Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001347967.2
Sequence Length
3264 nt
GC Content
0.4684
ACACUCGCAGGCGCGCGUGCGCACGCCCGCGCGCCUCCAGCCGCGGAGUCUCCAGCGCCCCUCAGCAGAUCCCCGCUCUCCCGGGCGCCGCUACUCACACAGGCUUCCAGCCGCCACGGGGCGUCCUCUGUCUGCUGCAGCGGCGGCGGCAGCAGAGGGAACGGCGACUGCAGCCCGGCCGCGUCUCCCAGCUCCGUGCCCGGGACAGAGUCCGGGAGAAGCAAAGGAGGAGGAGGACGCCGAGGCUAGGAGGAGCCGCGCCGCGCCCGGCGCCCCACUCCGCGCAGCGGGUUGCCUCCGCUCCCCAUACGGCGGCCCCAGGUCCUUUGCUGCCAGCAUGAUGUCGUAUUUAUAAUAUGUGGAGGAGAGAGAGCUCACCAUGCUCAGGUAAAGGGAUGAAUCUGAUGACCUCCGAGGGGACCCUGCACUCAGCCAUCAAAGUGUUCCUGCCCCUCUGGACACUCAUAAUUCAAUGGUAGAUGCAGGUGGAGUUGAGAACAUCACCCAGCUUCCCCAGGAGCUUCCUCAGAUGAUGGCUGCAGCAGCCGAUGGUUUGGGGAGUAUAGCGAUAGACACGACCCAGCUCAACAUGUCCGUGACAGAUCCCACAGCCUGGGCUACAGCCAUGAAUAACCUGGGCAUGGUUCCCGUAGGGUUGCCUGGACAGCAGCUCGUGUCUGACUCAAUCUGUGUCCCAGGCUUUGAUCCAAGCCUCAACAUGAUGACUGGAAUCACCCCCAUUAACCCAAUGAUACCAGGCCUUGGACUGGUACCUCCCCCACCACCAACAGAAGUGGCUGUUGUCAAAGAAAUAAUCCACUGCAAAAGCUGUACUCUUUUUCCUCAAAAUCCAAAUCUUCCACCUCCUUCCACAAGAGAACGACCUCCUGGGUGUAAGACCGUGUUUGUCGGAGGAUUACCAGAAAAUGCUACUGAGGAAAUUAUUCAAGAAGUCUUUGAACAGUGCGGUGAUAUUACAGCAAUUCGGAAAAGCAAGAAGAAUUUUUGUCACAUUCGCUUUGCAGAGGAAUUCAUGGUUGAUAAAGCCAUUUACCUUUCUGGUUAUAGGAUGCGAUUAGGGUCUAGCACCGACAAAAAGGAUUCAGGCCGCCUUCAUGUGGACUUUGCCCAGGCCAGGGAUGACUUCUAUGAGUGGGAAUGCAAGCAGAGGAUGCGUGCCCGGGAGGAGCGGCACCGGCGCAAGCUGGAGGAGGACCGGCUCAGGCCCCCAUCCCCGCCUGCCAUAAUGCACUACUCGGAGCACGAAGCCGCUCUGCUGGCUGAAAAGCUGAAAGAUGAUAGCAAGUUUUCAGAGGCUAUCACAGUGCUGCUUUCCUGGAUUGAACGAGGGGAAGUGAAUCGGCGCUCUGCAAACCAGUUCUAUUCCAUGGUGCAGUCGGCCAACAGCCACGUCCGCCGGCUAAUGAAUGAAAAAGCCACCCAUGAGCAAGAGAUGGAGGAAGCCAAGGAGAAUUUUAAAAAUGCCUUAACUGGGAUUCUCACUCAAUUUGAGCAGAUUGUGGCCGUUUUCAACGCUUCUACCAGACAAAAAGCUUGGGACCAUUUCUCGAAAGCCCAGCGCAAGAACAUAGACAUUUGGCGAAAGCAUUCUGAGGAGCUCCGGAAUGCUCAAAGUGAGCAGCUCAUGGGCAUCCGCCGCGAAGAAGAAAUGGAAAUGUCUGAUGAUGAGAACUGUGACAGCCCUACAAAGAAAAUGAGAGUCGAUGAAUCAGCCCUGGCUGCCCAGGCCUACGCUCUGAAAGAGGAGAAUGACAGUCUCCGCUGGCAGCUGGAUGCCUACAGGAAUGAGGUGGAGCUGCUGAAACAAGAAAAAGAACAGCUUUUCCGAACAGAAGAAAACCUCACCAAGGACCAGCAACUGCAGUUUCUGCAGCAAACCAUGCAAGGCAUGCAGCAGCAAUUGCUAACCAUCCAGGAGGAGUUAAACAACAAAAAGUCAGAAUUGGAACAAGCAAAGGAAGAGCAGUCCCAUACACAAGCGUUACUAAAAGUCCUGCAGGAACAAUUAAAAGGUACCAAGGAAUUGGUCGAGACCAAUGGCCACAGCCAUGAGGAUUCAAAUGAAAUCAAUGUGUUGACAGUUGCAUUAGUCAACCAAGACCGAGAGAACAAUAUUGAGAAAAGAAGCCAAGGCUUAAAAUCAGAGAAAGAAGCUCUGCUAAUAGGUAUCAUAUCAACGUUUCUUCACGUCCAUCCUUUUGGAGCCAACAUAGAAUAUCUUUGGUCAUACAUGCAGCAGCUGGACUCCAAGAUAUCUGCAAAUGAAAUAGAAAUGCUUUUGAUGAGGCUGCCACGCAUGUUCAAACAGGAAUUCACGGGUGUGGGAGCCACGCUGGAAAAAAGAUGGAAGCUGUGUGCCUUUGAAGGAAUUAAAACUACCUAACUGCGAAGAGCAAAGCAUCUCUGGAAAUGAAACCAUGUGAACCUGGCCAGGGCGGUGCGACGGGGAAGCAGGAGGUGUGGGGUUGGUCCAGCACGCAACCUUUGUGGAGCCAUCGAAGCCUGCCUUUAGUUAUAUCUGUGGCGUUCUCUUGUAAGUGGAAAUGUAAUUGUGUACCAGUUUCUUAAAAUAAACAAAGCUUCAUACUGUGACAGAUCUGUUUCCUAUGAAAACCAAACAAUGAUUCCACAGUCAUAAUGAUGGCAAAAUCUUAAAAUGUGCUACAUUUGAGAAUAGCUCACCAAGCAAAAUAUUUAAAGUUAAUGAUGGUGUAGCAAUGAUUGUUGCUAGGCUACAGAGUUGUAUAUGUAAUGUAUAGCUGAAAUCAUUAAAUGACAUUUUCCUGAAAGUCUUUCUGUUUUAGUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAGUUUUACAGUGAGGGAAAAGCAUACCAAAAGAAAACUUGAAUAUGUGUCUAAACAGUUAUUGUAUUUUGUAAAUUAAGUUAUAUGCUGUUCCAGGGACUUUUGCCUUAUUGAAGAGGCAGAAAAUAUGAUUGGACACAUUGAGAAUGCUUUAUCAAGAAUAUUAUUUUUCUAAUGUAACAAUUCUCCAUCAUAAGUUCUUUUAACAUGGACUGCAUAACAGUUUUCAUAAAGUGUAAAUAAAGGAAAAACUAGUGUUAUUGUCUUGUACUUGGUAUGUAACAUUCAGGUUUAUGCAUCAAAAUAAACAUUCAGUAAAUAUUCCUGUUACAAAUUUUAUAGCAAAGAUAUUAAUUUUUUUCAAUAAAUAUGACUUCUACCAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-969.29 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1034.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 1182.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((((((.((....)).)))))))))...((.(((((((.....(((((....(((........))).....((((((.((..........((((...))))(((....))).(((((((.(((((((.......))))))))))))))..((((..((.(((((((((...((((.((..((((.(((((.((((...)))).))....)))..))))..)).)))))))).)))).).))..)))).)).)))))))))))...))))))))).)))))).(((((((((........)))))....))))((((((((...((((((....((((((...)))))).....(((......)))..))))))..))))))))..(((((...((((..(((((((((.....(((((..........))))).....)))))).)))...)))).)))))((((((((.((.((((((((((((....((((..(((((((...((((((.(((((((....(((((...)))))..(((((((.(((((....((((...(((..(((..(((....((((...))))..((((((...(..(((....)))..).....((((((((.(((((.((((((((.((((((((......((((((..(((((((((.((((((.((((((......)))))).......(((((((((((((((..((((.....)))).((((((........)))))).............((((((......))))))..............(((((((((.(((........((((((((.........(((......((((((.(((((((......)))...(((.....)))....)))).)))))).....))).........))))))))..........))).))))..))))).))))))......((((..((((...(((((((...)))))))....))))..)))).((((.....((((((.....))))))...))))))))))))).)))))))))).)))))..))).))).......).))))))).))))).))).))))).)))))))).((.(((.....))).)).))))))..(((.(((.....))).)))(((((((.((((((((.((((...((.((.(((((...(((....))).)).))))))).)))).............((((((........))))))..((((....))))......(((((((............)))))))..))))))))))))))).......))))))..))).))))..))))).)))))))(((((......(((.(((((((((..((......))..)))))))......((((((.(((((...((..((((.((..(((((..((((((...............)))....)))