Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351065.2
Sequence Length
3806 nt
GC Content
0.5095
AGAGCAGCGCAGAAGCCGAGCCGCGAGGAGCGCACUCCGUGGCCCCGAUGGAGCGGUACAAAGCCCUGGAACAGCUGCUGACAGAGUUGGAUGACUUCCUCAAGAUUCUUGACCAGGAGAACCUGAGCAGCACAGCACUGGUGAAGAAGAGCUGCCUGGCGGAGCUCCUCCGGCUUUACACCAAAAGCAGCAGCUCUGAUGAGGAGUACAUUUAUAUGAACAAAGUGACCAUCAACAAGCAACAGAAUGCAGAGUCUCAAGGCAAAGCGCCUGAGGAGCAGGGCCUGCUACCCAAUGGGGAGCCCAGCCAGCACUCCUCGGCCCCUCAGAAGAGCCUUCCAGACCUCCCGCCACCCAAGAUGAUUCCAGAACGGAAACAGCUUGCCAUCCCAAAGACGGAGUCUCCAGAGGGCUACUAUGAAGAGGCUGAGCCAUAUGACACAUCCCUCAAUGGUCACUCUGGCGGAUUUCUCCCCACUGGAGUCCCCAGAUGGGUGCAGGUGCCCGAAGGAGUCAUUUAUGCCACGAUCACCUUGGAGGACGGAGAGGCUGUGAGCAGCUCCUACGAGUCCUACGAUGAAGAGGACGGCAGCAAGGGCAAGUCGGCCCCUUACCAGUGGCCCUCGCCGGAGGCCGGCAUCGAGCUGAUGCGUGACGCCCGCAUCUGCGCCUUCCUGUGGCGCAAGAAGUGGCUGGGACAGUGGGCCAAGCAGCUCUGUGUCAUCAAGGACAACAGGCUUCUGUGCUACAAAUCCUCCAAGGACCACAGCCCUCAGCUGGACGUGAACCUACUGGGCAGCAGCGUCAUUCACAAGGAGAAGCAAGUGCGGAAGAAGGAGCACAAGCUGAAGAUCACGCCGAUGAAUGCCGAUGUGAUUGUGCUGGGCCUGCAGAGCAAGGACCAGGCUGAGCAGUGGCUCAGGGUCAUCCAGGAAGUGAGCGGCCUGCCUUCCGAAGGAGCAUCUGAAGGAAACCAGUACACCCCGGAUGCCCAGCGCUUUAACUGCCAGAAACCAGAUAUAGCUGAGAAGUACCUGUCGGCUUCAGAGUAUGGGAGCUCCGUGGAUGGCCACCCUGAGGUCCCAGAAACCAAAGACGUCAAGAAGAAAUGUUCUGCUGGCCUCAAACUGAGCAACCUAAUGAAUCUGGGCAGGAAGAAAUCCACCUCACUGGAGCCUGUGGAGAGGUCCCUCGAGACAUCCAGUUACCUGAACGUGCUGGUGAACAGCCAGUGGAAGUCUCGCUGGUGCUCUGUCAGGGACAAUCACCUGCACUUCUACCAGGACCGGAACCGGAGCAAGGUGGCCCAGCAACCCCUCAGCCUGGUGGGCUGCGAGGUGGUCCCAGACCCCAGCCCCGACCACCUCUACUCCUUCCGCAUCCUCCACAAGGGCGAGGAGCUGGCCAAGCUUGAGGCCAAGUCUUCCGAGGAAAUGGGCCACUGGCUGGGUCUCCUGCUCUCUGAGUCAGGCUCCAAGACAGACCCAGAAGAGUUCACCUACGACUAUGUGGAUGCCGAUAGGGUCUCCUGUAUUGUGAGUGCGGCCAAAAACUCUCUCUUACUGAUGCAGAGAAAGUUCUCAGAGCCCAACACUUACAUCGAUGGCCUGCCUAGCCAGGACCGCCAGGAGGAGCUGUAUGACGACGUGGACCUGUCAGAGCUCACAGCUGCGGUGGAGCCUACCGAGGAAGCCACCCCUGUUGCAGAUGACCCAAAUGAGAGAGAAUCUGACCGAGUGUACCUGGACCUCACACCUGUCAAGUCCUUUCUGCAUGGCCCCAGCAGUGCACAGGCCCAGGCCUCCUCCCCGACGUUGUCCUGCCUGGACAAUGCAACUGAGGCCCUCCCGGCAGACUCAGGCCCAGGUCCCACCCCAGAUGAGCCCUGCAUAAAGUGUCCAGAGAACCUGGGAGAACAGCAGCUGGAGAGUUUGGAGCCAGAGGAUCCUUCCCUGAGAAUCACCACCGUCAAAAUCCAGACGGAACAGCAGAGAAUCUCCUUCCCACCGAGCUGCCCGGAUGCCGUGGUGGCCACCCCACCUGGUGCCAGCCCACCUGUGAAGGACAGGUUGCGCGUGACCAGUGCAGAGAUCAAGCUUGGCAAGAAUCGGACAGAAGCUGAGGUGAAGCGGUACACAGAGGAGAAGGAGAGGCUUGAAAAGAAGAAGGAAGAAAUCCGGGGGCACCUGGCUCAGCUCCGGAAAGAGAAACGGGAGCUAAAGGAAACCCUACUGAAAUGCACAGACAAGGAAGUCCUGGCGAGCCUGGAGCAGAAGCUGAAGGAAAUUGACGAGGAGUGCCGGGGCGAGGAGAGCAGGCGCGUGGACCUGGAGCUCAGCAUCAUGGAGGUGAAGGACAACCUGAAGAAGGCUGAGGCAGGGCCUGUGACGUUAGGCACCACCGUGGACACCACCCACCUGGAGAAUGUGAGCCCCCGCCCCAAAGCUGUCACACCUGCCUCUGCCCCAGACUGUACCCCAGUCAACUCUGCAACCACACUCAAGAACAGGCCUCUCUCGGUCGUGGUCACAGGCAAAGGCACUGUACUCCAGAAAGCCAAGGAAUGGGAGAAGAAAGGAGCAAGUUAGAAAACAAGCUUCAUCUAAAGACUCUCAUGUCAAUGUGGACCUUGGUGACAAUCCUGCUUUGUUAAAGCAAAAACUAUGCGAAAGGGUGAGUCUGUUUAGAAGAAAAAGCAAAGACUGAGGUACUGUGAAUGGAGAGCUUCAGCUAAGAGGAGGCUCUGUCCCUUUUCAGAGCCAAAGGAAAUAAUACAACAAAAAGGAGGCUUCUUUGGAGACCUAAGUCUAUUGGAUGUAAACAAGACGUUGUAUUUAGGGAUGUUCUGUGUUUCUUUCUUUUUUGAAGUUGUCAUCAAUUGCUUUACUAAGAUUUUUAAAUAGUGAAAACCUCCUGUUUAGACUUUGGUGGAAGAUGAAUCAAGGAAGCAGGGCCCUGUCUUAUGGGUCACGUGUCUUUGGUGAGUGAGAAGACCUAAACUCCUGGCCAUCAUCUCUUAUCCAAUACUUAGCAGUUGGGGAUUAAACCAUCCUUGCCUUCAGUUCUCUCCAAUAUUACCAGGCCCAACUCAGUCUUCAGUGAUUUUAAACAGCAUUGACAUCAUCUGUAAAACCAUCAUCUGUAAAACCAUCUAUGACAUGAGUUUUGAGAAACAAUAAUGGGGAAAAUAUUUGGGACCAAGCUGAAGCACUAAUCCCACUAAGUUAAAGACUUCUUUCCAGUCCAAGGCAGGCCUGAAUCAACUGUCUUUAAAUAAAAUUUUAAGUGAUGCUGUAUUAUAUAUAGGAAAAAAUGCUUAAAAUCCUGUCAUUUAGAACAGUGAAAAGUAUCUUUUGAGAUUAAAGUGACUCUUUACUGUAGGAAAAAUAUUACUCUGUGUUUACAGAUUCAUUGCUGUGGUCAGGCCAUUUUUAAGGGAAGAGUUAUUUAAUAUAAAUAGUCUCUGAUUUUAAGUUCUGUUUAAUGUUCAUUCUCCUUCCAAGAACAAAGUGGUGAUUUUUGGUUAGGGUGAUCGCCCUCUUAAAAUUGGCAGUGCUGUUCCUUGUGCUGCCCCUGUCUUUUCCUCUGAUGGCAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAACACAGGUUGAAACAUUUCAUCUAUUAUCUCUGCCUCAUUUCUGGAGGGUUGUGUAUCAGUUCUCUAACACUUGUUCCUGAGAACUAAAUGUCUUUUUUAUUCUUAUUUCCUCUCUCAUAAACAUUUGGUGACCUUUUACCAAGUGGUGAGUUAGUUAGGUUUUUUAAAAUAAAAUGUUCAUUGUAUUUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1280.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1344.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 1136.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((..(((((..((((....))))))))).(((..((.((........)))))))....((((((.........(((.....)))(((((...))))).((((....))))))))))...(..(((((((...((((((((.((((((((...)))).(((((......)))))....(((((..(((((.((.(((....))).))...((........))..(((......)))...(((....))).....(((.((((((...(((..(((.(((....))))))...)))....))))))))).)))))..)))))...(((....(((((((((.((((.((.((((.....)))).)).))))...(((.......)))((((((.((((((((((...(((.(((((((((...((((.(((......))))))).(((((.(((((((........))))))))))))........(.((((((.((((((......(((((((..(..(((.(....).)))..).)))).))))))))).)).(((((.(......)))))))))).)...)))...)))))).)))...))))))))))...)))))).(((.(((.((....)).))).)))....((((((((.......))))).))).))))).))))...))))))).))))))))...))))).))..)....)))))))))))).....((((...)))).((((((((((.(((((...........(((((((((.((.((.(((....))))).)).....(((..(((((((.....((((..(((((((.((........)).)))))))(((((((.(((.((((((...((((...((((((....)))))))))).(((.(((((..((....))..)))))...))))).)))).)))...)))))))...((((((.(((((((((....((.((((.......((((((((........(((((((((((((.(((..((((((((.((((....))))..(((((((.(((((........(.....)........)))))..)))))))...................(((((((.(((.....))).......((((((((((((((((((((..((((((.((((.....(((.....((((.....))))))))))).)))))).(((((....((((((........)))).))...))))))))))((((((..(((..(((((((((......((((.((((.(((((.((((((((((((...............)))))))))..........)))...)))))..))))(((((..(((((........)))))..))))).))))...))))))))).))).))).)))...))))))...))))))))).....).)))))).)))))).))....)))...)))).))))))))).(((((((...((((((((.((((...((((.(((((.........))))).))))....).)))...)))))))).....((((((......)))).))..))))))))))))))).......(((((((..(((.(((((...(((.(((((.((((...(((((.(((...(((((.(((..((..(((..((((((((.((.((((.(.