Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001347970.2
Sequence Length
3264 nt
GC Content
0.4629
ACACUCGCAGGCGCGCGUGCGCACGCCCGCGCGCCUCCAGCCGCGGAGUCUCCAGCGCCCCUCAGCAGAUCCCCGCUCUCCCGGGCGCCGCUACUCACACAGGCUUCCAGCCGCCACGGGGCGUCCUCUGUCUGCUGCAGCGGCGGCGGCAGCAGAGGGAACGGCGACUGCAGCCCGGCCGCGUCUCCCAGCUCCGUGCCCGGGACAGAGUCCGGGAGAAGCAAAGGAGGAGGAGGACGCCGAGGCUAGGAGGAGCCGCGCCGCGCCCGGCGCCCCACUCCGCGCAGCGGGUUGCCUCCGCUCCCCAUACGGCGGCCCCAGGUCCUUUGCUGCCAGCAUGAUGUCGUAUUUAUAAUAUGUGGAGGAGAGAGAGCUCACCAUGCUCAGGUAAAGGGAUGAAGCCUCUGAUAUGUCAGAACCAUGCUGUCUUCCAUGAGACUUCCUUUGUGAAGAGCAUCCAUUUAAAAGACUUUUAUGAAUACAUGGUUUCAAUCAAGUCCCCAGAGAACACAUUUGUCUUCUGAGCUGCUGGCAGUUUUGAGCAGCCGAUGGUUUGGGGAGUAUAGCGAUAGACACGACCCAGCUCAACAUGUCCGUGACAGAUCCCACAGCCUGGGCUACAGCCAUGAAUAACCUGGGCAUGGUUCCCGUAGGGUUGCCUGGACAGCAGCUCGUGUCUGACUCAAUCUGUGUCCCAGGCUUUGAUCCAAGCCUCAACAUGAUGACUGGAAUCACCCCCAUUAACCCAAUGAUACCAGGCCUUGGACUGGUACCUCCCCCACCACCAACAGAAGUGGCUGUUGUCAAAGAAAUAAUCCACUGCAAAAGCUGUACUCUUUUUCCUCAAAAUCCAAAUCUUCCACCUCCUUCCACAAGAGAACGACCUCCUGGGUGUAAGACCGUGUUUGUCGGAGGAUUACCAGAAAAUGCUACUGAGGAAAUUAUUCAAGAAGUCUUUGAACAGUGCGGUGAUAUUACAGCAAUUCGGAAAAGCAAGAAGAAUUUUUGUCACAUUCGCUUUGCAGAGGAAUUCAUGGUUGAUAAAGCCAUUUACCUUUCUGGUUAUAGGAUGCGAUUAGGGUCUAGCACCGACAAAAAGGAUUCAGGCCGCCUUCAUGUGGACUUUGCCCAGGCCAGGGAUGACUUCUAUGAGUGGGAAUGCAAGCAGAGGAUGCGUGCCCGGGAGGAGCGGCACCGGCGCAAGCUGGAGGAGGACCGGCUCAGGCCCCCAUCCCCGCCUGCCAUAAUGCACUACUCGGAGCACGAAGCCGCUCUGCUGGCUGAAAAGCUGAAAGAUGAUAGCAAGUUUUCAGAGGCUAUCACAGUGCUGCUUUCCUGGAUUGAACGAGGGGAAGUGAAUCGGCGCUCUGCAAACCAGUUCUAUUCCAUGGUGCAGUCGGCCAACAGCCACGUCCGCCGGCUAAUGAAUGAAAAAGCCACCCAUGAGCAAGAGAUGGAGGAAGCCAAGGAGAAUUUUAAAAAUGCCUUAACUGGGAUUCUCACUCAAUUUGAGCAGAUUGUGGCCGUUUUCAACGCUUCUACCAGACAAAAAGCUUGGGACCAUUUCUCGAAAGCCCAGCGCAAGAACAUAGACAUUUGGCGAAAGCAUUCUGAGGAGCUCCGGAAUGCUCAAAGUGAGCAGCUCAUGGGCAUCCGCCGCGAAGAAGAAAUGGAAAUGUCUGAUGAUGAGAACUGUGACAGCCCUACAAAGAAAAUGAGAGUCGAUGAAUCAGCCCUGGCUGCCCAGGCCUACGCUCUGAAAGAGGAGAAUGACAGUCUCCGCUGGCAGCUGGAUGCCUACAGGAAUGAGGUGGAGCUGCUGAAACAAGAAAAAGAACAGCUUUUCCGAACAGAAGAAAACCUCACCAAGGACCAGCAACUGCAGUUUCUGCAGCAAACCAUGCAAGGCAUGCAGCAGCAAUUGCUAACCAUCCAGGAGGAGUUAAACAACAAAAAGUCAGAAUUGGAACAAGCAAAGGAAGAGCAGUCCCAUACACAAGCGUUACUAAAAGUCCUGCAGGAACAAUUAAAAGGUACCAAGGAAUUGGUCGAGACCAAUGGCCACAGCCAUGAGGAUUCAAAUGAAAUCAAUGUGUUGACAGUUGCAUUAGUCAACCAAGACCGAGAGAACAAUAUUGAGAAAAGAAGCCAAGGCUUAAAAUCAGAGAAAGAAGCUCUGCUAAUAGGUAUCAUAUCAACGUUUCUUCACGUCCAUCCUUUUGGAGCCAACAUAGAAUAUCUUUGGUCAUACAUGCAGCAGCUGGACUCCAAGAUAUCUGCAAAUGAAAUAGAAAUGCUUUUGAUGAGGCUGCCACGCAUGUUCAAACAGGAAUUCACGGGUGUGGGAGCCACGCUGGAAAAAAGAUGGAAGCUGUGUGCCUUUGAAGGAAUUAAAACUACCUAACUGCGAAGAGCAAAGCAUCUCUGGAAAUGAAACCAUGUGAACCUGGCCAGGGCGGUGCGACGGGGAAGCAGGAGGUGUGGGGUUGGUCCAGCACGCAACCUUUGUGGAGCCAUCGAAGCCUGCCUUUAGUUAUAUCUGUGGCGUUCUCUUGUAAGUGGAAAUGUAAUUGUGUACCAGUUUCUUAAAAUAAACAAAGCUUCAUACUGUGACAGAUCUGUUUCCUAUGAAAACCAAACAAUGAUUCCACAGUCAUAAUGAUGGCAAAAUCUUAAAAUGUGCUACAUUUGAGAAUAGCUCACCAAGCAAAAUAUUUAAAGUUAAUGAUGGUGUAGCAAUGAUUGUUGCUAGGCUACAGAGUUGUAUAUGUAAUGUAUAGCUGAAAUCAUUAAAUGACAUUUUCCUGAAAGUCUUUCUGUUUUAGUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAGUUUUACAGUGAGGGAAAAGCAUACCAAAAGAAAACUUGAAUAUGUGUCUAAACAGUUAUUGUAUUUUGUAAAUUAAGUUAUAUGCUGUUCCAGGGACUUUUGCCUUAUUGAAGAGGCAGAAAAUAUGAUUGGACACAUUGAGAAUGCUUUAUCAAGAAUAUUAUUUUUCUAAUGUAACAAUUCUCCAUCAUAAGUUCUUUUAACAUGGACUGCAUAACAGUUUUCAUAAAGUGUAAAUAAAGGAAAAACUAGUGUUAUUGUCUUGUACUUGGUAUGUAACAUUCAGGUUUAUGCAUCAAAAUAAACAUUCAGUAAAUAUUCCUGUUACAAAUUUUAUAGCAAAGAUAUUAAUUUUUUUCAAUAAAUAUGACUUCUACCAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-963.79 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1025.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 871.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((((.((....)).)))))))))...))...((((((....((((((...(((........))).....))))))((((((.....((((((((..((((...((.(((((((((((.(((((((.......))))))))))))))..((((..((.(((((((((...((((.((..((((.(((((.((((...)))).))....)))..))))..)).)))))))).)))).).))..)))))))).))..))))((((((((((((...)))))..(((((((((((((...((.((.((((((((((((((((((((((..((((((((...........((((((((.((.((((.......)))).(((...........)))(((((....)))))......)).)))))))).....(((((((....(((((....(((((...(((((((((........(((((((.((..(((..((((.(...(((((.((((((((((((((.((...((((((((.(((.(((((((.(((((....((((...(((..(((..(((....((((...))))..((((((...(..(((....)))..).....((((((((.(((((.((((((((.((((((((......((((((..(((((((((.((((((.((((((......)))))).......(((((((((((((((..((((.....)))).((((((........)))))).............((((((......))))))..............(((((((((.(((........((((((((.........(((......((((((.(((((((......)))...(((.....)))....)))).)))))).....))).........))))))))..........))).))))..))))).))))))......((((..((((...(((((((...)))))))....))))..)))).((((.....((((((.....))))))...))))))))))))).)))))))))).)))))..))).))).......).))))))).))))).))).))))).)))))))).((.(((.....))).)).))))))..(((.(((.....))).)))(((((((.((((((((.((((...((.((.(((((...(((....))).)).))))))).)))).............((((((........))))))..((((....))))......(((((((............)))))))..))))))))))))))).......))))))..))).))))..))))).)))))))((.((((...)))).))(((((((..((......))..)))))))......((((((.(((((...((..((((.((..(((((..((((((...............)))....)))