Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351824.2
Sequence Length
2606 nt
GC Content
0.4543
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUGCCUGUUUACCCGCGCCGGACUCACCGCCGCCGCCGCCGCGGGAUCCGAGUGCGGGCGCGGGCGCGGGCGCUCCCGGCGAGCCACGGUGGUGCUGGCUAGAGUGUAUACGUUUGGACCCAAGCUUAACUUUUCCAAUGUGGAAUCCUGGGCCUUCAUUGAUCAUCCAAUGGCAGACCAGAGAAUGGACAUUUCUUCAACCAUCAGUGAUUUCAUGUCCCCGGGCCCCACCGACCUGCUUUCCAGCUCUCUUGGUACCAGUGGUGUGGAUUGCAACCGCAAACGGAAAGGCAGCUCCACUGACUACCAAGAAAGCAUGGACACAGACAAAGAUGACCCUCAUGGAAGGUUAGAAUAUACAGAACACCAAGGAAGGAUAAAAAAUGCAAGGGAAGCUCACAGUCAGAUUGAAAAGCGGCGUCGGGAUAAAAUGAACAGUUUUAUAGAUGAAUUGGCUUCUUUGGUACCAACAUGCAACGCAAUGUCCAGGAAAUUAGAUAAACUUACUGUGCUAAGGAUGGCUGUUCAGCACAUGAAAACAUUAAGAGGUGCCACCAAUCCAUACACAGAAGCAAACUACAAACCAACUUUUCUAUCAGACGAUGAAUUGAAACACCUCAUUCUCAGGGCAGCAGAUGGAUUUUUGUUUGUCGUAGGAUGUGACCGAGGGAAGAUACUCUUUGUCUCAGAGUCUGUCUUCAAGAUCCUCAACUACAGCCAGAAUGAUCUGAUUGGUCAGAGUUUGUUUGACUACCUGCAUCCUAAAGAUAUUGCCAAAGUCAAGGAGCAGCUCUCCUCCUCUGACACCGCACCCCGGGAGCGGCUCAUAGAUGCAAAAACUGGACUUCCAGUUAAAACAGAUAUAACCCCUGGGCCAUCUCGAUUAUGUUCUGGAGCACGACGUUCUUUCUUCUGUAGGAUGAAGUGUAACAGGCCUUCAGUAAAGGUUGAAGACAAGGACUUCCCCUCUACCUGCUCAAAGAAAAAAGCAGAUCGAAAAAGCUUCUGCACAAUCCACAGCACAGGCUAUUUGAAAAGCUGGCCACCCACAAAGAUGGGGCUGGAUGAAGACAACGAACCAGACAAUGAGGGGUGUAACCUCAGCUGCCUCGUCGCAAUUGGACGACUGCAUUCUCAUGUAGUUCCACAACCAGUGAACGGGGAAAUCAGGGUGAAAUCUAUGGAAUAUGUUUCUCGGCACGCGAUAGAUGGAAAGUUUGUUUUUGUAGACCAGAGGGCAACAGCUAUUUUGGCAUAUUUACCACAAGAACUUCUAGGCACAUCGUGUUAUGAAUAUUUUCACCAAGAUGACAUAGGACAUCUUGCAGAAUGUCAUAGGCAAGUUUUACAGACGAGAGAAAAAAUUACAACUAAUUGCUAUAAAUUUAAAAUCAAAGAUGGUUCUUUUAUCACACUACGGAGUCGAUGGUUCAGUUUCAUGAACCCUUGGACCAAGGAAGUAGAAUAUAUUGUCUCAACUAACACUGUUGUUUUAGCCAACGUCCUGGAAGGCGGGGACCCAACCUUCCCACAGCUCACAGCAUCCCCCCACAGCAUGGACAGCAUGCUGCCCUCUGGAGAAGGUGGCCCAAAGAGGACCCACCCCACUGUUCCAGGGAUUCCAGGGGGAACCCGGGCUGGGGCAGGAAAAAUAGGCCGAAUGAUUGCUGAGGAAAUCAUGGAAAUCCACAGGAUAAGAGGGUCAUCGCCUUCUAGCUGUGGCUCCAGCCCAUUGAACAUCACGAGUACGCCUCCCCCUGAUGCCUCUUCUCCAGGAGGCAAGAAGAUUUUAAAUGGAGGGACUCCAGACAUUCCUUCCAGUGGCCUACUAUCAGGCCAGGCUCAGGAGAACCCAGGUUAUCCAUAUUCUGAUAGUUCUUCUAUUCUUGGUGAGAACCCCCACAUAGGUAUAGACAUGAUUGACAACGACCAAGGAUCAAGUAGUCCCAGUAAUGAUGAGGCAGCAAUGGCUGUCAUCAUGAGCCUCUUGGAAGCAGAUGCUGGACUGGGUGGCCCUGUUGACUUUAGUGACUUGCCAUGGCCGCUGUAAACACUACAUGUUGCUUUGGCAACAGCUAUAGUAUCAAAGUGCAUUACUGGUGGAGUUUUACAGUCUGUGAAGCUUACUGGAUAAGGAGAGAAUAGCUUUUAUGUACUGACUUCAUAAAAGCCAUCUCAGAGCCAUUGAUACAAGUCAAUCUUACUAUAUGUAACUUCAGACAAAGUGGAACUAAGCCUGCUCCAGUGUUUCCUCAUCAUUGAUUAUUGGGCUAGCUGUGGAUAGCUUGCAUUAAUUGUAUAUUUUGGAUUCUGUUUGUGUUGAAUUUUUUAAUCAUUGUGCACAGAAGCAUCAUUGGUAGCUUUUAUAUGCAAAUGGUCAUUUCAGAUGUAUGGUGUUUUUACACUACAAAGAAGUCCCCCAUGUGGAUAUUUCUUAUACUAAUUGUAUCAUAAAGCCGUUUAUUCUUCCUUGUAAGAAUCCUUUACUAUAAAUAUGGGUUAAAGUAUAAUGUACUAGACAGUUAAAUAUUUUUAAUAAAUGUUUCCCUUGUUCUAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-799.24 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -846.