Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351079.2
Sequence Length
3791 nt
GC Content
0.5083
AGAGCAGCGCAGAAGCCGAGCCGCGAGGAGCGCACUCCGUGGCCCCGAUGGAGCGGUACAAAGCCCUGGAACAGCUGCUGACAGAGUUGGAUGACUUCCUCAAGAUUCUUGACCAGGAGAACCUGAGCAGCACAGCACUGGUGAAGAAGAGCUGCCUGGCGGAGCUCCUCCGGCUUUACACCAAAAGCAGCAGCUCUGAUGAGGAGUACAUUUAUAUGAACAAAGUGACCAUCAACAAGCAACAGAAUGCAGAGUCUCAAGGCAAAGCGCCUGAGGAGCAGGGCCUGCUACCCAAUGGGGAGCCCAGCCAGCACUCCUCGGCCCCUCAGAAGAGCCUUCCAGACCUCCCGCCACCCAAGAUGAUUCCAGAACGGAAACAGCUUGCCAUCCCAAAGACGGAGUCUCCAGAGGGCUACUAUGAAGAGGCUGAGCCAUAUGACACAUCCCUCAAUGGUCACUCUGGCGGAUUUCUCCCCACUGGAGUCCCCAGAUGGGUGCAGGUGCCCGAAGGAGUCAUUUAUGCCACGAUCACCUUGGAGGACGGAGAGGCUGUGAGCAGCUCCUACGAGUCCUACGAUGAAGAGGACGGCAGCAAGGGCAAGUCGGCCCCUUACCAGUGGCCCUCGCCGGAGGCCGGCAUCGAGCUGAUGCGUGACGCCCGCAUCUGCGCCUUCCUGUGGCGCAAGAAGUGGCUGGGACAGUGGGCCAAGCAGCUCUGUGUCAUCAAGGACAACAGGCUUCUGUGCUACAAAUCCUCCAAGGACCACAGCCCUCAGCUGGACGUGAACCUACUGGGCAGCAGCGUCAUUCACAAGGAGAAGCAAGUGCGGAAGAAGGAGCACAAGCUGAAGAUCACGCCGAUGAAUGCCGAUGUGAUUGUGCUGGGCCUGCAGAGCAAGGACCAGGCUGAGCAGUGGCUCAGGGUCAUCCAGGAAGUGAGCGGCCUGCCUUCCGAAGGAGCAUCUGAAGGAAACCAGUACACCCCGGAUGCCCAGCGCUUUAACUGCCAGAAACCAGAUAUAGCUGAGAAGUACCUGUCGGCUUCAGAGUAUGGGAGCUCCGUGGAUGGCCACCCUGAGGUCCCAGAAACCAAAGACGUCAAGAAGAAAUGUUCUGCUGGCCUCAAACUGAGCAACCUAAUGAAUCUGGGCAGGAAGAAAUCCACCUCACUGGAGCCUGUGGAGAGGUCCCUCGAGACAUCCAGUUACCUGAACGUGCUGGUGAACAGCCAGUGGAAGUCUCGCUGGUGCUCUGUCAGGGACAAUCACCUGCACUUCUACCAGGACCGGAACCGGAGCAAGGUGGCCCAGCAACCCCUCAGCCUGGUGGGCUGCGAGGUGGUCCCAGACCCCAGCCCCGACCACCUCUACUCCUUCCGCAUCCUCCACAAGGGCGAGGAGCUGGCCAAGCUUGAGGCCAAGUCUUCCGAGGAAAUGGGCCACUGGCUGGGUCUCCUGCUCUCUGAGUCAGGCUCCAAGACAGACCCAGAAGAGUUCACCUACGACUAUGUGGAUGCCGAUAGGGUCUCCUGUAUUGUGAGUGCGGCCAAAAACUCUCUCUUACUGAUGCAGAGAAAGUUCUCAGAGCCCAACACUUACAUCGAUGGCCUGCCUAGCCAGGACCGCCAGGAGGAGCUGUAUGACGACGUGGACCUGUCAGAGCUCACAGCUGCGGUGGAGCCUACCGAGGAAGCCACCCCUGUUGCAGAUGACCCAAAUGAGAGAGAAUCUGACCGAGUGUACCUGGACCUCACACCUGUCAAGUCCUUUCUGCAUGGCCCCAGCAGUGCACAGGCCCAGGCCUCCUCCCCGACGUUGUCCUGCCUGGACAAUGCAACUGAGGCCCUCCCGGCAGACUCAGGCCCAGGUCCCACCCCAGAUGAGCCCUGCAUAAAGUGUCCAGAGAACCUGGGAGAACAGCUGGAGAGUUUGGAGCCAGAGGAUCCUUCCCUGAGAAUCACCACCGUCAAAAUCCAGACGGAACAGCAGAGAAUCUCCUUCCCACCGAGCUGCCCGGAUGCCGUGGUGGCCACCCCACCUGGUGCCAGCCCACCUGUGAAGGACAGGUUGCGCGUGACCAGUGCAGAGAUCAAGCUUGGCAAGAAUCGGACAGAAGCUGAGGUGAAGCGGUACACAGAGGAGAAGGAGAGGCUUGAAAAGAAGAAGGAAGAAAUCCGGGGGCACCUGGCUCAGCUCCGGAAAGAGAAACGGGAGCUAAAGGAAACCCUACUGAAAUGCACAGACAAGGAAGUCCUGGCGAGCCUGGAGCAGAAGCUGAAGGAAAUUGACGAGGAGUGCCGGGGCGAGGAGAGCAGGCGCGUGGACCUGGAGCUCAGCAUCAUGGAGGUGAAGGACAACCUGAAGAAGGCUGAGGCAGGGCCUGUGACGUUAGGCACCACCGUGGACACCACCCACCUGGAGAAUCCCAAAGCUGUCACACCUGCCUCUGCCCCAGACUGUACCCCAGUCAACUCUGCAACCACACUCAAGAACAGGCCUCUCUCGGUCGUGGUCACAGGCAAAGGCACUGUACUCCAGAAAGCCAAGGAAUGGGAGAAGAAAGGAGCAAGUUAGAAAACAAGCUUCAUCUAAAGACUCUCAUGUCAAUGUGGACCUUGGUGACAAUCCUGCUUUGUUAAAGCAAAAACUAUGCGAAAGGGUGAGUCUGUUUAGAAGAAAAAGCAAAGACUGAGGUACUGUGAAUGGAGAGCUUCAGCUAAGAGGAGGCUCUGUCCCUUUUCAGAGCCAAAGGAAAUAAUACAACAAAAAGGAGGCUUCUUUGGAGACCUAAGUCUAUUGGAUGUAAACAAGACGUUGUAUUUAGGGAUGUUCUGUGUUUCUUUCUUUUUUGAAGUUGUCAUCAAUUGCUUUACUAAGAUUUUUAAAUAGUGAAAACCUCCUGUUUAGACUUUGGUGGAAGAUGAAUCAAGGAAGCAGGGCCCUGUCUUAUGGGUCACGUGUCUUUGGUGAGUGAGAAGACCUAAACUCCUGGCCAUCAUCUCUUAUCCAAUACUUAGCAGUUGGGGAUUAAACCAUCCUUGCCUUCAGUUCUCUCCAAUAUUACCAGGCCCAACUCAGUCUUCAGUGAUUUUAAACAGCAUUGACAUCAUCUGUAAAACCAUCAUCUGUAAAACCAUCUAUGACAUGAGUUUUGAGAAACAAUAAUGGGGAAAAUAUUUGGGACCAAGCUGAAGCACUAAUCCCACUAAGUUAAAGACUUCUUUCCAGUCCAAGGCAGGCCUGAAUCAACUGUCUUUAAAUAAAAUUUUAAGUGAUGCUGUAUUAUAUAUAGGAAAAAAUGCUUAAAAUCCUGUCAUUUAGAACAGUGAAAAGUAUCUUUUGAGAUUAAAGUGACUCUUUACUGUAGGAAAAAUAUUACUCUGUGUUUACAGAUUCAUUGCUGUGGUCAGGCCAUUUUUAAGGGAAGAGUUAUUUAAUAUAAAUAGUCUCUGAUUUUAAGUUCUGUUUAAUGUUCAUUCUCCUUCCAAGAACAAAGUGGUGAUUUUUGGUUAGGGUGAUCGCCCUCUUAAAAUUGGCAGUGCUGUUCCUUGUGCUGCCCCUGUCUUUUCCUCUGAUGGCAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAACACAGGUUGAAACAUUUCAUCUAUUAUCUCUGCCUCAUUUCUGGAGGGUUGUGUAUCAGUUCUCUAACACUUGUUCCUGAGAACUAAAUGUCUUUUUUAUUCUUAUUUCCUCUCUCAUAAACAUUUGGUGACCUUUUACCAAGUGGUGAGUUAGUUAGGUUUUUUAAAAUAAAAUGUUCAUUGUAUUUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1274.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1340.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 1009.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((..(((((..((((....))))))))).(((..((.((........)))))))....((((((.........(((.....)))(((((...))))).((((....))))))))))...(..(((((((...((((((((.((((((((...)))).(((((......)))))....(((((..(((((.((.(((....))).))...((........))..(((......)))...(((....))).....(((.((((((...(((..(((.(((....))))))...)))....))))))))).)))))..)))))...(((....(((((((((.((((.((.((((.....)))).)).))))...(((.......)))((((((.((((((((((...(((.(((((((((...((((.(((......))))))).(((((.(((((((........))))))))))))........(.((((((.((((((......(((((((..(..(((.(....).)))..).)))).))))))))).)).(((((.(......)))))))))).)...)))...)))))).)))...))))))))))...)))))).(((.(((.((....)).))).)))....((((((((.......))))).))).))))).))))...))))))).))))))))...))))).))..)....)))))))))))(((((((((((((.(((..(((((((((..((((.((.(..(((.((((((((..(((.((((((...((...(((..((((..........))))..)))..........))..)))))))((((((((..(((.((((((((.(((((..........(((.((((((((.(.(((.(((((.((..(((.((((....(((((.((.......)).)))))...)).)).))))).)))))))).).)))...))))))))....(((......)))...((..(((((((((((((.(((..((((((((.((((....))))..(((((((.(((((........(.....)........)))))..)))))))...................(((((((.(((.....))).......((((((((((((((((((((..((((((.((((.....(((.....((((.....))))))))))).)))))).(((((....((((((........)))).))...))))))))))((((((..(((..(((((((((......((((.((((.(((((.((((((((((((...............)))))))))..........)))...)))))..))))(((((..(((((........)))))..))))).))))...))))))))).))).))).)))...))))))...))))))))).....).)))))).)))))).))....)))...)))).)))))))))..)).((((((((((((.(.((........)).).))))).))))))).....)))))))).))))).)))))))))))...))))))))))..))).))))))))))).))))).(((((..((((...((.(((.(((((...(((.(((((.((((...(((((.(((...(((((.(((..((..(((..((((((((.((.((((.(.