Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350484.2
Sequence Length
2688 nt
GC Content
0.4699
GAGAUUGCUGGGCGGUUCUUGCCGGAAGCGGAGAGCGGCUGAUCGCAGUCCGGAGGUGAGGCGGAACUCUGAGGCAGAUAUCCUCCCUUUCCUCCUCGGCUGCUGCUCUUACUUUGACAAGCCAGGCUAACAUUGAAGGUGGUCCAUUAUGGCUGACAUGCAAAAUCUGGUAGAAAGAUUGGAGAGGGCAGUGGGCCGCCUGGAGGCAGUAUCUCAUACCUCUGACAUGCACCGUGGGUAUGCAGACAGUCCUUCAAAAGGAGCAGCUCCAUAUGUGCAGGCAUUUGACUCGCUGCUUGCUGGUCCUGUGGCAGAGUACUUGAAGAUCAGUAAAGAGAUUGGGGGAGACGUGCAGAAACAUGCGGAGAUGGUCCACACAGGUUUGAAGUUGGAGCGAGCUCUGUUGGUUACAGCUUCUCAGUGUCAACAGCCAGCAGAAAAUAAGCUUUCCGAUUUGUUGGCACCCAUCUCAGAGCAGAUCAAAGAAGUGAUAACCUUUCGGGAGAAGAACCGAGGCAGCAAGUUGUUUAAUCACCUGUCAGCUGUCAGCGAAAGUAUCCAGGCCCUGGGCUGGGUGGCUAUGGCUCCCAAGCCUGGCCCUUAUGUGAAAGAAAUGAAUGAUGCCGCCAUGUUUUAUACAAACCGAGUCCUCAAAGAGUACAAAGAUGUGGAUAAGAAGCAUGUAGACUGGGUCAAAGCUUAUUUAAGUAUAUGGACAGAGCUGCAGGCUUACAUUAAGGAGUUCCAUACCACCGGACUGGCCUGGAGCAAAACGGGGCCUGUGGCAAAAGAACUGAGCGGACUGCCAUCUGGACCCUCUGCCGGAUCAUGUCCUCCUCCCCCUCCACCAUGCCCCCCUCCUCCCCCAGUCUCUACCAUUUCAUGCUCAUAUGAGUCUGCUUCCCGCUCAUCACUGUUCGCGCAGAUUAAUCAGGGGGAGAGCAUUACACAUGCCCUGAAACAUGUAUCUGAUGACAUGAAGACUCACAAGAACCCUGCCCUGAAGGCUCAGAGUGGUCCAGUACGCAGUGGCCCCAAACCAUUCUCUGCACCUAAACCCCAAACCAGCCCAUCCCCCAAACGAGCCACAAAGAAGGAGCCAGCUGUACUUGAACUGGAGGGCAAGAAGUGGAGAGUGGAAAAUCAGGAAAAUGUUUCCAACCUGGUGAUUGAGGACACAGAGCUGAAACAGGUGGCUUACAUAUACAAGUGUGUCAACACGACAUUGCAAAUCAAGGGCAAAAUUAACUCCAUUACAGUAGAUAACUGUAAGAAACUUGGCCUGGUAUUCGAUGACGUGGUGGGCAUUGUGGAGAUAAUCAACAGUAAGGAUGUCAAAGUUCAGGUAAUGGGUAAAGUGCCAACCAUAUCCAUCAACAAAACAGAUGGCUGCCAUGCUUACCUGAGCAAGAAUUCCCUGGAUUGUGAAAUAGUCAGUGCCAAAUCUUCCGAGAUGAAUGUCCUCAUUCCUACAGAAGGCGGUGACUUUAAUGAAUUCCCAGUUCCUGAGCAGUUCAAGACCCUAUGGAACGGGCAGAAGUUGGUCACCACAGUGACAGAAAUUGCUGGAUAAGCGAAGUGCCACUGGGUUCUUUGCCCUCCCUUCACACCAUGGGAUAAAUCUGUAUCAAGACGGUUCUUUUCUAGAUUUCCUCUACCUUUUUGCUCUUAAAACUGCUUCUCUGCUCUGAGAAGCACAGCUACCUGCCUUCACUGAAAUAUACCUCAGGCUGAAAUUUGGGGUGGGAUAGCAGGUCAGUUGAUCUUCUGCAGGAAGGUGCAGCUUUUCCAUAUCAGCUCAACCACGCCGCCAGUCCAUUCUUAAGGAACUGCCGACUAGGACUGAUGAUGCAUUUUAGCUUUGAGCUUUUGGGGGUUAUUCUACCAACAAACAGUCCAUUGGAAAGAAAACAGUCCCUGGAAUUAACAGAUCAGAAUGUUCACACUGGUUAAUCUUUUUUUAACAAUGAGCAUGAAGGUAGCAGAAGCUGGUGUGUUUCCAGAUGGUUCUUCUAACCAAACUAAUUUUUCACUGUUGACAAGCGAGGCAAGGGUUGCACUGGACCAAAGGCUGAGGCUUGGCCAUCUAGCAUUCCAUACAAAAUUGUUUCCUAUAAGCAUUCCUUUUAUUCUCUAUUCUAUCCUGGGUCUGCCUCAACCGUGAGAUAGGAGAGUCUCUGGUACUAGCUGCUGUAGCAGUGCCCUUCAUCCAGGGCAGUUAAUGGAGUCUUGGACCCUUUCUUUCUCUGGGAUCCCUGCCCAGCACCUUCCUAUAGAGAUGACUUUAAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCACAUGAUUUCAAGGAGUCUGGCAUUCCUGAAUCCUUCUUCCCUGCCAGGUGCCUGUCACCUGUCUUCACUGCCUCCUUUUCCCUGUCAUGCUCAUCAGCUUAUGGCUUCUGUCUAAGCACCUGAACAGAGGACUGAAACCUCCACUGCAGGCUGGUUUUAGGUCUUGAAUUAUGUAAGAAUCUUGCACAGCACUGCUAAUGUAAAUUUCAGUUGUUUUUCCCUCUAGGACAAACACUUACCAAAAUAUGCAACUUUUUUUUGGUGGGAAGAGAGAUUGUCCUGUGAUUUCUACCCAUUUCCUGAGGCCUGUGGAAAUAAACCUUUAUGUACUUAAAGUUAUACAGAAAAUAGAAUAAAGUUAAUACCAAACUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-822.