..)))))..))..))))..))....)))))..))))))..((((............))))((((((.....))))))..))))).....)))))...........((....))..))))))))))))))))).)))....))))....))))...)).))))))))((((((((...((((((((((((((((((((((.((.((((....((((((.....(.(..((((((.....((.((((((((((((((....)).)))..((.(((((.......))))).)))))))))))..)).....((..((((((((((..((((...............))))..))))............))))))))..((((((((..(((((.(((((((.(((.....)))(((((((((((((((....)))..((((((((...((.((..........)).))....)))(((((.((.........((((((.(((.((.(((((((.(((.......(((((............((((((......(((((((((.((.(((((....)))))..)).)))............((.((((((..........)))))))).))))))....................((((....)))).....(((((.......)))))......))))))......((((......))))......(((((((((((.((.(((...))).)).........((....))))).))))))))...))))).......))).))))))).))))).))))))...)).))))).............(.(((((((...))))))).)......)))))..))))))))))))...(((...........)))...(((.....)))..((((((((((........(((........)))))))))..)))).........))))))).))))).)))))))).((.(((((...)))))..))))))))..))...)))).)).....)))).))))))))......((((((.....(((((.......((((.......(((((...((((((...)))).))...))))).....)))).....)))))..)))))).(((((....)))))....(((((((.(((...))))))))))...(((.....))).................((.((((.(((((((....))))))).)))))).((((((((((...))))))))))...)))))))...)))))))))(((((.((.(((((.((...((((((.....................................................))))))...)).))))).(((((((((((((..........(((((((((((((((...((((.((((.....)))).)))).))))))........(((((((((......)))))))))........))))))))).((((((...((((..((((........))))...))))..))))))...(((.((((((((((((((((((((.....)))))).......))))...)))))))...))).)))......))))....))))))))).)).)))))((((((........))))))........((((((..(((((.........)))))..))))))..)))))))).............)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{{.(,(((((((((.((....)).)))))))))...|{,{{((({{{..,.((((((...(((.,....,,|||,,,,,||||||.,,.,{,,...{{(((({{.,|||{,,.{{,|(((((((((({(((((((.{{.,,.))|)}})))))}|}..{(((..({.({{(({{{|,,|((((,((..((((.(((((,(({(...}))),))....})}..))))..)),})}}))}}.)))).),})..))}|||||{,,..))))||{||{||||{{,,.})))}..{(((((((({{{{....(((((((...((((((((({(({.{({..,,.((((((((({{{{{..((((.((((,(,,...,,(((((((((((((..........((((((.((.((((..(((({.((((((.({.(((((..,(((({{((.........)))))))......}..))))).)))))))),{(,((((,,....}},})))}}}))))).))))..)).)))))).(((((((...,{{((.{.((({{{((({.....(((...{{{{.{.......,...,.))))}))......)))).,))))),)))).))))))).....)))))))))))))...(((.(((({(((((((({,(((.,.{,{{..,}}.|,,.}}}}||||,}|||..{((((({,,{.((,...})).)