Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001348061.1
Sequence Length
3812 nt
GC Content
0.5449
GCGGAGAGAACCCUCUGUUUUCCCCCACUCUCUCUCCACCUCCUCCUGCCUUCCCCACCCCGAGUGCGGAGCCAGAGAUCAAAAGAUGAAAAGGCAGUCAGGUCUUCAGUAGCCAAAAAACAAAACAAACAAAAACAAAAAAGCCGAAAUAAAAGAAAAAGAUAAUAACUCAGUUCUUAUUUGCACCUACUUCAGUGGACACUGAAUUUGGAAGGUGGAGGAUUUUGUUUUUUUCUUUUAAGAUCUGGGCAUCUUUUGAAUCUACCCUUCAAGUAUUAAGAGACAGACUGUGAGCCUAGCAGGGCAGAUCUUGUCCACCGUGUGUCUUCUUCUGCACGAGACUUUGAGGCUGUCAGAGCGCUUUUUGCGUGGUUGCUCCCGCAAGUUUCCUUCUCUGGAGCUUCCCGCAGGUGGGCAGCUAGCUGCAGCGACUACCGCAUCAUCACAGCCUGUUGAACUCUUCUGAGCAAGAGAAGGGGAGGCGGGGUAAGGGAAGUAGGUGGAAGAUUCAGCCAAGCUCAAGGAUGGAAGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGGGUCUACCCUCGGCCGCCGUCCAAGACCUACCGAGGAGCUUUCCAGAAUCUGUUCCAGAGCGUGCGCGAAGUGAUCCAGAACCCGGGCCCCAGGCACCCAGAGGCCGCGAGCGCAGCACCUCCCGGCGCCAGUUUGCUGCUGCUGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGAGACUAGCCCCAGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGGUGAGGAUGGUUCUCCCCAAGCCCAUCGUAGAGGCCCCACAGGCUACCUGGUCCUGGAUGAGGAACAGCAACCUUCACAGCCGCAGUCGGCCCUGGAGUGCCACCCCGAGAGAGGUUGCGUCCCAGAGCCUGGAGCCGCCGUGGCCGCCAGCAAGGGGCUGCCGCAGCAGCUGCCAGCACCUCCGGACGAGGAUGACUCAGCUGCCCCAUCCACGUUGUCCCUGCUGGGCCCCACUUUCCCCGGCUUAAGCAGCUGCUCCGCUGACCUUAAAGACAUCCUGAGCGAGGCCAGCACCAUGCAACUCCUUCAGCAACAGCAGCAGGAAGCAGUAUCCGAAGGCAGCAGCAGCGGGAGAGCGAGGGAGGCCUCGGGGGCUCCCACUUCCUCCAAGGACAAUUACUUAGGGGGCACUUCGACCAUUUCUGACAACGCCAAGGAGUUGUGUAAGGCAGUGUCGGUGUCCAUGGGCCUGGGUGUGGAGGCGUUGGAGCAUCUGAGUCCAGGGGAACAGCUUCGGGGGGAUUGCAUGUACGCCCCACUUUUGGGAGUUCCACCCGCUGUGCGUCCCACUCCUUGUGCCCCAUUGGCCGAAUGCAAAGGUUCUCUGCUAGACGACAGCGCAGGCAAGAGCACUGAAGAUACUGCUGAGUAUUCCCCUUUCAAGGGAGGUUACACCAAAGGGCUAGAAGGCGAGAGCCUAGGCUGCUCUGGCAGCGCUGCAGCAGGGAGCUCCGGGACACUUGAACUGCCGUCUACCCUGUCUCUCUACAAGUCCGGAGCACUGGACGAGGCAGCUGCGUACCAGAGUCGCGACUACUACAACUUUCCACUGGCUCUGGCCGGACCGCCGCCCCCUCCGCCGCCUCCCCAUCCCCACGCUCGCAUCAAGCUGGAGAACCCGCUGGACUACGGCAGCGCCUGGGCGGCUGCGGCGGCGCAGUGCCGCUAUGGGGACCUGGCGAGCCUGCAUGGCGCGGGUGCAGCGGGACCCGGUUCUGGGUCACCCUCAGCCGCCGCUUCCUCAUCCUGGCACACUCUCUUCACAGCCGAAGAAGGCCAGUUGUAUGGACCGUGUGGUGGUGGUGGGGGUGGUGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGAGGCGGGAGCUGUAGCCCCCUACGGCUACACUCGGCCCCCUCAGGGGCUGGCGGGCCAGGAAAGCGACUUCACCGCACCUGAUGUGUGGUACCCUGGCGGCAUGGUGAGCAGAGUGCCCUAUCCCAGUCCCACUUGUGUCAAAAGCGAAAUGGGCCCCUGGAUGGAUAGCUACUCCGGACCUUACGGGGACAUGCGUUUGGAGACUGCCAGGGACCAUGUUUUGCCCAUUGACUAUUACUUUCCACCCCAGAAGACCUGCCUGAUCUGUGGAGAUGAAGCUUCUGGGUGUCACUAUGGAGCUCUCACAUGUGGAAGCUGCAAGGUCUUCUUCAAAAGAGCCGCUGAAGGGAAACAGAAGUACCUGUGCGCCAGCAGAAAUGAUUGCACUAUUGAUAAAUUCCGAAGGAAAAAUUGUCCAUCUUGUCGUCUUCGGAAAUGUUAUGAAGCAGGGAUGACUCUGGGAGAAAAAUUCCGGGUUGGCAAUUGCAAGCAUCUCAAAAUGACCAGACCCUGAAGAAAGGCUGACUUGCCUCAUUCAAAAUGAGGGCUCUAGAGGGCUCUAGUGGAUAGUCUGGAGAAACCUGGCGUCUGAGGCUUAGGAGCUUAGGUUUUUGCUCCUCAACACAGACUUUGACGUUGGGGUUGGGGGCUACUCUCUUGAUUGCUGACUCCCUCCAGCGGGACCAAUAGUGUUUUCCUACCUCACAGGGAUGUUGUGAGGACGGGCUGUAGAAGUAAUAGUGGUUACCAUUCAUGUAGUUGUGAGUAUCAUGAUUAUUGUUUCCUGUAAUGUGGCUUGGCAUUGGCAAAGUGCUUUUUGAUUGUUCUUGAUCACAUAUGAUGGGGGCCAGGCACUGACUCAGGCGGAUGCAGUGAAGCUCUGGCUCAGUCGCUUGCUUUUCGUGGUGUGCUGCCAGGAAGAAACUUUGCUGAUGGGACUCAAGGUGUCACCUUGGACAAGAAGCAACUGUGUCUGUCUGAGGUUCCUGUGGCCAUCUUUAUUUGUGUAUUAGGCAAUUCGUAUUUCCCCCUUAGGUUCUAGCCUUCUGGAUCCCAGCCAGUGACCUAGAUCUUAGCCUCAGGCCCUGUCACUGAGCUGAAGGUAGUAGCUGAUCCACAGAAGUUCAGUAAACAAGGACCAGAUUUCUGCUUCUCCAGGAGAAGAAGCCAGCCAACCCCUCUCUUCAAACACACUGAGAGACUACAGUCCGACUUUCCCUCUUACAUCUAGCCUUACUGUAGCCACACUCCUUGAUUGCUCUCUCACAUCACAUGCUUCUCUUCAUCAGUUGUAAGCCUCUCAUUCUUCUCCCAAGCCAGACUCAAAUAUUGUAUUGAUGUCAAAGAAGAAUCACUUAGAGUUUGGAAUAUCUUGUUCUCUCUCUGCUCCAUAGCUUCCAUAUUGACACCAGUUUCUUUCUAGUGGAGAAGUGGAGUCUGUGAAGCCAGGGAAACACACAUGUGAGAGUCAGAAGGACUCUCCCUGACUUGCCUGGGGCCUGUCUUUCCCACCUUCUCCAGUCUGUCUAAACACACACACACACACACACACACACACACACACGCUCUCUCUCUCUCUCCCCCCCCAACACACACACACUCUCUCUCUCUCUCACACACACACACAUACACACACACUUCUUUCUCUUUCCCCUGACUCAGCAACAUUCUGGAGAAAAGCCAAGGAAGGACUUCAGGAGGGGAGUUUCCCCCUUCUCAGGGCAGAAUUUUAAUCUCCAGACCAACAAGAAGUUCCCUAAUGUGGAUUGAAAGGCUAAUGAGGUUUAUUUUUAACUACUUUCUAUUUGUUUGAAUGUUGCAUAUUUCUACUAGUGAAAUUUUCCCUUAAUAAAGCCAUUAAUACACC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1385.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1452.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 1290.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.((.((((((.....)))))).))).((.((..(((((.(((.(((((.(((((.(((((((((((((((....(((((((((((((..(((((......))))).....................................((((..((((((((((((((((......(((((((.....(((((.(((((((....)))))....)).))))))))))))))))))))))))))))...)).)).))))))))).))))...))))..)))))....(((((.((((((.(((...)))((((...((((((((((((.(((((.........)))))...((((((.((((((.....((((((.((.....)))))))).......)))))))))))).))).)))))))))....)))).(((.....)))....)))))).)))))...(((((((.......)))))))....))))))..)))))))))).))).......((....(((.((((((....((.((((((((..(((((((((((.....(((...)))....)))))).....(((((............)))))((((((((.(.((((((....(((...(((((((((((((..(((..((((.(((........))).))))......(((((((((((((.((.((.((.((.((.((.((....)).)).)).)).)).)).)).)))))))))))))(((((((((((((.(((((((.(((.((.((....)).)).(((.(((((...)))))))).((((((((.(((.(((((((((((.....(((..((((...(((....(((..((((((.((((((((((..(((((..((((((((((((.(.((((((.((((...((((...((((((((.((((((........((((((((.((.((((((..((((((.....)))).))((.((((((((.(.((((.((..(((..((((((..........))))))....((.((((((((((((.((((..((.....))....)))).))))....(((...((((.(.((....)).).)))).))).........)).)))))).)).((((((..((((((((.((((((((((((...((((...))))..........)))))).)))))).........(((((........)))))....((((((...(((((((.(((((.(.(((((((.((((..((((...(((....)))((((...((..((((((((((((......))((((....)))))))))).))))..))...)))).))))...))))))))..))).)..))...(((((((((((....(.((((((..((.(((((......((((((....)))))).((((....)))).(((...)))....((((...((((....)))).))))))))).)).))))))))))))))))))))))))))))...)))))))))).))))..))))))........)))..)))))).).)))))))).))..((((((((....................))))))))((((..((((((((.((.((((((((((((((((((((((.((.(((..((((((.......((((.....)))).(((((..(.((....)).)))))).