Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001348031.2
Sequence Length
3332 nt
GC Content
0.3745
GGUUUGUAUCCGGGCUGUGAGGUGCUCGGAGCCUCGGCGGACCUUGCUGCCUCUGUCUCUUUAACGCGAGAGGAAGCGAUGCAGAGGGGUGGAAAAUGGCAGAGCUGCAGAUGUUACUAGAGGAGGAGAUCCCGUCUGGCAAGAGGGCGCUGAUCGAGAGUUACCAGAACCUGACUCGGGUGGCAGACUACUGUGAAAACAACUACAUACAGGCUACAGACAAGAGAAAAGCUUUAGAGGAGACCAAAGCCUAUACAACCCAAUCUCUAGCUAGUGUUGCUUAUCAAAUAAAUGCAUUGGCCAACAAUGUACUCCAGUUGCUGGAUAUCCAAGCCUCUCAGCUUCGGAGAAUGGAGUCUUCCAUCAAUCAUAUCUCACAGACUGUGGAUAUUCAUAAGGAGAAAGUGGCACGAAGAGAGAUUGGUAUUUUGACAACAAAUAAGAAUACAUCAAGAACUCACAAAAUAAUAGCACCUGCGAAUAUGGAGCGCCCUGUAAGGUAUAUUCGGAAACCUAUCGAUUACACAGUUCUGGAUGAUGUGGGCCAUGGUGUCAAGUGGCUAAAAGCCAAGCAUGGAAAUAACCAGCCUGCAAGAACUGGCACACUGUCGAGAACAAAUCCUCCUACUCAGAAACCGCCAAGUCCUCCCAUGUCAGGCCGGGGAACACUGGGACGGAAUACUCCUUAUAAAACCCUGGAACCUGUUAAACCCCCAACAGUUCCUAAUGACUAUAUGACCAGUCCUGCUAGGCUUGGAAGUCAGCAUAGUCCAGGCAGGACAGCAUCUUUAAAUCAGAGACCAAGGACACACAGUGGAAGUAGUGGAGGAAGUGGAAGUCGAGAAAACAGUGGUAGCAGUAGUAUUGGCAUUCCCAUUGCUGUGCCUACACCUUCGCCACCCACUAUUGGACCAGAAAACAUUUCUGUCCCUCCUCCUUCUGGAGCUCCACCAGCACCACCUCUGGCACCACUUCUCCCAGUGAGCACUGUGAUAGUUGCUGAUAGUCCAACUCCACCGCCACCACCUCCACCAGAUGACAUUCCCAUGUUUGAUGACUCUCCACCUCCCCCACCACCACCACCAGUGGAUUAUGAAGAUGAGGAGGCUGCAGUAGUUCAGUAUAAUGAUCCAUAUGCAGAUGGGGAUCCUGCUUGGGCCCCCAAGAAUUAUAUUGAGAAAGUUGUUGCAAUAUAUGAUUAUACAAAAGACAAGGAUGAUGAGCUGUCAUUUAUGGAGGGUGCAAUCAUUUAUGUUAUAAAGAAGAAUGAUGAUGGCUGGUAUGAAGGAGUCUGCAAUCGAGUGACUGGUCUGUUCCCUGGGAACUAUGUUGAAUCAAUCAUGCACUAUACUGAUUAAUUUUUUUUUUUCUUUUGAAGUAGAUUCUUAUUACUCAGUCAUACUGUGGGACUAUUAUGGUUAACAGAACUGUCUUAAUAUGUUUUAAAAUGUGCCCAUAUUUUCAGAACAUGCUGUUUUAUUGGUAAAUUGAAUGUCUACCUGUAAGCAUAAAUCUUUGAGGCAGUUUAUGUAUUGCUGAAUAGCAAUUUAUACAAGAAGCUGUCCAUAACUGAUUAUGCUUAUGUACUUACUUACACAUUUUUAACUUUAUGACCAGCCUAAAUAUUCUGGGGGAAGUGGGGUAUAAUAUUUAACGAAUCAUGAUUCAGAUUGUACCAUUACAUGUUUCAGUGCAGCAUGGUUACUAACGCUAUGUCAGACUAAUAUUAAAAUCAGAAAAUUUAAAUGCUGGUGCUGGUCAGACUUUUUUUGUUAGAUUCUCUCAUUUAAAAAAAAUACUGUUUGUUUAAAGCAUGCAUAAAAAUUUAUGUAUUGAAAUAUACUUAAAAAUUCAAGAUGCUUCCCAUUUGUGUAAUAUUUACCUGGAGGACUCGUACUUAGGUGUCUUAACGUGAAUUGAGUCUCCAAGGUCUCCAUGUGAAACAAGCAAAAAGAGAAUUAUCUGUAAUGUUGUAAUUUGUACCUAAGUUUUUUAAUGAGUGAAAUUUGCAUUAUAAACUUUUUCCAUUCAUAAAUACAUAAGUGAACCAAAGGUUUUUGUCCUUUCCUUCACUGAUUUGCUUUAAAAAAAAUAAAAGAUAAUGAUUUAUUGCAGAAUUAUGAUUCUAUUUUCUCAAUAUGUUAACUUGGAAAAAAAUUUUAGCCUUAUCUUAAUCUGUCCCAACAGCAAUGUGACGGAUUUUUGCAGAUUCAAAAUCUGCAAUGGUUAUUUACAAGUCAAUCUACUGAAUUCCUUUUUUAAAUAAUCUUUUGAAACUAAGAAAAUGUGUCAAAUUGUGUGCAUUCAUUCUGUAGGUAAAAUUCUUAAGGAUUGCCAUGUCAGUCCUUCAGUUGUACAGUGAACUGUUGUACACUGGUUCAAUGAAAGGAAGUUAAAAGUACCUUUUACAUAUUGUAAAAGUGGAUACAGUUGAUUUGUGAGUAGGCACUCUUUAAUCCAUUACCUGGCACUAGCAACAUUAGAAUUUUAAAAUAAAAUAAUUGGGAAAGAAGGUGGGUCAUGUAUUAAUCAGUGAACAGAGAUUUACCUAACCAACAGACUUGGAUUGUCUUUUGACAUAAUCAAAAUGCAACACAUGCACUUUGUGUGUCUCCUCUUAAUUGAAGGGAGGGCUGAGGGAUGUUUUCUCUUCUUGUCUUGUGUAUAAUUCUCUAUUGCUUAGGAUAUUAAAGUAGAGCACUCAAGUGUGGGUUUCUGUGUUAUUGAGGAUUUGUUUGGAAUUCAAAUUACAGUUAUGUACUGGAUGCUACAGACUUAUAACAGCAUAGUGAAUGGUAAGACUAGUGCAAAACAGUUAUUUCUGAAAAUUAAAGACCAUUAUUGCUACCAAAUCAAUGUGACUAUUUCAUAUGCAUUUUGCCUUUGUUAAUUUUAAACAAACAAAGUAUCAUUAGUGAUCAGCUAGCUACCUUCUACUUUCCAUUUUUCAAGUGGAUUGUUCUCUUAAUUUGUAUAUAACCUGUUGUCUAAAUUUUAUGUACAGUCUUUUAUAAUAAACCAUUCUCCUAUAUGAAAUUUUGGAUACUGUUAAAAUAUAACUCAUGUGGACUUCAAUGCAGACUUCACAUUUUUCUGACCUUUACUCCUACGGUAAAUCAAGACAAACCAUUUGAAUUUUAACAUUGGUUAUUUAUUUGUGUAAUGGCCUUACAUGUGGAUAUUAACAGUGUAAACAAUACCACAUAUAACCAUCAAGAUACCUUGAUUAUAAUUUAUAGGACUAGAAUGACAGAUUCAGGUGGUUUAUUAAUUACAUUUAAAAAGUUUUCUGAAAAAACUUUUGCAAUAAAAAAAAAUAAAUUGCCCAUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-856.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -924.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 695.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((...(((((((.((((...)))).)))).)))))))))..(((.(((((..(........)..))))).)))((((((((((((((.....(((..(((((.((((.........((((((((...((.(((....))).))..........((((((........))))))(((((((.......(((....))).........(((((..............))))).....((.((((..(((((((....(((((((((.....(((((((((.((.......(((((((.....))))))).(((((...)))))..(((((((......)))).)))..(((((....))))).....(((((.((((...))))))))).......))..)))))))))....)))))))))((((((...........))))))((((.((((((.........((((....(.(((((((.....(((......)))))))))).)...)))).........)))))).)))).)))))))..)))).))...(((((...))))).((.(((......))))).(((........)))(((((((((...((..((((((.(((......((((...(((((....((((..((((((.......((((.(.....))))).......))).(((((.((((........)))))))))....((((((.((((...(((.((...))..))).))))..))))))..)))..))))...(((((.....)))))...))))).....))))....)))))))))..))....)))).....)))))((((((.(((((.(((.....))).))))))).))))......)))))))......((((.(((((...))))))))))))))))))))).)))))..))).)))).))))))...(((((((((((((((.((...(((..(((((.........))))).))).)))))..((((((..(((((((((((.(((.((((...........(((((....((((........)))).((((....)))))))))(((((.....(((......)))......))))).(((((.(((.....))).))))).....(((((((.((......)).)))))))...............)))).)))..))).)))))))).)))))).....(((((((.(.((...)).).)))))))...((((((((((((((((((((((((((((((..((((..(((((...)))))............))))..))))....)))))...........(((....)))))))))))........((((...))))((((((.....((.....)).....)))))).(((((((((((((((....))))))).))))))))..........((((.((.....)).)))).((((((((((.((..((.((((((((.