..))),}))}........}}}}}.})).{(((((........)))))}.}}}}.}})).,....{{{((((((((.{((((((......,.(((.(((({{{,((,{{{{|,,,{(((((((.........(((,....,(({{{{,{{{,{{{.,,,,,|}}.,}||{,..,,|||.,,.}}}},)))))},...,|||....,....)))))))}...{(((({.....}))))}.})}||}(((,...,}}.|||,,|{{{{...{{{{{{,...})})))).,,.,,})}))))))).))}.....,..))))))}))))))},.,,,}})))))})),}}})))))),..})))}.))),},....,}))))))..))))))),},.}{|}|}|}||||||.||{{{{(|,,,,{{{{,..|||||||,..||,{((((((|.,.((((((((((|{,.(((|...,((({...||,||.(({((.,.(((....))).)).)))}})),))))....,)).)).))))).)))))....,.))))))}|||{.....|{{{{....((((,,{..{{{{{{{{.((({.{((((((,((((((((((,{......|.,|}||||||{..,.{({{|,{{((..,(({,,,,.....,.}))}}}||{{{||..{{.,,,..})..))))))}......{({{{{.(((((.,.((..({{{.{,.,(((((..(((,{({{.{{{,....,,,.}}),...)))..))))).}}}..})))..))....)))))..}))))}..||||||.,,,.......,||{(({{,,,..,|||}||..||},}}|||..,..,,,,{,{,|||.||,...||.{(((|.|,,{{,,||||,||||{{...||||,,,)))}})))}|}||}..}|.....,},..,,,}}}))))).,}),.,||.}))))}}.})}}||.....}}}}}}..}.}}}|.,...}}}|}{((((,,,.}}}))|,,.,}}|}||..{{.{((({.......))))),))))),(((((...(((...((..{((((({{{{{,((((............,..}}})|,}}}}.....,......}))))})).))),)))))..,,(((({{.||||,|{{..{(.,,,..}),,))),))}),}}}})){..{..(((,,..}||}||,..........,.}},...}}}||.,,,}|,,,||..,.((((((.(((.((.(((((((.(((....{{.(((((,...........(((,(((({{,.{((({{{,,.({.(((((....)))))..)}.|||....},..,|..{(.((((((,,,...,,,.))))))}}.}}}|||,,,,.,....,|,,......((((....)))).....(((((.......))))}....,,||||,,......,,||}}}},,,}}||||||}|,,})),|||.....,,.,(((({{{((,,...{{.((....))}},.,.)})))))}})))))...,,..))).))))))).))))).))))))|.{||,|||||,..||,},.,...(.(((((((...))))))).)......,,}||,.|||}}}||||||||,|||.........,.,}}..,|||,,}}.))}.,}),)))}}||...,,...}))}}}},.)))))}}.))))}},|}.,|)))),,)).))))))})))))}{({{{||,|,|{|,..,.,)))),,,)),.,)}})))))||,,,,||,,,.,}|||}}}||||||{{{{,.{{((({,,,,.{{({{....,,|({{|.,.....,|||,..,{{(((({.,|}||,}}...))))}..,,,)}},.....)))}}}})))))),|{{{{{||||{}}|....(((({((((((...))))))))))...(((.....))).............,{,,((,((((.(((((((....))))))).)))},,.((((((((((...)))))))))),..))))))}..}|||.{(({{,{,,...{{(((((.{(((..........................,},,.}}}...,}}......,,,,..........,}}},},},}))}},,..{{{{{{{{{{{({{,,|||{...(((((((((((((((...{(((.((((.....)))).)))).)))))}.,,.....(((((((((......)))))))))....||.,))))))))}.((((((...{{{,..((((........))))..,)}},..)))))),,}}},,,|}}}}}}}...,|||||||,...,||}|||,,....,}))}...,..,||{{{{{|{{{{|{{,{{{||||{{,.,,|||}|||,{|,...,,({{(((........}}}}}}.....}}.,|||,,,,}||}}}}.,,,.}})}))),.)))))),.,}}))}}}......,,,|}},,,...,...
Back