Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351813.2
Sequence Length
2815 nt
GC Content
0.4540
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUGCCUGUUUACCCGCGCCGGACUCACCGCCGCCGCCGCCGCGGGAUCCGAGUGCGGGCGCGGGCGCGGGCGCUCCCGGCGAGCCACGGUGGUGCUGGCUAGAGUGUAUACGUUUGGACCCAAGCUUAACUUUUCCAAUGUGGAAUCCUGGGCCUUCAUUGGUUUUUGGAAGAAGCUGACCGCCUGAAAAGAAAUUAUAAAACAUGAAAAUCGCUUUGAGGUGACCAAGUCCAGAGGCCCCUAACUCCUCCCAAGCUGGAUCUGGGGUGUAAGAACUGUGACUUCAGAUCAUCCAAUGGCAGACCAGAGAAUGGACAUUUCUUCAACCAUCAGUGAUUUCAUGUCCCCGGGCCCCACCGACCUGCUUUCCAGCUCUCUUGGUACCAGUGGUGUGGAUUGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCUCCACUGACUACCAUUCACAGGUCGAAUUUGGGGAGCACAAUGGCUGGAGGUCAGAUGCCCACUAGGAGAUGCUAUGAUUAAUAUAGAAAGCAUGGACACAGACAAAGAUGACCCUCAUGGAAGGUUAGAAUAUACAGAACACCAAGGAAGGAUAAAAAAUGCAAGGGAAGCUCACAGUCAGAUUGAAAAGCGGCGUCGGGAUAAAAUGAACAGUUUUAUAGAUGAAUUGGCUUCUUUGGUACCAACAUGCAACGCAAUGUCCAGGAAAUUAGAUAAACUUACUGUGCUAAGGAUGGCUGUUCAGCACAUGAAAACAUUAAGAGGUGCCACCAAUCCAUACACAGAAGCAAACUACAAACCAACUUUUCUAUCAGACGAUGAAUUGAAACACCUCAUUCUCAGGGCAGCAGAUGGAUUUUUGUUUGUCGUAGGAUGUGACCGAGGGAAGAUACUCUUUGUCUCAGAGUCUGUCUUCAAGAUCCUCAACUACAGCCAGAAUGAUCUGAUUGGUCAGAGUUUGUUUGACUACCUGCAUCCUAAAGAUAUUGCCAAAGUCAAGGAGCAGCUCUCCUCCUCUGACACCGCACCCCGGGAGCGGCUCAUAGAUGCAAAAACUGGACUUCCAGUUAAAACAGAUAUAACCCCUGGGCCAUCUCGAUUAUGUUCUGGAGCACGACGUUCUUUCUUCUGUAGGAUGAAGUGUAACAGGCCUUCAGUAAAGGUUGAAGACAAGGACUUCCCCUCUACCUGCUCAAAGAAAAAAGAUCGAAAAAGCUUCUGCACAAUCCACAGCACAGGCUAUUUGAAAAGCUGGCCACCCACAAAGAUGGGGCUGGAUGAAGACAACGAACCAGACAAUGAGGGGUGUAACCUCAGCUGCCUCGUCGCAAUUGGACGACUGCAUUCUCAUGUAGUUCCACAACCAGUGAACGGGGAAAUCAGGGUGAAAUCUAUGGAAUAUGUUUCUCGGCACGCGAUAGAUGGAAAGUUUGUUUUUGUAGACCAGAGGGCAACAGCUAUUUUGGCAUAUUUACCACAAGAACUUCUAGGCACAUCGUGUUAUGAAUAUUUUCACCAAGAUGACAUAGGACAUCUUGCAGAAUGUCAUAGGCAAGUUUUACAGACGAGAGAAAAAAUUACAACUAAUUGCUAUAAAUUUAAAAUCAAAGAUGGUUCUUUUAUCACACUACGGAGUCGAUGGUUCAGUUUCAUGAACCCUUGGACCAAGGAAGUAGAAUAUAUUGUCUCAACUAACACUGUUGUUUUAGCCAACGUCCUGGAAGGCGGGGACCCAACCUUCCCACAGCUCACAGCAUCCCCCCACAGCAUGGACAGCAUGCUGCCCUCUGGAGAAGAUUCCUUUGUUGUAGGUGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACUGUUCCAGGGAUUCCAGGGGGAACCCGGGCUGGGGCAGGAAAAAUAGGCCGAAUGAUUGCUGAGGAAAUCAUGGAAAUCCACAGGAUAAGAGGGUCAUCGCCUUCUAGCUGUGGCUCCAGCCCAUUGAACAUCACGAGUACGCCUCCCCCUGAUGCCUCUUCUCCAGGAGGCAAGAAGAUUUUAAAUGGAGGGACUCCAGACAUUCCUUCCAGUGGCCUACUAUCAGGCCAGGCUCAGGAGAACCCAGGUUAUCCAUAUUCUGAUAGUUCUUCUAUUCUUGGUGAGAACCCCCACAUAGGUAUAGACAUGAUUGACAACGACCAAGGAUCAAGUAGUCCCAGUAAUGAUGAGGCAGCAAUGGCUGUCAUCAUGAGCCUCUUGGAAGCAGAUGCUGGACUGGGUGGCCCUGUUGACUUUAGUGACUUGCCAUGGCCGCUGUAAACACUACAUGUUGCUUUGGCAACAGCUAUAGUAUCAAAGUGCAUUACUGGUGGAGUUUUACAGUCUGUGAAGCUUACUGGAUAAGGAGAGAAUAGCUUUUAUGUACUGACUUCAUAAAAGCCAUCUCAGAGCCAUUGAUACAAGUCAAUCUUACUAUAUGUAACUUCAGACAAAGUGGAACUAAGCCUGCUCCAGUGUUUCCUCAUCAUUGAUUAUUGGGCUAGCUGUGGAUAGCUUGCAUUAAUUGUAUAUUUUGGAUUCUGUUUGUGUUGAAUUUUUUAAUCAUUGUGCACAGAAGCAUCAUUGGUAGCUUUUAUAUGCAAAUGGUCAUUUCAGAUGUAUGGUGUUUUUACACUACAAAGAAGUCCCCCAUGUGGAUAUUUCUUAUACUAAUUGUAUCAUAAAGCCGUUUAUUCUUCCUUGUAAGAAUCCUUUACUAUAAAUAUGGGUUAAAGUAUAAUGUACUAGACAGUUAAAUAUUUUUAAUAAAUGUUUCCCUUGUUCUAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-846.54 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -897.