Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001348052.1
Sequence Length
2608 nt
GC Content
0.4490
AAACAAAGAAAAUCAAGUCUGCGAGGAGCGAGGGUUUGCUCCCCUCUGCUCCGGAUUUGGGUGUCCAGGGUAGCGGGCGCGGCACGGCAAACAGGUCGGGGCGCUCUGCUUCACCCCAACCUUCUCCGCCCCGCCAGCCCCCGCUCCAGCUGCGCCAGAAAGUGCGAGCCUGCCCGCUCCUUUCGCUUUUCGCUCGCUGCACUCCAAGCCCCGGAACACCCGCGUCCGCACACUAAGGGCACCACCGCUCUCCCACCUCUGCGCUGUCAGAUGUCAGGCGCGGAGGUGCUCUGGGCACCGAGGUGCUGGCGAACCAAACAAGUAUCACCCCGGACGCCUGCCCCCAUUCCGAGAGAGCGGGCGGGAUGGCCACAGAUCCAAACGGAAACAUUGGCUCUUCCUGGGGUUCCAGCCUGCUGUCUUGACAGGAACUAUACCAUCAGCUCUCCUGGGUCUCUUACAUGCCAAGUCAUCCUGCAGAUCUGGGACUCACUCCGUAAUCAGCUUGAUUGCUGUAAGUUGAACACGUCAGUGGCAUGGGCACCAGCUGCACAACCCUAGGAGCCACCAAACACAGUAUAUUCUAUAUAAAUGUUGCUGCCAGGAGCCCCAGUUCAAACUACAAUACCCUGAGAGAUGGUUGGUGCCAUGUGGAAGGUGAUUGUUUCGCUGGUCCUGUUGAUGCCUGGCCCCUGUGAUGGGCUGUUUCGCUCCCUAUACAGAAGUGUUUCCAUGCCACCUAAGGGAGACUCAGGACAGCCAUUAUUUCUCACCCCUUACAUUGAAGCUGGGAAGAUCCAAAAAGGAAGAGAAUUGAGUUUGGUCGGCCCUUUCCCAGGACUGAACAUGAAGAGUUAUGCCGGCUUCCUCACCGUGAAUAAGACUUACAACAGCAACCUCUUCUUCUGGUUCUUCCCAGCUCAGAUACAGCCAGAAGAUGCCCCAGUAGUUCUCUGGCUACAGGGUGGGCCGGGAGGUUCAUCCAUGUUUGGACUCUUUGUGGAACAUGGGCCUUAUGUUGUCACAAGUAACAUGACCUUGCGUGACAGAGACUUCCCCUGGACCACAACGCUCUCCAUGCUUUACAUUGACAAUCCAGUGGGCACAGGCUUCAGUUUUACUGAUGAUACCCACGGAUAUGCAGUCAAUGAGGACGAUGUAGCACGGGAUUUAUACAGUGCACUAAUUCAGUUUUUCCAGAUAUUUCCUGAAUAUAAAAAUAAUGACUUUUAUGUCACUGGGGAGUCUUAUGCAGGGAAAUAUGUGCCAGCCAUUGCACACCUCAUCCAUUCCCUCAACCCUGUGAGAGAGGUGAAGAUCAACCUGAACGGAAUUGCUAUUGGAGAUGGAUAUUCUGAUCCCGAAUCAAUUAUAGGGGGCUAUGCAGAAUUCCUGUACCAAAUUGGCUUGUUGGAUGAGAAGCAAAAAAAGUACUUCCAGAAGCAGUGCCAUGAAUGCAUAGAACACAUCAGGAAGCAGAACUGGUUUGAGGCCUUUGAAAUACUGGAUAAACUACUAGAUGGCGACUUAACAAGUGAUCCUUCUUACUUCCAGAAUGUUACAGGAUGUAGUAAUUACUAUAACUUUUUGCGGUGCACGGAACCUGAGGAUCAGCUUUACUAUGUGAAAUUUUUGUCACUCCCAGAGGUGAGACAAGCCAUCCACGUGGGGAAUCAGACUUUUAAUGAUGGAACUAUAGUUGAAAAGUACUUGCGAGAAGAUACAGUACAGUCAGUUAAGCCAUGGUUAACUGAAAUCAUGAAUAAUUAUAAGGUUCUGAUCUACAAUGGCCAACUGGACAUCAUCGUGGCAGCUGCCCUGACAGAGCGCUCCUUGAUGGGCAUGGACUGGAAAGGAUCCCAGGAAUACAAGAAGGCAGAAAAAAAAGUUUGGAAGAUCUUUAAAUCUGACAGUGAAGUGGCUGGUUACAUCCGGCAAGCGGGUGACUUCCAUCAGGUAAUUAUUCGAGGUGGAGGACAUAUUUUACCCUAUGACCAGCCUCUGAGAGCUUUUGACAUGAUUAAUCGAUUCAUUUAUGGAAAAGGAUGGGAUCCUUAUGUUGGAUAAACUACCUUCCCAAAAGAGAACAUCAGAGGUUUUCAUUGCUGAAAAGAAAAUCGUAAAAACAGAAAAUGUCAUAGGAAUAAAAAAAUUAUCUUUUCAUAUCUGCAAGAUUUUUUUCAUCAAUAAAAAUUAUCCUUGAAACAAGUGAGCUUUUGUUUUUGGGGGGAGAUGUUUACUACAAAAUUAACAUGAGUACAUGAGUAAGAAUUACAUUAUUUAACUUAAAGGAUGAAAGGUAUGGAUGAUGUGACACUGAGACAAGAUGUAUAAAUGAAAUUUUAGGGUCUUGAAUAGGAAGUUUUAAUUUCUUCUAAGAGUAAGUGAAAAGUGCAGUUGUAACAAACAAAGCUGUAACAUCUUUUUCUGCCAAUAACAGAAGUUUGGCAUGCCGUGAAGGUGUUUGGAAAUAUUAUUGGAUAAGAAUAGCUCAAUUAUCCCAAAUAAAUGGAUGAAGCUAUAAUAGUUUUGGGGAAAAGAUUCUCAAAUGUAUAAAGUCUUAGAACAAAAGAAUUCUUUGAAAUAAAAAUAUUAUAUAUAAAAGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-779.