Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351805.2
Sequence Length
2693 nt
GC Content
0.4545
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUGCCUGUUUACCCGCGCCGGACUCACCGCCGCCGCCGCCGCGGGAUCCGAGUGCGGGCGCGGGCGCGGGCGCUCCCGGCGAGCCACGGUGGUGCUGGCUAGAGUGUAUACGUUUGGACCCAAGCUUAACUUUUCCAAUGUGGAAUCCUGGGCCUUCAUUGGUUUUUGGAAGAAGCUGACCGCCUGAAAAGAAAUUAUAAAACAUGAAAAUCGCUUUGAGGUGACCAAGUCCAGAGGCCCCUAACUCCUCCCAAGCUGGAUCUGGGGUGUAAGAACUGUGACUUCAGAUCAUCCAAUGGCAGACCAGAGAAUGGACAUUUCUUCAACCAUCAGUGAUUUCAUGUCCCCGGGCCCCACCGACCUGCUUUCCAGCUCUCUUGGUACCAGUGGUGUGGAUUGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCUCCACUGACUACCAGUUAGAAUAUACAGAACACCAAGGAAGGAUAAAAAAUGCAAGGGAAGCUCACAGUCAGAUUGAAAAGCGGCGUCGGGAUAAAAUGAACAGUUUUAUAGAUGAAUUGGCUUCUUUGGUACCAACAUGCAACGCAAUGUCCAGGAAAUUAGAUAAACUUACUGUGCUAAGGAUGGCUGUUCAGCACAUGAAAACAUUAAGAGGUGCCACCAAUCCAUACACAGAAGCAAACUACAAACCAACUUUUCUAUCAGACGAUGAAUUGAAACACCUCAUUCUCAGGGCAGCAGAUGGAUUUUUGUUUGUCGUAGGAUGUGACCGAGGGAAGAUACUCUUUGUCUCAGAGUCUGUCUUCAAGAUCCUCAACUACAGCCAGAAUGAUCUGAUUGGUCAGAGUUUGUUUGACUACCUGCAUCCUAAAGAUAUUGCCAAAGUCAAGGAGCAGCUCUCCUCCUCUGACACCGCACCCCGGGAGCGGCUCAUAGAUGCAAAAACUGGACUUCCAGUUAAAACAGAUAUAACCCCUGGGCCAUCUCGAUUAUGUUCUGGAGCACGACGUUCUUUCUUCUGUAGGAUGAAGUGUAACAGGCCUUCAGUAAAGGUUGAAGACAAGGACUUCCCCUCUACCUGCUCAAAGAAAAAAGCAGAUCGAAAAAGCUUCUGCACAAUCCACAGCACAGGCUAUUUGAAAAGCUGGCCACCCACAAAGAUGGGGCUGGAUGAAGACAACGAACCAGACAAUGAGGGGUGUAACCUCAGCUGCCUCGUCGCAAUUGGACGACUGCAUUCUCAUGUAGUUCCACAACCAGUGAACGGGGAAAUCAGGGUGAAAUCUAUGGAAUAUGUUUCUCGGCACGCGAUAGAUGGAAAGUUUGUUUUUGUAGACCAGAGGGCAACAGCUAUUUUGGCAUAUUUACCACAAGAACUUCUAGGCACAUCGUGUUAUGAAUAUUUUCACCAAGAUGACAUAGGACAUCUUGCAGAAUGUCAUAGGCAAGUUUUACAGACGAGAGAAAAAAUUACAACUAAUUGCUAUAAAUUUAAAAUCAAAGAUGGUUCUUUUAUCACACUACGGAGUCGAUGGUUCAGUUUCAUGAACCCUUGGACCAAGGAAGUAGAAUAUAUUGUCUCAACUAACACUGUUGUUUUAGCCAACGUCCUGGAAGGCGGGGACCCAACCUUCCCACAGCUCACAGCAUCCCCCCACAGCAUGGACAGCAUGCUGCCCUCUGGAGAAGGUGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACUGUUCCAGGGAUUCCAGGGGGAACCCGGGCUGGGGCAGGAAAAAUAGGCCGAAUGAUUGCUGAGGAAAUCAUGGAAAUCCACAGGAUAAGAGGGUCAUCGCCUUCUAGCUGUGGCUCCAGCCCAUUGAACAUCACGAGUACGCCUCCCCCUGAUGCCUCUUCUCCAGGAGGCAAGAAGAUUUUAAAUGGAGGGACUCCAGACAUUCCUUCCAGUGGCCUACUAUCAGGCCAGGCUCAGGAGAACCCAGGUUAUCCAUAUUCUGAUAGUUCUUCUAUUCUUGGUGAGAACCCCCACAUAGGUAUAGACAUGAUUGACAACGACCAAGGAUCAAGUAGUCCCAGUAAUGAUGAGGCAGCAAUGGCUGUCAUCAUGAGCCUCUUGGAAGCAGAUGCUGGACUGGGUGGCCCUGUUGACUUUAGUGACUUGCCAUGGCCGCUGUAAACACUACAUGUUGCUUUGGCAACAGCUAUAGUAUCAAAGUGCAUUACUGGUGGAGUUUUACAGUCUGUGAAGCUUACUGGAUAAGGAGAGAAUAGCUUUUAUGUACUGACUUCAUAAAAGCCAUCUCAGAGCCAUUGAUACAAGUCAAUCUUACUAUAUGUAACUUCAGACAAAGUGGAACUAAGCCUGCUCCAGUGUUUCCUCAUCAUUGAUUAUUGGGCUAGCUGUGGAUAGCUUGCAUUAAUUGUAUAUUUUGGAUUCUGUUUGUGUUGAAUUUUUUAAUCAUUGUGCACAGAAGCAUCAUUGGUAGCUUUUAUAUGCAAAUGGUCAUUUCAGAUGUAUGGUGUUUUUACACUACAAAGAAGUCCCCCAUGUGGAUAUUUCUUAUACUAAUUGUAUCAUAAAGCCGUUUAUUCUUCCUUGUAAGAAUCCUUUACUAUAAAUAUGGGUUAAAGUAUAAUGUACUAGACAGUUAAAUAUUUUUAAUAAAUGUUUCCCUUGUUCUAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-822.14 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -869.84