(((((((((....))))....)))))..)))))))))).....))))))))))))(((......)))..........)))))).))))))).........))))))))))))((((.((((((..((((((...((..((..(((.....(((.((((((((((((((((((((.......))))))).....................((((((..((((..(((((...(((((..(((((.((((((......)))))).)))))....))))).....)))))))))..)))))).)))))))))))))...))).....)))..))..))..))))))..))))))))))(((((.(((((...(((.((......)).)))..))))))))))(((((...(((((((((((......(((......)))......))))..((((((...((((((....((((((..................((((((((..............((((((..(((((.......)))))..)))))).(((..((((..........))))..)))(((.(((((.((((.............))))))))).)))....)))))))).((((((((........((((((((...(((....))))))))))).(((((((((...))))))))).((((((.(((((((((((((((((((......(((((((......)))))))(((((((((((((.((.....))))))))..)))).))).(((((((((....(.((((..(((((((((((..((((..(((((.((....)).)))))...))))..))))).(((((((((.(((((((((.(((....((.((....)).))))).)))))).))).))).)))))).......))))))...)))))...)))))))))............((((((((((((((((((.........(((((((((((((((((((((..((((.....))))..((((....))))....((((.((((.....)))).)))).(((.(((..(((....(((((((((((........))))))))))).(((((((.(((...........))).)))))))...)))..))))))...)).)))))))))))).)))))))((((((.....))))))((((.((.(((.((((((((.(((((...(((...........)))...)))))...)))))))).))).)).))))............))))......((((.(..((((((((((.....))))))(((...)))(((((((...........))))))).........))))..).))))))))))))..))))))...))).)))))))))........))))))).))))))...(((((((((((((((((.((...................))..))))))))).))))))))..))))))))...))))))..))))))...)))))).)))))))......)))))(((((.....)))))........(((((((((((((((...(((((((((((.........)))))))(((.((((((.((((....((....)))))))))))).)))..((((((....))))))..................))))..)))))))))))))))..............(((((((((.....)))))))))(((((............))))).))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((...(((((((.((((...)))).)))).)))))))))...,((..((((((......(((((((.((((((,.(((..((((((((....(((..(((((.((((.........((((((((,,(((.(((....))),)).,..,,,,..((((((........))))))(((((((.,,...,(((,........,.,...,{((({,,.....,,.{...,}))},....((.((((..(((((((....(((((((((.....(((((((((.{{.......(((((((.....))))))).(((((...})))}..(((((((......)))).))){,(((((....))))),....(((((.((({...))))))))),,.....)}},)))))))))....))))))))){{{(((,....,,,...}}}}},((((.((((((.......,.((((....{.((((((({....{{{......}})))))))).}...))))...,.....)))))).)))).)))))))..)))).))...(((((...))))).{{.(((......)))||{|{,.....,.|}}.(((((((((...((..((((((.(((......((((...(((((....{(((..((((((,......((((.{.....})))).......))),((((,{((((........)))))))))....{{{{{{.{({{..