Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350205.2
Sequence Length
2352 nt
GC Content
0.4792
AGAGCCAAGCGGCGGGCUGGCGGCGGGCUCCGACGUCUGCGCCAGGACCUGGCUGGCUGAGCCCGGCGCAGCAGCAGCAGCCAGGGCAGCGCGGCCCCUACUCCCUGUCAGGUCGUAGAGGCGAGCAGGGACCAGCUGGUCGCCGGCCCCUCGGGCAAGAUGGGGAACCGGGAGAUGGAGGAGCUGAUCCCGCUGGUGAACCGUCUGCAGGACGCGUUUUCGGCGCUGGGACAGAGCUGCCUGCUGGAGCUGCCGCAGAUCGCCGUGGUGGGCGGCCAGAGCGCCGGCAAGAGCUCGGUGCUCGAGAACUUCGUGGGCAGGGACUUUCUCCCUCGAGGGUCGGGCAUUGUAACAAGACGACCUCUUGUGCUGCAGCUUGUUACUUCUAAAGCAGAAUAUGCCGAGUUUCUACAUUGCAAAGGAAAGAAAUUUACAGAUUUUGAUGAAGUUCGCCUUGAGAUUGAAGCAGAAACAGAUCGCGUGACUGGAAUGAAUAAAGGCAUUUCCUCCAUACCCAUUAAUUUACGAGUCUAUUCCCCACACGUGUUAAAUCUAACCCUUAUUGAUCUACCUGGAAUAACUAAAGUGCCUGUGGGAGAUCAGCCACCAGAUAUCGAGUAUCAGAUCAGAGAAAUGAUUAUGCAGUUCAUCACGAGGGAGAACUGUCUGAUUUUAGCUGUUACUCCAGCCAACACUGAUCUUGCAAACUCAGAUGCGCUGAAGCUAGCUAAAGAAGUUGAUCCUCAAGGUCUGAGAACCAUUGGAGUUAUCACCAAACUGGACCUUAUGGAUGAAGGAACGGAUGCCAGGGAUGUUCUAGAGAACAAACUGUUGCCUCUUCGCAGGGGUUACGUGGGGGUGGUAAACAGAAGCCAGAAGGACAUAGAUGGGAAGAAGGACAUAAAGGCAGCCAUGCUGGCAGAGAGGAAGUUUUUCCUUUCCCACCCGGCUUACAGACAUAUCGCUGACCGAAUGGGAACCCCACACCUGCAGAAGGUCCUUAAUCAGCAACUUACCAACCACAUUCGGGAUACCCUACCAAACUUCAGGAACAAACUACAGGGACAGUUGCUCUCCAUAGAACAUGAAGUAGAAGCCUACAAAAAUUUCAAACCAGAAGACCCAACAAGGAAGACCAAAGCAUUGCUGCAGAUGGUUCAGCAAUUUGCUGUGGACUUUGAGAAGAGAAUUGAAGGGUCAGGGGAUCAAGUAGAUACCCUGGAACUCUCAGGUGGUGCUAAAAUCAAUCGUAUUUUUCAUGAACGCUUUCCUUUUGAGAUAGUAAAGAUGGAGUUCAAUGAGAAAGAAUUGCGAAGAGAAAUAAGCUAUGCAAUCAAAAACAUACAUGGUAUCAGGACAGGGUUGUUUACUCCAGACAUGGCAUUUGAAGCGAUAGUCAAGAAACAGAUUGUAAAGUUGAAAGGGCCUUCCUUGAAGAGUGUGGAUCUGGUAAUACAAGAAUUAAUCAACACUGUGAAGAAGUGUACCAAAAAACUGGCAAACUUCCCCAGACUCUGCGAGGAAACGGAAAGGAUUGUUGCUAACCACAUUCGUGAGCGAGAAGGGAAGACAAAGGACCAGGUAUUGCUAUUGAUUGACAUUCAAGUCUCUUACAUCAACACCAACCAUGAAGACUUCAUUGGCUUCGCAAAUGCUCAGCAGAGGAGCAGUCAGGUUCACAAGAAAACCACAGUUGGAAAUCAGGGAACCAAUCUUCCGCCUUCAAGGCAAAUUGUGAUUCGCAAGGGGUGGCUCACCAUCAGCAACAUUGGCAUCAUGAAAGGCGGCUCGAAGGGAUACUGGUUCGUCCUUACUGCGGAAAGCUUGUCCUGGUAUAAAGAUGAUGAGAACAUUUAGUCUUGGCGAGGAUAACCAACUUACCAAAGUCACACAGCUAGUUGGUGGCAAAGCAGAAAUUUGAACCCAGGCUGUUGAGCUCCAGAGCCUAUGCUUUCAACCACAAAUAAAGGCAAGAAUCCCAGAGAUGCCUGGAGUUGUCCAAGCCAACCUCAUCCCACAGAGGACUUAUGAAGAUGAAUUCCAGGCAUCUCAGCAUUGACAUGUUCCUGGGUGUUAGCAGCAGAGACACUGAAGACUCUGGAGUAGCUACUGCUGUUGGAGUGUGGCAUUAGUCUGGCUCUGUGAGUCCUGAAAAUAAGCCCAUUGGAAGGUAUAGGAUGCUCUCUGUAGGGAAGGAAGAAGCUUUGAAGGCUUGGUGAGCUCUUGGUUAUUGGCUCAUCUCCUCUCCUCCAGACUCAGGAUAAUUCUUUACAAAAUCACUGCCCUUGUAGCUUCCUUAUGAGUACUUGAUUACAACAAAUGGAAAAUAAAUAUGCACAGUUAUAAUAUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-718.