).))))...)))))..))))))..)......)))))))......)))))))))).((((((.........))))))........)))))).........((.(((((...(.(((((........))))).)...))))))))))))))....))))))))).)....)))..))))))).)))))))))))))))))))))..))))...)))).(((((.((.((....)))).)))))...)))).....))))))))))..)))....(((..(((((....(((((((......((((((.(.........).)))))))))))))...)))))..))).))))))))).......)).))))).)))))))))..........))))).)))))).)))....))).)).))))))).))).........)))))))))))...(((....))).......((((((.(((((((((....((((((.((....)).)))))).....))))))))).))))))..)))))..))))))..))))))).))..)))))))).....(((((((((((.(((((.........))))).)))).....((.((((((((......))))))))..))...((((((....))))))..........(((..((((((((........)))).))))..))))))))))...............))))))).)))))..)))))))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((..((.(((((((((..((((.{(.({(((((........))).))})).))))....)))))..((((((((...........))))..)))).)))).))..))))){((.(((((((.((((((((((((((((..((((((((((...{(..((,.{(((..,{(.((((....(((((....))))).....))))...,}).))))))..)))))).))))))))))))){.((.(((((......})))).)).,...,||||{|{||,|{||,,{{|||...,(((((({{{(.((((((...((((((,(({{(((((((((((((({{((,....((((((((.....)))|{{,........}},{{((((.(((.{..,,,.{,((({..,,|}}}...,,,,,),..))).}))))}..............{{{(((({,....{{{{..{||||,|{{|....,,|||}}}}}}..|||||.......,|||,....||,},,,........)))).,......}}}|}.......,||||.}}}||}}}.}}................,,,,...{{{,..,}}}}},..}))))))))}.))))))|,,||}|||,,...{({,,(((((..........))))}.,})}},....}}).}}))||||||,,,.}})))}..)))))).......))))))}|||((((((..,..........))))))}}}.,,{...,,})})},..},)))))))))..........,,.{,,.,((((((,(({{((.((((,..((((((((((......(((((({......})))))).......)))).)))))),,,...}}},..,,))}.,}.))))}..))})))........)))))))..))}..((((((((((((..(((((((.,..,{,,({{.,..{{(({((..((((((((((..,.(((.({.(((........))).}).)))........))))))))))..)),||.....,|||||.......{{{.......}||{(({{{{,...,.,,..,,{,,,,.....,}}},.....((((.((((............)))).)))).{(((......|}}}.....,,,.......(((.......)))...,....,,((((((.....(((((.{({((((({{((,,,,,,...((((((((((.((.(((....(((.(((((((((((..,,.,{({,..((((,...(((((({{{{,...{|||...(({((,{..{{|.....,.,,.}},,.,,..}}}....,)))).))))))...,)}}}},.,}}.},.....((((((....))))))..,.((((((((({{,(((.({((((((.((...((((((.(..(((.........)))..).)))))).))))))))(((((((((.,,,..........,|||.((((((..((((((((.......((((((........((((({.{{(((.((((..{{.(((((((.....,((((((((((((...(((.,...(((.....,{{....})).,..)))......)))..))))))))}}))),...((((((....))))))...(((((.....))))))))))))}}..)))).))),))))))....)))))).....,,..........))))}..,)))..))))))..(((.....))),},,{{{(((((((((({{{{.,{((...((((..(((((((.((((((((((((((...(((((((..(({{.(({.((((((.(((((((,..(({........}}}..((.{.,,.(((((....))))).}}.})).....((((((...))))))..,..........(((((((.(((((.((....(((((.((.(((((((((.,{.,...(((((((((....((((.(((.(((((....|,,,.....(((..((((((((.((.....,)}))))))))..)))................}}}}}....))).))))....)))))))))..))},,....)))))))))..)).)))))...)).))},))))))))((((((.....((((((((....))))))))....(((((((({....}.)))))))).........(((((....))))).((((...........))))...||,...,..............((((((((((...((((((((((,{(((((...))))))))}{..((((((..(((((.((((.(((((((((((...{{(((((((((((..((((((..{(((((..(((........,,)))..))))}............((((((.......)))))),,..,..(((((...((((((((((............)).))))))))....))))).....|||..(((((((((.,{{{({{{{,..})}}}..,|,.})))))))},,....,......,.}),.))))))))))))))))}....{((((((((((((((........)))))))....)))))))}.....,,.))))))))}.}}.)))).,,)))))..))))))..}......)))))))......)))))))))).,{(({,,,,,.....)))))},,......)))))).........{{.(((((...,.(((((........))))).,...)))))}})))))))....))))))))).}....}}}..))))))).)))))))))))))))))))))..))))...}),,.(((((.((.{,....},)).)))))...})))...,.)))))))))).,)}}....(((..(((((....(((((((,.....{(((((.{.........}.)))))))))))))...)))))..))).))))))))).......}).))))}.))))))))).,.,,.....)))))}}))))).)))....))).)).))))))).))),,.......})))),}}})}}||||,,|.}}||,...}}.((((((.(((((((((.,{.((((((,((....)).))))))..,,.))))))))).))))))..)))))..))))))....,,,,}}}},,))))}}}}...,,|||||||{{{{.{{{{{..,,,,,,,})))}.||||{,.,,({,((((((((......))))))))..||....,,,,},...,},)))}}.})}}}}.{{,..((({((((........)))).)))}..))),)))))},,.}}).........))))))).)))))..)))))))........................
Back