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -870.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 761.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((.(((((..(((....)))))))).)))....((((((.(((((.((((.(((..((((...))))..)))..)))).)))))..)))))).(((((..((((((...((((((..........((((((((((((...(((....(.((..((((.......)))))).)...)))))))))))))))(((((.(.(.((((((((((.((........)).))))))).))).).))))))....((((...))))..((((....)))).....(((((((.((((((.((...(((((.((.((((.((.((.....((((((((((((((...((((......))))(((((((.((.....))...(((((((..((.(((...))).))..)))))))...((((((((((....(.((((......)))).)..))))))))))))))))).(((...((((......))))...)))((((........))))((((((.((.((......)).))....)))))).((....)).((((((((...((.(.(((((.(((((((((......((((..((((.............)))).))))(((((((((.(((.....((....)).....)))..))))))))).....((((.(((((.((..(((...((((....)))).....)))..))))))).)))).......))))..)))))))))).).)))))))))).......(((((..((((....((....(((.((((....((((((........))))))...))))..)))...))))))...)))))....)))))))))))))).....((((((.((((..((...((((((((.((.....((((....)))).......)).)))).))))....(((((........))))).))..))))))))))))))..)))).)).)))))((((....))))...)).)))))).))))))).......(((((((((((..((....(((...((((..((..........(..((........))..)..........))..)))).)))..))..))))))))))).......(((((...)))))..))))))..))))))....)))))((((.(((((((((.((((((....))))))...((((.(((((...((((.((.(((...........(((((((.....))))))).....))).))))))...))))).))))..(((((..((((((..((((...((.(((((((((...((((((((((((((((..((....))..))))))).............(((......)))))))))))).(((..(((((((..((((((..(((((.((((...(((...(.(((((......))))).)...))).)))).))))).((((.....(((.(((((..((..(((...))).))..)))))))).....))))(((((....)))))..........(((...((((((.(((....))).))))))..))).))))))))).))))....))).......))).))))))..)).))))..)))))).....))))).......((((((((......)))))))).)))))))))..))))..........((.(((((((((((...((((((((..(((((.(((((..((((((..((((((((((((((..........)))).........((.((((((........)).)))).))....((((((............((((...))))((((..(((......)))..))))))))))...(((((((((...((((..(((((((((........(((((((.....(((((.......)))))..)))))))....((.((((.((((((((.....(((((.((((((((((............((((((.(((((..((.((((((((((.(((..(((.(((..(((....)))))))))....))).)))........)))))))))....(((..(((....................)))..))).))))).))))))))))))))))))))))))))))).)))).))..((((((......))))))))))))....))).))))..))))))))).((((.......))))))))))))))...((((((((...(((((((...............................(((((.((.((....)).)).))))).........((((((.....))))))...........)))))))....))))).)))....(((((.(((....)))))))).(((......)))(((((((........((((((((((...((((((((.......)))).)))).)).)))).)))).........)))))))(((((.(((.....))).)))))..((((((((............))))))))))))))..))))).)))))