Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351807.2
Sequence Length
2747 nt
GC Content
0.4539
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUGCCUGUUUACCCGCGCCGGACUCACCGCCGCCGCCGCCGCGGGAUCCGAGUGCGGGCGCGGGCGCGGGCGCUCCCGGCGAGCCACGGUGGUGCUGGCUAGAGUGUAUACGUUUGGACCCAAGCUUAACUUUUCCAAUGUGGAAUCCUGGGCCUUCAUUGGUUUUUGGAAGAAGCUGACCGCCUGAAAAGAAAUUAUAAAACAUGAAAAUCGCUUUGAGGUGACCAAGUCCAGAGGCCCCUAACUCCUCCCAAGCUGGAUCUGGGGUGUAAGAACUGUGACUUCAGAUCAUCCAAUGGCAGACCAGAGAAUGGACAUUUCUUCAACCAUCAGUGAUUUCAUGUCCCCGGGCCCCACCGACCUGCUUUCCAGCUCUCUUGGUACCAGUGGUGUGGAUUGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCUCCACUGACUACCAAGAAAGCAUGGACACAGACAAAGAUGACCCUCAUGGAAGGUUAGAAUAUACAGAACACCAAGGAAGGAUAAAAAAUGCAAGGGAAGCUCACAGUCAGAUUGAAAAGCGGCGUCGGGAUAAAAUGAACAGUUUUAUAGAUGAAUUGGCUUCUUUGGUACCAACAUGCAACGCAAUGUCCAGGAAAUUAGAUAAACUUACUGUGCUAAGGAUGGCUGUUCAGCACAUGAAAACAUUAAGAGGUGCCACCAAUCCAUACACAGAAGCAAACUACAAACCAACUUUUCUAUCAGACGAUGAAUUGAAACACCUCAUUCUCAGGGCAGCAGAUGGAUUUUUGUUUGUCGUAGGAUGUGACCGAGGGAAGAUACUCUUUGUCUCAGAGUCUGUCUUCAAGAUCCUCAACUACAGCCAGAAUGAUCUGAUUGGUCAGAGUUUGUUUGACUACCUGCAUCCUAAAGAUAUUGCCAAAGUCAAGGAGCAGCUCUCCUCCUCUGACACCGCACCCCGGGAGCGGCUCAUAGAUGCAAAAACUGGACUUCCAGUUAAAACAGAUAUAACCCCUGGGCCAUCUCGAUUAUGUUCUGGAGCACGACGUUCUUUCUUCUGUAGGAUGAAGUGUAACAGGCCUUCAGUAAAGGUUGAAGACAAGGACUUCCCCUCUACCUGCUCAAAGAAAAAAGCAGAUCGAAAAAGCUUCUGCACAAUCCACAGCACAGGCUAUUUGAAAAGCUGGCCACCCACAAAGAUGGGGCUGGAUGAAGACAACGAACCAGACAAUGAGGGGUGUAACCUCAGCUGCCUCGUCGCAAUUGGACGACUGCAUUCUCAUGUAGUUCCACAACCAGUGAACGGGGAAAUCAGGGUGAAAUCUAUGGAAUAUGUUUCUCGGCACGCGAUAGAUGGAAAGUUUGUUUUUGUAGACCAGAGGGCAACAGCUAUUUUGGCAUAUUUACCACAAGAACUUCUAGGCACAUCGUGUUAUGAAUAUUUUCACCAAGAUGACAUAGGACAUCUUGCAGAAUGUCAUAGGCAAGUUUUACAGACGAGAGAAAAAAUUACAACUAAUUGCUAUAAAUUUAAAAUCAAAGAUGGUUCUUUUAUCACACUACGGAGUCGAUGGUUCAGUUUCAUGAACCCUUGGACCAAGGAAGUAGAAUAUAUUGUCUCAACUAACACUGUUGUUUUAGCCAACGUCCUGGAAGGCGGGGACCCAACCUUCCCACAGCUCACAGCAUCCCCCCACAGCAUGGACAGCAUGCUGCCCUCUGGAGAAGAUUCCUUUGUUGUAGGUGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACUGUUCCAGGGAUUCCAGGGGGAACCCGGGCUGGGGCAGGAAAAAUAGGCCGAAUGAUUGCUGAGGAAAUCAUGGAAAUCCACAGGAUAAGAGGGUCAUCGCCUUCUAGCUGUGGCUCCAGCCCAUUGAACAUCACGAGUACGCCUCCCCCUGAUGCCUCUUCUCCAGGAGGCAAGAAGAUUUUAAAUGGAGGGACUCCAGACAUUCCUUCCAGUGGCCUACUAUCAGGCCAGGCUCAGGAGAACCCAGGUUAUCCAUAUUCUGAUAGUUCUUCUAUUCUUGGUGAGAACCCCCACAUAGGUAUAGACAUGAUUGACAACGACCAAGGAUCAAGUAGUCCCAGUAAUGAUGAGGCAGCAAUGGCUGUCAUCAUGAGCCUCUUGGAAGCAGAUGCUGGACUGGGUGGCCCUGUUGACUUUAGUGACUUGCCAUGGCCGCUGUAAACACUACAUGUUGCUUUGGCAACAGCUAUAGUAUCAAAGUGCAUUACUGGUGGAGUUUUACAGUCUGUGAAGCUUACUGGAUAAGGAGAGAAUAGCUUUUAUGUACUGACUUCAUAAAAGCCAUCUCAGAGCCAUUGAUACAAGUCAAUCUUACUAUAUGUAACUUCAGACAAAGUGGAACUAAGCCUGCUCCAGUGUUUCCUCAUCAUUGAUUAUUGGGCUAGCUGUGGAUAGCUUGCAUUAAUUGUAUAUUUUGGAUUCUGUUUGUGUUGAAUUUUUUAAUCAUUGUGCACAGAAGCAUCAUUGGUAGCUUUUAUAUGCAAAUGGUCAUUUCAGAUGUAUGGUGUUUUUACACUACAAAGAAGUCCCCCAUGUGGAUAUUUCUUAUACUAAUUGUAUCAUAAAGCCGUUUAUUCUUCCUUGUAAGAAUCCUUUACUAUAAAUAUGGGUUAAAGUAUAAUGUACUAGACAGUUAAAUAUUUUUAAUAAAUGUUUCCCUUGUUCUAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-835.14 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -885.