((((...........))))).)))).)).)))))).)))))...))....))))))))....))).))))).....((((((((.....))))))))...((((((((.....)))...)))))....)))).))))).))).))))).))).....)).)))))......)))).))...))).))))).).))))))...(((.(((....))))))..........(((((........)))))..)))).......)))))))...))).)))))))))..((((.(((((.....))))))))).)))))..((((((.....))))))(((((.......)))))((..((..((...))..)).))...((((((.((((((..((.(((((((((((((((((.(.((((((......)))..(((.....)))((((((.(((((((.((((((.(.........).))))))..(((....)))..((((((.(((((((.((...(.(((((.((...(((((.((((.(((((((........(((.(((((((((((..((((.(((((.((.(((..(.((.(((((.(((.....(((((.....((.(((.....))).)).((..(((((((......))))).)).))((((...)))).))))).....)))))))).)).)..)))..)).......)))))))))))))).(((((.....)))))...((((..(((((...........((((......)))))))))..))))....))))))...)))........((((((.((((((((((((((((((...(((((.........(((((.....(((((...(((..((..(((((((((((.(((((((...(((........)))...))...)))))..)))(((((........)))))...))))))))))..)))...)))))((((......)))).(((((((........))))))).........((((((((.......(((((((...)))).)))..((((..((........))))))))))))))...))))))))))))))))))))))))).......(((.(((((((((..((((((...(((((((((.((.....))))))))))).))))))(((((((((...(((((.((..(((((........)))))..)).)))))(((.((.(((..........))))).))).))))))....))).......))))))))).)))....)))))))))))))))))))))))))...)).))))).)...))..))))...))))))))).((((((.(((....(((((((((.......(((.(((((((((.......))).))))))))).......((((((..(((((((((((....((....)).....))))......((((((((.......(((.((......)).)))........)))))))).....((((((((((.(.((((((...)))))).).....)))))))))).(((.....))).((((((((.(((..((((.......))))..))).)))))))).....))))))).)))))).)))))))))))).))))))))))))).....(((((((..(((((((((((...))))))).))))..)))))))...........(.(((((((....(((((((((......)).)))))))..))))))).)))))))........((((((((........))))))))))).)))))))))))).))..................(((((((....)))))))............)))).))))))))))))))))))))))))....(((((((.(((....)))...))))))).........(((((((.......((((((((((...((((((((((....)))))))))))))))..))..)))........))))))).))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((((((((,.(((((,.((((....))))))))),((,..((.((........))))}))....((((((...,{,{{{{((.....)}}((({{..,))))}.((((....))))))))))...{..{((((((...((((((((.((((((((...)))).(((((......)))))....(((((..(((((.((.(((....}}}.,}...{{{,....,.,,..(((......)))...,{{...,|||.....|||}((((((...(((..(((.(((....))))))...)))....))))))})).)))))..)))))...(((....(((((((((.((((.((.((((.....)))).)).)))),,.{{{.......)),((((((.((((((((((...(((.(((((((((...((((.(({......))))))}.(((((.(((((((........)))))))))))),|||{,,.{.{||||{.((((((......(((({(,.,(.,(((.,,,,.|.}|}.}}||))),))})))))).}}.(((((.(......)))))))))).}...)))...)))))).)))...))))))))))...)))))).(((.(((.((....)).))).))),}}.{{((((((.......)))))}.}}.))))).))))...))))))).))))))))...)))))}.},.}....)))))))))))}.....((((...}))}.((((((((((.,{((({,(((,.,,,.{{(((((({.({,((,(((...,|||||{||,.{.{(((.,,(((((({,...((({..(((((((.