Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351815.2
Sequence Length
2603 nt
GC Content
0.4541
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUGCCUGUUUACCCGCGCCGGACUCACCGCCGCCGCCGCCGCGGGAUCCGAGUGCGGGCGCGGGCGCGGGCGCUCCCGGCGAGCCACGGUGGUGCUGGCUAGAGUGUAUACGUUUGGACCCAAGCUUAACUUUUCCAAUGUGGAAUCCUGGGCCUUCAUUGAUCAUCCAAUGGCAGACCAGAGAAUGGACAUUUCUUCAACCAUCAGUGAUUUCAUGUCCCCGGGCCCCACCGACCUGCUUUCCAGCUCUCUUGGUACCAGUGGUGUGGAUUGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCUCCACUGACUACCAAGAAAGCAUGGACACAGACAAAGAUGACCCUCAUGGAAGGUUAGAAUAUACAGAACACCAAGGAAGGAUAAAAAAUGCAAGGGAAGCUCACAGUCAGAUUGAAAAGCGGCGUCGGGAUAAAAUGAACAGUUUUAUAGAUGAAUUGGCUUCUUUGGUACCAACAUGCAACGCAAUGUCCAGGAAAUUAGAUAAACUUACUGUGCUAAGGAUGGCUGUUCAGCACAUGAAAACAUUAAGAGGUGCCACCAAUCCAUACACAGAAGCAAACUACAAACCAACUUUUCUAUCAGACGAUGAAUUGAAACACCUCAUUCUCAGGGCAGCAGAUGGAUUUUUGUUUGUCGUAGGAUGUGACCGAGGGAAGAUACUCUUUGUCUCAGAGUCUGUCUUCAAGAUCCUCAACUACAGCCAGAAUGAUCUGAUUGGUCAGAGUUUGUUUGACUACCUGCAUCCUAAAGAUAUUGCCAAAGUCAAGGAGCAGCUCUCCUCCUCUGACACCGCACCCCGGGAGCGGCUCAUAGAUGCAAAAACUGGACUUCCAGUUAAAACAGAUAUAACCCCUGGGCCAUCUCGAUUAUGUUCUGGAGCACGACGUUCUUUCUUCUGUAGGAUGAAGUGUAACAGGCCUUCAGUAAAGGUUGAAGACAAGGACUUCCCCUCUACCUGCUCAAAGAAAAAAGAUCGAAAAAGCUUCUGCACAAUCCACAGCACAGGCUAUUUGAAAAGCUGGCCACCCACAAAGAUGGGGCUGGAUGAAGACAACGAACCAGACAAUGAGGGGUGUAACCUCAGCUGCCUCGUCGCAAUUGGACGACUGCAUUCUCAUGUAGUUCCACAACCAGUGAACGGGGAAAUCAGGGUGAAAUCUAUGGAAUAUGUUUCUCGGCACGCGAUAGAUGGAAAGUUUGUUUUUGUAGACCAGAGGGCAACAGCUAUUUUGGCAUAUUUACCACAAGAACUUCUAGGCACAUCGUGUUAUGAAUAUUUUCACCAAGAUGACAUAGGACAUCUUGCAGAAUGUCAUAGGCAAGUUUUACAGACGAGAGAAAAAAUUACAACUAAUUGCUAUAAAUUUAAAAUCAAAGAUGGUUCUUUUAUCACACUACGGAGUCGAUGGUUCAGUUUCAUGAACCCUUGGACCAAGGAAGUAGAAUAUAUUGUCUCAACUAACACUGUUGUUUUAGCCAACGUCCUGGAAGGCGGGGACCCAACCUUCCCACAGCUCACAGCAUCCCCCCACAGCAUGGACAGCAUGCUGCCCUCUGGAGAAGGUGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACUGUUCCAGGGAUUCCAGGGGGAACCCGGGCUGGGGCAGGAAAAAUAGGCCGAAUGAUUGCUGAGGAAAUCAUGGAAAUCCACAGGAUAAGAGGGUCAUCGCCUUCUAGCUGUGGCUCCAGCCCAUUGAACAUCACGAGUACGCCUCCCCCUGAUGCCUCUUCUCCAGGAGGCAAGAAGAUUUUAAAUGGAGGGACUCCAGACAUUCCUUCCAGUGGCCUACUAUCAGGCCAGGCUCAGGAGAACCCAGGUUAUCCAUAUUCUGAUAGUUCUUCUAUUCUUGGUGAGAACCCCCACAUAGGUAUAGACAUGAUUGACAACGACCAAGGAUCAAGUAGUCCCAGUAAUGAUGAGGCAGCAAUGGCUGUCAUCAUGAGCCUCUUGGAAGCAGAUGCUGGACUGGGUGGCCCUGUUGACUUUAGUGACUUGCCAUGGCCGCUGUAAACACUACAUGUUGCUUUGGCAACAGCUAUAGUAUCAAAGUGCAUUACUGGUGGAGUUUUACAGUCUGUGAAGCUUACUGGAUAAGGAGAGAAUAGCUUUUAUGUACUGACUUCAUAAAAGCCAUCUCAGAGCCAUUGAUACAAGUCAAUCUUACUAUAUGUAACUUCAGACAAAGUGGAACUAAGCCUGCUCCAGUGUUUCCUCAUCAUUGAUUAUUGGGCUAGCUGUGGAUAGCUUGCAUUAAUUGUAUAUUUUGGAUUCUGUUUGUGUUGAAUUUUUUAAUCAUUGUGCACAGAAGCAUCAUUGGUAGCUUUUAUAUGCAAAUGGUCAUUUCAGAUGUAUGGUGUUUUUACACUACAAAGAAGUCCCCCAUGUGGAUAUUUCUUAUACUAAUUGUAUCAUAAAGCCGUUUAUUCUUCCUUGUAAGAAUCCUUUACUAUAAAUAUGGGUUAAAGUAUAAUGUACUAGACAGUUAAAUAUUUUUAAUAAAUGUUUCCCUUGUUCUAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-796.74 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -843.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 562.27