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 563.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.(((......(((((((.((..(((((((((.((((.((((((((((((...(((((((((((.((.((((.((....)).)))))))))).))))))).))))))))..((((((..(((.(((.((....))))).))).))))))....(((((....))))).......(((((...)))))....(((((((...(((..(((((...........(((((.(((.((..((((.....))))...))..))).))))).))))).))))))))))....))))))))......((((((((((............))))))))))...(..(((....)))..)...((((((....(((........)))....))))))..((......)))))))))))(((((((.((((((((.((((((.((....(((..(((....)))....))))).))))))..)))))))).))).))))............(((((.((...)).)))))...............((((((((((((((.((((((((.....(.((((((..........((.(((((.((..((((((.((((((.(((.(((((((((.(((((((((((.((((......((((.((((((.((((.((............(((((((((.(((((((((..((((................)))).............(((((((((((((............(((((((.((.(((((..((...))..))))).))..(((((((((......))))).((((.((((((((....(((((((((((..(((((...)))))..))))))).....)))).........((((....))))..((((((((.....))))))))...))))))))..)))).))))...(((((((((........))))).))))..(((...(((((((((..((((((((.....((((((....))))))..............((((((((((.((.........((((..((((..((((((.........))))))..))))..)))).((((((......))))))...(((......)))....(((((..........))))).(((((..(((((.(((..........))).))))).)))))..)).))))).((((......)))).((((..............)))).((.(((((.......)))))..))(((((((((..(((...((((((((....))))))))...)))...))).))))))....)))))....))))))))....)))))).)))...)))...))))))))))))))))))))...((....)).))))))))))))))))))...........)).)))).)).)))).))))(((((.((((((...(((((((........))))))).)))))))))))(((((................................)))))..............(((((....))))).(((((.(....).)).)))((((((......)))))).)))))))))))))))..)))...))))))....))).)))))))))))).)).)))))))((((((..((...))..))))))....(((...))).(((((((((((((((.....)))))))(((((((((....((((((.....((.(((((.((.....))..)))))..))......))))))))))))))).........)))))..)))......((((.((((((((.(((((((((..((((...((((((....(((((((....)))))))..))))))((((((((.............(((.....)))...((..((((((((....))))))))...))........((((((((..........)))))))).((((((......))))))))))..))))....((((((.(((((..(((((..(((((((((....))).)))))).......((.((((((....(((((((..((((..(((.(((..((((((.((((.((((((((((((....)))))).))))...((....))...))..))))))))))..))).)))))))....((((...((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..))))..(((((((.(.((....((((((.(((((((((...))))))))))))))).......((((...(((((((((.........)))))))))..))))...))).)))))))..)))))))...)))))).))...)))))....)))))....)))))).))))..))))))))).))...)))))).)))).)))))))....))))))))....((((((((.((((.((((((((((..((.......((((.(((((......))).)).)))).....))..))))))))))..)))).))))))))(((((....)))))...(((((((..((.....))..)))))))((((.....))))..........))))))))))))))