((,,,,....||,|||||}|((({((({((({{(((((...({{{...((({((,,,,||}|}|||}|,(((.(({{({{,({,,.,}.{||||},,.}},}}.))}),)))...)),))})}},|{||||}|||{|{|||...,||}||||....,.,,{{,{(({.....,..((((((((({(({.,{{.,((((((((.((((....})}}..{{||{||,||{,.......,,|,||,.{.,,.....))))}.,)))}}},...,}}}|...,...,|..((((((,.(((.....)))..,,...(((((((((.((({{{,|||..((((((.((({,,,.......,..(((({{...,,))))))))).))))))((((((...,({((((........)))),)}...))))))||||(({,,|,{(((..((,(((((({{...{((,,.,((({(.((({(,,(((((((((...,...........)))))))))..{{{{{..{||..{{{,,...}))))}||||}.(((((........)))))}}))),)},)))...,))),,,,,.)))))))},))}}))))))}.,,))))))))).,...}.)))))).}}}}}}.}}||,.,,,..,)))).))))))))).{|(((((,,,(((((({(.(({,...{{{{.{{{||,,|..,,),))))).}))),,,,).))),,.)))))))),,}.,(((((({,,.|,||}|,|||.}}|||||}}||||,|,.....,((({{{({,(((.(((((...(((.(((((.((((...(((((.(((...(((({{(((..((..(({.,{(((((((.((.((((.(.((((...........))))).)))).)).)))))).}})))...}}....))))))))....))).)))))...{.((((((((.....)))))))),..((((((((.....)))...)))))....)))).))))).))).))))).))),},..|},}||||{.....)))).}}...))).))))),},}))))|.,,(((.(((....)))))).,........(((((........)))))..,,||,,,{..{|||||||{{.}||.|||||||||..,|||.|||||,..,,}}}}||||||||,{{..{(((((.....))))))|||||,...,},))|||{{{,,...{|||.||.....,{.,.,.,},}))}|||||||||}||.,.|{{{||{||||||}|(({((......}}}..(({.....)))((({{{.|||||{|,((((((.{.........).))))))..(((....))).,((,,,,.{,|||{{.,{|..,|{{({(,|{.,|(((((,(({,{({{{(((....{{,{{{{{{({{{{(((((,.((((.(((((,{,((((.((((,..((((((.{,....((((........))))...,,..)))))).}}||(((((......))))).}}|,,((((...}}}}|}}}.})}....||||{||.,,.}|.,,...)),})))},)))))))))))))).(((((.....)))))..,||||,.,||||.,,,.,,,,,,},}}}},,,})))}})))).,||||{...|)).)}}}.,,}},,...,,{,,(({.((((((((({,,(((((,.(((....}}}..}}}||.(((.{(((({({({{{(((..{({{{{,,{((({{,.,,,,((((({...,}}}}}.......,||,..,}|||,||||((((({{{,.....,|}.,{({((((({|.(({{{{.{{{||{||||{||{,..||||.(((((((........)))))))...,.....,{{(({{(.....,,(((({((,..}}|}.|}}..{|||.,{{,,.,....||}||||||}}}}}.,},}}}}))})}))))}})))))))}}.,,,{{,{{{.,{|{{{{{({{((((((...(((((((((.((.....))))))))))).}))))}|||((((((,,,(((((.((..(((((........)))))..)).)))))|||.((.(((..........))))).))}.))))))....,}}},.....})))))))|||||....}}))))))}))))))))))))))))...)),))))}.,...))}}))))}..)),,))))),||||{|.|{|,...{|||||{,,..,,,,,||,.{,,,,||||,..}}}})))}))))),)))........{((((......{(((((,....,|}.},},.....))))}....,|{,.,{,|}}},}}}||,}||.|}}}|)),),}......,,}}}}}||,,....,{((((((({.{.((((((...)))))).}.....,})))))))),||}},...,}},((((((((.(((..((((.......))))..))).)))))))).,,...,,,,|..,,||}|}}})))))))))),))})))))))}}|{{{.,((((((({.(((((((((((...))))))).))))..,,}}}},..,........{.{(({(({....(((((((({......)).)))))))..))))))).})))))),,}}},.,|||{||{{,,,,,,,,})}))))})}),}))))))))}))}))))................{{(((((....)))))},...,}}},}}....,))))))}}}}}.})))))))))))))....(((((((.(((....)))...))))))).........{((((({.,,,...(((,,(((((...((((((((((....)))))))))))))))..))..))).....,,,))))))}.))))............
Back