Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350479.2
Sequence Length
2784 nt
GC Content
0.4767
GUGGCCUCGAUCACCACCGAGAGCUGACGGCCGCCCGGAUUCCCGCCCUCAGAGAAUCCUGGCCCCCAGUCGUUCCAAGACCCUUUACGGACUGCAGCUUAAAGGAACCGGCCUCUGCCAUUGAGACCAAACUGACAGAGGAACUGGUCACUCUUCUGUUCUUUCCAGAGAGGAGCUUAGCCAGGGACUUCUGCCCUUCCUGGGCCCGGGCCUCGGGGGCGAUUCCGGCAGGUGGUCCAUUAUGGCUGACAUGCAAAAUCUGGUAGAAAGAUUGGAGAGGGCAGUGGGCCGCCUGGAGGCAGUAUCUCAUACCUCUGACAUGCACCGUGGGUAUGCAGACAGUCCUUCAAAAGCAGGAGCAGCUCCAUAUGUGCAGGCAUUUGACUCGCUGCUUGCUGGUCCUGUGGCAGAGUACUUGAAGAUCAGUAAAGAGAUUGGGGGAGACGUGCAGAAACAUGCGGAGAUGGUCCACACAGGUUUGAAGUUGGAGCGAGCUCUGUUGGUUACAGCUUCUCAGUGUCAACAGCCAGCAGAAAAUAAGCUUUCCGAUUUGUUGGCACCCAUCUCAGAGCAGAUCAAAGAAGUGAUAACCUUUCGGGAGAAGAACCGAGGCAGCAAGUUGUUUAAUCACCUGUCAGCUGUCAGCGAAAGUAUCCAGGCCCUGGGCUGGGUGGCUAUGGCUCCCAAGCCUGGCCCUUAUGUGAAAGAAAUGAAUGAUGCCGCCAUGUUUUAUACAAACCGAGUCCUCAAAGAGUACAAAGAUGUGGAUAAGAAGCAUGUAGACUGGGUCAAAGCUUAUUUAAGUAUAUGGACAGAGCUGCAGGCUUACAUUAAGGAGUUCCAUACCACCGGACUGGCCUGGAGCAAAACGGGGCCUGUGGCAAAAGAACUGAGCGGACUGCCAUCUGGACCCUCUGCCGGAUCAUGUCCUCCUCCCCCUCCACCAUGCCCCCCUCCUCCCCCAGUCUCUACCAUUUCAUGCUCAUAUGAGUCUGCUUCCCGCUCAUCACUGUUCGCGCAGAUUAAUCAGGGGGAGAGCAUUACACAUGCCCUGAAACAUGUAUCUGAUGACAUGAAGACUCACAAGAACCCUGCCCUGAAGGCUCAGAGUGGUCCAGUACGCAGUGGCCCCAAACCAUUCUCUGCACCUAAACCCCAAACCAGCCCAUCCCCCAAACGAGCCACAAAGAAGGAGCCAGCUGUACUUGAACUGGAGGGCAAGAAGUGGAGAGUGGAAAAUCAGGAAAAUGUUUCCAACCUGGUGAUUGAGGACACAGAGCUGAAACAGGUGGCUUACAUAUACAAGUGUGUCAACACGACAUUGCAAAUCAAGGGCAAAAUUAACUCCAUUACAGUAGAUAACUGUAAGAAACUUGGCCUGGUAUUCGAUGACGUGGUGGGCAUUGUGGAGAUAAUCAACAGUAAGGAUGUCAAAGUUCAGGUAAUGGGUAAAGUGCCAACCAUAUCCAUCAACAAAACAGAUGGCUGCCAUGCUUACCUGAGCAAGAAUUCCCUGGAUUGUGAAAUAGUCAGUGCCAAAUCUUCCGAGAUGAAUGUCCUCAUUCCUACAGAAGGCGGUGACUUUAAUGAAUUCCCAGUUCCUGAGCAGUUCAAGACCCUAUGGAACGGGCAGAAGUUGGUCACCACAGUGACAGAAAUUGCUGGAUAAGCGAAGUGCCACUGGGUUCUUUGCCCUCCCUUCACACCAUGGGAUAAAUCUGUAUCAAGACGGUUCUUUUCUAGAUUUCCUCUACCUUUUUGCUCUUAAAACUGCUUCUCUGCUCUGAGAAGCACAGCUACCUGCCUUCACUGAAAUAUACCUCAGGCUGAAAUUUGGGGUGGGAUAGCAGGUCAGUUGAUCUUCUGCAGGAAGGUGCAGCUUUUCCAUAUCAGCUCAACCACGCCGCCAGUCCAUUCUUAAGGAACUGCCGACUAGGACUGAUGAUGCAUUUUAGCUUUGAGCUUUUGGGGGUUAUUCUACCAACAAACAGUCCAUUGGAAAGAAAACAGUCCCUGGAAUUAACAGAUCAGAAUGUUCACACUGGUUAAUCUUUUUUUAACAAUGAGCAUGAAGGUAGCAGAAGCUGGUGUGUUUCCAGAUGGUUCUUCUAACCAAACUAAUUUUUCACUGUUGACAAGCGAGGCAAGGGUUGCACUGGACCAAAGGCUGAGGCUUGGCCAUCUAGCAUUCCAUACAAAAUUGUUUCCUAUAAGCAUUCCUUUUAUUCUCUAUUCUAUCCUGGGUCUGCCUCAACCGUGAGAUAGGAGAGUCUCUGGUACUAGCUGCUGUAGCAGUGCCCUUCAUCCAGGGCAGUUAAUGGAGUCUUGGACCCUUUCUUUCUCUGGGAUCCCUGCCCAGCACCUUCCUAUAGAGAUGACUUUAAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCACAUGAUUUCAAGGAGUCUGGCAUUCCUGAAUCCUUCUUCCCUGCCAGGUGCCUGUCACCUGUCUUCACUGCCUCCUUUUCCCUGUCAUGCUCAUCAGCUUAUGGCUUCUGUCUAAGCACCUGAACAGAGGACUGAAACCUCCACUGCAGGCUGGUUUUAGGUCUUGAAUUAUGUAAGAAUCUUGCACAGCACUGCUAAUGUAAAUUUCAGUUGUUUUUCCCUCUAGGACAAACACUUACCAAAAUAUGCAACUUUUUUUUGGUGGGAAGAGAGAUUGUCCUGUGAUUUCUACCCAUUUCCUGAGGCCUGUGGAAAUAAACCUUUAUGUACUUAAAGUUAUACAGAAAAUAGAAUAAAGUUAAUACCAAACUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-868.