{((({((..||||,}},.,}}}.,)}))))..))),,)))}...(((((.....)))))...))))).....))))...,)))))))))..))....)))}....,)))))||{{||,|{{{{.{((,....}}}.)))))))}})}}....,.)))))))......(((,{(((({...})))))))))))))))))))).)))))..)))...)))))))).)))(((((((((((((..{(({{{{.,.||||||||((((((({.{{..,,,.{{{{{{.((((((..(((((((((((.(((.((((.,,..,{{.{.(((((..,.,{{({{{.....)))).,,.|,...,,).)))))(((((,..{.(((......))).,..,.))))).(((((.(((.....))).)))))...,,(((((({.,,......)}.))))))),,,}}...,....,,)))).)))..))).)))))))).)))))))))}.(((((((.{.{,...,}.}.))))))).((((((((((..{((((((((((,,{({(({(,.{{{{..(((((...)))))...,.,{,,,.||||}.,}},}....})))}.,,........{{{....))})))))))))}..))).)))))))...)},)))))))}.{{||,..}},}}}}}}},,,.,((((((((((((((....))))))).)))))))|{{{,,,,,..((({.{,.,,,,||.}}},.(((((((({{{((.,((.((((((((.(((((((((....))))}...,))))..))))))}))},,,..))))))))))))|{{......}}}}}}}}},..,}}.,}})),)))).........)))))))))))))((((((((..,....({{,....}}}}..)))))))).....((((((((((((((((((((.......))))))).....................((((((..((((..(((((...(((((..(((((.((((((......)))))).)))))....))))).....)))))))))..)))))).))))))))))))).,,,........,,,.,))))))..))))))).......((((((({{(((((...(((.((......)).)))..)))))))))}}))).((((.((..(((({{.,{(({.((((((((((((((((,,{{.,{({{,....,.{{{{{{{,((((((({((...........,....})},})))))),,,..,...((((((..(((((.......)))))..)))))).,,,,.,,{|.,,,,,..,.,,}}}}})}.,..}))))))))....))))))).))))}}.....)))).)).)))).....((((((((((,,....((((((((.,.{{{....))})))))))).(((((((((...))))))))).((((((.(((((((((((((((((((......{((((((......))))))}{{{((({{(((((.((.....})}))))}..)))).|||,((({{{{{({(({(,{(((,.{{((({{((((..((((..(((((.((....)).)))))...))))..))))},(({{{..(({(((((((((...}))))))}.},.}))..}}}}}},.}||{,.}}})}))}}})),...}},,)))))}...))}},.,,))}}}||}}............(((((((((((((((.{...,......((((((((((((((((((({{..{(({....,}}}}..{((||,,,||||...,||||,{{||.....}}}|.||||.{{(,(((..(((....(((((((((((........))))))))))).(((((((.(((........,,.))).)))))))...)))..)))))).)})),)))))))))))).))))))){(((((,..,,}}}|}}{{{{.{(.(((.((((((((.(((((...(((.,,......,,)))...)))))...)))))))).))).)}.}}},,|,.........}},|,....||,,..||||,,.((((((.....)))))){{{.,,}),{((((((........,..)))))))...,.,||||,.,..)}}).)))))))))..))))))...))),}))))))))........))))))).)))))).,.{((((((((((((((((.{(....,.......,......}}..)))))))))))))))))),(((((((((.......(((((((..{{......)).))))))}...{{({{..((((((.....))))))}},})}.,,....,}}},)))))))))..((((({,,{,.,{.|||,||,,,{(({(((({,.,,,,.,},||}},,.)),)))))))}})))}}{(((((....)))))}........,,))).)))))))))))))..))|((((((((((........,..(((((((((.....)))))))))..,|,.......})))))))))}......
Back