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 570.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.(.....(((((..((.(((((((((((.((((.((((((((((((...(((((((((((.((.((((.((....)).)))))))))).))))))).))))))))..((((((..(((.(((.((....))))).))).))))))....(((((....))))).......(((((...)))))....(((((((...(((..(((((...........(((((.(((.((..((((.....))))...))..))).))))).))))).))))))))))....))))))))......((((((((((............))))))))))...(..(((....)))..)...((((((....(((........)))....))))))..((......)))))))))))))..)))))))).))))))((((((((((((((..(((....)))....)))).)))))..)))))............((((..((((((((.((((((((..(((.....)))..)...((((((((((.....((((((((.((.(.(((((((((....((((...))))((((..((((((((((((.....((......))......((((((((.....(.((((((..........((.(((((.((..((((((.((((((.(((.(((((((((.(((((((((((.((((......((((.((((((.((((.((............(((((((((.(((((((((..((((................)))).............(((((((((((((............(((((((.((.(((((..((...))..))))).))..(((((((((......))))).((((.((((((((....(((((((((((..(((((...)))))..))))))).....)))).........((((....))))..((((((((.....))))))))...))))))))..)))).))))...(((((((((........))))).))))..(((...(((((((((..((((((((.....((((((....))))))..............((((((((((..((((((...((((.(((((.((.(((((((((((.......(((((.((.....))))))).........))))).)))))).)).........)))))..))))....))))))...(((((.(((..........))).)))))...........))))).((((......)))).((((..............)))).((.(((((.......)))))..))(((((((((..(((...((((((((....))))))))...)))...))).))))))....)))))....))))))))....)))))).)))...)))...))))))))))))))))))))...((....)).))))))))))))))))))...........)).)))).)).)))).))))(((((.((((((...(((((((........))))))).)))))))))))(((((................................)))))..............(((((....))))).(((((.(....).)).)))((((((......)))))).)))))))))))))))..)))...))))))....))).)))))))))))).)).)))))))((((((..((...))..))))))....(((...))).(((((((((((((((.....)))))))(((((((((....((((((.....((.(((((.((.....))..)))))..))......))))))))))))))).........)))))..)))......((((.((((((((.(((((((((..((((...((((((....(((((((....)))))))..))))))((((((((.............(((.....)))...((..((((((((....))))))))...))........((((((((..........)))))))).((((((......))))))))))..))))....((((((.(((((..(((((..(((((((((....))).)))))).......((.((((((....(((((((..((((..(((.(((..((((((.((((.((((((((((((....)))))).))))...((....))...))..))))))))))..))).)))))))....((((...((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..))))..(((((((.(.((....((((((.(((((((((...))))))))))))))).......((((...(((((((((.........)))))))))..))))...))).)))))))..)))))))...)))))).))...)))))....)))))....)))))).))))..))))))))).))...)))))).)))).)))))))....))))))))...)))))))))))).))))))))))))).)........((((.(((((......))).)).)))).))))))))))....)))).)))))).......((((((....))))))..(((((((..((.....))..)))))))((((.....)))).....))))))).