Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001352.5
Sequence Length
2170 nt
GC Content
0.6521
GCACACCUCUCGGUGCAGAUUGCAAAGCGCCUUCCGUUGCGAGAGCUGCAGAUUUUGCAAGAGCCAGGCUCGCCCACCUUGUAGAAGGAGCGCCUUGAGUCCCCUCUCACCCUCGGUUGCAAAGAGCCGACCGCUUGAUCUGGACACCCCCUCGCCCAGAUUGCAUGAUCUCCCGGGACCCUCUUGAGUUGCACGUUUCUGCACCGAGGACCUCAAAUCCCCGUCGCUCCUAGGAUUUGCAGCGUUCUGGAUACUGGAGGGUUGCAGGCUACACUCGCCCGCCCCUGGGCAGACACUCGUCCAAACCACUGGAGUGUGCUGGUGACUGGCAGGCCAGCCCUUCGCCUCUCCAUGAACCCGUGAGCCUGGGGGCAGGUGCCAGGCGAUGGCGCGGCCUGUGAGCGACAGGACCCCGGCCCCUCUGCUGCUGGGCGGCCCGGCCGGGACACCCCCUGGCGGGGGAGCGCUGCUUGGGUUGCGGAGCCUUCUGCAGGGGACCAGCAAGCCCAAAGAGCCGGCCAGCUGUCUCCUGAAGGAAAAGGAGCGCAAGGCGGCCCUGCCUGCAGCCACAACCCCUGGGCCAGGCCUGGAGACUGCGGGCCCGGCGGAUGCCCCGGCUGGGGCAGUGGUGGGCGGAGGGUCCCCGCGGGGGCGCCCGGGGCCGGUGCCCGCCCCGGGUCUGUUGGCGCCACUGCUGUGGGAGCGCACGCUGCCGUUCGGCGAUGUGGAGUACGUAGACCUGGACGCCUUCCUGCUGGAGCACGGGCUCCCGCCCAGCCCGCCGCCCCCCGGUGGCCCGUCGCCGGAGCCGUCGCCCGCGCGGACGCCCGCACCCUCCCCAGGGCCGGGUUCGUGCGGCUCGGCUUCCCCCCGCUCCUCUCCUGGGCACGCCCCCGCCCGGGCUGCCCUCGGGACCGCCAGCGGCCACCGCGCAGGCCUGACCUCUCGGGACACACCCAGCCCUGUGGACCCAGACACCGUGGAGGUGUUGAUGACCUUUGAACCCGACCCAGCUGAUCUUGCCCUAUCAAGCAUUCCUGGCCACGAGACCUUUGACCCUCGAAGACAUCGCUUCUCAGAAGAGGAACUUAAGCCCCAGCCAAUCAUGAAGAAGGCAAGAAAAAUCCAGGUGCCGGAGGAGCAGAAGGAUGAGAAAUACUGGAGCCGGCGGUACAAGAACAACGAGGCAGCCAAGCGGUCCCGUGACGCCCGGCGGCUCAAGGAGAACCAGAUAUCGGUGCGGGCGGCCUUCCUGGAGAAGGAGAACGCCCUGCUGCGGCAGGAAGUUGUGGCCGUGCGCCAGGAGCUGUCCCACUACCGCGCCGUGCUGUCCCGAUACCAGGCCCAGCACGGGGCCCUGUGAGGCUGCCCCACAUCCCCACCUGGCGGAGCUCUCCUCCGCCUUGCUGAGACUUACGCCCUGUUCCCUUCCUGCCCUGUGGCCCACGGGCCGGCCAGCUGGGUGCCCCAGGGACGUGAUAAUGCAGAUAAAUACAUUUAUAUUUUUAAGAAAAAGCGAGCCUCCCCCCUCCCUUGCGGGGGCGGGGAGGGUUCUCUGUGUGUGUCCCCGGCACGUCAGGGACCCUAUCCUCCCACCGCCUCCGUUAACACGAUCCUGAAUAAAUCUUGAGAACCCCAGAGCCAGCUGUUGUGGAAGAAGAGGGCAGCUCCCUGGCAUACUGGCUGCAGCCCGUGGGCAGCUCCGGGCUGUCGUCCAUAGAGGGCAGGCGCUGCUGGAAGUGCUGGAGUCUGAGUCCUCCCGCGGGCUGUCGGAUGGAGGAAGGGCAGAAGGUCUGAGAGGAAUGAAGCGACUGCCUUUAUUGCAUAGACCUUUUCAAUUGCUUUUUAGAUUGGGGACGGAGGACGCGCAUGAGACGAACAGGGGAUAUGAAUUUCCCCGCCCCCACCCGCGGGGAGAGGAACAUUAGUGCAAAUCCUAGCGCCGGCCCCGGGGAACCUGCCCCUCCUGGGCUGAUUGGCCAGCUAAAUGGAGGCACCGGAGUGGAUGGGGCGAGGCUGCGGGCCCUGACCGGCCGACUCACUGAGGCCUACCCCAGCCAGUACAUUCCAGGUCCUGUCAUUGGGCGACGCGUAAAAUAGACUCCGCCCUCAGCCAUCCUGGCCGGGUAGGAGCAGGUGGCAAGCGUCAGGACUGAGCCCUGCCCCGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-976.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1015.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 553.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((....)))).....))).....(((((((((..(.((((((((((((((((...((((.((((..((...((((....)))).))))))((((......)))).(((((((.(((..((((.....))))(((((((.(........).)))))))(((....(((..(((...)))..))).))).......))))))))))................)))).)))))))))))))..))).)..)).))))))).((.(((.......))).))....((((((...(((((((......(((((((((((((((..((.(((((((.((((.(((((((.((.((..((((......))))..)))).)..)))))).)).))))))))).))...((((.((((((((.(((((((((((((((((((((.((((...(((((....))))).(((((.(((.((((....))))((((.((((((((.(((..(((.........)))..))))))))))).)))).))).)))))..((((((((.(((((..(((.((.....))))))))))..(((((..(((((.(((((((..(((((((..(((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((((((((.((...))))))))((((((...((.((((((((((((.(((....))).)))..)))))..)))).))...)))))).)).))))..))))).)).....)))))))))))))..)))).))))))))).)))...)))))))(((((..(((.((((((..(((((..((((....)))).)))))))))))))).)))))....)))))...))))).)))).)))))))).)))))))))))(((((.((....((((...))))