Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351075.2
Sequence Length
3473 nt
GC Content
0.5010
AGAGCAGCGCAGAAGCCGAGCCGCGAGGAGCGCACUCCGUGGCCCCGAUGGAGCGGUACAAAGCCCUGGAACAGCUGCUGACAGAGUUGGAUGACUUCCUCAAGAUUCUUGACCAGGAGAACCUGAGCAGCACAGCACUGGUGAAGAAGAGCUGCCUGGCGGAGCUCCUCCGGCUUUACACCAAAAGCAGCAGCUCUGAUGAGGAGUACAUUUAUAUGAACAAAGUGACCAUCAACAAGCAACAGAAUGCAGAGUCUCAAGGCAAAGCGCCUGAGGAGCAGGGCCUGCUACCCAAUGGGGAGCCCAGCCAGCACUCCUCGGCCCCUCAGAAGAGCCUUCCAGACCUCCCGCCACCCAAGAUGAUUCCAGAACGGAAACAGCUUGCCAUCCCAAAGACGGAGUCUCCAGAGGGCUACUAUGAAGAGGCUGAGCCAUAUGACACAUCCCUCAAUGAGGACGGAGAGGCUGUGAGCAGCUCCUACGAGUCCUACGAUGAAGAGGACGGCAGCAAGGGCAAGUCGGCCCCUUACCAGUGGCCCUCGCCGGAGGCCGGCAUCGAGCUGAUGCGUGACGCCCGCAUCUGCGCCUUCCUGUGGCGCAAGAAGUGGCUGGGACAGUGGGCCAAGCAGCUCUGUGUCAUCAAGGACAACAGGCUUCUGUGCUACAAAUCCUCCAAGGACCACAGCCCUCAGCUGGACGUGAACCUACUGGGCAGCAGCGUCAUUCACAAGGAGAAGCAAGUGCGGAAGAAGGAGCACAAGCUGAAGAUCACGCCGAUGAAUGCCGAUGUGAUUGUGCUGGGCCUGCAGAGCAAGGACCAGGCUGAGCAGUGGCUCAGGGUCAUCCAGGAAGUGAGCGGCCUGCCUUCCGAAGGAGCAUCUGAAGGAAACCAGUACACCCCGGAUGCCCAGCGCUUUAACUGCCAGAAACCAGAUAUAGCUGAGAAGUACCUGUCGGCUUCAGAGUAUGGGAGCUCCGUGGAUGGCCACCCUGAGGUCCCAGAAACCAAAGACGUCAAGAAGAAAUGUUCUGCUGGCCUCAAACUGAGCAACCUAAUGAAUCUGGGCAGGAAGAAAUCCACCUCACUGGAGCCUGUGGAGAGGUCCCUCGAGACAUCCAGUUACCUGAACGUGCUGGUGAACAGCCAGUGGAAGUCUCGCUGGUGCUCUGUCAGGGACAAUCACCUGCACUUCUACCAGGACCGGAACCGGAGCAAGGUGGCCCAGCAACCCCUCAGCCUGGUGGGCUGCGAGGUGGUCCCAGACCCCAGCCCCGACCACCUCUACUCCUUCCGCAUCCUCCACAAGGGCGAGGAGCUGGCCAAGCUUGAGGCCAAGUCUUCCGAGGAAAUGGGCCACUGGCUGGGUCUCCUGCUCUCUGAGUCAGGCUCCAAGACAGACCCAGAAGAGUUCACCUACGACUAUGUGGAUGCCGAUAGGGUCUCCUGUAUUGUGAGUGCGGCCAAAAACUCUCUCUUACUGAUGCAGAGAAAGUUCUCAGAGCCCAACACUUACAUCGAUGGCCUGCCUAGCCAGGACCGCCAGGAGGAGCUGUAUGACGACGUGGACCUGUCAGAGCUCACAGCUGCGCUGGAGAGUUUGGAGCCAGAGGAUCCUUCCCUGAGAAUCACCACCGUCAAAAUCCAGACGGAACAGCAGAGAAUCUCCUUCCCACCGAGCUGCCCGGAUGCCGUGGUGGCCACCCCACCUGGUGCCAGCCCACCUGUGAAGGACAGGUUGCGCGUGACCAGUGCAGAGAUCAAGCUUGGCAAGAAUCGGACAGAAGCUGAGGUGAAGCGGUACACAGAGGAGAAGGAGAGGCUUGAAAAGAAGAAGGAAGAAAUCCGGGGGCACCUGGCUCAGCUCCGGAAAGAGAAACGGGAGCUAAAGGAAACCCUACUGAAAUGCACAGACAAGGAAGUCCUGGCGAGCCUGGAGCAGAAGCUGAAGGAAAUUGACGAGGAGUGCCGGGGCGAGGAGAGCAGGCGCGUGGACCUGGAGCUCAGCAUCAUGGAGGUGAAGGACAACCUGAAGAAGGCUGAGGCAGGGCCUGUGACGUUAGGCACCACCGUGGACACCACCCACCUGGAGAAUGUGAGCCCCCGCCCCAAAGCUGUCACACCUGCCUCUGCCCCAGACUGUACCCCAGUCAACUCUGCAACCACACUCAAGAACAGGCCUCUCUCGGUCGUGGUCACAGGCAAAGGCACUGUACUCCAGAAAGCCAAGGAAUGGGAGAAGAAAGGAGCAAGUUAGAAAACAAGCUUCAUCUAAAGACUCUCAUGUCAAUGUGGACCUUGGUGACAAUCCUGCUUUGUUAAAGCAAAAACUAUGCGAAAGGGUGAGUCUGUUUAGAAGAAAAAGCAAAGACUGAGGUACUGUGAAUGGAGAGCUUCAGCUAAGAGGAGGCUCUGUCCCUUUUCAGAGCCAAAGGAAAUAAUACAACAAAAAGGAGGCUUCUUUGGAGACCUAAGUCUAUUGGAUGUAAACAAGACGUUGUAUUUAGGGAUGUUCUGUGUUUCUUUCUUUUUUGAAGUUGUCAUCAAUUGCUUUACUAAGAUUUUUAAAUAGUGAAAACCUCCUGUUUAGACUUUGGUGGAAGAUGAAUCAAGGAAGCAGGGCCCUGUCUUAUGGGUCACGUGUCUUUGGUGAGUGAGAAGACCUAAACUCCUGGCCAUCAUCUCUUAUCCAAUACUUAGCAGUUGGGGAUUAAACCAUCCUUGCCUUCAGUUCUCUCCAAUAUUACCAGGCCCAACUCAGUCUUCAGUGAUUUUAAACAGCAUUGACAUCAUCUGUAAAACCAUCAUCUGUAAAACCAUCUAUGACAUGAGUUUUGAGAAACAAUAAUGGGGAAAAUAUUUGGGACCAAGCUGAAGCACUAAUCCCACUAAGUUAAAGACUUCUUUCCAGUCCAAGGCAGGCCUGAAUCAACUGUCUUUAAAUAAAAUUUUAAGUGAUGCUGUAUUAUAUAUAGGAAAAAAUGCUUAAAAUCCUGUCAUUUAGAACAGUGAAAAGUAUCUUUUGAGAUUAAAGUGACUCUUUACUGUAGGAAAAAUAUUACUCUGUGUUUACAGAUUCAUUGCUGUGGUCAGGCCAUUUUUAAGGGAAGAGUUAUUUAAUAUAAAUAGUCUCUGAUUUUAAGUUCUGUUUAAUGUUCAUUCUCCUUCCAAGAACAAAGUGGUGAUUUUUGGUUAGGGUGAUCGCCCUCUUAAAAUUGGCAGUGCUGUUCCUUGUGCUGCCCCUGUCUUUUCCUCUGAUGGCAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAACACAGGUUGAAACAUUUCAUCUAUUAUCUCUGCCUCAUUUCUGGAGGGUUGUGUAUCAGUUCUCUAACACUUGUUCCUGAGAACUAAAUGUCUUUUUUAUUCUUAUUUCCUCUCUCAUAAACAUUUGGUGACCUUUUACCAAGUGGUGAGUUAGUUAGGUUUUUUAAAAUAAAAUGUUCAUUGUAUUUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1156.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1219.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 843.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((..(((((..((((....))))))))).(((..((.((........)))))))....((((((.........(((.....)))(((((...))))).((((....))))))))))...(..(((((((...((((((((.((((((((...)))).(((((......)))))....(((((..(((((.((.(((....))).))...((........))..(((......)))...(((....))).....(((.((((((...(((..(((.(((....))))))...)))....))))))))).)))))..)))))...(((....(((((((((.((((.((.((((.....)))).)).))))...(((.......)))((((((.((((((((((...(((.(((((((((...((.(.(.(((((((.(((((((((((..(((...)))..)))).....))))).)).)).)).))).)))).....)))...)))))).)))...))))))))))...)))))).(((.(((.((....)).))).)))....((((((((.......))))).))).))))).))))...))))))).))))))))...))))).))..)....)))))))))))).....((((...)))).((((((((((.(((((...........(((((((((.((.((.(((....))))).)).....(((..(((((((.....((((..(((((((.((........)).)))))))(((((((.(((.((((((...((((...((((((....)))))))))).(((.(((((..((....))..)))))...))))).)))).)))...)))))))...((((((.((((((((.....(((........)))....(((((.......(((((((((((((.(((..((((((((.((((....))))..(((((((.(((((........(.....)........)))))..)))))))...................(((((((.(((.....))).......((((((((((((((((((((..((((((.((((.....(((.....((((.....))))))))))).)))))).(((((....((((((........)))).))...))))))))))((((((..(((..(((((((((......((((.((((.(((((.((((((((((((...............)))))))))..........)))...)))))..))))(((((..(((((........)))))..))))).))))...))))))))).))).))).)))...))))))...))))))))).....).)))))).)))))).))....)))...)))).)))))))))..((((((...((((((((.((((...((((.(((((.........))))).))))....).)))...)))))))).....((((((......)))).))..))))))(((((...(((((.........))))).))))).)))))))))))).).))))))