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.(((......(((((((.((..(((((((((.(((.(((..((((((((...(((((((((((.((.((((.((....)).)))))))))).))))))).))))))))..((((((..(((.(((.((....))))).))).))))))....(((((....))))).......(((((...)))))((((((..((((((((......)))))).)).)))).))..((((((....(((........)))....)))))))))...)))...)))))))))(((((((.((((((((.((((((.((....(((..(((....)))....))))).))))))..)))))))).))).))))............(((((.((...)).)))))...............((((((((((((((.((((((((.....(.((((((..........((.(((((.((..((((((.((((((.(((.(((((((((.(((((((((((.((((......((((.((((((.((((.((............(((((((((.(((((((((..((((................)))).............(((((((((((((............(((((((.((.(((((..((...))..))))).))..(((((((((......))))).((((.((((((((....(((((((((((..(((((...)))))..))))))).....)))).........((((....))))..((((((((.....))))))))...))))))))..)))).))))...(((((((((........))))).))))..(((...(((((((((..((((((((.....((((((....))))))..............((((((((((..((((((...((((.(((((.((.(((((((((((.......(((((.((.....))))))).........))))).)))))).)).........)))))..))))....))))))...(((((.(((..........))).)))))...........))))).((((......)))).((((..............)))).((.(((((.......)))))..))(((((((((..(((...((((((((....))))))))...)))...))).))))))....)))))....))))))))....)))))).)))...)))...))))))))))))))))))))...((....)).))))))))))))))))))...........)).)))).)).)))).))))(((((.((((((...(((((((........))))))).)))))))))))(((((................................)))))..............(((((....))))).(((((.(....).)).)))((((((......)))))).)))))))))))))))..)))...))))))....))).)))))))))))).)).)))))))((((((..((...))..))))))....((((.((((.((((((..(((((((.....)))))))..((((((((..(((((.((.....))..)))))......))))))))......))))))......))))))))..........((((.((((((((.(((((((((..((((...((((((....(((((((....)))))))..))))))((((((((.............(((.....)))...((..((((((((....))))))))...))........((((((((..........)))))))).((((((......))))))))))..))))....((((((.(((((..(((((..(((((((((....))).)))))).......((.((((((....(((((((..((((..(((.(((..((((((.((((.((((((((((((....)))))).))))...((....))...))..))))))))))..))).)))))))....((((...((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..))))..(((((((.(.((....((((((.(((((((((...))))))))))))))).......((((...(((((((((.........)))))))))..))))...))).)))))))..)))))))...)))))).))...)))))....)))))....)))))).))))..))))))))).))...)))))).)))).)))))))....))))))))....((((((((.((((.((((((((((..((.......((((.(((((......))).)).)))).....))..))))))))))..)))).))))))))(((((....)))))...(((((((..((.....))..)))))))((((.....))))..........))))))))))))))