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 585.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.(((......(((((((.((..(((((((((.(((.(((..((((((((...(((((((((((.((.((((.((....)).)))))))))).))))))).))))))))..((((((..(((.(((.((....))))).))).))))))....(((((....))))).......(((((...)))))((((((..((((((((......)))))).)).)))).))..((((((....(((........)))....)))))))))...)))...)))))))))(((((((.((((((((.((((((.((....(((..(((....)))....))))).))))))..)))))))).))).))))............(((((.((...)).)))))...............((((((((((((((.((((((((.....(.((((((..........((.(((((.((..((((((.((((((.(((.(((((((((.(((((((((((.((((......((((.((((((.((((.((............(((((((((.(((((((((..((((................)))).............(((((((((((((............(((((((.((.(((((..((...))..))))).))..(((((((((......))))).((((.((((((((....(((((((((((..(((((...)))))..))))))).....)))).........((((....))))..((((((((.....))))))))...))))))))..)))).))))...(((((((((........))))).))))..(((...(((((((((..((((((((.....((((((....))))))..............((((((((((.((.........((((..((((..((((((.........))))))..))))..)))).((((((......))))))...(((......)))....(((((..........))))).(((((..(((((.(((..........))).))))).)))))..)).))))).((((......)))).((((..............)))).((.(((((.......)))))..))(((((((((..(((...((((((((....))))))))...)))...))).))))))....)))))....))))))))....)))))).)))...)))...))))))))))))))))))))...((....)).))))))))))))))))))...........)).)))).)).)))).))))(((((.((((((...(((((((........))))))).)))))))))))(((((................................)))))..............(((((....))))).(((((.(....).)).)))((((((......)))))).)))))))))))))))..)))...))))))....))).)))))))))))).)).)))))))((((((..((...))..))))))....((((.((((.((((((..(((((((.....)))))))..((((((((..(((((.((.....))..)))))......))))))))......))))))......))))))))..........((((.((((((((.(((((((((..((((...((((((....(((((((....)))))))..))))))((((((((.............(((.....)))...((..((((((((....))))))))...))........((((((((..........)))))))).((((((......))))))))))..))))....((((((.(((((..(((((..(((((((((....))).)))))).......((.((((((....(((((((..((((..(((.(((..((((((.((((.((((((((((((....)))))).))))...((....))...))..))))))))))..))).)))))))....((((...((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..))))..(((((((.(.((....((((((.(((((((((...))))))))))))))).......((((...(((((((((.........)))))))))..))))...))).)))))))..)))))))...)))))).))...)))))....)))))....)))))).))))..))))))))).))...)))))).)))).)))))))....))))))))....((((((((.((((.((((((((((..((.......((((.(((((......))).)).)))).....))..))))))))))..)))).))))))))(((((....)))))...(((((((..((.....))..)))))))((((.....))))..........))))))))))))))....