....(((((..............)))))..(((((...))))).....((((((....))))))...)))))))))))).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.{,({{{...(((((({{({{((((((((((.((((.((((((((((((...(((((((((((.((.((((.((....)).)))))))))).))))))).))))))))..((((((..(((.(({{((....))))).))).))))))....(((((....))))).......{((({...))))}....(((((((..,(((,,(((((..,...,,...(((((.{((,(..,((.,.....,,,,.,}),.}))).))))).})}}},}}})))))))....)))))))).....,({((((((((.......,,,..)))))))))).|||..{((....))),.}...((((((....(((.......,)))....))))))..((......))))))))))))|{{(((.((((((((.((((((.({,,.{(((..(((....)))....))))),))))))..)))))))).))).}}},..,,..,.....(((((.{{...}|.}}}}}...,..,,......,(((((((((((((,.{(((((((....,{{((((({,..,,,,...{{.(((((.,({.((((((.((((((.(({.(((((({((.(((((((((((.((((......((((.((((((.((({.,{............((((((({(((((((((({..{({{.|,.............}}}},.||..,,..,.,(((((((((((((.......,....(((((((.{{.(({((..,(,..,,..))))),))..(((((((((......))))),{{((.(((((((({...(((((((((((..(((((...)))))..))))))).....)))).........((((....))))..{{((((((.....)))))))}..,))))))))..)))}.})))...(((((((((........))))).))))..(((...(((((((((..((((((((.,...((((((....))))))..............((((((((((.((.........,(((..((((..((((((..,....,.))))))..))))..)))},((((({.....,})))))...{((......)))....(((((..........))))).{((((..(((((.(((..........))).))))).))))}..}).))))).((((......)))),((((.{............)))).|,.(((((.......)))))..,,(((((((((..,(({..{(((((((....)))))))),,,,,,...))),,)))))....))))),}..))))))))....))))))})))...)))...)))))))))))))))))))).,.,,.|,.)}|})))))))))))))))))...........},.)))).)).)))).)))){((({,((((((...(((((((........))))))).))))))))))}{{{{{{{{.....,....,,,.............,..}))}}..............{{{{{....))))).{{{,{.{....,.)).)}}((((((......)))))).}))))))))))))))..}}}...))))))....))).)))))))))))).)).))))))}((((((..((...))..))))))...,((({.{{({.{((((({,(((((((.....)))))))(((((((((,...{(((((.....((.(((((.((.....))..)))))..))......))))))))))))))).....,,,,))))),.}},......((((.((((((((.(((((((((..((((...((((((....(((((((....)))))))..))))))((((((((...,{,...,|,.(((.....)))...,{..((((((({....})))))))...,,........((((((((..........)))))))).((((((......))))))))))..))))....((((((.(((((..(((((.,((({{((((,.,,|}|,|,},}}...,,,.{|}|{||||,...(((((((..((((..{((.(((..(((((({((({,({(((({(((((....)))))),)))).,,({,,..|}..,},,.})))))))))..))).)))))))....((((...((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..))))..(((((((.(.((.,{,((((({{(((((((({...})))))))))))))).,,....((({...(((((((((.........)))))))))..))))...))).)))))))..)))))))...|}}}}},)),,,)))))....)))))....)))))).))))..))))))))).),..})))))).)))).)))))))....)))))))}...}|||{{|||}||{,,||||||||||,,{{....,,.((((.(((((......))).}}.)))).}||})}..|)))}}}})},.,,}},,}}}}},|(((((....)))))}..(((((((,,{{.....)),.}}))))){(((.....))))......,,..})))))))))))))....{{{{{..............))))}..(((((...))))).....((((((....))))))...)))))))))))),))))...
Back