Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001348063.1
Sequence Length
2627 nt
GC Content
0.5733
GCGGAGAGAACCCUCUGUUUUCCCCCACUCUCUCUCCACCUCCUCCUGCCUUCCCCACCCCGAGUGCGGAGCCAGAGAUCAAAAGAUGAAAAGGCAGUCAGGUCUUCAGUAGCCAAAAAACAAAACAAACAAAAACAAAAAAGCCGAAAUAAAAGAAAAAGAUAAUAACUCAGUUCUUAUUUGCACCUACUUCAGUGGACACUGAAUUUGGAAGGUGGAGGAUUUUGUUUUUUUCUUUUAAGAUCUGGGCAUCUUUUGAAUCUACCCUUCAAGUAUUAAGAGACAGACUGUGAGCCUAGCAGGGCAGAUCUUGUCCACCGUGUGUCUUCUUCUGCACGAGACUUUGAGGCUGUCAGAGCGCUUUUUGCGUGGUUGCUCCCGCAAGUUUCCUUCUCUGGAGCUUCCCGCAGGUGGGCAGCUAGCUGCAGCGACUACCGCAUCAUCACAGCCUGUUGAACUCUUCUGAGCAAGAGAAGGGGAGGCGGGGUAAGGGAAGUAGGUGGAAGAUUCAGCCAAGCUCAAGGAUGGAAGUGCAGUUAGGGCUGGGAAGGGUCUACCCUCGGCCGCCGUCCAAGACCUACCGAGGAGCUUUCCAGAAUCUGUUCCAGAGCGUGCGCGAAGUGAUCCAGAACCCGGGCCCCAGGCACCCAGAGGCCGCGAGCGCAGCACCUCCCGGCGCCAGUUUGCUGCUGCUGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGAGACUAGCCCCAGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGGUGAGGAUGGUUCUCCCCAAGCCCAUCGUAGAGGCCCCACAGGCUACCUGGUCCUGGAUGAGGAACAGCAACCUUCACAGCCGCAGUCGGCCCUGGAGUGCCACCCCGAGAGAGGUUGCGUCCCAGAGCCUGGAGCCGCCGUGGCCGCCAGCAAGGGGCUGCCGCAGCAGCUGCCAGCACCUCCGGACGAGGAUGACUCAGCUGCCCCAUCCACGUUGUCCCUGCUGGGCCCCACUUUCCCCGGCUUAAGCAGCUGCUCCGCUGACCUUAAAGACAUCCUGAGCGAGGCCAGCACCAUGCAACUCCUUCAGCAACAGCAGCAGGAAGCAGUAUCCGAAGGCAGCAGCAGCGGGAGAGCGAGGGAGGCCUCGGGGGCUCCCACUUCCUCCAAGGACAAUUACUUAGGGGGCACUUCGACCAUUUCUGACAACGCCAAGGAGUUGUGUAAGGCAGUGUCGGUGUCCAUGGGCCUGGGUGUGGAGGCGUUGGAGCAUCUGAGUCCAGGGGAACAGCUUCGGGGGGAUUGCAUGUACGCCCCACUUUUGGGAGUUCCACCCGCUGUGCGUCCCACUCCUUGUGCCCCAUUGGCCGAAUGCAAAGGUUCUCUGCUAGACGACAGCGCAGGCAAGAGCACUGAAGAUACUGCUGAGUAUUCCCCUUUCAAGGGAGGUUACACCAAAGGGCUAGAAGGCGAGAGCCUAGGCUGCUCUGGCAGCGCUGCAGCAGGGAGCUCCGGGACACUUGAACUGCCGUCUACCCUGUCUCUCUACAAGUCCGGAGCACUGGACGAGGCAGCUGCGUACCAGAGUCGCGACUACUACAACUUUCCACUGGCUCUGGCCGGACCGCCGCCCCCUCCGCCGCCUCCCCAUCCCCACGCUCGCAUCAAGCUGGAGAACCCGCUGGACUACGGCAGCGCCUGGGCGGCUGCGGCGGCGCAGUGCCGCUAUGGGGACCUGGCGAGCCUGCAUGGCGCGGGUGCAGCGGGACCCGGUUCUGGGUCACCCUCAGCCGCCGCUUCCUCAUCCUGGCACACUCUCUUCACAGCCGAAGAAGGCCAGUUGUAUGGACCGUGUGGUGGUGGUGGGGGUGGUGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGAGGCGGGAGCUGUAGCCCCCUACGGCUACACUCGGCCCCCUCAGGGGCUGGCGGGCCAGGAAAGCGACUUCACCGCACCUGAUGUGUGGUACCCUGGCGGCAUGGUGAGCAGAGUGCCCUAUCCCAGUCCCACUUGUGUCAAAAGCGAAAUGGGCCCCUGGAUGGAUAGCUACUCCGGACCUUACGGGGACAUGCGUUUGGAGACUGCCAGGGACCAUGUUUUGCCCAUUGACUAUUACUUUCCACCCCAGAAGACCUGCCUGAUCUGUGGAGAUGAAGCUUCUGGGUGUCACUAUGGAGCUCUCACAUGUGGAAGCUGCAAGGUCUUCUUCAAAAGAGCCGCUGAAGGGAAACAGAAGUACCUGUGCGCCAGCAGAAAUGAUUGCACUAUUGAUAAAUUCCGAAGGAAAAAUUGUCCAUCUUGUCGUCUUCGGAAAUGUUAUGAAGCAGGGAUGACUCUGGGAGCAGCUGUUGUUGUUUCUGAAAGAAUCUUGAGGGUGUUUGGAGUCUCAGAAUGGCUUCCUUAAAGACUACCUUCAGACUCUCAGCUGCUCAUCCACAACAGAGAUCAGCCUUUCUUUGUAGAUGAUUCAUUCCUGGCUGCAUUUGAAAACCACAUAUUGUUAAUUGCUUGACGAAUUUAAAUCCCUUGACUACUUUUCAUUUCAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1041.