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -916.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 547.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((((((((((..((((((.((((((((.((((((.(.......).)))))).))).....(((.......))).......)).)))))))))...))....((((.((((.((((.(((((..(((..(((((..(((((..(((((((...........)))))))....)))))...)))))((((..((.((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((...(((....(.((..((((.......)))))).)...))))))))))))))))..)).))).((((((((((.((........)).))))))).))).((.((((((...((((((.((((.......(((.((........))))).....)))).))))))(((((.((.((((.((.((.....((((((((((((((...((((......))))(((((((.((.....))...(((((((..((.(((...))).))..)))))))...((((((((((....(.((((......)))).)..))))))))))))))))).(((...((((......))))...)))((((........))))((((((.((.((......)).))....)))))).((....)).((((((((...((.(.(((((.(((((((((......((((..((((.............)))).))))(((((((((.(((.....((....)).....)))..))))))))).....((((.(((((.((..(((...((((....)))).....)))..))))))).)))).......))))..)))))))))).).)))))))))).......(((((..((((....((....(((.((((....((((((........))))))...))))..)))...))))))...)))))....)))))))))))))).....((((((.((((..((...((((((((.((.....((((....)))).......)).)))).))))....(((((........))))).))..))))))))))))))..)))).)).))))).)))))))))))..)))))))))..)))).)))).....(((((((((((..((....(((...((((..((..........(..((........))..)..........))..)))).)))..))..))))))))))).......(((((...)))))....)))))))))))).)))..((.((((.(((((((((.((((((....))))))...((((.(((((...((((.((.(((...........(((((((.....))))))).....))).))))))...))))).))))..(((((..((((((..((((...((.(((((((((...((((((((((((((((..((....))..))))))).............(((......)))))))))))).(((..(((((((..((((((..(((((.((((...(((...(.(((((......))))).)...))).)))).))))).((((.....(((.(((((..((..(((...))).))..)))))))).....))))(((((....)))))..........(((...((((((.(((....))).))))))..))).))))))))).))))....))).......))).))))))..)).))))..)))))).....))))).......((((((((......)))))))).)))))))))..))))))........((.(((((((((((...((((((((..(((((.(((((..((((((..((((((((((((((..........)))).........((.((((((........)).)))).))....((((((............((((...))))((((..(((......)))..))))))))))...(((((((((...((((..(((((((((........(((((((.....(((((.......)))))..)))))))....((.((((.((((((((.....(((((.((((((((((............((((((.(((((..((.((((((((((.(((..(((.(((..(((....)))))))))....))).)))........)))))))))....(((..(((....................)))..))).))))).))))))))))))))))))))))))))))).)))).))..((((((......))))))))))))....))).))))..))))))))).((((.......))))))))))))))...((((((((...(((((((...............................(((((.((.((....)).)).))))).........((((((.....))))))...........)))))))....))))).)))....(((((.(((....)))))))).(((......)))(((((((........((((((((((...((((((((.......)))).)))).)).)))).)))).........)))))))(((((.(((.....))).)))))..((((((((............))))))))))))))..))))).)))))