(((((..............)))))..(((((...))))).....((((((....))))))...)))))))))))).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.{,({{{...(((((({{({{((((((((((.(((.(((..((((((((...(((((((((((.((.((((.((....)).)))))))))).))))))).))))))))..((((((..(((.(({{((....))))).))).))))))....(((((....))))).......{((({...))))}((((((..{{((((((......)))))).}).)))).)}..((((((....(((........)))....)))))))))..,))}...))))))))))|{{(((.((((((((.((((((.({,,.{(((..(((....)))....))))),))))))..)))))))).))).}}},..,,..,.....(((((.{{...}|.}}}|}...,,.,,......,(((((((((((((,.((((((((....,{{((((((,....,....{{.(((((.,({.((((((.((((((.(({.(((((({((.(((((((((((.((((......((((.((((((,((({.,{............((((((({(((((((((({..{({{.|,.............}}}},.||..,,,.,.,{{{((((((((((.......,....(((((((.{,.(({((..,(,..,,..))))),}}..(((((((((......))))),|||{.(((((((({...(((((((((((..(((((...)))))..))))))).....)))).........((((....))))..||((((((.....)))))))}..,))))))))..)))}.})))...(((((((((........))))).))))..(((...(((((((((..((((((((.....((((((....))))))..............((((((((((.{{.,.......,(((..((((..((((((..,....,.))))))..))))..)))},((((({.....,})))))...{((....,.)))....(((((..........))))).{((({..(((((.(((..........))).))))).))))}..}}.))))).((((......)))),((((.,............)))).{,.(((((.......)))))..,,(((((((((..,(({..{(((((((....)))))))),,,,,,...))),,)))))....))))),}..))))))))....))))))})))...))),,.)))))}}))))))))))))),,.{{.|,,}}|}}))))))))))))))))...........},.)))).)).)))).)))){((({,((((((...(((((((........))))))).))))))))))}{{{{{{{{.....,.,,,,,,.............,..})}}}..............{{{{{.,,,))))}.{{{,{.{....,.)).}},((((((......)))))).}))))))))))))))..}}}...))))))....))).)))))))))))).)).)))))}}((((((..((...))..)))))),.,,((((.{{({.(((((({.(((((((.....))))))).,((((((((..(((((.((.....))..))))),,.,,.})))))))..,,|.))))),..,.}})}))))),.}}.......((((.((((((((.(((((((((..((((...((((((....(((((((....)))))))..))))))((((((((...,{,...,|,.(((.....}}}...,{..((((((({....})))))))...,,........((((((((..........)))))))}.((((((......))))))))))..))))....((((((.(((((..(((((.,(({{{((((,.,,|||{|,},,,...,,,.||}|{||||,...(((((((..((((..{((.(((..{((({({((({,({(((({(((((....)))))),)))).,{({,,..|}..,},,.})))))))))..))).)))))))..,.((((...((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..))))..(((((((.(.((.,{,((((({{(((((((({...})))))))))))))).,,,...((({...(((((((((.........)))))))))..))))...))).)))))))..))))))).,,|}}}}},)),,,)))))....)))))....}))))).))))..))))))))).},..})))))).)))).)))))))....)))))))}...}|||{{|||}||{|,|||||||||||,{{....,,.((((.(((((......))).}}.)))).}|,}}}..|)))}}}})),.,,}},,}}}}}}|(((((....)))))}..(((((((,{{{.....)),,}}))))){(((.....))))......,,..})))))))))))))....{{{{{..............))))}..(((((...))))).....((((((....))))))...)))))))))))),))))...
Back