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -765.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 707.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((...(((.(((((((((.((((((......))))))(((((...)))))..))).)))))).))).)).(((((.((.(((((((.((.((((((((((((((.((..((((...(((((.(((.......))).))))).((((...))))....(((((((..(((..((((((((((((.(((((((((.(((((((((...))))).)))))))))...)))))))((((.((....))))))(((((..(((.....)))..)))))..((((((((((....)).))))))))..(((((((((..(.(((((.....))))))((((..(((((..((((((((((.....))))))..)))))))))...)))).....((((((.((..((((((((...((....))...)))))))).)).)))))))))))))))(((((..........(((..((.......))..))).........)))))..))))))))).))).................))))))).....((((....)))).....(((((((.((((.(...((....))...).)))))))))))......(((((...))))).(((((......)))))..(((((((.((......)))))))))((..(((((((((...((.((((((...((((..........)))).)).)))).)).))))))))).))((.((((..(((((((.((.....((((........)))).)))))))))..)))).))...)))).)).))))))(((((....)))))((((.((((......)))).))))..)))))))).))..(((((.((((((.((....((.((.((..((((((......((((....(((((..((((((((....))))))))....)))))...(((........)))......((((...))))...)))).....))))))..))..)).))..))..(((((((((((...))).....(((((((((((((.......((((...(((((...(((.....)))..((((....))))......(((......)))...((.....))..(((((..(((....)))...)))))...(((((.(((((((((((((..(((.....(((.(((((((((..((.....))..)))))..)))))))(((((((...........((((((((((((((((....(((((((.........)))).))))))).))))))))....))))((((((....((((.(((((((..(((((..(.((.........)).)..)))))..((..(((((.((.......)).)).)))..))....))))))).))))..((((.....))))...((((((.(((((((((((((............(((((.......))))).........(((((...((((((..(.(((.(((((.....((..((.(....).))..))...))))))))).....))))))......).)))))))))))))..)))).))))))...)))))).......)))).)))(((((...)))))(((((((((...(((((.......))))).(((((...(((((....((.((((.(((((((((....((..((..(((((((((..((.....(((.((.((....((((...))))....)))))))..))....)).)))))))...))..))...))))))..)))..)))).))....))))))))))....(((((((((....))))..))))).))))))....))).)))..))))))).)))))).)))))((((.((((((.............(((((.(((.....)))))))).))))))...)))).......)))))...)))).((((((((((((((((((........((((........)))).........))).)))))))))))))))..........)))))))))).)))((((((((((..(((..((...))..)))..)).)))))))).))))))))......)))))))))))..(((((((......(((........)))...........((((.((((.((((..((((((...))))))((((((((..........)))))))))))).)))).)))).))))))).................))))))).)).))