((((((..(((((((...((((.(((.....)))((((.((.((.((((((((....)))))).)))))).)))))))))))))))..)))))).((.(((((......))))).))))))))..))))).)))).)).))))).))))))))))).)).)))))))))))))))))).)).)))))))))))))).)))))))).))))))))))(((((((......)))))))...)))).)))).)))).)))))..)))))....)))))..(((((((.....)))))))......)))))...))))..))..))))))...))))..))))))))).............))))).))))))))...))).((((((((.....(((((((((.((((((......)))..)))))))))...)))...................(((((((.....((.(.((((....)))).).)))))))))((((.(..((((((((((...((.(((((((....)).))))).))..((((((.((.(.((...((((......))))...)).(((........)))....((.((((.(((((((((.......(.....)......)))))))))...)))).)).(((((....)))))((((.....))))(((((((..(((.............)))..))).))))((((...((((......))))..))))...).)))))))).))))))))))..)))))))))))))...(((((((((.(((.((.((((((..........))))))......)).))).)))))))))))).))))))).))))))).))))))..((((......))))......((((((((((.((((((((.....))))))))(((((.......((((((.(((((....(((((((....)))))))))))).))))))....)))))....((((((((....((..((((((.....(((((..((((((((((.((((.((((.(((((.((...((((((((((((((((.((((.(((...)))..))))..(((((.((((.....)))).))))).....((((....(...(((((((...))))))).)....)))))))))))))))))))))).)))).).)).)).)))).)))).))))))))))).))))))..))....((.(((((....))))).))(((((((((((..........(((...)))...))))))).)))).((((..((((((((....((((((..(((((.((((((.(((....)))((((((...))))))..............(((((............))))).(((((((..(.((...............)).)..)))))))......)))))).)))))..............))))))....))))))))...))))............))))))))(((((((........)))).)))...............((((...((((((...))))))..))))(((.(((((.((((((.((..(((.((.......)).)))..)).)))))).))))).))).))))))))))......(((((((.....))))))).)))...))))))))))))))))....)).))))....((.(((......))).)).....................).)))))))).........................................................................)))))....))))))))))....)))))).)))....))..(((..(((((((((((((((......))))))))...((.(((.......)))))..........))))))))))...)))))..)).))..(((((.(.((((((.........((((.(((.((..((((((...))))))..)).))))))).........)))))).)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.(((((((......,{{{(((({{.{{{{(((,{((.(({(((((((,(((((,(((.....|||,}|||.}}}(((((((((((((...,{{(...,.,||||,.....,,,............................,{{,,..((((((((((((((((......{(((({{.....(((((.(((((((....))))),...)).)))))))))))})))))))))))))))).,,}}}}),)))))))))},))).,,{{||..,,.,,,{{{(((((.(((((({(((....))||{{...,(((((((({(((({{,,,....,,,,}}}}|...((((((.{{{{{(.,...{{((((.((..,,,||}|}|||....,..}})})))))}}),)))}))))))))|,...}})).(((.....)))....)))))).)))),...|||||,,..,..,,})))))))))).))))..})))}})).)).)))))}|,{{{(,..|{{,..||.|||,,(((.,(({.(((,,(((({((({{{..,{{(((..,|||,{..,)))},.,,||({{((,,,.,.....,,}}}}}((((((((.{.({{(((....{({...{((((((({((((,,(((.{((((,{{(.{..,,.,}}}.}))}{|,.,,{((((((((((((.((.((.((.((.((.((.((.||.}}.)).)).)).)).)).)).))}))}))}))}}|||||||{{({({.{{(((((.{({.((.({..,.)).)).(((.(((({...})))))))..{(((.{{.{{{,({((,,.{{((,,.,||||{{|{|,.