....(((((..............)))))..(((((...))))).....((((((....))))))...)))))))))))).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.{,({{{...(((((({{({{((((((((((.(((.(((..((((((((...(((((((((((.((.((((.((....)).)))))))))).))))))).))))))))..((((((..(((.(({{((....))))).))).))))))....(((((....))))).......{((({...))))}((((((..{{((((((......)))))).}).)))).)}..((((((....(((........)))....)))))))))..,))}...))))))))))|{{(((.((((((((.((((((.({,,.{(((..(((....)))....))))),))))))..)))))))).))).}}},..,,..,.....(((((.{{...||.}}}||...,,.,,......,(((((((((((((,.((((((((....,{{((((((,....,....{{.(((((.,({.((((((.((((((.(({.(((((({({.(((((((((((.((((......((((.((((((.((({.,{............((((((({(((((((((({..{({{.|,.............}}}},.||..,,..,.,(((((((((((((.......,....(((((((.{{.(({((..,(,..,,..))))),))..(((((((((......))))),{{((.(((((((({...(((((((((((..(((((...)))))..))))))).....)))).........((((....))))..{{((((((.....)))))))}..,))))))))..)))}.})))...(((((((((........))))).))))..(((...(((((((((..((((((((.,...((((((....)))))).............,((((((((((.,((((((...((((.(((((.{{,((((({{({{{...,,,,||{{|,{{....,)}|||}}......,..))))}.}}||}).}}.,,,.....)))))..))))....)))))},,.(((((.(((..........))).))))).,,,.....,.))))).((((......)))),((((.,............)))).{,.(((((.......)))))..,,(((((((((..,(({..{(((((((....)))))))),,,,,,...))),})))))....))))),}..))))))))....))))))})))...)))...)))))))))))))))))))),,.,,.|,.)}|})))))))))))))))))...........},.)))).)).)))).)))){((({,((((((...(((((((........))))))).))))))))))}{{{{{{{{.....,....,,,.............,..}))}}..............{{{{{....))))).{{{,{.{....,.)).)},((((((......)))))).}))))))))))))))..}}}...))))))....))).)))))))))))).)).)))))}}((((((..((...))..)))))),.,,((((.{{({.(((((({.(((((((.....))))))).,((((((((..(((((.((.....))..))))),,.,,.})))))))..,||.)))))...,.}})}))))),.}}.......((((.((((((((.(((((((((..((((...((((((....(((((((....)))))))..))))))((((((((...,{,...,|,.(((.....}))...,{..((((((({....})))))))...,,........((((((((..........)))))))).((((((......))))))))))..))))....((((((.(((((..(((((.,(({{{((((,.,,|||{|,},,,...,,,.||}|{||||,...(((((((..((((..{((.(((..(((({({((({,({(((({(((((....)))))),)))).,,({,,..|}..,},,.})))))))))..))).)))))))....((((...((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..))))..(((((((.(.((.,{,((((({{(((((((({...})))))))))))))).,,....((({...(((((((((.........)))))))))..))))...))).)))))))..))))))).,,|}}}}},)),,,)))))....)))))....}))))).))))..))))))))).),..})))))).)))).)))))))....))))))))...}|||{{|||}||{,,|||||||||||,{{....,,.((((.(((((......))).}}.)))).}|,}}}..}))))}}})),.,,}},,}}}}}}|(((((....)))))}..(((((((,{{{.....)),.}}))))){(((.....))))......,,..})))))))))))))...,{{{{{..............))))}..(((((...))))).....((((((....))))))...)))))))))))),))))...
Back