((((...........))))).)))).)).)))))).)))))...))....))))))))....))).))))).....((((((((.....))))))))...((((((((.....)))...)))))....)))).))))).))).))))).)))))((((.(.(((((.....(((......)))))))).).))))....(((.(((....)))))).......)))))))))...(((....)))...(((((((.((((((((((.....(((((((((...))).))))))........((((((((.....((((((.....))))))(((((.......)))))........((((.((.((..((.....))..))...)).))))))))).))).)).))))))))(..((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((.((((((.(.........).))))))..(((....)))..((((((.(((((((.((...(.(((((.((...(((((.((((.(((((((........(((.(((((((((((..((((.(((((.(.((((.((((...((((((.......((((........)))).......)))))).))))(((((......))))).)))).((((.......)))).(((......))).........).)))))))))))))).(((((.....)))))...((((..(((((...........((((......)))))))))..))))....))))))...)))........((((((.((((((((((((((((((...(((((.........(((((.....(((((...(((..((..(((((((((((.(((((((...(((........)))...))...)))))..)))(((((........)))))...))))))))))..)))...)))))((((......)))).(((((((........))))))).........((((((((.......(((((((...)))).)))..((((..((........))))))))))))))...))))))))))))))))))))))))).......(((.(((((((((..((((((...(((((((((.((.....))))))))))).))))))(((((((((...(((((.((..(((((........)))))..)).)))))(((.((.(((..........))))).))).))))))....))).......))))))))).)))....)))))))))))))))))))))))))...)).))))).)...))..))))...))))))))).((((((.(((....(((((((((.......(((.(((((((((.......))).))))))))).......((((((..(((((((((((....((....)).....))))......((((((((.......(((.((......)).)))........)))))))).....((((((((((.(.((((((...)))))).).....)))))))))).(((.....))).((((((((.(((..((((.......))))..))).)))))))).....))))))).)))))).)))))))))))).))))))))))))).....(((((((..(((((((((((...))))))).))))..)))))))...........(.(((((((....(((((((((......)).)))))))..))))))).)))))))........((((((((........))))))))...(((.........))))).))))))))))))))))))))))..).((.((((....)))).))....))))))).....)))))))))))).))))..(((((((.(((....)))...))))))).........(((((((.......((((((((((...((((((((((....)))))))))))))))..))..)))........))))))))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((((((((,.((((({.(({(....))))))))),((,..((.((........))))}))....((((((..,,{,{{{{((.....)}}((({{..,))))}.((((....))))))))))...{..{((((((...((((((((.((((((((...)))).(((((......)))))....(((((..(((((.((.(((....}}}.,}...{{{,...,,..,..(((......)))...,{{...,|||.....|||}((((((...(((..(((.(((....))))))...)))....))))))})}.)))))..)))))...(((....(((((((((.((((.((.((((.....)))).)).)))),,.{{{.......)),((((((.((((((((((...(((.(((((((((...((((.(({......))))))}.(((((.(((((((........)))))))))))),|||{,,.{.{||||{.((((((...,..(((({(,.,(.,(((.,,,|.|.}|}.}}||))),))})))))).}}.(((((.(......)))))))))).}...)))...)))))).)))...))))))))))...)))))).(((.(((.((....)).))).))),}}.{{((((((.......)))))}.)}.))))).))))...))))))).))))))))...)))))}.},.}....)))))))))))}.,...((((...}))}.((((((((((..,{(({.(((,..,....{(((((.{(.(((({{({..((((((((((.(.((((.{.((((((((,..(({...