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -828.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 751.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((.....(((.(((..((((((((((.......))))).)))))((((.(((((((((.((((((((((.(((((..(((....((((.((((.(........).)))).)))).....)))..))).)).)))))).((((.(((...(((((((.((((......))))....))))))))))..))))........)))).)).))))))).))))))).))).(((((......)))))..(((((((((((((.(....).)).))))))))))).(((.(((((....))))).).)).((((...(((((....((((((((((((((((....(((((.(((((((((((.(((((....(((....))).....))))).))))(((....)))))))))).))))).((((.............(((.(((((((((((((...(.(((.(((........))).))).).......(((..((((((((.......))))))))..)))...(((((((((((((.(((.(((......(((((...((........))...)))))......))).)))((((((((..(((((.......(((((..(((...(.(((((....))))).)...)))..)))))...)))))..)).......))))))..(((((.((((..((...))..)))))))))..))))..)))))))))....))))))))))))).))).......(((((((.(((..(((..(((((((((((.(((...((((((((...((((...(((((((..........((((..........))))..)))))))..))))..((((.......)))).........)))))))).))).)))))))))))..)))..(((((((.(((((....)))..)))))))))((((((((((..(((((((...(((((((((..((.....)).)))))))))..((((((((.(....)))))))))((((((((....(((((((((((((((.......((.......))....(((((((.((((.(((((......(.(((((...))))).)...))))))))).....)))))))(((((((..((((((.(........).))))..))..)).))))))))))((((((...))))))........((((......))))..))))))))))))))))))......((((........)))))))))..))...)))...)))))))..))).)))).)))....))))..((((((..(((((...)))))..)))))).................))))))..(((((.....)))))(((..(((((((((.((((.((((.(.......(((((((.....(((((((.......((((((....(((((..(((.......(((((((..((.(((..((.((((........))))))..)))......(((((((((((.....((((....(((...(((.((((((....)))))).)))...)))......))))...)))))))).)))..(((((((.....((((((.(.((....)).).)))))).....)))))))))..))))))))))..)))))...)))).))......)))).))).....))...)))))..((((((((.(...).))))))))..................).)))).)))))))..)))))).)))....(((((.((.(((.((.((...)).))))))).)))))((((((..((((........))))............(((((.........(((..((((......))))..)))...((.(((((((((((((((.....)))))).((((((((..(........)..))))))))...............))))))))).))((((((((((((..((.........(((.(((.(((..((((.(((.((((.......))))...))))))).))).))).))))))))))))))))).....((((((((.((((.((...(((.....)))..)).)).........)).))))))))..)))))..(((..((((........))))..)))((((...)))).(((((((((((.((((.((((((((((((((((........((((....))))....((..((((((((((((((((..........)))).))))))))))))..))....((((((...((((......))))..))))))....(((((.........)))))....)).)))))....(((((((...........))))))))))))))...)).)))).)))))))))))..))))))....))))))))))..))))).))))......((((((...((((((.........)))))))))))).