Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351080.2
Sequence Length
3557 nt
GC Content
0.5030
AGAGCAGCGCAGAAGCCGAGCCGCGAGGAGCGCACUCCGUGGCCCCGAUGGAGCGGUACAAAGCCCUGGAACAGCUGCUGACAGAGUUGGAUGACUUCCUCAAGAUUCUUGACCAGGAGAACCUGAGCAGCACAGCACUGGUGAAGAAGAGCUGCCUGGCGGAGCUCCUCCGGCUUUACACCAAAAGCAGCAGCUCUGAUGAGGAGUACAUUUAUAUGAACAAAGUGACCAUCAACAAGCAACAGAAUGCAGAGUCUCAAGGCAAAGCGCCUGAGGAGCAGGGCCUGCUACCCAAUGGGGAGCCCAGCCAGCACUCCUCGGCCCCUCAGAAGAGCCUUCCAGACCUCCCGCCACCCAAGAUGAUUCCAGAACGGAAACAGCUUGCCAUCCCAAAGACGGAGUCUCCAGAGGGCUACUAUGAAGAGGCUGAGCCAUAUGACACAUCCCUCAAUGGUCACUCUGGCGGAUUUCUCCCCACUGGAGUCCCCAGAUGGGUGCAGGUGCCCGAAGGAGUCAUUUAUGCCACGAUCACCUUGGAGGACGGAGAGGCUGUGAGCAGCUCCUACGAGUCCUACGAUGAAGAGGACGGCAGCAAGGGCAAGUCGGCCCCUUACCAGUGGCCCUCGCCGGAGGCCGGCAUCGAGCUGAUGCGUGACGCCCGCAUCUGCGCCUUCCUGUGGCGCAAGAAGUGGCUGGGACAGUGGGCCAAGCAGCUCUGUGUCAUCAAGGACAACAGGCUUCUGUGCUACAAAUCCUCCAAGGACCACAGCCCUCAGCUGGACGUGAACCUACUGGGCAGCAGCGUCAUUCACAAGGAGAAGCAAGUGCGGAAGAAGGAGCACAAGCUGAAGAUCACGCCGAUGAAUGCCGAUGUGAUUGUGCUGGGCCUGCAGAGCAAGGACCAGGCUGAGCAGUGGCUCAGGGUCAUCCAGGAAGUGAGCGGCCUGCCUUCCGAAGGAGCAUCUGAAGGAAACCAGUACACCCCGGAUGCCCAGCGCUUUAACUGCCAGAAACCAGAUAUAGCUGAGAAGUACCUGUCGGCUUCAGAGUAUGGGAGCUCCGUGGAUGGCCACCCUGAGGUCCCAGAAACCAAAGACGUCAAGAAGAAAUGUUCUGCUGGCCUCAAACUGAGCAACCUAAUGAAUCUGGGCAGGAAGAAAUCCACCUCACUGGAGCCUGUGGAGAGGUCCCUCGAGACAUCCAGUUACCUGAACGUGCUGGUGAACAGCCAGUGGAAGUCUCGCUGGUGCUCUGUCAGGGACAAUCACCUGCACUUCUACCAGGACCGGAACCGGAGCAAGGUGGCCCAGCAACCCCUCAGCCUGGUGGGCUGCGAGGUGGUCCCAGACCCCAGCCCCGACCACCUCUACUCCUUCCGCAUCCUCCACAAGGGCGAGGAGCUGGCCAAGCUUGAGGCCAAGUCUUCCGAGGAAAUGGGCCACUGGCUGGGUCUCCUGCUCUCUGAGUCAGGCUCCAAGACAGACCCAGAAGAGUUCACCUACGACUAUGUGGAUGCCGAUAGGGUCUCCUGUAUUGUGAGUGCGGCCAAAAACUCUCUCUUACUGAUGCAGAGAAAGUUCUCAGAGCCCAACACUUACAUCGAUGGCCUGCCUAGCCAGGACCGCCAGGAGGAGCUGUAUGACGACGUGGACCUGUCAGAGCUCACAGCUGCGCUGGAGAGUUUGGAGCCAGAGGAUCCUUCCCUGAGAAUCACCACCGUCAAAAUCCAGACGGAACAGCAGAGAAUCUCCUUCCCACCGAGCUGCCCGGAUGCCGUGGUGGCCACCCCACCUGGUGCCAGCCCACCUGUGAAGGACAGGUUGCGCGUGACCAGUGCAGAGAUCAAGCUUGGCAAGAAUCGGACAGAAGCUGAGGUGAAGCGGUACACAGAGGAGAAGGAGAGGCUUGAAAAGAAGAAGGAAGAAAUCCGGGGGCACCUGGCUCAGCUCCGGAAAGAGAAACGGGAGCUAAAGGAAACCCUACUGAAAUGCACAGACAAGGAAGUCCUGGCGAGCCUGGAGCAGAAGCUGAAGGAAAUUGACGAGGAGUGCCGGGGCGAGGAGAGCAGGCGCGUGGACCUGGAGCUCAGCAUCAUGGAGGUGAAGGACAACCUGAAGAAGGCUGAGGCAGGGCCUGUGACGUUAGGCACCACCGUGGACACCACCCACCUGGAGAAUGUGAGCCCCCGCCCCAAAGCUGUCACACCUGCCUCUGCCCCAGACUGUACCCCAGUCAACUCUGCAACCACACUCAAGAACAGGCCUCUCUCGGUCGUGGUCACAGGCAAAGGCACUGUACUCCAGAAAGCCAAGGAAUGGGAGAAGAAAGGAGCAAGUUAGAAAACAAGCUUCAUCUAAAGACUCUCAUGUCAAUGUGGACCUUGGUGACAAUCCUGCUUUGUUAAAGCAAAAACUAUGCGAAAGGGUGAGUCUGUUUAGAAGAAAAAGCAAAGACUGAGGUACUGUGAAUGGAGAGCUUCAGCUAAGAGGAGGCUCUGUCCCUUUUCAGAGCCAAAGGAAAUAAUACAACAAAAAGGAGGCUUCUUUGGAGACCUAAGUCUAUUGGAUGUAAACAAGACGUUGUAUUUAGGGAUGUUCUGUGUUUCUUUCUUUUUUGAAGUUGUCAUCAAUUGCUUUACUAAGAUUUUUAAAUAGUGAAAACCUCCUGUUUAGACUUUGGUGGAAGAUGAAUCAAGGAAGCAGGGCCCUGUCUUAUGGGUCACGUGUCUUUGGUGAGUGAGAAGACCUAAACUCCUGGCCAUCAUCUCUUAUCCAAUACUUAGCAGUUGGGGAUUAAACCAUCCUUGCCUUCAGUUCUCUCCAAUAUUACCAGGCCCAACUCAGUCUUCAGUGAUUUUAAACAGCAUUGACAUCAUCUGUAAAACCAUCAUCUGUAAAACCAUCUAUGACAUGAGUUUUGAGAAACAAUAAUGGGGAAAAUAUUUGGGACCAAGCUGAAGCACUAAUCCCACUAAGUUAAAGACUUCUUUCCAGUCCAAGGCAGGCCUGAAUCAACUGUCUUUAAAUAAAAUUUUAAGUGAUGCUGUAUUAUAUAUAGGAAAAAAUGCUUAAAAUCCUGUCAUUUAGAACAGUGAAAAGUAUCUUUUGAGAUUAAAGUGACUCUUUACUGUAGGAAAAAUAUUACUCUGUGUUUACAGAUUCAUUGCUGUGGUCAGGCCAUUUUUAAGGGAAGAGUUAUUUAAUAUAAAUAGUCUCUGAUUUUAAGUUCUGUUUAAUGUUCAUUCUCCUUCCAAGAACAAAGUGGUGAUUUUUGGUUAGGGUGAUCGCCCUCUUAAAAUUGGCAGUGCUGUUCCUUGUGCUGCCCCUGUCUUUUCCUCUGAUGGCAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAACACAGGUUGAAACAUUUCAUCUAUUAUCUCUGCCUCAUUUCUGGAGGGUUGUGUAUCAGUUCUCUAACACUUGUUCCUGAGAACUAAAUGUCUUUUUUAUUCUUAUUUCCUCUCUCAUAAACAUUUGGUGACCUUUUACCAAGUGGUGAGUUAGUUAGGUUUUUUAAAAUAAAAUGUUCAUUGUAUUUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1187.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1251.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 907.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((..(((((..((((....))))))))).(((..((.((........)))))))....((((((.........(((.....)))(((((...))))).((((....))))))))))...(..(((((((...((((((((.((((((((...)))).(((((......)))))....(((((..(((((.((.(((....))).))...((........))..(((......)))...(((....))).....(((.((((((...(((..(((.(((....))))))...)))....))))))))).)))))..)))))...(((....(((((((((.((((.((.((((.....)))).)).))))...(((.......)))((((((.((((((((((...(((.(((((((((...((((.(((......))))))).(((((.(((((((........))))))))))))........(.((((((.((((((......(((((((..(..(((.(....).)))..).)))).))))))))).)).(((((.(......)))))))))).)...)))...)))))).)))...))))))))))...)))))).(((.(((.((....)).))).)))....((((((((.......))))).))).))))).))))...))))))).))))))))...))))).))..)....)))))))))))).....((((...)))).((((((((((.(((((...........(((((((((.((.((.(((....))))).)).....(((..(((((((.....((((..(((((((.((........)).)))))))(((((((.(((.((((((...((((...((((((....)))))))))).(((.(((((..((....))..)))))...))))).)))).)))...)))))))...((((((.((((((((.....(((........)))....(((((.......(((((((((((((.(((..((((((((.((((....))))..(((((((.(((((........(.....)........)))))..)))))))...................(((((((.(((.....))).......((((((((((((((((((((..((((((.((((.....(((.....((((.....))))))))))).)))))).(((((....((((((........)))).))...))))))))))((((((..(((..(((((((((......((((.((((.(((((.((((((((((((...............)))))))))..........)))...)))))..))))(((((..(((((........)))))..))))).))))...))))))))).))).))).)))...))))))...))))))))).....).)))))).)))))).))....)))...)))).)))))))))..((((((...((((((((.((((...((((.(((((.........))))).))))....).)))...)))))))).....((((((......)))).))