{{|||..,.{{,.,{{{{{..((({,.,.|)))|||||,}||||({({({.{.|.|||{||.((((,,.((((.{.((((((((.((((((.{{.....((((((((.(((((((((.,{,{((((((((||(|,,{{{.{{(,(((({(.,,,..((({(((.{({((((((.,..,,,.||.}}}|...||,((((((..((((.((((..,,.....||,.{,|}||.,,}|....|||..,({((,{.((....)).},)))).)}}}}.....}}))))))))))))}||||||,,((({{{,{|||||||||||||...,||{.,.,)))}}},......,))))),}}}}}}.........(((((.,....}.)))))....((((((.,,(((((((.{(((({{,(({(({(.((({,,(((({.,{{(.,,.}}}(((({{,((..{(((((((((((......))((({....}))))))))).)))),,))...)))),)})),.,})))))),.,)))....}}...(((((((((((....(.((((((..((.(((((,.....((((((....)))))).((((....)))).(((...}))....{(((...((((....)))).))))))))).)).))))))))))))))))))}}}))))))).},))))))}}}}.},}}},)})))}....}}}}))))...}),,,..)))))))))...,((((((((.{..................})))))))|(((..((((((((.((.(((((((((((((((({((((({((.(((,.((((((......,((((.....}}}),|||((,,.{(,{,.,},}}}))}),((((((..(((((((...((((.(((.....)))((((.((.((.((((((({....}))))).)))))).)))))))))))))))..)))))).{{.(((((......))))),)})))))),.))))).,)))})).))))).))))))))))).)).)))))))))))),)))))})).}},)))))))),)))))))),,).))))}}|||,(((((((......))))))),,|||||{|,,,.))))}))}})}|)||||...|},,}},,(((((((.....))))))}.{{{{{|||||.,||||,|,,,||||}}||.||||||,||{|,||||(({{{..{(({{{{|{|.{{({((.,||.,,{,..((((({{(,....|,,..,..}.))))))}).))))))))).)),}))))))).,.}}}}|...,,,,||||||||,((((({{{{{{.{.,{{{|,{{|||,.,{(((||||{|{|,,,|||.|||||||||.}}|{.||||||{}}..))}))))).},..,}}))|}|||.,|||..{{{|..,...)))).}|)),{|{{.......|||....,{{(({,.(((((((((.......{.,...,,,....|))))))}}.|{||||{,,,{((((,.{,}}}||((({,,...|}}}((((({(|{,{{|......,,,,,.,,}}.))}},}))||||,,.((((......)))),,})),...}|||||}}}}||||||||{{{(,,,,.,,,)}))||,,,(((((({((,(({.,{|{(((((..,,,,,,..)))))).,....}}.)}}.}))))))))|||{|}||}}}.||}}}}).}}||||..{{{{..,,,,)}||......(((({{((((.((((((((.....)))))))){((((,,{.{{{(({{{{.(((((,...{{{{{{{,,,,|||||}},})))})))))||||,}|||,....(((((((({,.,((,.{{{{||.....(((((,.{(((((((((.((((.((.((((({(.{{...((((((((((((((((.,,((,(((,,,|||,,||},,,(((((.((((.....)))).))))).....{||{..,,|,.,{((((((...))))))).}.,,.))),))))))))))))))))}}.}}}.})))).}).)))).)))).))))))))))).}}}}}}..,}....((.{((({....}}))}.}}(((((((((((..,{..,,,.,,,..})),.,,))))))).)))).{(({..{{((((({..,.((((((..{(({{.{{((({.,,{....|||((((({,..}})})),})},,,,,,....{((((............))))).(((((((..{.({...............)).}..)))))))......}))))).}))))..............))))})....}))))))),..))))....,..,,,,.)))))}}}(((((((........)))).)))..,,,.,.,,..,,,{(((...((((({...}))))).,))))(((.(((((,{(((((.((..(((.((.......)).)))..)).)))))).))))).))),))))))))))..,.{.(((((((.....))))))),)))...})))))))))})))))....)),})))....((.(((.....,},),}......................}.)))))))).........)))).,)))))).,,,......,,},},},}}}},,......................,{{{{{{|,,|,,,,,||||..,,,..,.,,,||||||||.,,|,|,}|},.}},|{{.((((((((......)))))))).,,||.,,..,,,,..||}}}|},.....,,}}})),......})})}|||||,.((((..{({((...,.{{{{,{{{{.,,,,.||.{((...,,,,..))),}},,...,)))))))).....)))))....}))).,},,......
Back