(((((((.(({{{{{{..((((((({..(((.((((((((.(((((...,......(((.((((((((.(.(((.(((((.((..(((.((((....(((((.((.,.....)).)))))...)).)).))))),)))))))).).)))...))))))))...,|{{.....{||}...||..((((((((({(({.,{{.,(((({(((.((((....))))..{|||{||,||,,.......,,,,||,.{.,,....,))))},,))))}},..,,||}|...,...,|,,(((((({.(((.....}))...,...(((((((((,((({{{,|||..((((((.((({,,,.......,..(((({{...,,))))))))).))))))((((((...,({((((........)))),)}...))))))||||(({,,|,{(((..((,(((((({{...{((,,.,((({(.((({(,,(((((((((...,...........)))))))))..{{{{{..{||..{{{,,...}))))}||||}.(((((........)))))}}))),)},)))...,))),,,,,.)))))))},))}}))))))}.,,))))))))).,...}.)))))}.}}||}},|}||,.,,,..,)))).))))))))).|||{{(((((((((((.(.((.......,|}.}.))))).}))))))})}..)))))))).))))).)))))))))))..(((((((((.{(((.(((((..|(((((..((((.{{{.,..((((.,,((,(((.(((((...(((.(((((.((((...(((((.(((...(((({{(((..((..(({.,{{((((((.((.((((.(.((((...........))))).)))).)).)))))).}})))...}}....))))))))....))).)))))...{.((((((((.....)))))))),..((((((((.....)))...)))))....)))).))))).))).))))).)))|},,.,,,,||((({{...((({{.{.{|||||||.{{{{|.{(.(((,,.((({.(((({,||....,,....(((((........))))).....,,(((..((((((((((.{{{.(((((((((...))).))))))|.,,.,..((((({{{.{{..((((((.....)))))){|{{{....,,.))))},.......||||,||..,..{(,,...,,.,))}}}})},,})))),}.},}.)).))))))))..))),.......,.,))}}}..}))),,,))).)),}))))((((((.{.........).))))))..{({....|||.(((.......)))...,|}..{((((((((..(((.{(((....)))..,||...,,,.}.))),.)}))|||||,.{{{(.{((((,..,.{|.||||...|||,{|.{{....{(((........})))......{||,||((({((.,,((((((({{.((,.{{{,.((((.......)))).|||.....,)}..}}}.)))))))))))))).)))))}|,|||}.}}})))},..})))}...}}}}.,}},...}))).))))},,))))).)))).,{|||{...|||.|||}....}}}...}}}..(((.(((((((((...(((((..(((....)))..))))).(((.{((({,{{(((((((..((((,,..{(((({......((((({...}))))).......,||,...|{((,(((((((((((((......{{.((((((((({..((((((.(((((((,,,,{{{{..||||.(((((((........))))))).,,,,,...,{{{({,{....,{{((((,((,..||||,|||..{|||.,{{|,.,...,|||||||||,|,,,,,}|}}}}}},},)}}},.}}||}}},,,}}||{{{,,..{|{{{{{({{((((((...(((((((((.((.....))))))))))).)))))}|||((((((,,,(((((.((..(((((........)))))..)).)))))|||.((.(((..........))))).))}.))))))...,})}},.....))))))))|{|||....,,)))))},)))),}}}})))))))...)))}})),.}...}))))))))..})..)))))))))).}}}.)).}},}}}}},......}}}}}.,,....))))...))))))))))))).)))..,.....{((((......{(({({......)),)),......)))))....,,,.....))))}}}))).))).))))))))).,.......,|||||,,,,....{{((((((({.{.((((({...)))))).}.....,)))))))}),||}},..,,,,.((((((((.(((..((((.......))))..))).)))))))).,.....,,,,...,{{||,,,,}))))))))))).))))))),,((((.(((((((((.(((((((((((...))))))).)))),,.....,,.,,.......,{.{({{{{{....(((((((({......}).)))))))..))))})).}},,))))))))).))))}})},)))))))).).)))).).)).)))))))).}))))))................{{{{{{{...,|}}|||,....,,,.,,.....))))))))))}.))))))))))))))....(((((((.(((....)))...))))))).........{((((({.,,,...(((,,(((((...((((((((((....)))))))))))))))..))..))).....,,,))))))},))))............
Back