..)))))..))..))))..))....)))))..))))))..((((((..((((......(((((((...............))))).)).....((........))((....))..))))))))))..)))..)))))))))).)))))))))..(((....)))..)))))..)))))....).))))..)))..))....))).))))...........)))))))))..))))).((.(((((....))))).))..)))))...))))))).)))))).))...)))))).(((((...(((...((..((((((((((..((((...............))))..))))............)))))))).))).)))))....((((((.((((.(((..((......))..))).)))).))))))......(((((...((.((..........)).))....)))))...))))))))....((((((.(((.((.(((((((.(((.......(((((............((((((......(((((((((.((.(((((....)))))..)).)))............((.((((((..........)))))))).))))))....................((((....)))).....(((((.......)))))......))))))......((((......))))......(((((((((((.((.(((...))).)).........((....))))).))))))))...))))).......))).))))))).))))).))))))..((((((((((..(((.......(.(((((((...))))))).).........(((.(((...((((((((.((.................)).))))).))).))).))))))....))))..)))))).))))))...)).)).))....)))).))).)))))))))))))(((((((.((.........)))))).)))..))))))))...............)))))).....((((((..((((.....(((((((....((((........))))...(((((((((((((...(((((((((............)))))..)))).))))))....)))).)))....(((((((.(((...))))))))))...(((.....))).............(((((((((((.(((((((....))))))).)))....((((((((((...))))))))))...))))))))(((.(((...((((((.((.(((((.((...((((((.....................................................))))))...)).))))).(((((((((((((..........(((((((((((((((...((((.((((.....)))).)))).))))))........(((((((((......)))))))))........))))))))).((((((...((((..((((........))))...))))..))))))...(((.((((((((((((((((((((.....)))))).......))))...)))))))...))).)))......))))....))))))))).)).))))))...))))))........)))..)))).....))))..))))))..(((((.(.(((((........)))))).)))))...)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,.(,(((((((((.((....)).)))))))))...|{,{{((((({....((((((...(((......,.))).....)))))).{,,,,.....{(((((((.,({({,,.((.((({{((((((,(((((((.,.....)))))))))))})}..((((..((.(((((((({..,((((.((..((((.(((((.((((...)))).))....)))..))))..)).)))))))).)))).).))..))))}|||,}}..))))||{{{(({((((...))))}..(((((((((((((...{{{(,{((((((((((((((((((((((..({,{{(((,,,.......,((((((((.((.((((.......)))).{{{...{{......,))|((((....))))}..,...)).)))))))){,,,,(((((((....(((((....(((({...(((((((((.....,{{(((((({,((,.(((..((((.{...(((((.((((((((((((((.((...((((((((.(((.(((((((.(((((....((((...(((..(((..(((,...{((({,.|}}}..((((((..{({,(((....))}..}.....((((((((.(((((,((((((((.((((((((......((((((..(((((((((.((((((.((((((......)))))).....,|{{{.,{((.,,,,....