((((...((.(((......)))..))...))))........)))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((..,.|||((((((((((({((({.....||{|||((|,|..{{{(((({{(({.((,,,,}}),}),,}.,)})))})),|,|}|||||({({.{(((((({,..,{(,...,|}}||}|}|}}}..,}))}))))))|||||,,,{|||..||{||||{,}}|{(..{((((((({(((.(((((((((.(((((((((...))))).))))})))),..))))))),{(({((,{{,|{.{({((({{..,{{{{{.,}}}.})))))..((((((((((....)).))))))))..(({((((({,{(.(((({...,,))))}}||||.,(((((..{(({((((((.....)))))),,}}}}))))}...}|||.....((((({.{{..((((((((...{{....,}...)))))))).}}.})))))}})))))})(((((....,,....(((..((.......))..))).....,...)))))..,||||}}}}.|||,,,.........{{{{.,|||||.{{{({{,......,|||{{{,.,((((((.((((.,...((....))...}.})))))))))}......({(((,,,||}||,(((((......}}}}|..(((((((.((.....}),))))))),|,,|{(((((((...{{.((((,,...((((..........)))).)).)))).)).)))))))},.,,|{.((((..(((((((.{(.....((((.,....,.)))).)))))))))..)))),||{{...{{..{{||{|..(((((....)))))..))}|.|)}}}}}},,))))))}}})))))))|{||..{{{{..||||{{.||,,..,|,||||,.,{||||{.....|||||||..||{||},|{((((((....))))))||{{{..(((,,,.{{(......,.})),)))..}|||,..}|},..{||||,,,.,}||||}..}}..},.||..||..(((((((((((...)))......{{{{((((((((.......((((...(((({,,.,,,.....,,,..((((....)))).....,(((......))}...({.....))..(((((..(((....)))...))))),,.(((({.(((((((((((((..(((.....(({{(((((((((.,((.....)),.))))),.,))))))(((((((..........{((((((((((((((((.{{.(({{(({........})))).)).)))),,)))))))....))))|((({{.....{|{,(((((((,..,.{{,.{.{{{{,,,.,,{||,|.{|||||.,{{,.{,{,,{((.,{{..{||.||{|||........)))))),.,)))..|||{|}}{{||||{.,(((({({({((((({{{{{|..|,.....,,.{{{{{.....,,|||}}.{{,.....,|||,..,||||{|},.,|||,,||||}},.,{{..,{.,,{.{|{||..||,,.,}}))}})))).,.)))}))......},)))}))))))}},,,)))),})))}}...)))))}.......)))),.}},{(({...}))}|{||(({{{{...{((((.......))))}.|{{((,,.{({{(....((.((((.((({(((((....((..{{..(((((((((.,{{...,{(((...|||,...(((({..,,))})}.}}..,,,,.))..,.))}}})))))...}}.})}...))))))..)))..)))).))....)))))))))},...(((((((((....))))..))))).))})))....}},.)))..))))))).)))))).}))))((((.((((((.....,,,.....{((((.{{{.....})}))))}.))))))...)))).......)))))...)))).((((((((((((((((((........((((........)))).....,...))).)))))))))))))))..........)))))))))),},{((((((((((..(((..{{...}}..)))..)).))))))))}))))))))......}}})}))}))}}}|||{{||......,{{....}}..}}},,}}}}},)}.||||,|||{.{(({..((((({...})))))((((((({..........)))))))))))),)))).)))},))||||,...}}},......,,,.))))))}||||||||{{.,.{{.{{{.,,.,,},}..,..,.})}.......,,.,...,}}}}},,......
Back