...(((.(((....))))))..........(((((........)))))..)))).......)))))))...))).)))))))))..((((.(((((.....))))))))).)))))..((((((.....))))))(((((.......)))))((..((..((...))..)).))...((((((.((((((..((.(((((((((((((((((.(.((((((......)))..(((.....)))((((((.(((((((.((((((.(.........).))))))..(((....)))..((((((.(((((((.((...(.(((((.((...(((((.((((.(((((((........(((.(((((((((((..((((.(((((.((.(((..(.((.(((((.(((.....(((((.....((.(((.....))).)).((..(((((((......))))).)).))((((...)))).))))).....)))))))).)).)..)))..)).......)))))))))))))).(((((.....)))))...((((..(((((...........((((......)))))))))..))))....))))))...)))........((((((.((((((((((((((((((...(((((.........(((((.....(((((...(((..((..(((((((((((.(((((((...(((........)))...))...)))))..)))(((((........)))))...))))))))))..)))...)))))((((......)))).(((((((........))))))).........((((((((.......(((((((...)))).)))..((((..((........))))))))))))))...))))))))))))))))))))))))).......(((.(((((((((..((((((...(((((((((.((.....))))))))))).))))))(((((((((...(((((.((..(((((........)))))..)).)))))(((.((.(((..........))))).))).))))))....))).......))))))))).)))....)))))))))))))))))))))))))...)).))))).)...))..))))...))))))))).((((((.(((....(((((((((.......(((.(((((((((.......))).))))))))).......((((((..(((((((((((....((....)).....))))......((((((((.......(((.((......)).)))........)))))))).....((((((((((.(.((((((...)))))).).....)))))))))).(((.....))).((((((((.(((..((((.......))))..))).)))))))).....))))))).)))))).)))))))))))).))))))))))))).....(((((((..(((((((((((...))))))).))))..)))))))...........(.(((((((....(((((((((......)).)))))))..))))))).)))))))........((((((((........))))))))))).)))))))))))).))..................(((((((....)))))))............)))).))))))))))))))))))))))))....(((((((.(((....)))...))))))).........(((((((.......((((((((((...((((((((((....)))))))))))))))..))..)))........))))))).))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((((((((,.(((((,.((((....))))))))),((,..((.((........))))}))....((((((....{,{{{{((.....)}}{((({...))))}.((((....))))))))))...{..{((((((...((((((((.((((((((...)))).(((((......)))))....(((((..(((((.((.(((....}}).,}...{{{,....,.,,..(((......)))...{{{...,|||.....|||}((((((...(((..(((.(((....))))))...)))....))))))})).)))))..)))))...(((....(((((((((.((((.((.((((.....)))).)).)))),,.{({.......)),((((((.((((((((((...(((.(((((((((...{{.,.(.(((((((.(((((((,{((.{((({..,,)}})),)}....))))).)).))},).))).),,,.....)))...)))))).)))...))))))))))...)))))).(((.(((.((....)).})).))),}}.{{((((((.......)))))}.}}.))))).))))...))))))).))))))))...)))))}.},.,....)))))))))))}.,...((((...}))}.((((((((((..,{(({.(((,.......{(((((.{(.(((({{((..((((((((((.(.((((.{.((((((((,..(({...(((((((.