||||.......,|.{(((((........)))))}........|{{{.,,....((((((((.{((((((........(((.((((((({(({({{{{...((((((((.........(((......((({{(.{({{({{..,,.,|}}..}|||.....}}},...}})).)))))).....})}....,....))))))))...,(((({.....}))))}.}}|||,(((,...,}}.|}|,{|{,,,...{{{{{{,...})})))),,,..,,))))))))).)))........))))))})))))))).,,....))))....)))))))))).)))))..)))}})).......).))))))).))))).))).))))).)))))))).||||((.....}},.,}.)))))}..((,,((({{{..,,|{|||(((((((,,(((({{{.((((...({.((.(((((...(((....))).)).))))))).))))....,)).}}.}}|||,||}}}.....,)))))}}{||{....}||},.....(((((((............))))))),.}}}}}))))))}))),},,,..}}})))..))).))))..))))).)))))))((.((({...}))).))(((((((..((......))..)))))))......((((((.(((((...((..((((.({..(((((..((({((,,.,{{,...,}}}.}))}...)))..))))).,))..})))..))....)))))..))))))..((((((..((((......(((((((......,...,,..})))))|||.....,,.......,}}{{....))..))))))))))..)))..)))))))))).))))))))).,(((....))).,))))},.)))))....}.))))..)))..)),}}}))}.}}}}...........)))))))))..}}}}}.{(.(((((....))))).}}..)))))...))))))}.,,,,,)}))}}.)))))).(((((...(((...((..((((((((((,,((((...............)))),,)))}............)))))))).))).)))))....((((((.((((.(((..((......))..))).)))).))))))......(((((...((.({..........}}.))....))))}...}))))))),.,.((((((.(((.((.(((((((.(((....{,.(((((............(((,(((({{,.{((({({,,.({.(((((....)))))..)|.|||....},..,|..((.((((((.,......,.))))))}}.}}}}||..........,||,......((((....)))).....(((((.......)))))......}}},,,...,,.,,||,}}},.,})}|||}}}}..})),}}}........{(((({{|((,,...{{.((....))))}.,.))))))))))))))...,,..))).))))))).))))).))))))}.(((((({(((..(((,...,..(.(((((((...))))))).).........{{{.(((.,,({{(((((.((,.............,..}}.))))).))).))),))))))....)))}..)))))).,)))))...}))).)),,,,.)))),,)).)))))))))))))|{{{{{,,{,,{,,....,)})))}}))}..)))))))),{..,{|{,,,.,||||||}|{{{{{{(((,,((((((.,...{((((......{(({{.......{{{{,...{((((({..|}||,}}...))))}..,,,))},.....))))},,)))))),|{{{{|||{|{}}|....(((({((((((...))))))))))...(((.....))).............,{,,((,((((.(((((((....))))))).)))},,.((((((((((...)))))))))),..))))))}..}|}|.{(({,,{.....{{(((((.((((.........................,,}},.}}}...}}}.....,},,,..........,,})}},},)))|||,..{{{{{{{{{,{({{,,{|{{,..(((((((((((((((...{(((.((((.....)))).)))).)))))}.,..,,,,(((((((((......)))))))))....}}.}))))))))).((((((...{{{,..((((........))))..,}}},..))))))..}}},,|||}}}}}},,.|}|||{||,....||}}}|,}.,,,}}}}}...,,,,||{{{{{,{{{{{{{,{{{||,{{{{.,,|||,|||{{|,...,,({{(((........}}}}}}.....}}.,|||,,,,|||||}}.,,,.},)))))}.)))))),.,}}}}}},...,,,,,,))),}}.......
Back