Frequency: 0.0000
Diversity: 623.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.(.....(((((..((.(((((((((((.((((.((((((((((((...(((((((((((.((.((((.((....)).)))))))))).))))))).))))))))..((((((..(((.(((.((....))))).))).))))))....(((((....))))).......(((((...)))))....(((((((...(((..(((((...........(((((.(((.((..((((.....))))...))..))).))))).))))).))))))))))....))))))))......((((((((((............))))))))))...(..(((....)))..)...((((((....(((........)))....))))))..((......)))))))))))))..)))))))).))))))((((((((((((((..(((....)))....)))).)))))..)))))....(((((((....(((((.((((((((((((((.((((((((.....(.((((((..........((.(((((.((..((((((.((((((.(((.(((((((((.(((((((((((.((((......((((.((((((.((((.((............(((((((((.(((((((((..((((................)))).............(((((((((((((............(((((((.((.(((((..((...))..))))).))..(((((((((......))))).((((.((((((((....(((((((((((..(((((...)))))..))))))).....)))).........((((....))))..((((((((.....))))))))...))))))))..)))).))))...(((((((((........))))).))))..(((...(((((((((..((((((((.....((((((....))))))..............((((((((((.((.........((((..((((..((((((.........))))))..))))..)))).((((((......))))))...(((......)))....(((((..........))))).(((((..(((((.(((..........))).))))).)))))..)).))))).((((......)))).((((..............)))).((.(((((.......)))))..))(((((((((..(((...((((((((....))))))))...)))...))).))))))....)))))....))))))))....)))))).)))...)))...))))))))))))))))))))...((....)).))))))))))))))))))...........)).)))).)).)))).))))(((((.((((((...(((((((........))))))).)))))))))))(((((................................)))))..............(((((....))))).(((((.(....).)).)))((((((......)))))).)))))))))))))))..)))...))))))....))).)))))))))))).)).)))))))((((((..((...))..))))))....((((.((((.((((((..(((((((.....)))))))..((((((((..(((((.((.....))..)))))......))))))))......))))))......))))))))..........((((.((((((((.(((((((((..((((...((((((....(((((((....)))))))..))))))((((((((.............(((.....)))...((..((((((((....))))))))...))........((((((((..........)))))))).((((((......))))))))))..))))....((((((.(((((..(((((..(((((((((....))).)))))).......((.((((((....(((((((..((((..(((.(((..((((((.((((.((((((((((((....)))))).))))...((....))...))..))))))))))..))).)))))))....((((...((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..))))..(((((((.(.((....((((((.(((((((((...))))))))))))))).......((((...(((((((((.........)))))))))..))))...))).)))))))..)))))))...)))))).))...)))))....)))))....)))))).))))..))))))))).))...)))))).)))).)))))))....))))))))....((((((((.((((.((((((((((..((.......((((.(((((......))).)).)))).....))..))))))))))..)))).))))))))(((((....)))))...(((((((..((.....))..)))))))((((.....))))..........))))))))))))))