...)))))))......(((((((((.((((((((.((.....((((((.....)))))).................(((((((((.(((((((...((...(((...((((..(((...((((((...))))))...))).(((((....)))))............))))...)))..)).)))))))......((((.((.((((((((((..(((((.......((.((((((.(((.....(....(((.((..(((....))))))))....)))).)))))).))....(((.......)))(((.(((((((((((.....)))))(((..(((((....)))))..)))..)))))).)))..((.((.(((.(((....((.((((((((..((.......))..)))))))).))...))).))).)).)).))))).(((..(((((((.....)))))))..).))...........)))))))..))).))))))(((((....)))))..)))))))))..)))))))...(((.((((.((((......)))).)))).))).........((((((.(((((((((....))))).)))).)))))).))).))))))))).)))).).))))).((((((((.(((...(((((((((.........((.((......)).))....(((.(((.....))).))).((.((.((((((.((((((......((((.((((((((.(((...))))))))))).).)))....((((.(((((((..(((.(((((((.((((...((.(((((((((..(((....((((.((..(.((((((((((...(.((((((((....).))))))).).)))))))))))..)).))))...)))(((((.(((.(((....((((...(......)...))))....)))))).)))))))))))))).)))).)).)))))))...)))))))))).))))))))))..)))))))).)).(((((......))))).)))))))))...)).).))))))))...))))).))).))))...((((..........)))).......)))))))))))))))((((.......))))(((((.....((...((((((((...((((...)))).)))).))))...)).....))))).)))).)))..)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.((((((((((((((((.(((({.((((,{{({.(((((((,,,{({(,.,,})))},((({.,,))}}{{...{|||,,,,}})),))))..{(((......)))}...((((((......))))))..{{..(((((((.(........).))))))))).....,,,.,||||..,})},),}}))))....))))))))))),............(((((({(,((((((|((((((.((((((...)))))).))))))|{,.......|{{{{....,|))).({{....))),......((((((((((((((({.((.(((((((.((((.(((((({.((.((..((({......})))..)))).}..)))))).)).))))))))).)),..((((.((((((((.,.,.(((((({((((((((((.,(((.{,,{(({.{{{((((|.(((,((((((((,,{,{{||(|((((.((((((({{(((..(((.........)))..))))))))))).,))}..||{,||||..{|||||||}(((({|{(({.{,..,{{||||||}}||,,({,|.,,|||||}|{(((({.,(((((((..(((({,(((({((((((.((((({((({((((((({{{(((((.((.,,|||}}||(((((((...((.((((((((({((.(((....))).))}..))))}..)))).))...))))))))).}||}.,||,}}.)),,,.,))))}))})))),..)))).))))))))).)))}}.)))))||(((((..({{{((((((..{((((..((((....)))).)))))))))))))).))))),}..,,})))))}),))}))))}))))))))}).))),))))),)))).)))))))))))..{{.....))((((((.,,({(((((((((.((((((((.((...{,((((((.....))))))...,.............(((((((((.(((((((.,.(({.,,{{..{((({..(((...((((((...))))))...))),(((({....))))}.........,,,)}}}..,.))}.,,.)))))))......((((.((.((((((((((..(({((.,.....((.((((((.(((.....,....{((.(({.(({..|||)})|))),..,|))).)))))).,),...,||.......|||({({(((((({((((,,...}||},(((..(((((....)))))..)))..}}))}}.)})},||,||.|||,(((....((.((((((((..((.......))..)))))))).))...))).))),))})).))))}.{,,..(((((((.....)))))))..}.}}....,,...,.)))))))..))).)))))){((((....))))}..))))))))).,)}))))).,{{....|||.,.{{,,,....,}},},}|,,,..........(((((((((({(((((....))))).)))))))}))).))).))))))))),)).,.)))))){.((((((((.(((...(((((((((.....,.,.{{,,.....,,,},,,....{((,{({,{{,,|||.|},.....{|{|||||,{{{{||}....,((((,((((((((.(((,,,||||||||}}|,}{|},....{|||.(((((((..(((.(((((((.(({{...((,(((((((((..{((....{||{,((,{(,((((((((((...(.((((((((....)}})))))).).)))))))))},..}),))))},.,,,{((((.(((.(((....((((...(......}...))))....)))))).)))))))))))))).})))}}).)))))))...)))))))))).)))))))))}..))))))}},||||||||...},)))).,.)))))))))...)).).))))))))}}.))))).))).))))...((((..........)))).......))))))))))))))))))))).....)))))))).,.......{.((((((((...((({...}))).)))).)))),}))))))..(((.((((.......))))...)))..
Back