(((..((((((((.....))))))))..)))....((((.......)))).)))))))...........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((...,.(((.(((..((((((((((.......))))).)))))((((.(((((((((.((((((((((.(((((..(((....((((.((((.(........).)))).)))).....)))..))).)).)))))).((((.(((...(((((((.((((......))))....))))))))))..))))........)))).))}})))))).))))))).})}.,{((({{{.{{|||||{.(((((((((((((.{....}.)}}})))))))))).,,{((((,{{,.(((({{{(,,..,,......}}.,)}}},))).|||||||||.,.,,,...)})})}))||||},|||||,,,|,(((,,,,}}}.....|||||,{{((((((((({((({((({{,{{{{|.||||,.,,...{{,{{{{{,{{{|{(((((((.....(((,..{......|}}).....))))}}||,,.,((..((((((({,......))))))))..}}|,,||,||||.||||.||}|}}},....,,}}|)}|}}}....,,{{,,{(((({...}})},..)))}{(({{((.((,..{{((({,...,,,......,.{|{|{{.{{{{{,,|.(((((((((.(((..((((((((((((((((,,,..(((.(((((((((((((,((((((((.{((((((.....,..(((....)))..,.....)))))).}...))))))))......{{(((((.{{{..,{({.(((((((((((.(((...((((((((...{(,(,,,((((((,.,,.....,,)}}}}},}.,|,{|,,{{,,}||||,,..,,,,}}|,|,,,,,..})),).........)))))))).))).)))))))))))}}},,..(((((((.(((((....))}.,)}))))))){(((((((((..(((((({...,((((((((.{{{.....)).))))))))}..((((((((.{....}))))))))(((((((({...{((((((((((((((.......{{..,,,..}},,..(((((((.((((.(((((......,.(((((...))))).)...))))))))).....))))))),}||,,,,|{.((((.(........).)))),,...,||,|}...}}}}}{{{,,{.,,))))}}........{(((......))))..)))))))))))))))))).....,((((.,......))))))))}..))...)))...)))))))},))),))))}.},....,,,({.((((((..(((((...)))))..)))))).))......,.}))))))))))))).))|,..,{((((((((....(((((((((,,,({,((((........,,.}}))}}..}))}|.||}}.....{{{,,{..{,,((({{,,,,.....|||||{||,.,((,,{{..{{.((((,.......,,}|||,{|.,,,....,|}},||||,|},...,}}}}}.,|||},.|||.((((((....)))))).}}},.,)})))))).))))....)))))))))|{,,{...||||.,..,{{{||,|.,,,,,,)),)))))))))).))))))))).}}}))),,)))))}.,|||||..|||||}}|,....(((({|||.....}.,,,)))))..((((((((.(...).))))))))..,,,.,,.,.,,,,,..})))))}))},.....}}}}})))))....,.}),))))}}),||}||,,,}),)}}}}}}.}))))))))})).)}))}..,|}}))))))}.....,,..},|||........}}|||,,{{{{......})))..},,,..{|.((((((({{((((((.....)))))).((((((((..(........)..))))))))..............,})))))))),||((({{((((({{,{(({........{{{.{{{.{{{..{(((.{({.{(((.......)))}...})))))),))}.}}|,||||.}}}}}})))))){{((.((({{{{({{{((.......((({..{{{,...{{{{,{{,.....}},))))..))}.))))...))))))))))}.)}}}.....,,.{{(({{,,.|}}|.{{(((((((({.((((.((((((((({{{((,,..,,,,..(((,.,,,|||}.,,.{{..((((((((((((((((..........)))).))))))))))))..}}....{{{{||,|,|{{|,,..,,)))},.}|||||...{((((({....}}})))),},,}},}.,}}},....((((((({{.....}},.}))))))))))))}..})).)))).}))))))))))}}}|||||,....)))))}},,.....,..,,|},||{,.((((((...((((((........,)))))))))))).{{{..((((((((.....))))))))..)}}...,})})),,.,....},.)))))))...........................
Back