...)))))))))))))....)))))).))........(((((......)))))...................(((((.......))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.((((((((((((,,..(((({(,(((,,(((.((((((.(.......).)))))).)))..}}.|||}},,...},,,{{{,{.|}.}}}}}})}),,,))....((((.((((.((((.(((((..((({{(((((..(((((..(((((((.,.......,.)))))))....)))))...)))))|(((,.,,.||||,,,,||||,}|}|}|,,,|||,,((((((((((((,.,{{((..,.(.({..{(((.......)))))).),.,)})))))))))))))),,||.|,|.((((((((((.((........)).))))))).))).,{,{{{{({...((((((,((((...,.,,({(,((,,,.....,,,})}}}..)))).))}}))(((((.((.((((..{,||.|,..((((((((((((((...{(((......)))}(((((((,(((.((({{,,.,{{{{(((({,.{({((((((((((,|,{(|....,}})}....)))))))))}......))))))})))))))))).},))))))).(((...((((......))))...)))((((........))))((((((.,{.{(......}}.}}....)))))).{{....||.((((((((,,((((({(({(({{{,{|||||,,|}}}|||,{{(((((({......,,,.,,,,.{,.,{||{{{|||,|{{...,{.,{{{{,{.....},,....,,}}})},,...,{{{.{{({(.{{..|{{...((({....}})).....)))..))))))).)))),},.,,,))||,,||,,,,,,,,))})))))))))),,.....(((((.,((((....{(....(((.((((,{..((((((........)))))),,.))))..)))...}))))),}.)))))....)))))))))))))).....{(((((.((((..((|,.((((((((.((.,,..((((....))))....,}.)).)))}}}))}....(((((........))))).})..)))))))))))},},.)})).)).))))),))))))}))))..)))))))))..)))).)))).....(((((((((((..((....(((...((((..((..........{..({........))..)....,,....))..)))).)))..))..))))))))))).......(((({...}))))....)))))))))))).)))..{(.((((.(((((((((.((((((....))))))...((((.(((((.,.(((,{((.(((.......,...(((((((.....))))))),,...))).)))))).,.))))).))))..(((((..((((((..((((...((.(((((((((...((((((((((((((((..({....}}..}}}||||,.........}||||,.,}},,,})))))))))).(((..(((((((..((((((..(((((.((((...(((...,,({{((,,,...,))))},...))).)))).)))))....,.....{((.(((((..((..(({...})).))..)))))}||{({..,||,(((((....))))),....|||||{{,...((((((.(((....))).))))))..}}}.))))))))).))))....))).......)))},)))))..}}.))))..)))))).....))))).......((((((((......)))))))).)))))))))..)))))}........((,(((({{,{{{,...((((((((..(((((.(((((..((((((..((((((((((((((.......,..||}|.......,.((.((((((........)),,))).))....{|{{{{,,,..,......||||..,,}||((((..(((......)))..))))})))})...(((((((((...((((,,(({{{{{{{...,,...(((((((.....(((((.......)))))..)))))))...|((.((((.((((((((.....(((((.((((((((((............((((((.(((((...({{((((,{(((.(({..(((,{{{,,(({.,.,||||}))),...,))|.}}}........,}))}},....,}|||..|||,..............,.,,}}})}}))).))))).))))))))))))))))))))))))))))).)))).}}..((((((......)))))))))}}}....}}}.))))..))))))))).((((.......))))))))))))))...((((((((...(((((((.........................{{,,,,,(((({(,.{{.},,)),))}}},,,.......|.((((((.....))))))...........)))))))....))))).)))....(((((.(((....)))))))).(((......)))(((((((....{,..(((((((({{...((((((((.......))))},))).)}.)))).))))...,}....)))))))(((((.(((.....))).)))))..((((((((.,........,.))))))))))))))..))))).)))))...))))))))}}}}),,,,))}})),)}...,,...(((((......)))))}},},,,,...........{((((.......))))).
Back