(((((({{..((((((({..(((.((((((((.(((((...,......(((.((((((((.(.(((.(((((.((..(((.((((....(((((.((.,.....)).)))))...)).)).))))),)))))))).).)))...))))))))...,|{{.....,||}...||..((((((((({(({.,{{.,(((({(((.((((....))))..{|||{||,||,,.......,,,,||..|.,,....,))))},,)))))},..,,||,|...,...,|,,(((((({.(((.....}))...,...(((((((((.((({{{,|||..((((((.((({,,,.......,..(((({{...,,))))))))).))))))((((((...,({((((........)))),)}...))))))||||(({,,|,{(((..((,(((((({{...{((,,.,((({(.((({(,,(((((((((...,...........)))))))))..{{{{{..{||..{{{,,...}))))}||||}.(((((........)))))}}))),)},)))...,))),,,,,.)))))))},))}}))))))}.,,))))))))).}...}.)))))}.}}||}},|}||,.,,,..,)))).))))))))).|||{{(((((((((((.(.((.......,}}.}.))))).}))))))})}..)))))))).))))).)))))))))))..(((((((((.((((.(((((..,(((((..((((.(({.,..((((...((.((((((((.((((...))))}})||||,{({(((((.{({,.{,{({|{{....,,....(((((........))))).....,,(((..((((((((((.{{(.(((((((((...))).))))))|,,,.,..((((({{{.{{..((((((.....)))))){{{{{.......))))},.......{|||,||.....{(,,...,,.,))},}})},,})))),}.},}.)).))))))))..))),..........|||.,...)))|||))}.})})))))((((((.{.........).))))))..(((....))).{{{.......))),,..{{...||||,{|||.||(,,(((,,..}|}..|||...}||,|.}}}|,|.}}(((((,.((((.(((((,(,((((.((((,..((((((.{,....((((........))))...,,..)))))).)}||(((((......))))).}}|},((((...}}}}|}}}.}}}....|||||}}.,,,}|.}}...)),})))}.)))))))))))))).(((((.....)))))..))))))}.)))).,}}}...)))).))))},,))))).)))).,{||{{...{||.|||}....}}}...,,}..(((.(((((((((...(((((..(((....)))..))))).(((.{((({,{{(((((((..((((,...{(((({......((((({...}))))).......{{{,...|{((,(((((((((((((......{,.((((((((({..((((((.(((((((,,,,{{{{..||||.(((((((........))))))).,,,,,...,{{{({,{....,{{((((,((,..||||,|||..{|||.,{{||.,...,|||||||||,|,,,,,}|}}}}}},},)}}},.}}||}}},,,}}||{{{,,..{|{{{{{({{((((((...(((((((((.((.....))))))))))).)))))}|||((((((,,,(((((.((..(((((........)))))..)).)))))|||.((.(((..........))))).))}.))))))...,})}},.....))))))))|{|||....,,)))))},)))),}}}})))))))...)))}}))..}...}))))))))..,)..)))))))))).}}}.)).}},}}}}},......}}}}}.,,....))))...))))))))))))).)))..,.....{((((......{(({({......)),)),......)))))....,,,.....))))}}}))).))).))))))))).........,||||{,,,,....{{((((((({.{.((((({...)))))).}.....,)))))))}),||}},..,,,,.((((((((.(((..((((.......))))..))).)))))))).......,,,,...,{{||,,,,}))))))))))).)))))))..((((.(((((((((.(((((((((((...))))))).)))),,.....,,.,,.......,{.{({{{{{....(((((((({......}).)))))))..))))})).}},,))))))))).))))}}),.)))))))).).)))).).)).)))))))).)))))))................{{{{{{{....}}}||},....,,,.,......))))))))))}.))))))))))))))....(((((((.(((....)))...))))))).........{((((({.,,,...(((,,(((((...((((((((((....)))))))))))))))..))..))).....,,,))))))},))))............
Back