...)))))))))))))....)))))).))........(((((......))))).....)))...........(((((.......))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(((((((((((,(((,{{{||((({((({{{,,..(((({{.(((((.((((.(((..((((...))))..)))..)))).)))))..))))))|{||||,.,,,,{{..|{{{{{|}.........(((((((((((,.,{{((..,.(.({..{(((.......)))))).),.,)})))))))))))))((((({({(.{{{(((((((.((........}}.))))))).}|}.,.|||||,..,}|||||||}}}},.,,(({{{{||||,{{..,((((((.((((((.((...(((((.((.((((..{.{|.,,..((((((((((((((...{(((......)))}(((((((,(((.((({{,,.,{{{{(((({,.{({((((((((((,|,{(|....,}})}....)))))))))}......))))))})))))))))).},))))))).(((...((((......))))...)))((((........))))((((((.,{.{(......}}.}}....)))))).{{....||.((((((((,,((((({(({(({{{,{|||||,,|}}}|||,{{(((((({......,,,.,,,,.{,.,{||{{{|||,|{{...,{.,{{{{,{.....},,....,,}}})},,...,{{{.{{({(.{{..|{{...((({....}})).....)))..))))))).)))),},.,,,))||,,||,,,,,,,,))})))))))))),,.....(((((.,((((....{(....(((.((((,{..((((((........)))))),,.))))..)))...}))))),}.)))))....)))))))))))))).....((((((.((((..(({{.((((((((.((.,,..((((....))))....,}.)).))))}}))}....(((((........))))).}}..)))))))))))}}},.)))).)).)))))((((....}))),..)).)))))).))))))}.......{{{{{,{((((.{((...{(((,,,,((({,{,..........,.,{,.....{{{|{{{..{{{{{,...,...,,,|{|||{{{|{{||||||}||||{,,..{,{{{{,.,,}))))..|{{{|,{,.{{{{{{{{..|{{{({...,,,,||||}}((((((....)))))){,.((((.(((((.,.(((,,((.(((.......,...(((((((.....))))))),,...))).)))))).,.))))).)))).}|(((({{({{,,,{{((((..{((..,(((,,((...((((((((((((((((..({....}}..}}}}|||,.........}||||,.,}},,,}))))))))))..}}..|||||||}}|||,,...,{,||}||||..,(((....}|}}{,.|}}}}))),)),..,})}.}},|{|||||..,{(.....(((.(((((..((..(({...))).))..)))))))).|...}}}}}}}||}.{{{{{||,....||||||....,||||{{,|{|,,,,))).)))))),,|||{,},,},}}}.))))..,,|||{....,,||,,..))))..,),)))),.)))))),}}}})))))}}.....,(((((((......))))))))})))),,)),}}))).,{{{......,,|||||}},...})))))))))),..|||||,,{{{{,{(({{(({.(((((((((({{{{.......,,,||||.......|.((.((((((........))}}))).)).,..||||||,,,..,......||||.,|}))}{(((..(((......)))..)))},)))}}...(((((((({...({((,{({{,{,{{{....,...{((((((.....(((((.......)))))..))))))),,.||{.((((.((((((((.....(((((.((((((((((............((((((.(((((...({{((((,{(((.{({..((({{{{,,(({.,.,||}}}))),...,))|.,}}........,})}}|,....,}|||..|||,..............,.,,,}})}}))).))))).))))))))))))))))))))))))))))).)))).}}..{(((((......))))))})},,},,.,}}}.|))),,}}))))))}.{|||......,)))))))))))))).|||||}},|}},,},.||||,.................,}},,..{,,,,,,{(({|{{,{{,|,,}},|||,,.}},.....}}}))))}})})),)))}))}....))))))))).,},,,,,||},,}}|}.,,.|||{{,|||,,,,||}}}}}}.,,|}.,}}}))}(((((((....{,..(((((((({{...((((((((.......))))},))).)}.)))).))))...}}....)))))))|((((.(((.....))).))))}((((((((((.,........,.)))))))))),,))},}))))))).))))))))...,,{{{{{{...,,.,,|,))}}}}....(((((......))))),},,,,,,...........{((((.......))))).
Back