....(((((..............)))))..(((((...))))).....((((((....))))))...)))))....)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((.(.....(((({.{((.(((((((((((.((((.((((((((((((...(((((((((((.((.((((.((....)).)))))))))).))))))).))))))))..((((((..(((.(({{((....))))).))).))))))....(((((....))))).......{((({...))))}....(((((((..,(((,,(((((..,...,,...(((((.{((,(..,((.,.....,,,,.,}),.}))).))))).})}}},}}})))))))....)))))))).....,({((((((((.......,,,..)))))))))).|||..{((....))),.}...((((((....(((.......,)))....))))))..((......)))))))))))))..)))))))}.)))))}((((((((((((((..(((....)))....)))).)))))..}))))....{{{{{{{....(((({.((((((((((((((.{{((((((,,,.,{{((((({,,.,,,....{{.(((((.,({.((((((.((((((.(({.(((((({({.(((((((((((.((((......((((.((((((,((({.,{............((((((({(((((((((({..(({{.|,.............}}}},.||..,,,.,.,{{{((((((((((.......,....(((((((.{,.({{((..,(,..,,..))))),}}..(((((((((......))))),|||{.(((((((({...(((((((((((..(((((...)))))..))))))).....)))).........((((....))))..||((((((.....))))))},..,))))))))..)))}.})))...(((((((((........))))).))))..(((...(((((((((..((((((((.....((((((....))))))..............((((((((((.{{.,.......,(((..((((..((((((..,....,.))))))..))))..)))},((((({.....,})))))...{((....,.)))....(((((..........))))).{((({..(((((.(((..........))).))))).))))}..}}.))))).((((......)))),((((.,............)))).{,.(((((.......)))))..,,(((((((((..,(({..{(((((((....)))))))),,,,,,...))),,)))))....))))),}..))))))))....))})))})))...))),,.)))))}}))))))))))))),,.{{.|,,}||}}))))))))))))))))...........},.)))).)).)))).)))){((({,((((((...(((((((........))))))).))))))))))}{{{{,{{{.....,.,,,,,,.............,..})}}}..............{{{{{,,,,))))}.{{{,{.{....,.)).}},((((((......)))))).}))))))))))))))..}}}...))))))....))).)))))))))))).)).)))))}}((((((..((...))..)))))),.,{((((.{{({.(((((({.(((((((.....))))))).,((((((((..(((((.((.....))..))))),,.,,.})))))))..,||,))))),..,.}})}))))),.}},......((((.((((((((.(((((((((..((((...((((((....(((((((....)))))))..))))))((((((((...,,,...,},.(((.....}}}...,{..((((((({....})))))))...,,........((((((((.,........)))))))}.((((((......))))))))))..))))....((((((.(((((..(((((.,(({{{((((,.,,|||{|,},,,...,,,.||}|{||||,...(((((((..((((..{((.(((..{((({{{((({,({(((({(((((....)))))),)))).,{({,,.,|}..,},,,})))))))))..))).))}))))..,.((((...((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..))))..(((((((.(.((.,{,(((((,{(((((((({...})))))))))))))).,,,...((({...(((((((((.........)))))))))..))))...))).)))))))..))))))).,,|}}}}},)),,,)))))....)))))....}))))).))))..))))))))).},..})))))).)))).)))))))....)))))}}}...,|{{{{{{{|{((,.({{{{((({{,{{{....,,.((((.(((((......))).)).)))),},.})),.})))))))))..,,}}})))))}}|(((((....))))),..(((((((,{{{.....)),.}}))))){(((.....))))......,,..))))))))))))))....(((((..............)))))..(((((...)))))..,,,((((((....))))))...)))))....)))))))....
Back