..))))))(((((...(((((.........))))).))))).)))))))))))).).))))))...(((.(((....))))))..........(((((........)))))..)))).......)))))))...))).)))))))))..((((.(((((.....))))))))).)))))..((((((.....))))))(((((.......)))))((..((..((...))..)).))...((((((.((((((..((.(((((((((((((((((.(.((((((......)))..(((.....)))((((((.(((((((.((((((.(.........).))))))..(((....)))..((((((.(((((((.((...(.(((((.((...(((((.((((.(((((((........(((.(((((((((((..((((.(((((.((.(((..(.((.(((((.(((.....(((((.....((.(((.....))).)).((..(((((((......))))).)).))((((...)))).))))).....)))))))).)).)..)))..)).......)))))))))))))).(((((.....)))))...((((..(((((...........((((......)))))))))..))))....))))))...)))........((((((.((((((((((((((((((...(((((.........(((((.....(((((...(((..((..(((((((((((.(((((((...(((........)))...))...)))))..)))(((((........)))))...))))))))))..)))...)))))((((......)))).(((((((........))))))).........((((((((.......(((((((...)))).)))..((((..((........))))))))))))))...))))))))))))))))))))))))).......(((.(((((((((..((((((...(((((((((.((.....))))))))))).))))))(((((((((...(((((.((..(((((........)))))..)).)))))(((.((.(((..........))))).))).))))))....))).......))))))))).)))....)))))))))))))))))))))))))...)).))))).)...))..))))...))))))))).((((((.(((....(((((((((.......(((.(((((((((.......))).))))))))).......((((((..(((((((((((....((....)).....))))......((((((((.......(((.((......)).)))........)))))))).....((((((((((.(.((((((...)))))).).....)))))))))).(((.....))).((((((((.(((..((((.......))))..))).)))))))).....))))))).)))))).)))))))))))).))))))))))))).....(((((((..(((((((((((...))))))).))))..)))))))...........(.(((((((....(((((((((......)).)))))))..))))))).)))))))........((((((((........))))))))))).)))))))))))).))..................(((((((....)))))))............)))).))))))))))))))))))))))))....(((((((.(((....)))...))))))).........(((((((.......((((((((((...((((((((((....)))))))))))))))..))..)))........))))))).))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((((((((,.(((((,.((((....))))))))),((,..((.((........))))}))....((((((....,,{{{{((.....)}}((({{...))))}.((((....))))))))))...{..{((((((...((((((((.((((((((...)))).(((((......)))))....(((((..(((((.((.(((....}}}.,,...{{{,....,.,,..(((......)))...,{{...,|||.....|||}((((((...(((..(((.(((....))))))...)))....))))))})).)))))..)))))...(((....(((((((((.((((.((.((((.....)))).)).)))),,.{{{.......)),((((((.((((((((((...(((.(((((((((...((((.(({......))))))}.(((((.(((((((........)))))))))))),|||{,,.{.{||||{.((((((......(((({(,.,(.,(((.,,,,.|.}|}.}}||))),))})))))).}}.(((((.(......)))))))))).}...)))...)))))).)))...))))))))))...)))))).(((.(((.((....)).))).))),}}.{{((((((.......)))))}.}}.))))).))))...))))))).))))))))...)))))}.},.}....)))))))))))}.,...((((...}))}.((((((((((..,{(({.(((,.......{(((((.