((((((......))))))......((((....))))(((..(((((...))))).))).((((((....))))))...))))))))..))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((.(.....(((((,{{{.(((((((((((.((((.((((((((((((...(((((((((((.((.((((.((....)).)))))))))).))))))).))))))))..((((((..(((.(({{((....))))).))).))))))....(((((....))))).......{((({...))))}....(((((((..,(((,,(((((..,...,,...(((((.{((,(..,((.,.....,,,,.,}),.}))).))))).})}}},}}})))))))....)))))))).....,({((((((((.......,,,..)))))))))).|||..{((....))),.}...((((((....(((.......,)))....))))))..((......)))))))))))))..|}||||}},|}}}}|((((((((((((((..(((....)))....)))).)))))..,}}))},,.....,,,.{{{{..(((({(({.{((((((,..(({.....}))}.},..((((((((((.....(((((((((((.{.((((((((({...,{{{,{.||..,||,}}||{((((((((({....((......))......((((((((.....{{{{((((.....,,...{{.(((((.,({.((((((.((((((.(({.(((((({((.(((((((((((.((((......((((.((((((.((({.,,............((((((({(((((((((({..{({{.|,.............}}}},.||..,,....,(((((((((((((.......,....(((((((.{{.(({((..,(,..,,..))))),))..(((((((((......))))),{(((.(((((((({...(((((((((((..(((((...)))))..))))))).....)))).........((((....))))..{(((((((.....)))))))}..,))))))))..)))}.})))...(((((((((........))))).))))..(((...(((((((((..((((((((.,...((((((....)))))).............,((((((((((.,((((((...((((.(((((.{{,((((({{({{{...,,,,||{{|,{{....,)}|||}}......,..))))}.}}||}).}}.,,,.....)))))..))))....)))))},,.(((((.(((..........))).))))).,,,.....,.))))).((((......)))),((((.{............)))).|,.(((((.......)))))..,,(((((((((..,(({..{(((((((....)))))))),,,,,,...))),})))))....))))),}..))))))))....))))))})))...)))...)))))))))))))))))))).,.,,.,..))|})))))))))))))))))...........,,.)))).)).)))).)))){((({,((((((...(((((((........))))))).))))))))))}{{{{{{{{.....,....,.,.............,..}))}}..............{{{{{....))))).{{{,{.{....,.)).)}}((((((......)))))).}))))))))))))))..}}}...))))))....))).)))))))))))).)).))))))}((((((..((...))..))))))..,.((({.{{{{.,(({{{{,(((((((.....)))))))(((((((((,...{(((((.....((.(((((.((.....))..)))))..))......))))))))))))))).....,,},))))),.}},......((((.((((((((.(((((((((..((((...((((((....(((((((....)))))))..))))))((((((((...,{,...,|,.(((.....)))...,{..((((((({....})))))))...,,........((((((((..........)))))))).((((((......))))))))))..))))....((((((.(((((..(((((.,((({{((((,.,,|}|,|}}}}}...,,,.{|,|{||||,...(((((((..((((..(((.(((..(((((({((({,({(((({(((((....)))))),)))).,,({,,..|}..,},,.})))))))))..))).)))))))....((((...((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..))))..(((((((.(.((.,{,((((({{(((((((({...})))))))))))))).,,....((({...(((((((((.........)))))))))..))))...))).)))))))..)))))))...|}}}}},)),,,)))))....)))))....)))))).))))..))))))))).),..})))))).)))).)))))))....))))))))..})))))))))))}.}}})))))))))).}........((((.(((((......))).)).)))).))))))))))....)))).))))))...{{{.,(((((....)))))),,(((((((,,{{.....)),,})))))){(((.....)))).....))))))}.{{((({......})))}},{....,,,,....,,))|||..(((((...))))).,}}.((((((....))))))...))))))))..)))).,,...
Back