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1085.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 656.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((.....................)))))))..(((((((.((.(((........))).))))))...)))......((((((((((..((((((((.(((((((((((............................(((((.((((((((((((((((......(((((((.....(((((.(((((((....)))))....)).)))))))))))))))))))))))))))).......(((.((((((((.(((.((((((..((...(((((((((.((((((.(((...)))((((...((((((((((((.(((((.........)))))...((((((.((((((.....((((((.((.....)))))))).......)))))))))))).))).)))))))))....)))).(((.....)))....)))))).))))....)))))....))....)))))).))).(((((..(((((((((((.((....)).)))..(((....((((.(((((......((((((((((((((((...(((((((((((((...))).....((((.(((((((....((((.(((...((....))...).))..)))).....(((((..(((((((((.(((((((.((((.(..((((((((.(((((((((((((((((((.((.((.((.((.((.((.((.((.......)).)).)).)).)).)).)).)).))))))))))))))......(((...))).((.((....)).)).((((..((..((....))))..))))........((((.....))))..))))).))))..))))..).))..........)))))....)))))))).)))))(((.(....).))).((.((((...((((...((((((((.((((((........((((((((.((.((((((..((((((.....)))).))((.((((((((.(.((((.((..(((..((((((..........))))))....((.((((((((((((.((((..((.....))....)))).))))....(((...((((.(.((....)).).)))).))).........)).)))))).)).((((((..((((((((.((((((((((((...((((...))))..........)))))).)))))).........(((((........)))))....((((((...(((((((.(((((.(.(((((((.((((..((((...(((....)))((((...((..((((((((((((......))((((....)))))))))).))))..))...)))).))))...))))))))..))).)..))...(((((((((((....(.((((((..((.(((((......((((((....)))))).((((....)))).(((...)))....((((...((((....)))).))))))))).)).))))))))))))))))))))))))))))...)))))))))).))))..))))))........)))..)))))).).)))))))).))..((((((((....................))))))))((((..((((((((.((.((((((((((((((((((((((.((.(((..((((((.......((((.....)))).(((((..(.((....)).)))))).((((((..(((((((...((((.(((.....)))((((.((.((.((((((((....)))))).)))))).)))))))))))))))..)))))).((.(((((......))))).))))))))..))))).)))).)).))))).))))))))))).)).)))))))))))))))))).)).)))))))))))))).)))))))).))))))))))(((((((......))))))).((((((((....)))))))).))))).)))))))..))))(((((((.....))))))).....))))))....))))...)).))))).)))))))))))))).))))...)))..(((((((((((((.....(((...(((((((((............).)))))))).)))))))))..........)))))))......)))))))))))))(((((((((((....((((((((((....((((((((......))).))))))))).)))..)))....)).)))))))))))))))))))).(((..((...((((......))))...))..)))....(((.(((..((.(((((.((((...))))...))))).))..))).))))))))...((((....))))(((((((.((((((((((((((..............(((.(((.((((((((((((((((.......)))))).....)))).))))))))).))))))))))))..)))..(((((((........)))))))....)).))))))))))))))