{(.(((({{((..((((((((((.(.((((.{.((((((((,..(({...(((((((.(((((({{..((((((({..(((.((((((((.(((((...,......(((.((((((((.(.(((.(((((.((..(((.((((....(((((.((.,.....)).)))))...)).)).))))),)))))))).).)))...))))))))...,|{{.....,||}...||..((((((((({(({.,{{.,(((({(((.((((....))))..{|||{||,||,,.......,,,,||..|.,,....,))))},,)))))},..,,||,|...,...,|,,(((((({.(((.....}))...,...(((((((((.((({{{,|||..((((((.((({,,,.......,..(((({{...,,))))))))).))))))((((((...,({((((........)))),)}...))))))||||(({,,|,{(((..((,(((((({{...{((,,.,((({(.((({(,,(((((((((...,...........)))))))))..{{{{{..{||..{{{,,...}))))}||||}.(((((........)))))}}))),)},)))...,))),,,,,.)))))))},))}}))))))}.,,))))))))).}...}.)))))}.}}||}},|}||,.,,,..,)))).))))))))).|||{{(((((((((((.(.((.......,}}.}.))))).}))))))})}..)))))))).))))).)))))))))))..(((((((((.((((.(((((..,(((((..((((.(({.,..((((...((.((((((((.((((...))))}})||||,{({(((((.{({,.{,{({|{{....,,....(((((........))))).....,,(((..((((((((((.{{(.(((((((((...))).))))))|,,,.,..((((({{{.{{..((((((.....)))))){{{{{.....,.))))},.......{|||,||.....{(,,...,,.,))},}})},,})))),}.},}.)).))))))))..))),..........|||.,...)))|||))}.})}))}))((((((.{.........).))))))..(((....))).{{{.......))),,..{{...||||,{|||.||(,,(((,,..}|}..|||...}||,|.}}}|,|.}}(((((,.((((.(((((,(,((((.((((,..((((((.{,....((((........))))...,,..)))))).)}||(((((......))))).}}|},((((...}}}}|}}}.}}}....|||||}}.,,,}|.,}...)),})))}.)))))))))))))).(((((.....)))))..))))))}.)))).,}}}...)))).))))},,))))).)))).,{||{{...{||.|||}....}}}...,,}..(((.(((((((((...(((((..(((....)))..))))).(((.{((({,{{(((((((..((((,...{(((({......((((({...}))))).......{{|,...|{((,(((((((((((((......{,.((((((((({..((((((.(((((((,,,,{{{{..||||.(((((((........))))))).,,,,,...,{{{({,{....,{{((((,((,..||||,|||..{|||.,{{||.,...,|||||||||,|,,,,,}|}}}}}},},)}}},.}}||}}},,,}}||{{{,,..{|{{{{{({{((((((...(((((((((.((.....))))))))))).)))))}|||((((((,,,(((((.((..(((((........)))))..)).)))))|||.((.(((..........))))).))}.))))))...,})}},.....))))))))|{|||....,,)))))},)))),}}}})))))))...)))}}))..}...}))))))))..,)..)))))))))).}}}.)).}},}}}}},......}}}}}.,,....))))...))))))))))))).)))..,.....{((((......{(({({......)),)),......)))))....,,,.....))))}}}))).))).))))))))).........,||||{,,,,....{{((((((({.{.((((({...)))))).}.....,)))))))}),||}},..,,,,.((((((((.(((..((((.......))))..))).)))))))).......,,,,...,{{||,,,,}))))))))))).)))))))..((((.(((((((((.(((((((((((...))))))).)))),,.....,,.,,.......,{.{({{{{{....(((((((({......}).)))))))..))))})).}},,))))))))).))))}}),.)))))))).).)))).).)).)))))))).)))))))................{{{{{{{....|}}||},....,,,.,......))))))))))}.))))))))))))))....(((((((.(((....)))...))))))).........{((((({.,,,...(((,,(((((...((((((((((....)))))))))))))))..))..))).....,,,))))))},))))............
Back