...)))).))).....(((((((....)))))))............))))).)))))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.(.((.....((((((((((,......{{(.((((((((((((((((((((({.,,{,,,{{{{|{{{...,(((((((((((((...,{{{..,,.{||||,.....|,,............................,{{,,..((((((((((((((((......{(((({{.....(((((.(((((((....))))),...)).)))))))))))}))))))))))))))))..,}}}}),)))))))))},)))...||}}..}}}}}..|,(((((.(((((({(((...,))||{{...,(((((((({(({({{,,,....},,,}}}}|...((((((.{{{{{(.,...{{((((.((..,,,||}|}|||....,..}})})))))}}),)))}))))))))},...}})).(((.....)))....)))))).))))}...|||{{,,.....,,)),,))))}))))))}...))}},,.}))))))})}((((((...((((..((.(((((((((((,..((((((((((((((((...(((({((((((,({,.|.......((({.(((((((....((((.{{{,..((....))...,,)}..)))).....(((((..(((((((((.((((((..((({.((.,({{(,((.(({(({(((((((((((((.((.((.((.((.((.((.((.((.,..,}.)).)).)).)).)).)).)).)).)))))))))))},....||.||{|,.}|}.|{.||.,,.)).)).(((,{{(({.,,,}}}))))..||||......,.|||{.....}))}.,))))},))))..||||....,...,}},,...))))).}.))))))))).)))))(((.(....).))).((.((((...((((.(.((((((((.((((((.((.....((((((((.(((((((((.,{,,((((((((||({,,{{{.{{(.(((({(.,,...(((((((.{({((((((,,.,,,,,||.}}}|...||,((((((..((((.((((..,,.....||,.{,|}||.,,}|....|||..,({((,{.((....)).},)))).)}}}}.....}}))))))))))))}||||||,{((({{{,||||||||||||||...,||{.,,,)))}}},......,)))))}}},,}}.........(((((.,....}.)))))....((((((.,,(((((((.{(((({{,(({(({(.((({,,(((({.,{{(.,,.}}}(((({{,((..{(((((((((((......))((({....}))))))))).)))),,))...)))),)})),.,})))))),.,)))....}}...(((((((((((....(.((((((..((.(((((,.....((((((....)))))).((((....)))).(((...}))....{(((...((((....)))).))))))))).)).))))))))))))))))))}}}))))))).},))))))}}}}.},}}},}})))}....))))))))...}),.,..)))))))))...,((((((((.{..................})))))))|(((..((((((((.((.(((((((((((((((({((((({((.(((,.((((((......,((((.....}}}),|||{(,,.{(,{,.,},,}}))}),((((((..(((((((...((((.(((.....)))((((.((.((.((((((({....}))))).)))))).)))))))))))))))..)))))).{{.(((((......))))),)})))))),.))))).,)))})).))))).))))))))))).)).)))))))))))),)))))))).,},)))))))).))))))))..).))))))))))(((((((......))))))).,(((((((....)))))))).))))).)))))))..)))}(((((((.....)))))))....}))))))..)}))))...)).))))).))))))))).},)})}(((((..((((((({((.((((((.....{{(...((((((((,....,.......}.)))))))).))))))))).)).,)))))))...)))))....)))))))),)).(((((((((((.,..(((((({{(|...{((((((((......))}.))))))))).)))..))),,..)),}))))))))......)))).)))))))))))))))).}...)).).))).....(((((((..,,.....{{({{..(((((((((.......,.......,....))))))))).}}}}|{{.{((((((((((.((((((((((((((..............(((.(({{((((((((((((((((.......)))))),....)))).))))))))).))))))))))))..))}..(((((((........))))))).,..)).))))))))}})),)},.,,...........(((((({....})))))).............,,.......)))))))................
Back